我国基础设施产业是典型的带有自然垄断特性的行政垄断性行业，在引入市场竞争机制时，必须首先依据生产要素沉淀成本的规模与沉淀程度，区分哪些环节具有较强的自然垄断性，哪些环节自然垄断性已经弱化，并深入探讨这两部分间的相互制约和影响，然后针对不同的情况设计不同的制度。基于沉淀成本及其补偿理论，从我国基础设施产业市场化改革的初始禀赋条件出发，认为简单的民营化和完全放松管制的政策不可能成为我国大多数基础设施部门现实的或者说有效的政策选择，必须三管齐下，即产业重组、引入非国有经济、建立和完善独立管制机构相结合，来推进我国基础设施产业市场化改革。在具有规模经济等技术经济特征并承担着普遍服务等特殊使命的基础设施产业，那些主张政府所有权瞬间退出（即私有化），都是忽略了退出会形成大量生产要素沉淀成本的现实。当生产要素沉淀成本较大时，即使有政府补偿承诺，竞争性的市场结构也不会自动形成。在我国基础设施产业的网络部分，垄断和交叉补贴仍是一种最佳的制度安排，因此，不能展开破碎分拆式改革，而应以网运分离式改革为主，尤其是在铁路路网等自然垄断性业务领域，国有经济还有待加强；在小机场、航空运输等准自然垄断业务领域和准自由竞争领域，则可以通过分拆、放松进入管制等引入竞争，以国有经济与非国有经济逐渐整合的模式吸引非国有经济进入，是目前推进我国基础设施产业市场化改革、保证基础设施产业可持续发展的最佳选择，但前提必须是政府对生产要素沉淀成本的承诺和坚持商业化原则的政治承诺，必须通过制度安排以补贴或交叉补贴补偿沉淀成本，使非国有经济进入基础设施产业有利可图，才能吸引非国有经济进入；在电信增值业务等自由竞争业务领域，则应引入自由竞争机制，“国退民进”。
此外，虽然在自然垄断性质已经弱化的基础设施产业，特别是像技术发展日新月异的电信业，放松管制、导入竞争是十分必要的。但放松管制并非是取消管制，被导入的竞争也绝不是弱肉强食的自由竞争，而必须是受一定的规则限制的竞争，否则便会出现由于受管制的自然垄断环节和放松管制的竞争性环节之间的不协调而发生问题。从这个意义上讲，放松管制、导入竞争的推进始终伴随着管制规则的重建，独立监管机构的建立、各种监管规则的制定是十分必要的。大多数基础设施产业的某些部门，由于其提供的服务具有自然垄断的特征，所建立的管制机制将具有如下的属性：它们既会影响剩余的垄断部分的绩效，也将影响为竞争性服务供给者接入垄断网络的“瓶颈”设施而规定的种种价格与非价格政策，为其提供竞争平台的能力。