句道兴之《搜神记》写侯霍在田营作，闻有哭声，不见其形，经余六十日。秋间至地中，见地畔有一死人髑髅，眼眶里一枝禾生，早已欲秀。霍愍之，拔却，其髑髅与土拥之，遂成小坟，从此以后，哭声遂绝。后遇鬼，言为报锄禾之恩，将为其娶妻。后鬼将五千里外辽西太守梁合龙之女吹至霍家，与其为妻。
这个故事中的髑髅，与《庄子》中那个离开人世便万事大吉的髑髅大不相同。肉体消失乐，却仍然饱尝着肉体的痛苦。侯霍善待髑髅，宣扬的是佛教的慈悲思想，更是为六道轮回因果报应的佛教思想作广告。这个故事被奈良时代的景戒用作了“翻案”（将中国故事改写为日本故事）的材料。
《日本灵异记》上卷第十二篇题作《人畜所履髑髅救收示灵表而现报缘》（意为救收人畜所履髑髅显灵得现报之事，即搭救收起一个被人畜践踏的髑髅由于髑髅显灵而得到现世报应的故事）。写高丽学生道登令随从万侣，将一髑髅从奈良山溪水中拣至树上，使其免受溪水浸泡之苦，人畜践踏之殃，髑髅显灵，邀万侣回府享用祭祀的食物，借以款待他，其结尾曰：“夫死灵白骨尚犹如此，何况生人？”与句道兴《搜神记》大体是一个意思，用鬼魂尚且知道有恩必报，教训读者不可忘恩负义。
《搜神记》上述故事中的髑髅，被赋予了左右活人命运的本领。它们不能解除自身小小的痛苦，却能转变活人的命运，使人怀疑它们只是为了向人说教才出现的。还有一类髑髅则是看起来真可怜，它们需要人替它们申冤，是需要求救于人的冤死的弱者。这类故事，往往具有一定的社会内容。
《日本灵异记》中的上述故事里的髑髅，就是一个冤死鬼。万侣跟他进入关闭的房间，和他一起食用祭祀的食品之后，后半夜有男人的声音对万侣说：“杀害我的哥哥要来了，你快些走吧！”万侣问起原由，那声音回答说：“以前我与哥哥一起去做买卖，我赚了四十斤银子，哥哥嫉妒我，将我杀害，夺走银子。从那以后，过了多年，往来人畜，皆踏我头，大德垂慈，令见离苦，所以我不忘记您的恩情，今天晚上报答您。”这时髑髅的母亲和哥哥进屋来祭拜诸灵，见万侣大吃一惊。万侣便把前因后果一一说来，母亲骂那哥哥说：“原来我爱子是被您杀的，不是别人啊！”重新置办饮食，款待万侣。
在这个故事中，弟弟因为赚钱比哥哥多，便被哥哥杀害，戒贪和宣扬慈悲是故事的副主题。故事还反映了十二月晦夕以饮食祭拜亡灵的习俗。这和敦煌本《搜神记》中的故事是相近的。髑髅在除夕到寺院里去找到万侣，引他回家，写得虚虚实实，给人留下些供想象的空白。