李时珍从雨湖引来一股湖水，美化院落，使得这一座幽雅的宅院里有花有水，生意盎然。不仅家里就有清溪流水、花草繁茂，推开窗户，还能看见碧绿清澈的雨湖，望见湖上飘满的点点渔帆，听到悠扬的渔歌和小鸟的鸣叫。李时珍引用《诗经》里“考般在阿，硕人之过”（硕人为盛德之人，过为宽厚的意思）两句诗的立意，在自己的门前题了“过硕馆”三个大字。同时，给自己取了个别名叫“濒湖山人”，借以抒发无官一身轻，专心致志著书立说的抱负。
李言闻为了支持儿子完成重编《本草》的大业，将自己多年积累的大量资料和撰写的几十卷著作，全交给了李时珍。老人还抱病与儿子一起探讨医学、药学中的各类问题，审阅儿子的著作，他相信儿子能为李家给后世作出惊人贡献。
李时珍精心照料父亲，使父亲的病开始好转。在此时间里，他完成了《濒湖医案》、《三焦客难》、《命门考》、《五藏图经》、《濒湖脉学》、《奇经八脉考》等著作。这些著作都凝聚着李时珍父子之间的深情厚谊。比如，《濒湖脉学》就是李时珍在父亲《医学八脉法》、《四诊发明》的基础上写成的。
中医的脉学，自《内经》开创以来，历代都有论述。东汉张仲景对评脉的辨证论述，散见各篇，未成专著。两晋王叔和著有脉经12卷，因时代久远，散失太多，到《旧唐志》只留下两卷。李时珍本着“涉猎群书，搜罗百代”的治学精神，除广收经典外，还涉及上自太仓、启玄、叔和之学，下至唐宋金元诸名流脉学著作达48家之多，在此基础上删繁就简，写成了集脉学著作大成的《濒湖脉学》。第一次以27脉“歌诀”及“四言举要”，解决了通俗切用的难题，并批判了《脉诀》的谬误。
《濒湖脉学》全书仅2万多字，然而字字斟酌，深入浅出，句句通俗，且俗不伤雅。以脉论医，明理切用，音韵协调，易读易记，故风行天下成为后世脉学的指南。我们今天全国中医院校的脉学教材，大多取材于这本经典著作。
在这个时期里，李时珍还写了《命门考》、《奇经八脉考》等著作。
与此同时，他对《内经》、《抱朴子》、《千金要方》等古籍，以及药王庙中的针灸铜人进行了深入的研究。
明代嘉靖四十三年（公元1564年），李言闻旧病复发，医治无效去世。临终前，他嘱咐李时珍要克服困难，尽快地将《本草》重修好。
几年以后，李时珍同哥哥李果珍一起，将父亲与去世已久的母亲张氏合葬在雨湖畔的蟹子地。至今，这座合葬墓还在美丽的雨湖之滨。
浪迹天涯为《本草》
明代中叶以后，讲求实际，崇尚实践，主张经世致用的社会思潮兴起，王阳明的“知行合一”、“知行并进”的观点，对李时珍有很大的影响。所以，在重修《本草》时，他就强调，本草虽曰“医家药品，其考释性理，安吾儒格物之学”，他主张：“医者贵在格物”。所谓格物就是推究事物的道理。在这种思想的指导下，李时珍决定深入到穷山僻壤、荒山野地、贩夫走卒、平民百姓中去实地考察，访采四方，取得第一手资料。
父亲逝世后，明代嘉靖四十四年（公元1565年），李时珍时年47岁，开始了筹划已久的“搜罗百世，访采四方”之行。他带着徒弟庞宪和次子建元出去作药物查访。庞宪曾患重病，经李时珍诊治，无恙后拜李时珍为师。他为人忠厚老成，踏实肯干，又聪慧伶俐，不仅医学上长进快，而且药学上也很有见识。李时珍因陪父治病，不能分身，庞宪常受李时珍之托，到各地采集许多药物标本。次子建元，擅长绘画，可以帮助李时珍现场绘制药物标本图样。
他们三人结伴从蕲州出发，先到汉阳，然后取道襄河北上。他们有时搭船，有时乘车，有时徒步，有时雇毛驴骑着漫游。三人每天行止不定，遇到药物样本多的地方，就细心考察，多采一段时间；沿途遇到病人，就停下给人看病，管治不收钱；遇到贩夫、走卒，铃医，三三五五一起同行，可以提供单方、草药、医疗信息的，就向他们请教，收集可以采录的资料。因此，他们往往是走走停停，住宿也无一定，全随考察需要而定。
有一次，李时珍三人乘坐一条渔船出去搜集资料，一位老渔夫听说李时珍是郎中，就从鱼篓中提起一条半大的鲤鱼问李时珍：“郎中先生，你说说，这么大的鲤鱼能治什么病？”李时珍谦虚地说：“我知道一些，但是不全。请大伯告诉我。”
老渔夫说：“这么大的鲤鱼，用它煮着吃，可以治咳嗽，利小便。用来熬粥可以治突然发作的耳聋；用三升醋煮一条大鲤鱼，熬成汁吃，可以消水肿；用鲤鱼血，可以治小儿火疮；把鲤鱼的肠子烧成灰可以驱逐爬进耳朵里的小虫子；用火焙干研成末，用凉开水冲服，可以治卡在喉咙里的鱼刺，那鱼刺会自动跳出来，可神了。”
李时珍笑着说：“老伯前面讲的，我听说过一些。最后两条，我还真不知道。不过以后我会找机会试试。”李时珍凡事都实事求是，知道的就说知道，不知道的就说不知道，从不说假话。
有一回，李时珍为了搞清楚“舍命吃河豚”到底是怎么回事，向一位渔民请教。这位渔民为了报答李时珍给他治好过重病的恩情，特别做了一道鲜鱼给李时珍吃。这条鱼肉质又细又嫩，味道实在鲜美。吃过后，渔民才告诉李时珍说这是河豚，李时珍第一次领略到河豚的可口，只是他仍不知为什么叫“舍命吃河豚”。渔民告诉李时珍，吃了河豚的脂油、内脏，会使人舌头发麻；吃了河豚的鱼子，会使人的肚子发胀；吃了河豚的眼睛，会使人眼睛发花。总之，吃河豚不得法，就会送命的。李时珍根据渔民介绍的经验，他使用“油麻，子胀，眼睛花”的谚语来告诫人们，吃河豚千万要小心，这些部位不清除干净，吃了就会中毒，甚至死人。
李时珍还亲自下过煤窑，到过炼铅炼汞的作坊，研究矿山工人中毒现象和职业性疾病。他把许多植物连根采回来仔细研究比较，发现萃、莼、萍属同一类，猪羔草、稀莶草、地菘也属于同一类。李时珍从药农那里搞清楚了泽漆和大蛾不是历代本草记载的那样是同一药物，而是两种药物。他从道士那里学习了异汞、土黄（砒剂）的制作方法和药用价值；他从铃医那里知道了麻黄、蟾酥毒的药用方法；他从猎人渔夫那里知道了许多动物脏器的药用价值。李时珍、庞宪、李建元三人背着药筐，到山林、田野、江湖、工矿去观察、采集药物标本，广泛收集民间治病的经验，虚心向各地老百姓学习、请教。农民、渔夫、猎人、樵夫、药农、果匠、工匠、矿工、串街铃医、山野道士，都成了他们的老师和朋友。
有一次，李时珍借住在一户人家，这户人家有个小孩，脸颊发黄肿胀，一副无精打采的样子。李时珍心想，从外表看，这小孩可能得了“小儿积食”，等这次上山采药回来，得空给这小孩子治治。
十来天后，李时珍一行三人从山上回来了。李时珍正惦着给这孩子治病呢，谁知道他发现孩子走近他时，竟然红光满面，欢蹦乱跳没有一丝病容了。李时珍好生奇怪，便忙问孩子的父亲：
“大叔，你这孩子服过什么药，好得这么快？”
这个四十开外的庄稼汉，回答得十分干脆：“这孩子没有服过什么药。不瞒您说，我们家太穷了，哪来钱请郎中、买药呢？”
李时珍十分纳闷，又找来这孩子问道：“这十来天，你除了在家吃饭外，还吃过什么东西？”
小孩摇摇头，没有说话。他把手伸进衣兜里，忽然，好像想起了什么似的：“啊，我想起来了。”一面说，一面从衣兜里摸出几个小红果子来：“前几天，我到山上玩，看见小树上结着这种红果子，摘下一尝，酸甜酸甜的。这几天我天天都上山摘它来吃。不信，你尝尝。”孩子把果子递给李时珍。
李时珍接过果子一看，认出这是十分普通的野果——山楂。
小孩的父亲见李时珍端详山楂，便说道：“这几天，见他衣兜里常装着这种果子，我没在意。我也纳闷，小孩的胃口怎么好了，面色也好多了，敢情是吃了这种果子吧。”
于是，李时珍在笔记里，把孩子的病状及吃了山楂的变化详细地记了下来。山楂能开胃健脾，从此便被推广开了。
明代穆宗隆庆元年（公元1567年），李时珍这时已年过半百，仍带着徒弟和儿子继续出外采药。这一次，他注意搜集药用植物标本，特别重视发现历代《本草》中未曾记载过的药物。凡是民间流传采用的药物，他都尽量搜集记载下来。比如朱砂，今天已是消热解毒的重要药物，就是当年李时珍第一个在民间发现，并记载入《本草》的；其他如月季花、凤仙、玉簪、谈竹叶等二百余种新药，都是李时珍从流散在民间、疗效明显的药方中发现，作为药材首次载入《本草》的。还有“三七”，李时珍是这么介绍的：“此药近时始出，南人军中为金疮要药，云有奇功。”并说：“凡是杖外伤损，淤血淋漓者，随即嚼烂，咽之即止，青肿者即消散。”这说明当时军队中已用三七治疗杖扑损伤的出血症。同时，对血崩、无名肿毒、虎蛇咬伤等症，疗效也很显著。三七作为一种重要的中药材，自李时珍发现载入《本草》以来，至今一直是临床研究的热门药材。
李时珍记录这些药物的疗效，不仅听人说，还效法神农尝百草那样，亲自试用。
古书上说，绿豆能解毒，他为了作试验，先给小狗吃了毒物，再吃绿豆解毒，结果并没有救活。后来他经过反复试验，自己亲自尝试，才发现绿豆要加上甘草，熬成汤才有解毒效力。
李时珍为了弄清传说中有毒的药草，他亲自品尝了复盆子、莓、蛇莓、悬钩子等数种类似的药草。传说蛇莓有毒，经过品尝，他在《本草纲目》中作了记录：“俗传食之能杀人，亦不然，止发冷诞耳。”
李时珍还尝过鹅肠草和鸡肠草，以区别这两种相似的药物。他在《本草纲目》中说：“繁缕即鹅肠草，非鸡肠也。二物盖相似，但鹅肠味甘，茎空有缕，花白色；鸡肠草味微苦，咀之涎滑，茎中无缕，色微紫，花亦紫色。以此为别。”
“麻沸散”是华佗为病人做手术发明的麻醉剂，可惜配方失传。李时珍少年时曾听父亲说曼陀罗花是麻沸散的主药，但未曾亲自见到，不敢妄下断语。因此，他一直记在心里要寻找曼陀罗这种药物，试验它的药效是否属实。可惜几十年来，他走遍一座座村镇，翻过了一道道山岭，渡过了无数条小溪大河，都未找到曼陀罗花的下落。
这一年秋末，李时珍采药归来，顺道去河南光山县看大儿子建中。建中依照祖训，实现了李家改换门庭的愿望，乡试中了举人，当上了光山县的教谕。教谕是一种学官，负责文庙的祭祀，教育所属生员。建中的官虽不大，但住在纪念孔夫子的文庙内，环境十分幽雅。他由于自小受到父亲的熏陶，虽然做了官，仍然喜欢种植药草。李时珍在文庙的后花园中发现了一种开白花，状如牵牛，叶如茄子的植物，便问建中是什么花。
建中告诉父亲，这里的人把它叫做山茄子，或者风茄儿。
李时珍点点头，顺手摘了一枝花，仔细地观察起来。这种叫山茄子的植物，绿茎碧叶，独茎直上，高1米多，花有6瓣。这使李时珍突然想起在茅山道观中见到的陀罗星使者塑像来，陀罗星使者手中持的花同这花的形态十分相似，难道这就是曼陀罗花？他兴奋地叫来庞宪、建元，说：“你们看，走遍天涯无觅处，得来全不费功夫，这不就是曼陀罗花吗？”
庞宪大惑不解，问道：“师傅，你根据什么认定这就是曼陀罗花？”
李时珍说：“《法华经》上讲，佛说法时，天上曾经降下曼陀罗雨，后来，道家将北斗七星中一颗星叫做陀罗星，陀罗星使者手中常持曼陀罗花。我在茅山道观中看到的陀罗星塑像，手中拿的白花和这株花十分相似。不过，要确认这是曼陀罗花，还得亲自尝一尝。相传，在采曼陀罗花时，如果采花人在笑，用此花酿成的酒入饮后就会发笑，采摘的人如在舞，用此花酿酒饮后则会令人舞。我们不妨一试！”
建中忙劝阻说：“父亲不可造次，万一此花有毒，岂不糟糕？”
李时珍兴致很高，一面采花，一面哈哈大笑：“古时神农敢尝百草，我要重修《本草》，怎能畏首畏脚？”
为了避免中毒，李时珍叫建元准备了解毒药。李时珍将花放进酒杯，揉碎，然后将酒倒入杯中。李时珍举杯将曼陀罗酒饮了一大口。过不多时，李时珍觉得自己有了恍恍惚惚的感觉，周身舒畅，欢愉异常，竟哈哈大笑，并失态狂呼：“真是曼陀罗花！真是曼陀罗花！”