1868年，蔡元培出生在江南水乡绍兴山阴县，家里世代经商。蔡元培的父亲希望自己的孩子能够读书成才，便很小就开始培养三个儿子读书。于是蔡元培4岁就进入家塾，从《百家姓》、《千字文》开始，慢慢地熟读了四书五经，虽然很多时候他并不懂书中所说的意思，但总是先认真背诵，从不东张西望。后来他在绍兴藏书楼有机会饱览群书，17岁考中秀才，18～19岁自己开了个塾馆，踏上了教书育人的道路。
在20岁之后的两年，他帮助同乡的举人、藏书家徐树兰校订书籍，又获得了大量读书的机会，在学问上得到了很大的长进。23岁，蔡元培在科举考试中顺利考中举人、进士，被授予翰林院庶吉士。到了1894年，26岁的蔡元培成为了翰林院编修。这个时候正值中国在中日甲午战争中失败，清政府与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。蔡元培非常悲愤，为了找到救国救民的方法，他开始阅读和翻译西方的一些书籍，思想和眼界慢慢打开。
1989年，戊戌变法失败后的蔡元培放弃了功名，到浙江一带中西学堂任教，提倡新学，随后又到上海南阳公学教书。在教学中，他不仅仅看中学生对知识的学习，更启发学生自己读书思考。他要求学生每天在阅读后写札记记录想法，每个月要写一篇文章，他每篇都要仔细阅读批示。他还要求和鼓励学生练习演说，希望他们能够通过演说参与革命，唤醒民众。他在教学中还特别注重培养学生的爱国思想。1902年，他在上海创设了爱国女校和爱国学社，这被清政府看作反动，蔡元培只好一面继续从事教育和革命，一面学习德语准备出国。
在追求爱国振兴的道路上，蔡元培对革命者的培训深入到他教学的点滴。在爱国女校和爱国学社中，他一边播种爱国的热情，一边注重军事训练。1905年，蔡元培加入了中国同盟会，被孙中山指派为上海分部负责人。很快，他发展了黄炎培等人入会，为辛亥革命培养了一大批骨干。随后，蔡元培前往德国留学，学习心理学、美学和哲学。1911年，辛亥革命爆发，他应邀回国参加革命。
1912年，南京临时政府成立，蔡元培被任命为教育总长。他在教育制度上，主张采用西方制度，实行男女同校。知道国家财政空虚，他坚持精兵简政来节约开支，自己也是生活非常简朴。
1913年，宋教仁被刺杀，孙中山领导的“二次革命”失败。蔡元培全家前往法国从事教学研究。在法国，他组织了华法教育会，提倡勤工俭学，帮助更多的中国人来法读书，这也给之后周恩来、邓小平等人的留学提供了机会。
1916年，蔡元培回国担任了北大校长。担任校长期间，他支持新文化运动，主张“思想自由，兼容并包”，支持学生运动。在五四运动中，他亲自协助多方营救被捕的学生。1932年，蔡元培与宋庆龄、鲁迅等成立了中国民权保障同盟，积极参与爱国抗日运动。1940年3月5日，蔡元培病逝于香港。
有人评价，拿各国的大学校长来比较，虽然在学科上有突出贡献和成就的不在少数，但是能以校长身份，领导一所大学的学生对整个民族和历史产生转折作用的只有蔡元培。他的爱国和教育思想，对中国教育界和后来的学者都产生了深远的影响。