为了缓和海、陆军种间的关系，尼米兹还在人员任命上做了一次精心安排：由曾担任过外交官的金凯德接替经常与陆军争吵的西奥博尔德将军，出任北太平洋海区司令。
尼米兹还就太平洋舰队的未来发展提出了一整套构想。此时，美国已经建成或将要完工的共有22艘航空母舰。这些舰只将可能组成一支史无前例的大舰队，那时美军将以崭新的姿态出现在太平洋海域。尼米兹打算以这样一支舰队横越太平洋，打开太平洋的交通中轴线。这些地方无大片陆地，只有数百个大岛屿和环礁，可以选择许多目标为登陆地带及作战基地。
与此同时，麦克阿瑟也提出了带有鲜明个性色彩的方案。该方案建议，以陆军为主力沿着新几内亚进军菲律宾群岛，最终以此为基地，直捣日本本土。在一系列陆军为主攻的跃进中，以海军担任陆军的人员护送和供给服务。
以庞大的太平洋舰队担任陆军的辅助手段，使海军成为陆军随意摆布的工具，这是美舰队总司令金上将和太平洋舰队总司令尼米兹上将无论如何不能苟同的。尼米兹为此辩驳道，麦克阿瑟进攻日本的方案合近求远，耗损人员和供应，并且将旷日持久。金则认为，这是典型的麦克阿瑟主义，意在突出自己。
金返回华盛顿，向马歇尔汇报了各司令部之间的关系问题，尤其是尼米兹的部属哈尔西进入麦克阿瑟管辖的海区作战之后的有关指挥问题。这是涉及尼米兹和麦克阿瑟谁高谁下的问题。最后，参谋长联席会议做出妥协，哈尔西在战略上受麦克阿瑟的原则指导，战术上则由他自己决定。
尼米兹为了使自己合理的作战方案能够为参谋长联席会议和他们的各小组委员会所选中，做了许多努力。最后，华盛顿的决定传达下来，他们接受了尼米兹的方案。麦克阿瑟虽竭力反对，也未能劝阻住最高当局。因此，尼米兹的进攻方案为主线，麦克阿瑟则继续从南面进攻。
尼米兹认为，在太平洋地区的两头同时推进，应紧密协调以保证最大限度地获得战斗胜利。最好是由一个单一的领导来指导作战方案的实施并进行指挥。他还认为，应由他担负这项任务。但他所处地位使他不能提出此问题。他对金上将的支持非常感激。正是这种支持使他实际上赢得了个人的胜利，他已经拥有一支配备全面、人员充实的作战舰队。这使得太平洋获得了基本的安全因素。因此，他也不便提出更多要求。
新的一年已经来临，在1943年1月举行的卡萨布兰卡会议上，金上将据理力争，认为美国不应过分迁就英国进攻西西里岛的计划，而要重视美在太平洋地区的战略目标。罗斯福总统和丘吉尔首相在听取了有关太平洋战场的汇报之后，肯定了金的建议。丘吉尔还勉强答应了与美国一同加快对日战争的步伐。
在此有利形势下，尼米兹认为再次奔赴南太平洋前沿阵地进行视察的时机已经成熟。诺克斯海军部长将同尼米兹一同前往视察。于是，尼米兹建议麦克阿瑟到努美阿来，共同协商下一步行动方案。尼米兹熟知麦克阿瑟的个性，他连总统都未必放在眼中，一个海军部长怕是难以驱动他的"大驾"。所以，尼米兹提供了两套方案供麦克阿瑟选择。第一，麦克阿瑟来努美阿；第二，诺克斯、尼米兹、哈尔西三位高级将领一同去澳洲布里斯班的麦克阿瑟司令部。然而，麦克阿瑟还是以"高级指挥官长途跋涉，机关无人照顾"为由，拒绝了尼米兹提出的会晤要求。实际上，麦克阿瑟认为在这种时候举行高级会晤毫无益处。
1月14日，尼米兹陪同诺克斯部长乘坐四引擎水上飞机，由珍珠港出发，动身前往中途岛。途中，飞机发生故障，尼米兹命令驾驶员在水面上迫降。诺克斯部长臀部受伤。尼米兹头部撞开一条一英寸长的伤口，当副官拉马尔用碘水擦拭他的伤处时，尼米兹因疼痛而大喊大叫。
在中途岛为他们举行的欢迎宴会上，尼米兹以海军上将的名义向部属授勋授奖。一位年轻的上尉被授予海军十字奖章，尼米兹仔细打量了这名上尉，然后向他问道："你是得克萨斯人吗？"
"是的，将军。"上尉答道。
尼米兹哈哈笑着说："我一看就知道。"他是一个善于察言观色的人，对于家乡的人更有一种本能的直觉。他常说，如果他认为某人不是得克萨斯人，他决不会问人家，以免使人难堪。
尼米兹一行参观了中途岛的防御设施之后，沿着日军占领的马绍尔群岛和吉尔伯特群岛向南飞行，于1月20日抵达圣埃斯皮里图岛，受到从努美阿赶来的哈尔西和麦凯因的欢迎。哈尔西刚访问过新西兰，在那里他发表了风趣而又自负的讲话，声称他将在1年内打到东京，并说："跟日本人打仗的初期，我说过我们1人顶3人。现在，我要说顶他20人。"诺克斯对哈尔西这样公开预测战争结局感到不满，却又无可奈何。
哈尔西还向尼米兹出了一个难题，他要求尽快提拔他的老朋友奥利弗·欧文·凯辛为临时海军上将，并威胁说，如果此事在短期内得不到解决，他将亲自向海军人事局摊牌。
尼米兹举起双手高声说："不，看在上帝的面上，你不能这么干！你会把事情弄糟的。"
"你等着瞧吧！"哈尔西回答道。
幸好晋级批准书及时送到，避免了一场内部纷争。
在圣埃斯皮里图岛，诺克斯、尼米兹一行住在菲奇将军的"柯蒂斯"号旗舰上。夜里，舰艇不时遭到日军飞机的零星轰炸。
第二天，尼米兹等人到达瓜岛。他欣喜地发现，岛上部队的设施和条件已有很大改善，浴血守卫的亨德森机场已成为颇具规模的全天候机场。新近换防上岛的士兵身体健康，精神振奋。可以说，美军已经掌握了岛上的制空权和瓜达尔卡纳尔、图拉吉岛周围的制海权。
遗憾的是，尼米兹在瓜岛的视察使他染上了疟疾，他是视察组中惟一染上病的人。第二天，尼米兹带病率领视察组前往努美阿。
1月23日下午，尼米兹在哈尔西的司令部召集了高级军事会议。他的脸色不佳，身体明显虚弱，鼻翼时不时因呼吸不畅而抽动。但他还是强打精神，用简洁清晰的语言阐述了对下一步战略的构想：第一，在4月1日之前，彻底清除瓜岛日军，完全控制该岛制空权和制海权；第二，以瓜岛为支援基地，协助所罗门群岛的作战计划，第三，攻占新乔治亚岛上的蒙达角日军新机场，为南太平洋部队进攻所罗门群岛中的布干维尔岛打下基础。
这次太平洋舰队南太平洋海区联合会议充满了乐观向上的气氛，与1942年9月同样类型会议上所出现的急躁而又焦虑的气氛，形成了鲜明对照。会上，各位将领畅所欲言，进一步树立了信心，明确了方向和任务。
诺克斯部长未参加这次会议，但他对会议结果表示满意。鉴于尼米兹乘坐的水上飞机经常出现故障和小事故，诺克斯部长特给尼米兹配备了一架设有将军座舱的R-5D型专用飞机。同时，诺克斯部长还对尼米兹手下的得力干将哈尔西表示了赞赏。
尼米兹于1月28日乘专机回到珍珠港，因疟疾发作而住进医院。他禁止将他生病住院的消息传出去，命令下属把将旗仍悬挂在太平洋舰队司令部。他所以这样做，除了战情的需要外，他还有另一层考虑。此时，哈尔西已是太平洋海区的四星海军上将，如果哈尔西利用自己的资历和身份滥施影响，将有可能给南太平洋海区造成恶劣的局面。哈尔西毕竟只是一员猛将，他需要不断的提醒和约束。
当然，尼米兹也有丧失常态的时候，当他因不能工作而住院期间，病情和战局的变化使他神情焦虑。副官拉马尔出于好意，带来一盆鲜花，想使他高兴些，但他表情冷淡，面露愠色，转身就将鲜花扔在房门外的地板上。这对于一向以风度儒雅而著称的尼米兹来说，是极为少见的。若不是因为生病而心情烦躁，这种事情怕是不会发生的。
2月来临，病榻上的尼米兹收到了令人振奋的消息。帕奇将军的部队从瓜岛西部登陆，彻底肃清了岛上的日军。麦克阿瑟指挥的新几内亚东部的战斗也已结束。他们赶走了约12万名日军，而包括美军和澳大利亚部队在内的盟军牺牲3095人，比在瓜岛的死亡人数多了将近一倍。至此，日军的防线终于崩溃了。
五、击毙山本五十六
日军瓜岛惨败后，在俾斯麦海战中又一次遭到重创。此战迫使日本大本营把主要注意力转移到新几内亚方面，并决心集中陆海军力量在这个方向建立作战基地。