1947年5月，张启龙到佳木斯担任中共合江省委副书记、省军区副政委。1948年5月，他接任合江省委书记、省军区政委。这一时期，正是伟大的解放战争进入关键阶段，他在张闻天的领导下，主持合江省委工作，坚决贯彻执行毛泽东关于建立巩固的东北根据地的战略思想，把一个政治混乱、经济凋敝、土匪猖獗、民不聊生的合江省，建设成为东北的一个巩固的战略后方，以本省所能提供的最大限度的人力、物力、财力支援了解放战争，为全东北的解放、为全国解放战争的胜利提供了强大的支援，多次受到中共中央、毛泽东的赞扬，得到中共中央东北局、北满分局的充分肯定，佳木斯也被称为“东北的延安”。
初到佳木斯时，很多地方的政权接管工作尚未展开，人民群众还没有发动起来，土匪、汉奸、恶霸等反动势力还未受到应有的打击，有的甚至还在我们的政权中窃居要职，暗地支持和策划叛乱，等待国民党反动派接收。特别是当国民党军队占领山海关、锦州、沈阳、四平、长春、吉林等大中城市以后，土匪和日伪残余势力更加嚣张。
张启龙指出，必须放手发动群众，建立巩固的农村根据地，作长期艰苦斗争的准备。当时发动群众，建立根据地的最大障碍是土匪、汉奸和恶霸地主势力。所以，必须首先开展剿匪和镇反斗争。
张启龙时任合江省军区政委，提出要在军事上集中力量清剿土匪，他亲自组织和领导了剿匪斗争，坚决支持省军区司令员贺晋年对土匪采取穷追猛打的方针，依靠359旅的一部分主力和军区武装部队，集中优势兵力，在当地群众密切配合下，对合江地区匪部展开清剿。张启龙组织军区武装力量紧密配合主力部队，在茫茫林海，冒着严寒酷暑，不顾疲劳，不惜伤亡，连续作战，咬住敌人不放，追剿到底。在我军的凌厉攻势下，几股顽匪陆续被歼。号称“国民党北满先遣军总司令”的谢文东，弹尽粮绝，被我军活捉。剿匪斗争的伟大胜利，在当地打开了新的局面，为深入发动群众进行土地改革，创造了先决条件。
接下来，张启龙主持了合江省的土改工作。经过省委讨论，合江的土改分两步走：第一步，集中力量进行反奸清算，减租减息，打击地主阶级的当权派，除掉骑在人民头上的“南霸天”、“北霸天”一类的汉奸恶霸；第二步，广泛发动群众，向农村封建势力展开全面进攻，达到平分土地、彻底消灭封建地主阶级的目的。同时，在斗争中武装农民群众，建立起农村的革命政权，发展党的组织，把广大农村变成强大的革命根据地。按这个方针和步骤，全省用两年时间基本上完成了土改任务。
1948年春，全省土改基本结束。当时全国正处于战略决战前夕，为了进一步巩固合江根据地，更有力地支援东北和全国解放战争，张启龙及时提出结束土改，把党的工作重心转到恢复和发展生产上来，将生产、支前作为两大中心环节来抓。为此，在农村广泛组织互助组，开展了大生产运动，推动了农业生产的迅速恢复和发展，并为全面实行农业社会主义改造打下了坚实基础，使工农业生产也得到了较快恢复和发展，不仅有力地支援了前线，而且全省城乡呈现出朝气蓬勃的革命和生产建设的景象。
后来，东北局在总结全区土改工作时，充分肯定了合江省委的做法，并向全区介绍和推广。合江省在土改中树立的勃利县抢垦屯、桦南县王家屯、集贤县小明甲屯、桦川县四合屯等组织互助组、开展大生产运动的典型，在东北地区产生了广泛影响。