阿沛·阿旺晋美的一生中，曾经数十次见过毛泽东。他第一次见到毛泽东是在1951年4月，他在北京参加和平谈判时，应邀参加“五一”节庆祝活动。
在天安门城楼上，毛泽东亲切接见了阿沛·阿旺晋美一行。毛泽东紧紧握着他的手说：“欢迎你们来啊！你们从远道来，一定很辛苦了！”阿沛·阿旺晋美等也按照藏族的风俗习惯，向毛泽东敬献了哈达。站在雄伟壮观的天安门城楼上，看着千千万万游行群众欢呼雀跃，真诚热爱毛泽东，看着作为泱泱大国的最高领袖的毛泽东，如此兄弟般地对待少数民族，阿沛·阿旺晋美的心被深深地感动了。联想到在北京的所见所闻，他感到，那个民族压迫的旧时代已经过去，一个民族平等、团结、互助的新时代已经开始，西藏人民的幸福生活就要来到了。
5月23日，也就是“十七条协议”签订后的第二天，毛泽东在中南海正式接见阿沛·阿旺晋美和西藏谈判代表，同他们进行了长时间交谈，向他们介绍了党和国家的民族政策，说明共产党和中央人民政府对西藏工作的宗旨，就是为西藏民族和西藏人民谋利益。
当晚，为欢庆“十七条协议”的签订，毛泽东举行盛大宴会。宴会开始前，毛泽东又同阿沛·阿旺晋美谈话，毛泽东打开一本国民党时期的地图册，对他说：“你看，国民党把西康和西藏的分界划到了工布江达一带，以东为西康，以西为西藏。我们今后还是以金沙江为界，金沙江以东为西康，以西为西藏。”昌都地区过去实际上是西藏地方政府管辖的，毛泽东的这个决定，是根据西藏的实际作出的正确决策。
“十七条协议”签订后，毛泽东一直关注着协议内容的贯彻落实情况。就在协议刚刚签订不久，毛泽东就指示中央驻藏代表张经武、第18军军长张国华、政治委员谭冠三，要求他们“在西藏考虑任何问题，首先要想到民族和宗教问题这两件事，一切工作必须慎重稳进。”
1952年初开始，西藏上层中的民族分裂分子组织了伪“人民会议”，进行反对“十七条协议”的活动，在拉萨策动武装骚乱，进行请愿、示威，还包围了阿沛·阿旺晋美的住宅。
毛泽东对西藏局势和阿沛·阿旺晋美的人身安全极为关注，他指示中共西藏工委，要领导爱国僧俗人民进行有理、有利、有节的斗争。根据毛泽东的指示，中央代表张经武给达赖喇嘛和西藏地方政府写信，揭露伪“人民会议”的背景和险恶用心，迫使达赖喇嘛撤消了两个分裂主义头子的司曹职务，并宣布伪“人民会议”为非法，立即解散。阿沛·阿旺晋美广泛团结进步人士，开展艰苦细致的工作，争取和稳定了大多数思想动荡、态度摇摆的上层人士，孤立和打击了一小撮分裂分子，稳定了西藏局势。
“文化大革命”开始后，作为西藏自治区人民政府主席，阿沛·阿旺晋美处境也非常艰难，在周总理的亲切关怀下被接到北京，并参加了1966年的“十一”国庆观礼。在天安门城楼上，毛泽东提出要见一见回京不久的阿沛·阿旺晋美，因为当时没有翻译，只进行了简短的交谈。1970年“五一”观礼时，毛泽东陪同柬埔寨国王西哈努克亲王登上天安门城楼，当看见了阿沛·阿旺晋美之后，亲切地向西哈努克亲王介绍说：“这是西藏自治区人民政府主席阿沛·阿旺晋美。”在这么盛大的场合，毛泽东给予阿沛·阿旺晋美以极大的关心，使他深受感动，并因此机缘他和西哈努克亲王也成了好朋友。
阿沛·阿旺晋美最后一次见到毛泽东，是在1972年陈毅的追悼会上。年事已高的毛泽东，虽然自己也身患疾病，但仍然关心着阿沛·阿旺晋美，亲切地询问他“身体还好吗”、“是不是还住在北京”。这一切，都给阿沛·阿旺晋美留下了难以磨灭的深刻印象。多年以后，阿沛·阿旺晋美曾动情地说：“我愿把这些幸福的微笑和由衷的感激，编织成一条洁白的哈达，敬献给九天之上的毛主席！”