1949年5月9日，在中国人民解放军第一野战军司令员兼政委彭德怀的指挥下，人民解放军开始了解放大西北的征程。在解放了西安，经过了扶眉大战，在平凉大胜马步芳、马鸿逵后，人民解放军一路凯歌，向兰州逼近。
1949年8月，兰州解放前夕，国民党甘肃省政府主席郭寄峤见大势已去，托故赴广州不返。李宗仁随即通告马鸿逵为甘肃省政府主席，马鸿逵却迟迟未能到职。原来是另有因由，时任西北军政长官的马步芳一面对马鸿逵施加压力，迫使其不敢到职，一面对甘肃省政府作进一步控制，目的是要让他的儿子马继援就任甘肃省政府主席一职。马步芳的如意算盘尚未得逞，中国人民解放军已进逼兰州。8月25日，面对势如破竹的人民解放军，国民党长官部强令甘肃省政府撤离兰州。部分职员从兰州逃往武威，再到张掖、酒泉。就在部分残余职员准备继续逃住新疆前，兰州解放了，国民党甘肃省政府随即宣布解散。
1949年9月，在参加了第一届全国政协会议和开国大典之后，毛泽东对邓宝珊说：“蒋介石不信任你，始终不让你当甘肃省主席，我们要让你回甘肃做甘肃省主席，相信你一定能做好工作！”邓宝珊对此却有所顾虑。他思前想后，自己曾经是国民党高级将领。在西北战场上，他曾两次与彭德怀在榆林兵戎相见。一想到现在彭德怀主持西北的工作，邓宝珊对自己担任甘肃省人民政府主席的前景，仍是忧心忡忡，希望自己的后半生能像傅作义搞水平那样，去搞一些实业。毛泽东猜透了他的心思，语重心长地劝道：“甘肃是个多民族省份，民族关系有些复杂，现在还很贫困，你还是回甘肃任职，甘肃人民需要你，贺老总和彭老总都很欢迎你。”
新中国成立前夕，国民党起义人员中，被任命为省主席的，全国各省只有甘肃的邓宝珊和湖南的程潜，朋友们纷纷来向邓宝珊祝贺。同邓宝珊曾一度在甘肃共事的邵力子，很有感慨地说：“从前，我三次向蒋介石举荐你这个甘肃人担任甘肃省主席，都没有任命。共产党一建国就起用了你，可谓知人善任。”
和新中国一样，一切新气象都在昭示新时代的政府将是人民的政府，新时代的人民将迎来崭新的生活。带着新中国诞生第一年的重大任务，甘肃人民迎来了具有特殊历史意义的日子。
1950年1月8日，甘肃省人民政府宣告成立。当日发布的甘肃省人民政府布告称：“1949年12月2日中央人民政府委员会第4次会议通过任命邓宝珊为甘肃省人民政府主席，王世泰等为副主席。”这一天，兰州市举行了声势浩大的庆祝大会，邓宝珊宣布完布告后，热情洋溢地发表了致辞。邓宝珊在致辞中特别强调说：“甘肃省人民政府的组织，和中央人民政府以及各级地方人民政府一样，是建立在人民民主统一战线的基础上的。由于领导统一战线的是工人阶级及其先锋队中国共产党，因此，省人民政府必须接受中国共产党的领导，接受主席的领导。”
随后，西北军政委员会副主席张治中及中国人民解放军第一野战军政治部主任甘泗淇也在甘肃省人民政府成立大会上分别讲话，回族、藏族等各族群众代表献上鲜花，热烈祝贺甘肃省人民政府的成立。兰州市举行了盛大的群众游园活动，据当时的报纸记载：“兰园和中央广场就像大海里小的漩涡，时常翻起汹涌的浪花，有些秧歌队一直扭进军营会中去，并在里面表演了秧歌短剧，这是政府与人民同乐的美好象征。”诚如报纸社论所言，甘肃省人民盼来了渴望已久的自己的新政府，旧时代彻底结束，甘肃600多万同胞从此进入了社会主义建设的新时代。
甘肃省人民政府建立以后，邓宝珊拥护中国共产党的领导，在任职期间，尊重党组织意见，与党内干部真诚相待，密切合作。由于种种历史原因，解放初期，甘肃的民族关系比较紧张，社会治安不够安定。邓宝珊积极做民族、宗教上层人士的工作，引导他们把本民族的命运与国家的发展前途紧密地联系起来，消除历史成见，揭露特务和反动分子破坏民族团结的阴谋。邓宝珊长期主持甘肃省政府的工作直到逝世，他非常重视调查研究，注意联系群众，体察民情，倾听群众的意见，在任职期间，足迹遍及全省70多个县市。甘肃解放后的短短几年中，出现了民族团结、经济恢复的大好形势。