诸葛亮以法治军，纪律严明，训练有素，戎阵整齐，因此蜀军的战斗力是比较强的。蜀军在诸葛亮的指挥下，经历的战争很多，遇到的名将也不少，结果是胜多败少，失败的时候也没有出现溃不成军或全军覆没的情形，应该说这和诸葛亮对军队卓有成效的治理是分不开的。诸葛亮的军事思想后来汇集成书，广为流传。
诸葛亮登上政治舞台后，大部分时间是在军旅中度过的。长期的战争实践和认真研读兵法（主要是学习先秦军事家的思想），使他成为一个具有相当军事才能的统帅。
诸葛亮认为治理好军队非常重要。他说：治理军队的工作，是维护边境安宁的事情，是平定天下的措施，是用武力诛除暴乱，讨伐叛逆，保卫国家，巩固政权的大计。
蜀国人口不多，军队数量少，诸葛亮深知建立一支能征善战的军队的重要性。他非常注意提高军队的质量，注意加强对军队的治理。
怎样才能治理好军队呢？诸葛亮特别强调以法治军的重要性。他说：“一个率领着百万之众的将领，要使这么多人能束肩敛息，重足俯听，莫敢仰视，服从命令，靠什么呢？靠的是法制。”又说：“法者划，则士无不服矣。”
在诸葛亮看来，厉行法治是军队克敌制胜的法宝。他推崇先秦时期著名军事家孙武、孙膑、吴起等人，赞赏他们执法严明和以法治军的主张。他说：“赏以兴功，罚以禁奸，赏不可不平，罚不可不均。赏赐知其所施，则勇士知其所死，刑罚知其所加，则邪恶知其所畏。”“进有厚赏，退有严刑，赏不逾时，刑不择贵。此之谓信将。”诸葛亮还说道：“有制之兵，无能之将，不可以败；无制之兵，有能之将，不可以胜。”
诸葛亮十分注意在实践中贯彻以法治军。军中将士，只要作战建有功劳，他一定给予奖赏；如果违犯了军法，即使是地位很高、自己亲信的将领，也一定依法处罚。他嘉奖王平，处死马谡，便充分地表明了这一点。
诸葛亮用军法约束部队，除要求所有将领和士兵严格服从命令听从指挥、勇敢作战外，还严格要求部队遵守纪律，不许欺压百姓，更不得抢掠和杀害平民。史书记载，蜀军在敌人境内能够“出入如宾”，不围猎，不随意糟蹋庄稼和抢掠财物，就如同在本国内一样。诸葛亮在渭水沿岸分兵屯田，军队夹杂在老百姓中间，而没有引起老百姓的惶恐，仍然能够安居生产，“军无私焉”。可见蜀军的纪律是比较严明的，诸葛亮在注重以法治军的同时，还重视对将士进行教育，反对不教而战，不教而杀。他认为：“为君之道，以教令为先，诛罚为后，不教而战，是谓弃之。”他在治军过程中，明确规定“不从教令之法”有七种。一是轻军，如“车甲不具，兵器不备”；二是慢军，如“受令不传，传令不审”；三是盗军，如“取非其物，借贷不还”；四是欺军，如“兵刃不磨。器仗不坚”；五是背军，如“闻鼓不进，叩金不止”；六是乱军，如“失行乱次，兵刃中伤”；七是误军，如“大言惊语，疑惑吏士”。违犯这七种禁令的，都要处斩。
为了使士卒懂得“用兵之道”，不轻易违犯禁令，诸葛亮强调要先对士卒进行习教。一是“使目习其旌旗指麾之变，纵横之术”；二是“使耳习闻金鼓之声，动静行止”；三是“使心习刑罚之严，爵赏之利”；四是“使手习五兵之便，斗战之备”；五是“使足习周旋走趋之列，进退之宜”。称之为“五教”。
在一条军令中，诸葛亮还具体规定：“凡是作战时部队已进入阵地，一律不准大声喧哗，注意听清鼓声号令，仔细看清旗帜变化。指挥旗前指就前进，后指就后退，左指就朝左，右指就朝右，不听从命令擅自朝前后左右行动的人斩首。”
在对将士教育的过程中，诸葛亮还注意将德治教育、法治教育、军事教育同思想教育结合起来。他在《将苑·习练》中说：“教之以礼义，诲之以忠信，诫之以典刑，威之以赏罚。”这就是说，除在行动上有严明的奖惩赏罚激励将士外，还要在思想上用封建的礼义忠信教育将士，把两者结合起来。他依据儒家的纲常伦理解释说：“善养士卒”是“仁”：“以身殉国”是“忠”；“不为利挠”是“义”；“胜而不恃”是“礼”；“奇变莫测，动应多端”是“智”；“赏不逾时，刑不择贵”是“信”。他认为如果把德、法并用，“接之以礼，厉之以信，则士无不死矣”，能够舍身为统治者效命。这就是说，在治理军队的时候，诸葛亮是采用法治和礼治相结合的办法，两手并用。
诸葛亮治军时的法治德教并用和治国时的“科教严明”是统一的，实虚并举，以求得到实效。
诸葛亮对将领的要求是很高的。他专门写了《将苑》一文，述说为将之道。虽然其中有些地方系摘抄前人著述（主要是兵家著作），但不少地方也反映了他自己的见解。在其中《将材》篇中，他按照才能和品质把将领分为九类，即仁将、义将、礼将、智将、信将、步将、骑将、猛将、大将，并指出了各类将领的特点。在《将志》篇中，他对将领的品质提出的要求是：“不恃强，不怙势，宠之而不喜，辱之而不惧，见利不贪，见善不淫，以身殉国，壹意而已。”在《将善》篇中，他对将领提出了“五善四欲”。他说：
将有五善四欲。五善者，所谓善知敌之形势，善知进退之道，善知国之虚实，善知天时人事，善知山川险阻。四欲者，所谓战欲奇，谋欲密，众欲静，心欲一。
诸葛亮还要求将领作战要从客观实际情况出发，分析事、势、情，伺机而动，以立于不败之地。在《机形》篇中他说：
夫以愚克智，逆也；以智克愚，顺也；以智克智，机也、其道有三：一曰事，二曰势，三曰情。事机作而不能应，非智也：势机动而不能制，非贤也；情机发而不能行，非勇也。善将者，必因机而立胜。
又在《应机》篇中说：
夫必胜之术，合变之形，在于机也。非智者孰能见机而作乎？见机之道，莫先于不意。
另外，在《便宜十六策》中，诸葛亮要求将领要有深谋远虑，注意鼓舞士气，避免独断专行，以使上下同心协力。他说：“将无思虑，士无气势，不齐其心，而专其谋，虽有百万之众，而敌不惧矣。”
在《兵要》篇中，诸葛亮要求将领用人时，要依靠推举；论功时，要依法判断，以使有才能的人得到重用。他说：“良将之为政也，使人择之，不自举；使法量功，不自度。故能者不可蔽，不能者不可饰，妄誉者不能进也。”
诸葛亮要求在军队内部不能拉帮结伙，认为如果结党营私，互相倾轧，那么军队就要垮台。他说：“枝叶强大，比居同势，各结朋党，竞进憸人，有此不去，是谓败征。”
显然，诸葛亮的这些治军之道都是非常必要的。
诸葛亮还注意对军队进行技术训练。他说：“军无习练，百不当一，习而用之，一可当百。”在训练中，他要求将士能够掌握行军、作战、屯驻的要领，懂得进退攻守的次序，发挥各种兵器的效用，使将士“解兵家之宜，识旌旗之节”，达到动作划一，调遣自如。对于军事训练，诸葛亮还主张发挥士兵的作用，实行兵教兵。他说：“一人可教十人，十人可教百人，百人可教千人，千人可教万人，可教三军，然后教练而敌可胜矣。”由此可见，诸葛亮对士兵的作用是相当重视的。
中国古代的军事训练中，演练阵法占有重要地位。诸葛亮注意研究和运用阵法，训练将士们熟悉阵法和运用阵法。他对于军队的行军、作战、屯驻之法，都很讲究，既考虑到攻，又考虑到守，既考虑到进，又考虑到退，各部分紧密配合，互相照应，并根据不同的情况，加以变化，使自己立于不败之地。例如他每屯驻一地，所有营垒、屏障、井灶以至厕所等，都有明确规定，要求严格按照这些规定认真构筑，务必做到井然有序而又严密无遗，决不使军队在受到敌人突然袭击时张皇失措，指挥不灵，以致溃不成军。诸葛亮死后，蜀军退走，司马懿巡视蜀军留下的营盘后，连声称赞说：“天下之奇才也。”
诸葛亮以法治军，纪律严明，训练有素，戎阵整齐，因此蜀军的战斗力是比较强的。后人评论说：“法令明，赏罚信，士卒用命，赴险而不顾。”“止如山，进退如风，兵出之日，天下震动。”“帅数万之众，其所兴造，若数十万之功，是其奇者也。”蜀军“密如鬼神，疾如风雷，进不可当，退不可追，昼不可攻，夜不可袭，多不可敌，少不可欺。”这些称赞虽然有些过分，但不是毫无根据的。蜀汉军队在诸葛亮的指挥下，经历的战争很多，遇到的名将也不少，结果是胜多败少，失败的时候也没有出现溃不成军或全军覆没的情形，应该说这和诸葛亮对军队卓有成效的治理是分不开的。