于是，康熙接受了这个挑战，又下令黑龙江将军萨布素等率军讨伐。康熙二十五年（1686年）6月，清军2000余人用神威无敌大将军等火炮日夜向雅克萨城内猛轰，并且使用了从台湾调来参战的400名藤牌兵攀城。俄军胆颤心惊，挖洞穴居，鏖战4昼夜，800名俄军被歼只剩下百余人，托尔布津被击毙。接着，清军在城外掘壕围困，截断城内水源，并击败了俄军的5次反扑。俄军伤亡累累，最后只剩下20余人，弹尽粮绝，危在旦夕。沙皇政府被迫"乞撤雅克萨之围"，并派戈洛文为大使，前来中国举行边界谈判，十一月，清政府为表示谈判诚意，宣布无条件停火，停止攻城，同时命令剩余军队退回尼布楚。
康熙二十八年（1689年），中国钦差大臣索额图和俄国全权公使陆军上将费要多罗，在尼布楚谈判，订立了尼布楚条约，这是中国和近现代欧洲国家签订的第一个条约。根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定。这样，黑龙江和乌苏里江流域的广大地区被确认为中国的领土。
柏杨先生在《中国人史纲》中写道："这是一个重要的条约，使中、俄得到和解，为中、俄两国带来一百七十年的和平，跟十一世纪中国与辽帝国澶州和解带来一百一十四年的和平同样重要。俄国对遥远的东方固然力不从心，而中国如果长期从事于东北荒凉寒冷地区的战争，也将精疲力尽。"
在签订《尼布楚条约》的后一年，清廷又进行了一场大规模的战争。此次战争对象是厄鲁特蒙古的准噶尔部。清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝属于内蒙古，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部虽属于外蒙古也与清廷关系密切。蒙古当然只有一个，本没有内外。清廷以蒙古与中国合并的时间有先后，加以分割，先跟中国合并的南半部称内蒙古，后跟中国合并的北半部称外蒙古。
17世纪中叶以后准噶尔部逐渐强盛起来，特别到噶尔丹为汗时期，势力更加强大。他不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各城，势力达到青海、西藏地区，总国土达到了二百八十万平方公里。此时的噶尔丹雄心勃勃，企图恢复成吉思汗的蒙古帝国，遂起兵进攻漠北喀尔喀蒙古四部。
"已迁到北京的清政府无意向北发展，他们对拥有内蒙古广大的领土和西伯利亚外兴安岭以南广大的领土，已心满意足。"（《中国人史纲》）但是，被准噶尔部打得如丧家之犬的喀尔喀部无可奈何，穷途末路之下决定归附中国。
康熙接到了喀尔喀部的归附信，立刻命令喀尔喀部撤退到内蒙古，并且发给临时急赈救济。然后，向噶尔丹可汗下通牒，要求他放弃使用武力，退出外蒙古。噶尔丹开始答应放弃武力，但必须中国先行交出喀尔喀部的库伦活佛和土谢图汗。康熙当然不会同意，交出库伦活佛和土谢图汗，就是背信弃义的举动，大清国的面子往哪里搁。
于是，噶尔丹遂继续东进，横穿外蒙古高原，抵达二千五百公里外的克鲁伦河下游，第二年，甚至深入到内蒙古，直抵距北京只有三百五十公里的乌兰布通（内蒙古克什克腾旗南）。噶尔丹这种举动是想给清廷一个下马威，以硬碰硬。
面对噶尔丹的猖獗，康熙决定亲征。康熙下谕说："噶尔丹侵扰喀尔喀及外藩蒙古。此番秣马厉兵，整军运饷，分路进剿，曲尽筹划。告祭天地、宗庙、社稷，务期剿灭噶尔丹，而后出兵。我太祖高皇帝、太宗文皇帝亲行仗剑，以建丕基。朕不法祖行事可乎？"
日本学者宫脇淳子在《最后的游牧帝国》中写道：当时"康熙帝把清军分作三路军，横越戈壁沙漠前去作战。黑龙江将军萨布素所率东路军有35430名将士，从沈阳出发后向东迂回，指向克鲁伦河。康熙帝亲自指挥的中路军将士共37000名，从北京出发，又从现在的内蒙古自治区苏尼特左旗西北向越过戈壁沙漠，直指巴颜乌兰的噶尔丹大本营。抚远大将军费扬古率领的西路军有将士35600名，从内蒙古西部越过阴山山脉，横穿戈壁沙漠，师出翁金河，折而向东，奔向土拉河方面。"
在康熙的亲自指挥下，清军将勇奋力作战，将噶尔丹打得无还击之力。噶尔丹无可奈何之下，只能向俄国求援，愿作俄国收复雅克萨城的先锋。但是，俄国因为跟中国刚签订了《尼布楚条约》，所以对噶尔丹的提议，不作回答。
噶尔丹并不愿意屈服，驻扎在屯科布多做整补训练，1695年，他又垂死挣扎了一次，与三千公里外的嫩江河畔的内蒙古科尔沁部，秘密结盟，向喀尔喀部发动夹击。当噶尔丹再度进攻，东进二千余公里，抵达克鲁伦河时，康熙带领的三路迎击的清军早已进入攻击的位置。噶尔丹再次败退。
康熙曾数次招降噶尔丹。《DEEP中国科学探险》记载：1696年十一月二十七日，他在接见噶尔丹的使者时说："你回去告诉噶尔丹，不管什么事他必须亲自来跟我谈，不然事情就难以了结。如果他不来，我对他的讨伐就不会终止。我在这个地方等他，限他70天内给我答复。如果过期或者不答应，我必然再进兵讨伐。"虽然噶尔丹"绝没有泄气"，但他已经彻底丧失了抵抗的能力。第二年，噶尔丹退居阿察阿木塔台地方。失败腐蚀了这位草原英雄的身体，三月初，他开始吃不下东西，到十二日开始头疼，十三日中午，噶尔丹结束了他传奇的一生，终年53岁。
噶尔丹死后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。不过今时不同往日，外蒙古和噶尔丹辖下的科布多、乌梁海两地区已被清政府设置为自己的重镇，并派遣将军和参赞大臣率兵驻守，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
从此，科布多、乌梁海两地区，面积共一百八十万平方公里的土地，纳入了中国版图。
6.天朝体制，统一思想
多尔衮在率领八旗铁骑入关，席卷大江南北后，接受范文程的意见，做出了一系列管理国家、巩固政权的基础工作。他颁布法律、设立职官、整顿吏治、为崇祯皇帝发丧、吸收明朝官员为清朝效劳、恢复科举考试制度、创建绿营、准许满汉联姻、严格军纪、废除三饷、奖励垦荒、废除匠籍制度、放宽对手工业的垄断、提高商人的社会地位。但不久多尔衮几乎完全推翻了自己制定的这十四项正确决策，转而推行导致民族压迫的六项弊政：颁布圈地令、剃发令、投充法、逃人法、禁关令、屠城。这种转变是清王朝入主中原后加强专制统治的第一步。
实际上，早在入关前，清自皇太极始，就在不断加强皇权了。据《清太宗实录》载：皇太极力主"满洲、蒙古、汉人视同一体"，改官制，变体制，按明制设六部，废"贵族共和制"（其父努尔哈赤创，即八和硕贝勒共议国政制--并肩同坐,共议大政,断理诉讼,举废国汗），实行中央集权的君主专制。
种种措施之中，对思想文化的干预和钳制向来是加强中央集权、君主专制的不可或缺的手段之一。清以武力进入中原后，开始要从思想文化上进行严格控制以巩固他们的统治。
中国封建专制统治者为达到消除异端钳制思想以及最终维护专制统治的目的，往往借"疑似影响之词"，"寻章摘句"、"望文生义"、"断章取义"，罗列罪状，不惜滥杀无辜。历史上，文字狱几乎在每一个朝代都曾上演，而数量之多，株连之广，处罚之残酷，清代为最。
在汉族传统观念中把清军（少数民族）入主中原称做"乾坤反覆，中原陆沉"、"天昏地暗，日月无光"，在以儒家文化为正宗的汉族知识分子中间存在着相当激烈的民族敌忾情绪，那时候盛传"华夷之分大于君臣之义"（吕留良语）。大规模、有组织的抗清武装斗争结束之后，反清思想通过各种形式的文字著述在民间广为流传，并与以恢复明朝为目的的反清暴动结合起来，使清统治者不得安宁。他们无法用武力去改变千百年来形成的华夏民族正统思想，这在统治者看来无疑是一种潜在威胁。
由于汉字的多义、隐喻及其在造字法和用字法上的独特性，在多疑的封建统治者眼里，常常被视为攻讦异己的武器。中国自古就有"春秋笔法"、"欲加之罪，何患无词"、"莫须有"、"子虚乌有"的说法。中国文人也常常喜欢用隐讳的笔墨表达自己对事物的看法尤其是对政治的看法。
清朝皇帝的文字狱无非也是对异己思想的钳制、对反清反满理念的打压，只是普遍地对诗史文章中的文字的处理政治化了。康熙、雍正、乾隆三朝的治世，号称"三世之春"，是清朝的黄金时代。然而，文字狱也以这三朝最为兴盛。
一般认为，清代严酷的文字狱是从康熙朝开始的。康熙一朝大小文字狱不下十余次，其中牵连较广的大案有庄廷鑨《明史》案和戴名世《南山集》案。
康熙朝有名的《明史》一案，受牵连致死的就有70多人，包括写序的、校对的、卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏等。可是，这个案件的起由却颇耐人寻味。原是浙江湖州一个盲人富户庄廷鑨，受"左丘失明，厥有《国语》"的鼓舞，鉴于自己不通史事，出钱从朱国祯（明熹宗天启朝内阁首辅）后人处买了史稿，并广招有志于纂修明史的江南才子，补写了崇祯朝和南明史事，即《明史辑略》。记叙南明史事时，仍依明朝年号（对清统治者而言，这意味着不承认其正统）。其中也提到了明末建州女真的事，如直写努尔哈赤的名字，写明将李成梁杀死努尔哈赤的父、祖，斥骂降清的尚可喜、耿精忠为"尚贼"、"耿贼"，写清军入关用了"夷寇"等等。庄廷鑨死后，有人以此敲诈庄家，由此引发了《明史》大案。康熙二年（1663年）五月二十六日，在杭州城，清军将《明史》案一干"人犯"70人，同时或凌迟、或杖毙、或处绞。"主犯"庄廷鑨照大逆律剖棺戮尸，另有数百人受牵连被发配充军。
不仅如此，《明史》一案还开了以"逆书"索赂的恶劣先河。一些恶棍小人纷纷效法，去挑别人著述中的言辞纰漏，牵强附会，指为"逆书"，漫天敲诈。后来竟发展到歹徒们索性自制逆书、想敲诈谁就把谁的名字列上的地步。就曾有沈天甫、夏麟奇、吕中等人合刻了一本诗集，假托为陈济生所编，伪称收集了大江南北名士大家700多人的逆诗。由沈天甫于康熙六年（1667年）敲诈内阁中书吴元莱二千两白银，遭拒后，就将该书检举报官了。但刑部审理后，真相大白，于是沈天甫等四人自食其果，被判斩首。
康熙八年（1669年），康熙帝亲政，智杀权臣鳌拜后，采取了一系列宽文网之禁、怀柔汉族知识分子的政策，使得思想界、文化界相当活跃，不少被称道为"胜国（指明朝）遗民"的著作都结集出版。
但仅隔十年，就发生了著名的戴名世《南山集》案。戴名世原是清廷翰林院编修。因愤慨朝廷随意篡改明史，他效仿司马迁，通过访问明朝遗老和参考文献资料编写了《南山集》。该书印出十年后，于康熙五十年(1711年)被指控书中用南明年号并涉及多尔衮不轨之事。结果戴名世被判凌迟处死（后改为斩刑），戴氏家族凡男子十六岁以上者立斩，女子及十五岁以下男子，发给清朝功臣家作奴仆。受此牵连的有方孝标（曾提供参考资料《黔贵记事》）、戴氏同族有职衔者、给《南山集》作序的汪灏、方苞、王源等及为书捐款刊印出版的方正玉、尤云鹗等人及其妻、子，共计三百多人。
有论者认为，清朝入关后不久，进行祭祀黄帝和尊孔，自诩为道统和学统的继承人。一个是祭祀黄帝，另一个是尊孔，是传统中国人的文化标志，是历史文化认同的标志，也是"以夏变夷"的里程碑。并指出，清皇帝虽然在入关不久进行"黄帝祭祀与尊孔"，完成向传统的"中国人身份"的转化，但是有其名未必有其实。这是利用了儒学理论的漏洞，从此用"夷夏之辨"反清失去了很大一部分理论根据，知识分子开始分化。
的确，清朝统治者在对各族上层分子进行笼络利诱的同时，还努力加强文化思想上的统治。统治者大力提倡程朱理学，积极进行思想诱导。对不利于他们统治的思想言行，则进行严厉钳制和残酷镇压。只要文人学士在文字中稍露不满，或者统治者认为其有不满、有反清倾向（这在文字狱鼎盛时期尤其如此），必兴文字狱，动辄株连数十人乃至数百人。陈捷先著《雍正写真》一书中这样写道："雍正皇帝一边尊孔，以各种行动出人意料地宣扬或崇敬孔子；一边却又践踏孔子的门徒，对儒家官员与知识分子，罗织文字罪状，进行无情的摧残打击。"
雍正朝的文字狱始自年羹尧案。年羹尧是汉军镶黄旗人，进士出身而有用兵之才，在川藏一带平叛屡建功勋，康熙末年授定西将军、兼理川陕总督，一意依附当时还是雍亲王的允禛。允禛即位后，年羹尧备受宠信，累授川陕总督、太保、抚远大将军，爵封一等公。年羹尧又因妹妹是雍正的妃子，开始居功自傲。这就犯了功高震主的大忌。雍正二年(1724年)二月，出现"日月合璧，五星联珠"的天文奇观，臣僚上表称贺，在年羹尧的奏折中找到了两处问题，一是字体潦草，二是将成语"朝乾夕惕"写成了"夕惕朝乾"（其实两种写法意思不变）。最后年羹尧被劾成九十二条大罪，被勒令自裁，亲族、同党或斩首或流放或贬谪，凡是与他有一丝牵连的人都难逃处罚。
年羹尧死后七天，就发生了其幕客汪景祺西征随笔案。缘由是在汪献给年的《西征随笔》中发现他竟敢"作诗讥讪圣祖仁皇帝，大逆不道"。汪被斩首示众十年；妻子儿女发配黑龙江给披甲人(满洲军士)为奴；兄弟叔侄辈流放宁古塔；疏远亲族凡在官的都革职，交原籍地方官管束。由于牵累的人多，汪景祺侨居的平湖县城甚至传出"屠城"的谣言，居民惊惶逃窜。
雍正时期的文字狱大都带有明确的政治目的。众所周知，对于雍正帝的即位向来颇有微辞。清廷内部尚有不少人对雍正的皇位说三道四，这自然使他寝食难安，大为光火。因此，他即位的头几年便连兴几场大的文字狱，无论亲疏满汉、功臣贵胄，只要对他的皇权构成威胁的，几乎都被牵连铲除。