关于朱慈烺太子去向的记载共有六种说法：一说被李自成杀死，或是杀于永平或是杀于北京；二是说被李自成挟持出北京西行；三说被明太监高起潜收留；四说被舅父周奎送交清廷处死；五是说出家于广东阴那山灵光寺；六说“不知所踪”。
明末清初的史学家谈迁编修明史，写道“崇祯太子时”，带了点苦恼的说道：“今太子无踪，史臣执笔，其何所适从？”
但从当时北京城形势分析可知，太子是不可能轻易逃出城去的。崇祯上吊于煤山前，李自成便将北京城围得水泄不通。城中人无一人可出入，即使是攻进北京城后，李自成也并未放弃对明朝廷官员们的围捕。况且，崇祯太子身边已无人可用，无兵可使。只靠他一人之力和两位柔弱的弟弟以及几位忠心的太监难以成事的。于是，其被李自成活捉便可作理所当然之事。
据《石匮书后集·烈帝本纪》记载：（李攻进城后）内臣献太子，自成留之西宫，封为宋王，太子不为屈。
《石匮书后集·太子本纪》谈到：李自成攻破京城后，太子被俘获。见到李自成，李命其下跪，太子怒道：“我怎么可以向乱贼下跪？”李自成问道：“你朱家何以丧天下？”太子愤恨道：“不该用周延儒等奸臣。”李自成道：“你还算明白。”
太子凛然问李自成：“如何不杀我？”李自成道：“你无罪，我不妄杀。”太子道：“既然如此，你依我三件事。一不可惊我祖宗陵寝，二速以礼葬我父皇母后，三不可杀戮我百姓。”李自成答应了。
该年该月十三日，李自成与吴三桂战败逃出北京城，在路上，太子趁乱摆脱了李自成的魔爪。从大顺军中逃出后，可能是因为要寻找亲人，他回到了已经掌握在满清手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在周家。并和自己的姐姐，那个被崇祯帝砍掉一只胳膊的长平公主重逢。姐弟俩抱头痛哭，整日沉浸在悲伤之中，不由的惊动了邻里和巡捕，小人周奎便把自己的外孙子交给了当时的清摄政王多尔衮。
这消息一传出，“百姓闻先帝太子尚在，馈送牲牢礼币者甚众。”多尔衮有些坐不住了。对于他来讲，一位困于牢房的朱慈烺并不可怕，可怕的是架着一“太子”称号的朱慈烺。
对于他来讲，现在无论是杀是留都很麻烦。作为外来入侵者，他一方面为了收买人心，可以礼葬崇祯皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面对于他们一统中原的障碍决不会手软。可明太子正好处在这两种态度的矛盾之中，若是留着他，明朝的忠臣义士就会心怀希望的打着他的旗号前赴后继。可如果杀了他，满清精心炮制的“为明朝报君父之仇”的幌子就会不攻自破。
仁者可急中生智，奸诈之流也有临危之小聪明。多尔衮很快想出了一个一箭双雕的好主意，那就是——让人指出太子是假的，以“冒充太子”之罪将太子杀掉。
于是，一场“认证真伪太子”的闹剧上演了。首先是亲人指认，太子外公周奎和舅舅周绎，自然领会了摄政王的上级意图，一口咬定太子是假冒的，长平公主坚持说是真的，被周奎打了一个耳光后也不再说话。曾经是太子老师的原内阁大学士谢升也指出是假。于是，太子是假便成立了。发到刑部后，主事钱凤览力争太子是真，立即被关讯问。不久，太子被杀，罪名是“冒充前朝太子罪”。也就是说，他死后连个太子之名都没有得到。
还有一种说法是，李自成攻下北京后，下令搜索太子，太监粟宗周将太子献出，李自成把太子囚于刘宗敏家里。后来卫士将太子放出，到了南明小朝廷——南京。清兵攻入南京后，太子又被献出而遇害。
无论是哪一种说法，都承认了太子的下落——在清廷侩子手的刀下做了亡命鬼。而过于悲情的说法却是，他死时并不是以前朝太子身份死掉的，只是以一个假扮太子的“平民”身份而被清廷斩于街市。
父亲崇祯
中国历史上没有一个末代君王如崇祯那样被后世几乎推崇成神仙，因为他是自杀的，因为在他短短的十几年统治时期，给人的感觉是一直在尽力想改变明王朝的残局局面。
表面的历史给我们的感觉是，崇祯具备了我们心中“君王”的特质。他勤于朝政在明朝后期的几个皇帝里是有名的。自明中期以后，皇帝怠政之风盛行，令天下臣民忧心。正德皇帝视国家政务为儿戏，今日出口外，明天下苏杭，寻花问柳，自不待言。嘉靖帝和万历帝都在位40余年，他们笃信道教，整日在宫中做斋醮，曾“连数年不上朝理事。”天启帝爱木匠活，把国家政务尽委于大宦官魏忠贤。崇祯帝则一反过去诸帝的怠政之风，“日理平台”，像开国皇帝朱元璋那样“忧勤不怠”。不仅如此，如果没有极为特殊的急务，臣下进讲也按时举行。
从这点来看，崇祯帝很合乎一个好皇帝的标准。这也正是人们所常称道之处。再加上他不好声色，所以不少人就认为他不应该是个“亡国之君”。
另外，崇祯帝平时生活比较节俭，一次在御座讲课时，崇祯帝里衣的袖口偶而露到外面，“袖微损”，崇祯就悄悄地将破损的袖口往里边塞了塞。一个讲官看到了，便奏道：“衣之敝虽过于位，然美德也，何必讳？”
最后，他铲除了魏忠贤这个大太监，为百姓与官员除了一害，此举使天下人心大快。无论当时还是后世，这件事都是崇祯帝最可称道之处。
在他死后，受到了士大夫、对手及史家等各方的同情，李自成就说他“君非甚暗”。历史往往是这样，不管他生前有多少可非议之处，而自杀可以算得上“悲壮”、“惨烈”的死，都足以博得同情和好感。因为历来在亡国之际，少有君主“死社稷”的，于是，他被称颂，甚至连清朝皇帝顺治也对其认可，认为他是一个不可多得的皇帝，他之所以失败，就是因为用人不当。
但我们似乎忘了一件事，崇祯杀了魏忠贤，却在后期依旧重用宦官。而他重用宦官的结果是，宦官临出宫时在柱子上写道：此处不留爷，自有留爷处。
如果崇祯真是一个不可多得的明君，怎么会有如此混帐的太监？他给了他们那么重的信任，换来的却是当了太监的孙子。
崇祯十七年正月，他确信大势已去，但又不肯就这样把大明江山交给已经逼进北京的农民军。他找来大臣李明睿，问对策。
李明睿让他屏退左右，然后走到他面前，小声并郑重地说道：“如今之计，只有南迁，除此之外，别无他法。”
崇祯很颓唐，叹息一会道：“此事关系重大，怎可轻言。爱卿常读史书，难道忘了当初我祖先（英宗）被瓦剌劫持，又兵临京城，有人建议南下，结果被万人所唾骂。难道你想要我也被万民唾骂？”
李明睿笑了笑，不语。崇祯又道：“不知天意如何？”
李明睿道：“天命是与皇上站在一起的，请皇上不要犹豫，尽快决断。”
崇祯想了一想，轻声道：“其实我早就有南下之意，但朝中臣子无人附和，所以才到了这步田地。现在，你和我都有此意，但外边诸臣不从，该如何是好？此事重大，你要保守秘密，不可轻泄，否则，我诛你三族。”
李明睿明白，崇祯帝是担心外臣反对，而影响自己的“明君”之名。但到了该年的二月份，农民军已经逼进京师，并向他下了“最后通牒”。崇祯诏天下诸镇兵入援勤王，又命大臣们对战守事宜献计献策。愚蠢的崇祯不明白，各镇正在放手满清，一旦回师京城，就等于是把北方完全让给了满洲人。宁远总兵吴三桂并没有回京师，其他诸王见吴三桂未回，也跟着效仿起来。
大臣们各自献计献策，但在当时的情况下，任何计策都没有用，李明睿又向崇祯帝密陈南迁。都御史李邦华请崇祯下旨要太子先到南京，这样，南方就会以太子为天下之望，即使北京陷落，以太子在南京主事，必能卷土重来。
崇祯依旧是犹豫着，谁也猜不出这个混蛋皇帝当时是怎么想的。打，又打不过农民军，南下，他又犹豫。而在东宫的太子朱慈烺却还不知道，他的命运就掌握在父亲的一张嘴上。有人说，崇祯这个好面子的皇帝无非是想要所有大臣们请自己离开北京，而不是就这样悄无声息的定下南下的计策。前一种是体面的战略转移，后一种似乎就是逃跑了。
这时，李邦华看出了崇祯的想法，就极力鼓动崇祯，大意是：你他妈的不想走，死在这里可以，别让太子也死了啊。要么你和太子一起南下，要么太子一个人南下。只要保住太子，大明凭借半壁江山还有复兴的可能。
但崇祯却道：“诸位，我十五位祖宗辛苦终身，才有此天下，乱贼来我走，还有谁可以让京城百姓与贼拼战？况且，我走如何对得起宗庙社稷？如何对得起祖宗的陵墓？如何对不起京城百万生灵？乱贼虽然猖狂，但我有祖宗保佑，还有诸位爱卿。如果真的不成，我宁愿以身死社稷。”
见皇帝如此坚决，有大臣就提议，请太子监军。崇祯笑道：“我经营天下十七年尚不济，一个孩子能作得什么事。”
他虽然说得这样坚决，但仍旧把南迁事宜提到日程上来。先是命令天津方面收集漕船，在直沽口待命。然后让大学士陈演率百官固请南迁。
老奸巨滑的陈演不干，他害怕到了南京后担劝驾南迁的罪名。这个罪名绝对能让他陈家断子绝孙。
崇祯：此事要先生一担
陈演：这个……
崇祯：南迁。
陈演：这个……
崇祯：先生怕什么。
陈演：这个……
崇祯：先生怎可在此危难关头退缩？
陈演：臣无能，请求回家享晚年。
崇祯：朕要作，先生偏不作。
陈演：臣无能，罪当死。
崇祯（拍案）：你他妈的一死不足蔽辜。
此事不久，大臣李建泰上奏：“乱贼势力越来越大，愿奉太子南下。”崇祯就把这封奏书交给百官们看，大学士范景文等认为可行。但兵科给事中光时亨认为坚决不可，并斥南迁为邪说。又有大臣趁机道：“皇上应该守社稷。”
崇祯的脑袋嗡的一下，心想，我和这群混帐有什么深仇大恨，居然要让我守快要完蛋了的社稷。
但为了顾全皇帝的面子，他却摆出了自己从没有想过要南迁的样子来，颤道：“国君死社稷，我还能去哪里？我意已绝，哪都不去，与京城共存亡。”
从这以后，没有人再提到南下之事，也没有人注意到，太子朱慈烺的命运就此定格了。要怪，就只能怪他有这样一个好面子而又不肯担责任的父亲。如果不是崇祯，朱慈烺的命运肯定要改写。
太子岁月