晚上十分，受伤的左副帅刘复亨回到船上，联军总指挥蒙古人忻都召集其余将领讨论明天的军事行动。经过一天的战斗，联军，包括蒙古士兵都对日本武士的勇猛颇有惧意，这并非是可怕的，可怕的是，在这个岛上，到底还有多少这样的会武术的流氓。刘将军躺在床上做要死状，这更让总指挥丧失了些信心。作为前线最高指挥官，忻都失去了往日的英雄气概和智慧，他无法准确地判断出战争双方的形势。有人建议立即搬师，忻都当即表示同意，并将所以士兵撤回船上，准备明天就回家。
可是，老天不让他们回去。
就在这天晚上，博德湾出现了罕见的台风暴雨。加上不熟悉地形，联军停泊在博德湾口的舰队一片混乱，不是互相碰撞而翻，就是被大浪打沉；午夜后，台风渐停，但暴雨又降，加上漆黑一片，士兵们以为天崩地裂了，都纷纷跳船逃命，其实是送死。就这样，到了第二天早晨，联军死亡兵卒达一万三千五百人。
第二天一早，日军在大宰府水城列阵，但不见联军进攻，派出士兵侦察，才知博德海面已无船只，联合军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走敌人十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神的活动，称为“神风”。此后“神风”陪伴了日本人670多年，直到公元1945年。
事实上，忽必烈第一次发兵东征，主要意图就是通过武力威胁，迫使日本臣服，并不想占领日本。而总指挥忻都返回中国后为了保住自己的面子，就跟忽必烈说，蒙古兵已经攻入了日本，并且打败了他们。
作为无敌于天下的蒙古军队来讲，这样的消息是合情合理的。忽必烈很高兴，他以为日本吃了这次苦头后，会给脸就要的。于是派杜世忠等人持国书出使日本，以建立友好关系。不想日本政府拒不接受国书，反将这些人全部杀掉了。
忽必烈知道这个消息是四年后，南宋灭亡时，他才想起了杜世忠等人。当他再让南宋降将范文虎派人出使日本时，这些被派出去的人又遭杀害。
他妈的，忽必烈哪里受过这样的气，一个倭国居然敢这样轻视我大元帝国。一定要把他们杀得一干二净才罢休！
忽必烈命范文虎去江南收集张世杰旧部及其它自愿从军者计十万人，战船三千五百艘，组成江南军，由范文虎统帅，从庆元（今浙江宁波）起航，跨海东征日本。另一方面，命洪茶丘至东北，招募沈阳、开原等地自愿从军者三千，归洪茶丘统领。那个一旦遇到特殊情况就丧失信心与智慧的前东征总指挥忻都仍统领蒙族军。考虑到高丽跟日本人的仇恨，忽必烈又任命高丽将领金方庆为征东都元帅，统帅高丽军一万、水手一万五千，战船九百艘，军粮十万石。三军合计近四万人，组成东路军，取道高丽东征日本。
军事部署完成后，忽必烈于至元十八年（公元1281年）正月，召集两路征东军统帅会议，并任命宿将阿刺罕为两路军总指挥。会议确定，两路军各自择日出发，于六月十五日至壹岐岛会师。同时，忽必烈命令各船携带农具，以备占领九州岛后做囤田之用。
从这件事就可以看出，忽必烈和他的蒙古军队并非是以杀人为业的，他能统一地球四分之三的陆地，还是具备了一定智慧的。
至元十八年（公元1281年）初，元世祖忽必烈征日军事部署已经基本完成，即将择日下令出征。恰值此时，高丽王上书朝廷称日本武士犯边。于是，忽必烈下令征日大军出发。五月三日，元军东路征日军进攻对马岛的世界村（上岛佐贺浦）、大明浦，守岛日军坚决不想活了，顽强抵抗，但他们被全部杀掉。元军占领对马岛后，大肆杀掠。二十六日，东路大军进入隐歧岛。元军占领隐歧岛后，理应按忽必烈在军议会上的指示，在此等待江南军。但是，蒙古人忻都自恃有上次战争的经验，且兵力多于上次，尤其是出于对于南宋降将蔑视的心态，恐怕江南军抢占首功，因而在没有对日军的防御措施进行侦察的情况下，贸然率军自隐歧岛出发，驶向博德湾。
他真是丢尽了蒙古人的脸，在遇到日军的顽强抵抗后，战斗持续到六月十三日仍旧不能进得半步。此时，正值盛夏十分，蔬菜和饮水供应都非常困难，内陆士兵长期在海上生活和战斗，不但疲惫不堪，还非常容易地患上了各种疫病。在这种情况下，抢占博德湾的计划已难以实现。遂决定于6月15日从志贺岛撤退，驶向壹岐岛，与江南军会师。
日本人占了地利，所以，就在7月27日元军准备撤到壹歧岛的途中时，先头部队受到了日本水军的攻击。范文虎与忻都想要先攻大宰府，结果两个人就像患了偏瘫一样，迟迟不展开反攻，只在海上飘荡。到了8月1日，海上一阵台风袭来，元军的厄运再次到来。
在此次台风袭击下，蒙古东路军损失1/3，江南军损失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠杀或溺死。也就是说，蒙古人第二次东征日本又以惨败而告终了。
蒙古人东征的失败让忽必烈知道了一件事，这个世界上还真有自己的民族征服不了的国家。他经过各种资料的汇编与分析，得出一个结论。这个结论也是日本人最信奉的：日本有神风保佑，人间一切力量都不能左右日本。
今天的我们，都见识过台风的威力。我们现在已经不知道当年那两次台风的级数了，但有一点是可以肯定的，元军即使不遇上台风，攻下日本也是非常困难的。
首先是蒙古人的后勤根本无法与日本人相比。若论吃苦耐劳，当时的蒙古战士无人可敌，非常时期，他们可以靠吃生马肉，喝马血维持生命。蒙古人作战时机动性第一，一般只带很少的给养，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区的平民解决。可是在这两次东征战争中蒙古人偏偏无法发挥自己的特长，他们一直未能突入内地居民区，自不可能有平民供他们掠夺。
另外，在武器的装备上，日本人的武器也优于蒙古人。当时日本的冶炼和刀具制作技术世界一流，日本战刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。日本除了具有好钢之外，其战刀的优良性能还来自其独特的后期淬火工艺。日本刀制造成本低廉使得普通民兵都可拥有一把好刀，而蒙古军队使用的质量较差的镔铁刀，很多大刀在对砍时失去了利刃。在两次战争中的八年间隙期间，日本人似乎还改进了他们的弓箭，第二次蒙古人征日本时，他们发现日本人弓箭的射程和穿透力都有很大的提高，已与蒙古强弓不相上下。
大概正是这两方面的因素使得蒙古人不可能占领日本，而两次台风更是让蒙古人雪上加霜。关于台风问题，有人提出，两次台风并没有达到摧毁蒙古海军所有军舰的级数。
现在考古发现，很多蒙古战舰龙骨上的铆钉过于密集，甚至有时在同一个地方有五六个铆钉。这说明，这些肋材在造船时曾反复使用，而且很多龙骨本身质量就很低劣。
我们可以再回过头来，看看公元1274年正月，忽必烈命人建造的船只数量。首先是命令高丽王造舰900艘，其中大舰可载千石或四千石者300艘，由金方庆负责建造；拔都鲁轻疾舟（快速舰）300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造，并规定于正月15日动工，限期完成。6月，900艘军舰完工。
这个期限，即使是在今天看来，也是相当紧张的。况且，当时，船工业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋军队的控制之下。而建造这些船只的高丽人的建船水平是相当落后的。所以，那些船只一遇到台风，就被风吹雨打去，是在所难免的。
元朝是个值得人恨的朝代，元军几乎以杀人为乐事，并且将汉人当成最最下等的狗，今天许多中国人往往把元朝征服四分之三陆地作为一种炫耀，其实是无耻的愚蠢。要知道，当时的南宋，作为汉人的我们的祖先也是被其征服的，并且，是被定义为最下等的一群人。
如果说，这只是元朝给当时人留下罪孽的话，那么，它的东征就是给我们后来的中华民族留下了绝不可原谅的过错。
日本与中国比较大的军事对抗到今天为止共有五次，第一次是在唐朝，我们应该对唐朝提出抗议，在当时已经四战四捷的情况下，为什么不攻入日本本土，彻底灭掉这个民族。既然大错已犯，我们已经没有必要苛求。日本经过这一次教训，老实了九百余年。它本来可以继续老实下去的，可元朝却给了他不必老实的理由。那就是两次东征的失败，从这以后，日本虽然不敢与中国作战，但对中国的视角却在悄悄地改变，逐渐由仰视调整为平视。
他们在心理上开始认为，原来中国的军队也并不是永远强大无比（可是，他们永远都不知道，在中华大地上最强大的军队就是元军）。
也许，一切都是命数，台风真可能就是日本的保护风，是神风。这一神风居然把中华大地上最强大的军队摧跨，使得日本人改变了对中国军队的视角。这件事告诉我们：迷信是增强信心的一个关键因素。
元朝灭亡，明朝时期，日本国内南北分裂，战乱不已。日中关系变幻不定。一些武士、商人互相勾结，不断西下中国沿海抢掠，成为明朝深以为患的倭寇。
明朝开国皇帝，一个最合格的农民朱元璋虽然也想过要征讨日本，以绝后患，但想到元代两征日本的失败，便没有轻开战端。
这是他的错觉，而给他这一错觉的就是元朝的东征。更由于后来左丞相胡惟庸暗中借兵日本、意图谋反篡位的阴谋败露后，朱元璋大为恼怒，立下“祖训”，永绝与日本的贸易。
但日本早已习惯于使用来自中国的各种精美商品。明朝断绝与日本贸易往来后，日本远赴中国沿海的倭寇更为猖獗，但倭寇的袭掠却远远不能满足日本特别是日本官方对中国精美商品的奢求。1590年，万历皇帝在位，日本的丰臣秀吉统一了日本本土，为打开明朝对日本的贸易封锁——立即推出了通过朝鲜进入明朝的计划。1592年，丰臣秀吉大举入侵朝鲜。朝鲜向明朝借兵，明帝国抗倭援朝。
这场战争持续了近十年，双方打打和和，日本人虽然没有占到什么便宜，但中国也没有取得巨大的胜利。在这场战争中的几次中日接战已让日本开始以一种俯视的角度来看待中国的军队了。日本对中国军队的恐惧之心慢慢地消退，再加上国际形势和各种利益的驱动，最终导致了日本对中国直接挑战。
这就是我们后来所知道的甲午战争和抗日战争，这两次战争，中国人付出了沉重的代价。而根由就在元朝的两次东征的失败。
一个当时世界上最强大的军队，居然攻不下一个弱小的荒蛮岛国，更可气的是，让一个荒蛮的岛国改变对中国的视角的，居然就是这样一个最强大的军队。
是玩笑还是天意，历史给了我们太多的无奈。
如果我们假设，元朝东征是以成功而告终的，还会有后来的中日对抗吗？
元朝罪不可赦！