接下来，贺龙、聂荣臻、徐向前和陶铸也都讲了话。要求海军领导按照中央常委和林副主席的指示，同心协力地把会开好。都要多检查自己，“洗洗澡”，使这次会议成为海军的一个转折点。认真学习贯彻毛主席的指示、批示，为建设强大海军作出努力，作出贡献！
为了切实把会议方向转过来，第二天，叶剑英又到海军党委扩大会议上，亲自向与会人员传达中央政治局常委的指示、林彪的指示及军委常委会议精神，对在会上无理取闹，有意扭转会议方向的人、事，进行了严肃的批评。
7月中旬，李作鹏从庐山疗养回京，在大量事实和各方面的压力面前，也不得不承认“搞了非组织活动”，表示“要承担责任，接受教训”。在后一段会议中，李作鹏等人情绪很低，不时借故离开会场。他们怕把事情弄大，在私下威胁知情人：“事情牵涉林副主席，讲不得。”
事情与自己有关，林彪当然清楚。8月13日，已在党的八届十一中全会上荣升为仅次于毛泽东的中国“二号人物”、“副统帅”林彪，在“文革”百忙中专门对海军常委成员作了评价：“李（作鹏）等是高举毛泽东思想红旗的，突出政治的，反对罗瑞卿有功的。”“萧劲光、苏振华是反对我的。”并要求尽快传达到海军党委常委、海军领导。
“副统帅”有明确指示，对李作鹏等人当然不能再批了。由于旨在全面发动“文化大革命”的党的八届十一中全会后，“文革”浪潮已席卷全国。至时，海军内部也开始乱起来。不断有院校群众组织的代表跑到北京来，要求揪斗本单位参加党委扩大会的领导干部，会议也无法再继续开下去了。8月25日，会议通过了以《团结起来，以大局为重，焕发精神，努力工作》为题的大会决议。《决议》明确指出：“海军党委三届二次全会关于《海军党委常委内部争论问题的情况报告》，是错误的，是违背组织原则的，除留一部分存档外，一律销毁。《三年工作基本总结》有原则错误，应一律收回，作为历史文件存档”。至此，历时三个多月的海军“三·三”会议（含后期扩大会议）宣告结束。
在“三·三”会议结束前，还有一段插曲。8月18日，毛泽东在天安门广场接见红卫兵，萧劲光、苏振华及李作鹏等海军领导都上了观礼台。接见临近尾声时，毛泽东把他们叫到身边，一一握手，简单的问了海军的情况，尔后严肃地对李作鹏等人说：“萧劲光是个老同志，苏振华是个好同志，你们老整他们干什么？”一边说着拉过萧劲光，两人照了一张合影。
毛泽东这一举动，深深印在了李作鹏等人的脑子里。事后，李作鹏无奈地说：凡是毛主席握过手、照过相的人，就是要保的人。从此，他们打击、排挤萧劲光不得不有所收敛。
四、有职无权的海军司令员
海军“三·三”会议后，随着社会上“四大”（即大鸣、大放、大字报、大辩论）高潮的到来，海军机关也开始汇入内乱中。1966年9月中旬，地处北京西郊的海军机关大院内，群众组织纷纷成立，大字报、大标语铺天盖地，机关工作已无法正常进行。萧劲光想理解，理解不了；置之不理，又坐不住。接连召开常委会，研究运动的情况，极力想跟上形势，领导运动，又没有好的办法。请示总部，没有明确意见。军队是令行禁止的。主持军委工作的林彪不发话，坐得住，其他谁再着急、上火，也没有用。
林彪关注着海军。海军机关运动形势的发展，终于让他坐不住了。
海军机关最初阶段的大鸣、大放、大字报中，尽管涉及了海军机关的大批领导干部，但是，最处于不利地位的是张秀川。或许是到海军几年里过于张扬了，在给十个常委的2000多张大字报中，他一个人就占了一半。这一情况很快反映到林彪那里。于是，十几年从来没到过海军机关的林彪，决定到海军大院看大字报。
9月22日上午刚上班，海军司令部值班室就接到军委的电话，说林副主席已出发去海军机关。萧劲光立即与李作鹏等一起到大门口迎接。按照惯例，他们把林彪连同随同前来的叶群等人一起接到办公大楼的会议室。林彪表情极其冷淡，一直未与萧劲光讲话。叶群倒热情，与萧劲光一边握手、寒暄，一边就说，“主要是看大字报”，并特别点名要看政治部的大字报。当天看了几个小时，就回去了。第二天，即23日下午，林彪等再次来到海军机关。他先草草看了下大字报，接着视察了海军政治部的各二级部、报社、法院、检察院，以及海军司令部的作战、情报、通信等部门。视察过程中，林彪对海军常委们说：“你们开了几个月的会，会议情况我了解一些”，“是非既然已搞清楚，应该团结起来，全力以赴，做好工作”。“希望你们原班人马在海军工作，我们没有要把你们哪一个人调出海军，你们要把谁排挤出去，我们也不赞成。”视察结束，他和海军领导成员合影留念。令人注意的是，合影时，林彪不顾长期来形成的依职务顺序排列的惯例，特意让李作鹏等人紧挨自己站在旁边。
林彪“看大字报”，在海军机关影响很大，一度使揭发李作鹏等人的大字报有所减少。但随着运动的声势越来越大，机关、院校都分成了两派，其中一派主要是在“站队”中遭受李作鹏等无情打击的干部。这部分人起来后，以李作鹏等人为运动目标，着力揭发批判他们在“三·二”、“三·三”会议期间的夺权活动。因其中有相当部分机关干部，又比较知底细，揭发的内容越来越深，甚至有人提出要开李作鹏等人的控诉会，要给他们“戴高帽”游街。这使李作鹏等人大为恐慌。1967年1月6日，李作鹏匆忙给代总长杨成武写信，提出了遏制形势发展的三个方案：一是请军委对海军“三·三”会议决议表态，把问题揭开，看究竟谁是刘邓路线；二是将林彪在1966年8月13日对李作鹏等人的评价公布；三是把所有的问题重新揭开，进行大辩论。
1967年1月8日，杨成武约萧劲光、苏振华和李作鹏在军委办公室谈话，具体讲了对李作鹏信的处理问题。他说，收到李作鹏信的当天就把信转呈给了林副主席，林副主席又将信转给了毛泽东、周恩来。“主席、总理的意见是按第二个方案办，请萧劲光同志出面传达一下。”对这一意见，萧劲光是不赞成的。因为那时对林彪的指示谁也不会、不敢有异议。所以传达他对李作鹏等人评价的结果，不仅保了李作鹏，造成整个形势的大转折，而且也推翻了军委肯定的“三·三”会议的决议，带来更大的问题。然而，是“主席、总理的意见”，没有第二个选择，只有照办。
事关己身，李作鹏雷厉风行。1月9日一早，李作鹏就让秘书送来了他亲笔起草的传达提纲和说明。“说明”写的是：“萧司令：我上午有外事活动，下午又有会议，因此替你讲话写了一个短提纲（我认为不需要讲得更多）。能不能用，请你考虑。”“提纲”是以萧劲光名义起草的，的确文字不长，主要是对副统帅“高度评价”的说明，但时髦的词句，诸如坚定的左派、无产阶级司令部的人、反对他们就是反对毛主席，等等。至于“高度评价”的全文，清清楚楚地抄在上面：“李作鹏、×××、×××同志是高举毛泽东思想伟大红旗的，拥护毛主席的，是突出政治的、旗帜鲜明的，对海军工作转变做了很多工作，反对罗瑞卿是有功的。”
已有四十多年党龄的萧劲光，握着这样一个提纲啼笑皆非：一个党委第一书记，传达“副统帅”对第三书记（此前，林彪亲自指定李作鹏为海军党委第三书记）的评价，这本已是非常时期的奇事，而且还要由被评价人代传达人起草讲话稿，更是奇上加奇。若非亲历其事，实在令人难以相信。
1月9日晚十点，遵照军委指示，由萧劲光公布林彪对李作鹏等“高度评价”的会议在军委西苑旅社礼堂召开。参加人员为海军直属机关、部队行政十七级（大尉，是时已取消军衔）以上干部。会议时间很短，但效果是显著的。第二天，海直机关立即铺天盖地地贴满了坚决支持李作鹏等“革命左派”的大标语、大字报。从此，海军机关秩序大乱，李作鹏借此机会翻了“三·三”会议的案，“名正言顺”地掌握了海军的领导权。接着，以是否支持李作鹏等人划线，开始对一大批干部进行残酷斗争、无情打击。
1月16日，李作鹏首先指挥揪斗了海军政治委员苏振华，名曰“摧毁海军苏记黑司令部”。既然是“黑司令部”，当然不会是苏振华一个人，很快，刘道生、杜义德及各大部的主要负责人都被隔离审查。1月18日，海军召开常委会议，给苏振华强加了反党、反社会主义、反毛泽东思想的“三反分子”、“彭（德怀）、罗（瑞卿）反党集团漏网分子”等罪名，决定撤销他的党委第二书记职务，并决定改组海军党委。会议明确决定，由李作鹏主持海军党委常委工作。为与“贯彻执行资产阶级军事路线”的原海军党委区别开，李作鹏主持的党委称“新党委”。