玄武门之变是李渊完全没有想到的事情。他作为父亲，爱他的儿子，尤其这几个儿子在创立大唐帝国的过程中都有所表现，做出了程度不同的贡献，这样他们和李渊之间不但有父子关系，还有特殊的君臣关系，这些儿子都可以算是大唐帝国的开国元勋，所以当儿子们发生争夺皇位继承权的斗争时，李渊总是尽量排解，甚至不惜把国家一分为二。然而他的努力完全没有用，在权力的引诱下，儿子们互不相让，终于以你死我活的拼杀来作出最后的结论。李渊不得不认真地观察他仅存的这个嫡子李世民，看把这个费尽心力夺来的江山交给他，是否会有遗憾。
李渊首先看到的就是残酷的仇杀，李建成的五个儿子，即安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义；李元吉的五个儿子，即梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，全部被李世民派去的军队杀死。这是李渊的十个孙子，但在这场你死我活的政治斗争中，作为皇帝的李渊完全无法营救。
李渊想更大规模的屠杀是不可避免了，他只有躲在皇宫里假装不知道。然而，他后来听到的却是一些他意想不到的消息，他发现即将接替他做皇帝的这个儿子，原来有着非凡的气度和能力。
就在玄武门之变的当天，李世民的部下在闯入太子东宫和齐王府尽诛李建成、李元吉的十个儿子的同时，又逮捕了李建成、李元吉的亲信一百余人，他们向李世民建议将这一百余人全部诛杀，并且把他们的家人籍没为国家奴隶。尉迟敬德有不同意见，他对李世民说：“罪在二凶，既伏其诛，若及支党，非所以求安也！”李世民立刻表示采纳尉迟敬德的建议，并且进宫请李渊签署一道“大赦天下”的诏令，宣布：“凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所问。”这是使李渊既吃惊又赞许的决策。
听到赦令，曾经在玄武门前与秦王府甲士交锋的李建成、李元吉集团将领冯立和谢叔方出来自首。那位在玄武门前宣称要乘机攻打秦王府，弄得李世民部下大惊失色，差一点乱了阵脚的薛万彻，原是隋朝名将薛世雄的儿子，在幽州随罗艺归降唐朝，曾经随李世民进攻刘黑叛闼，表现出很强的作战能力。李建成为此重用薛万彻。在玄武门之变时，薛万彻在东宫、齐王府卫士群龙无首的情况下，成为攻打玄武门的实际指挥者。李建成、李元吉的人头挂出来了，他想再打下去已经毫无意义，所以说：“既然已经杀死了敬君弘，算是对得起太子了。”然后率领数十骑躲进终南山中，听朝廷的消息。李世民怕薛万彻听不到赦令，特别派使者进山向薛万彻等人宣布李渊的最新赦令。薛万彻于是“释仗而来”，李世民亲自处理薛万彻、冯立、谢叔方等人，说：“此皆忠于所事，义士也。”把他们全部释放，慨不问罪。薛万彻等人感激不尽，后来为李世民立下许多战功。
李世民在请李渊赦免李建成、李元吉集团人员的同时，又请李渊下了另一道关于“僧、尼、道士、女冠并宜依旧”的诏令，这也出乎李渊意料。因为在李建成、李元吉集团与李世民集团的斗争中，佛教和道教为争取各自的政治地位而分化，以法琳为首的佛教徒支持李建成，以王远之为首的道教徒支持李世民，以至佛道之争十分激烈。曾为道士的太史令傅奕在武德七年（公元624年）上疏，“请除去释教”。法琳为此写了《对傅奕废佛僧事》一文，由李建成奏呈李渊，维护佛教的地位。李渊在考虑了双方的意见后，在武德九年（公元626年）夏五月，也就是玄武门之变前一个月，以“京师寺观不甚清净”为名，下了一道对佛教并不有利的诏书，如《旧唐书》卷1《高祖纪》所载：
释迦阐教，清净为先，远离尘垢，断除贪欲。所以弘宣胜业，修植善根，开导愚迷，津梁品庶。是以敷演经教，检约学徒，调谶身心，舍诸染著，衣服饮食，咸资四辈。
自觉王迁谢，像法流行，末代陵迟，渐以亏滥。乃有猥贱之侣，规自尊高；浮惰之人，苟避徭役。妄为剃度，托号出家，嗜欲无厌，营求不息，出入闾里，周旋阑阒，驱策田产，聚积货物。耕织为生，估贩成业，事同编户，迹等齐人。进违戒律之文，退无礼典之训。至乃亲行劫掠，躬自穿窬，造作妖讹，交通豪猾。每罹宪网，自陷重刑，渎乱真如，倾毁妙法，譬兹稂莠，有秽嘉苗；类被淤泥，混夫清水。又伽蓝之地，本曰净居，栖心之所，理尚幽寂。近代以来，多立寺舍，不求闲旷之境，唯趋喧杂之方。缮采崎岖，栋宇殊拓，错舛隐匿，诱纳奸邪。或有接延邸，邻近屠沽，埃尘满室，膻腥盈道。徒长轻慢之心，有亏崇敬之义。且老氏垂化，本贵冲虚，养志无为，遗物情外。全真守一，是谓玄门，驱驰世务，尤乖宗旨。
朕膺期驭宇，兴隆教法，志思利益，情在护持。欲使玉石区分，熏犹有辨，常存妙道，永固福田，正本澄源，宜从沙汰。诸僧、尼、道士、女冠等，有精勤练行、守戒律者，并令大寺观居住，给衣食，勿令乏短。其不能精进、戒行有阙、不堪供养者，并令罢遣，各还桑梓。所司明为条式，务依法教，违制之事，悉宜停断。京城留寺三所，观二所。其余天下诸州，各留一所。余悉罢之。这道诏令，几乎是在做当年北周武帝同样的禁佛工作，在那个佛教已经异军突起、蔚为大观的时代，必然引起社会动荡。李世民看到这个潜在的危险，不计佛教徒曾经支持李建成的前嫌，以政局稳定为重，停止李渊的错误决定，使李渊看到他在政治上的成熟。这当然是使李渊惊喜的行为。
李渊在武德九年（公元626年）六月初九，也就是目睹玄武门之变的第四天，在确信李世民不但不会大肆杀戮，而且可以把李建成、李元吉的部下收归已有后，他放心地宣布立李世民为皇太子，并且在同时下了一道诏令：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。”这就是说，他已经放心地把全部权力交给了李世民。这是他在向朝臣暗示，他要准备退位了。
自古以来，皇帝肯自动退位者少而又少，李渊退位的动机是什么？这是需要分析研究的。首先自然是政治压力，李世民已经得势，做皇帝只是时间早晚的问题，虽然他对李渊仍然表现出孝顺姿态，但李渊亲眼见他杀死李建成、李元吉，以及李建成、李元吉的儿子们，不能不害怕。李世民大权在握，李渊的性命其实已经掌握在李世民手中，他的晚年能否安稳，也全看李世民的态度，为此，把皇帝位置让出来，应是聪明的做法。其次，李渊这时已经60岁了，他进入长安做皇帝后，就有安度晚年的打算，对裴寂说过要“为太上”的话，而且经常游幸、打猎，看到李世民有能力管好自己打出来的这个江山，索性来个功成身退，享几年清福，也是老年人的自然心态。所以，从李渊把政权交给李世民开始，他就在考虑何时退位的问题了。