毛泽东对自己工作中的失误，是勇于承认，勇于自我批评，勇于改正的。这是他宽阔胸怀的另一种体现。
1943年4月，中共中央决定在整风运动的基础上，进行一次普遍的审查干部的运动。毛泽东认为：“整风是思想上的清党，审干是组织上的清党。”
审干的目的在于肃清党内暗藏的反革命分子。在当时十分复杂的社会政治环境下，在各种敌对势力千方百计对中国共产党和根据地进行渗透和破坏的情况下，对干部队伍进行一次认真的审查是完全必要的，通过这项工作可以清除特务，纯洁革命队伍。
中共中央决定由中央总学委领导这项工作，日常事务由康生主持。为了加强对审干工作的领导，中央还成立了反内奸斗争委员会，由刘少奇任主任，康生、彭真、高岗为副主任。
毛泽东对审干工作是非常慎重的。鉴于以往的经验教训，毛泽东向有关负责工作人员强调：“我们过去在肃反中有很沉痛的教训。我们这次无论如何不要搞逼供信，要调查研究，要重证据。”为使审干工作人员了解正确的工作方法，7月2日，毛泽东写信给康生，要求把阐述防奸工作的两条路线的一段话刊载在《防奸经验》第六期上。毛泽东的这段话是：“防奸工作的两条路线。正确路线是：‘首长负责，自己动手，领导骨干和广大群众相结合，一般号召和个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。’错误路线是：‘逼，供，信。’我们应该执行正确路线，反对错误路线。”
然而在一段时间内，审干工作还是出现了失误。由于过分严重地估计了敌情，加上抗日根据地处于同外界隔绝的状态，因而对干部的历史状况的调查研究十分困难，同时在这方面所花的力气不多，一个时期搞得“特务如麻”。7月15日，康生在中央直属机关大会上作了危言耸听的《抢救失足者》的报告后，更出现相当普遍地大搞“逼供信”的过火斗争，使整风运动中的审干工作变成了抢救失足者运动，单在延安地区十几天内就骇人听闻地揪出所谓特务分子1400多人，造成大批冤假错案，伤害了不少好人，使审干工作大大偏离了正确的轨道。
中央党校副校长彭真和中央社会部副部长李克农看到问题的严重性，向毛泽东作了报告。毛泽东听完后说：我看是扩大化了。我们要很快纠正这一种错误做法。我们的政策是一个不杀，大部不抓。这些同志的问题是会搞清楚的，现在可不能随便作结论。我们如果给哪一个同志作错了结论，那就会害人一辈子。现在作错了我们要给人家平反，给受害的同志道歉。要彻底纠正这种“左”倾扩大化的错误。毛泽东立即做了大量的调查研究，倾听了各方面的意见。1943年8月毛泽东亲自为中央起草了《关于审查干部的决定》，提出了“首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众”的审干工作九条方针。这九条方针下达后，使审干工作走上了健康发展的轨道。参加过延安整风的邓力群回忆说：“我们这些负责审查干部工作的，搞了逼供信，被审查的不愿也不能交待政治问题，双方的关系很紧张。正是在这个时候，中央下达了毛主席的《九条方针》，它解放了被审查者，也唤醒了审查者，使我们从自己的亲身经验中，认识了主观主义的极大危险性。”该年年底，毛泽东又明确提出“一个不杀，大部不抓”的政策，使肃反工作变得更加稳健。
对于延安审干工作出现的失误，严于律己的毛泽东主动承担了责任。同时，他多次真诚地向受到伤害的同志“脱帽鞠躬”，“赔礼道歉”。
1944年5月，他在中央党校讲话时说：整风中的一些问题，是则是，非则非，搞错了的，摘下帽子，赔个不是。说到这里，他摘下自己的帽子，深深地弯下腰，向所有受到伤害的同志表示了歉意。一时间，同志们被感动得热泪盈眶。
1945年初，毛泽东在中央党校给五部、六部的同志作报告时，再一次谈到审干问题。他说：我是党校的校长，这个党校犯了许多错误，谁人负责？我负责。接着说：我们对错误的本身要加以分析，一个叫做坏处，一个叫做好处，坏处是犯了错误、好处也是犯了错误，毛泽东那风趣而含义深刻的讲话，引起了全场大笑。毛泽东接着又指出：要从错误中总结经验，给人戴错过帽子的同志，以后给别人戴帽子时，你就要注意慎重；被戴错帽子的同志也得到了一条经验，以后你们不要乱给别人戴帽子，因为你自己吃了亏，以后要谨慎。有了这两个方面的经验，将来我们到北平、上海、南京去审查干部，做反奸工作就会好得多。在会上，毛泽东把手举到帽沿下，对被戴错帽子的同志赔礼说：现在，我把戴错了的帽子给你们取下来，向你们行个礼，赔个不是。接着，又诙谐地说：你们该还我一个礼吧，你们不还礼，我这手就放不下来了。这时全场爆发出热烈的掌声。曾有过的委屈、隔阂、不满和怨愤在这掌声中烟消云散。
不久，党的七大召开了。在这个空前盛大的会议上，对整风审干中的扩大化问题，毛泽东再一次公开作了自我批评。他说，我们各个地区在肃反运动中走过弯路，我也走过弯路。这次整风审干，使一些同志受了委屈。当他讲到这句话时，举起右手，沉重地说：我向你们道歉！毛泽东同志这种高尚的品质和广阔的胸怀，深深感动了全场代表，人们从内心拥护他。
由于多方面的原因，延安整风审干运动确实伤害了不少好的同志。但毛泽东严肃的自我批评和真诚的道歉肯定化解了他们中许多人心中的怨愤，使全党达到了更高水平的团结。