1975年9月15日上午，邓小平在全国农业学大寨会议开幕式上的报告中，向全国提出了“各方面要整顿”的任务。邓小平说：“现在全国存在各方面要整顿的问题。毛主席讲过，军队要整顿，地方要整顿。地方整顿又有好多方面，工业要整顿，农业要整顿，商业也要整顿，文化教育也要整顿，科学技术队伍也要整顿。文艺，毛主席叫调整，实际上调整也就是整顿。”邓小平从昔阳回到北京以后，9月19日与胡乔木谈话，又第一次明确地把“整党”列为整顿的重要内容，并作出了部署。邓小平说：今冬明春要整党。军队要整顿，地方也要整顿，工业、农业、文教、文艺等都要整顿。在这次谈话中，邓小平还表示赞成胡乔木提出的写一篇全面宣传毛主席三项指示的文章，认为文章很重要，要抓紧写出来。邓小平赞成写全面宣传三项指示的文章，是同“今冬明春要整党”的部署相一致、为全面整顿的展开和深入所需要的。
同胡乔木谈话后一个星期，邓小平出席农村工作座谈会。9月27日，邓小平在会上插话，再一次谈整顿问题，明确指出：“整顿的核心是党的整顿。只要抓住整党这个中心环节，各方面的整顿就不难。这次座谈会要议议整党这个题目，这是毛泽东同志同意的。整党怎么搞？办法肯定应当不同于过去。请各省根据自己的特点，搞出个规划来。整党主要放在整顿各级领导班子上，农村包括公社、大队一级的，工厂包括车间一级的，科研机构包括研究室一级的，这样解决问题比较快。领导班子整顿好了，党员的问题就容易解决了。
从1975年整顿的过程来看，邓小平关于“党也要整顿”的思想和决策是由互相关联的两个主要因素促成的：一是整顿取得成功的经验，一是整顿揭露出来的突出问题。
领导班子的问题就是党的领导核心问题，是作为执政党的中国共产党建设的根本问题。从铁路整顿的突破开始，邓小平领导1975年整顿取得成功的一条重要经验，是着重解决领导班子软、懒、散的问题，建立坚强的党的领导。所以，到9月27日，邓小平提出整顿党的任务时，很自然地要特别强调一点：“整党主要放在整顿领导班子上”。同时指示：“要在整党的基础上挑选干部。”
整顿中揭露出来的“双突”等突出问题，也是促使邓小平下决心在进行各方面整顿中提出“党也要整顿”的重要原因。邓小平在1983年9月20日同几位领导同志谈怎样使整党不致“走过场”的问题时，曾对1975年整顿中提出“党也要整顿”的缘由作过回顾。他说，“文化大革命”中，从1966年到1976年，发展了1610多万。其中最突出的是1974年，搞了一个“双突”：突击提干、突击入党。1975年我主持工作，那时有同志到河南、浙江跑了一趟，回来讲这两个省突击提干、突击入党数量相当大。看来问题很严重，于是引起注意。当时提出各方面要整顿，就加上党也要整顿。
为了指导即将进行的以“党的整顿”为核心的全面整顿，胡乔木提出要写一篇全面宣传三项重要指示的文章。他向邓小平报告后即把这个任务交给了邓力群。邓力群找胡绩伟、余宗彦、苏沛、滕文生四人组成写作班子，学习、研究、讨论了邓小平领导整顿以来发表的讲话，中央发出和批转的文件以及叶剑英、李先念等领导人的重要讲话，商定了文章的内容和结构。拟就提纲后，四个人分工各写一部分。胡绩伟先写出第一部分。邓力群看了不满意，决计重写。时间很紧，邓力群即亲自口授，让滕文生、苏沛记录整理。全文整理完毕，由邓力群统稿改定。10月7日文章完稿，题目由邓力群确定：《论全党全国各项工作的总纲》。
《论总纲》集中地阐发了邓小平以“三项指示为纲”进行全面整顿的思想。它以实现四个现代化为出发点和归宿，全面论述了毛泽东的三项指示的内涵和相互关系，阐述了进行全面整顿，促进安定团结，把国民经济搞上去等方面的问题，同时又尖锐地揭露了“四人帮”的本质和反革命策略，既有深刻的说服力和强烈的号召力，又有尖锐的批判性和战斗性。这篇文稿，从四个现代化的宏伟目标入笔，高屋建瓴地明确提出毛泽东的三项重要指示是全党、全军和全国各项工作的总纲，并明确提出以“三项指示为纲”进行全面整顿的任务。《论总纲》指出：“毛主席的三项重要指示，是互相联系的不能割裂的统一整体，不能丢掉任何一项，也不能孤立地只抓其中任何一项。我们必须以这三项指示为纲，总结无产阶级文化大革命以来的丰富经验，制定各项工作的具体政策，用这个工作总纲和各项政策来指导各方面的工作，整顿各方面的工作。工业要整顿，农业要整顿，交通运输要整顿，财政贸易要整顿，科学技术要整顿，文化教育卫生要整顿，文学艺术要整顿，军队要整顿，党也要整顿。”关于党的整顿，《论总纲》提出有两个重点。一是整顿领导班子。二是整顿党的作风。
文稿全面、深刻地论述了三项重要指示的内涵及其相互关系，指出：检验学习理论成绩好坏、大小的“唯一标志”，是三个有利于：“就看我们在应用中，是否有利于把无产阶级专政的任务落实到基层，是否有利于促进安定团结的政治局面，是否有利于国民经济更快地发展。”
文稿尖锐地指出：学习理论要“增强识别真假马克思主义的能力”，“识破假马克思主义的政治骗子”。文章总结当时斗争的特点是：反马克思主义的阶级敌人，假马克思主义的政治骗子，“他们打着反修正主义的旗号搞修正主义，打着反复辟的旗号搞复辟，把党的好干部和先进模范人物打下台，篡夺一些地方和一些单位的领导权，在这些地方和单位实行资产阶级专政。”文稿对“造反”、“反潮流”等作了分析，对顽固地搞资产阶级派性的头头，尖锐地进行了揭露，所有这些，显然都是对“四人帮”的极左路线、极左面貌、极左口号、极左手法的揭露和批判。文章提出的“假马克思主义的政治骗子”这个名称，是对“四人帮”及其亲信、爪牙的有力揭露。文稿指出，识破假马克思主义的政治骗子，落实对敌斗争政策，是实现安定团结的关键。假马克思主义的政治骗子“最恶毒的一手，就是混淆两类矛盾，颠倒敌我”。文稿提出，为了实现安定团结，必须坚决落实对敌斗争的政策，要彻底揭露和打击六种人：反党反社会主义的新老资产阶级分子，贪污盗窃分子，投机倒把分子，腐化堕落分子，违法乱纪分子，刑事犯罪分子。又提出，要促进安定团结，必须进一步落实党的各项政策，包括干部政策、知识分子政策、科学技术人员政策、民族政策、经济政策以及有关解决工人阶级内部矛盾的政策。文章抓住了实际生活中的关键，有很强的现实针对性。
《论总纲》用上层建筑与经济基础关系的基本原理来阐明三项指示的相互关系，用马克思主义和毛泽东思想来论述把国民经济搞上去的任务，富有理论价值。同时又针对当前实际，提出落实把国民经济搞上去的措施，具有现实指导意义。
关于三项重要指示的关系。文章写道：“学习无产阶级专政的理论，把无产阶级专政的任务落实到基层；正确区别和处理两类不同性质的矛盾，促进全国的安定团结，是属于调整上层建筑的任务。把国民经济搞上去，是属于加强社会主义经济基础的任务。它们之间的相互关系，就是革命和生产的关系，就是政治和经济的关系，就是上层建筑和经济基础的关系。”
关于政治与经济的关系。文章引用列宁和毛泽东的论述，提出了区别真假、衡量好坏的生产力标准，并对“四人帮”宣扬的一套作了辛辣的批评。文章说：
列宁说过：“政治教育的成果，只有用经济状况的改善来衡量。”毛主席也说过：“中国一切政党的政策及其实践在中国人民中所表现的作用的好坏、大小，归根到底，看它对于中国人民的生产力是否有帮助及其帮助之大小，看它是束缚生产力的，还是解放生产力的。”区别真马克思主义和假马克思主义，区别正确路线和错误路线，区别真干革命和假干革命，区别真干社会主义和假干社会主义，区别干部所做工作的成绩是坏是好，是大是小，归根结底，只能也只应按照列宁和毛主席所提出的这个标准来衡量。
一个地方、一个单位的生产搞得很坏，而硬说革命搞得很好，那是骗人的鬼话。那种认为抓好革命，生产自然会上去，用不着花力气去抓生产的看法，只有沉醉在点石成金一类童话中的人才会？相信。
关于怎样把国民经济搞上去。《论总纲》总结我国社会主义建设的经验教训和1975年整顿的新鲜经验，针对当时存在的实际问题，提出必须抓住四个要点：（1）我们的干部既要学会搞阶级斗争，也要学会搞生产斗争和科学实验，做到又懂政治，又懂业务，以身作则，带领广大群众和科学技术人员走又红又专的道路。（2）必须用心研究我国社会主义建设的客观规律，按照农、轻、重的次序，把农业放在第一位，安排好各个经济部门的比例关系，进行综合平衡，做出统一的国家计划，付之执行。并在执行过程中不断进行调整，解决出现的新矛盾，求得新的平衡。（3）各行业、各部门、各单位都要建立和健全必要的严格的规章制度。生产斗争和科学实验所需要的规章制度，是劳动人民和科学技术人员多年的实践经验凝结成的，其中有许多是付出血的代价才取得的。决不能把它看成可有可无的东西，更不能不加分析地把一切规章制度看成是“管、卡、压”。遵守生产斗争日益发展所需要的规章制度，才能使人们在生产斗争中取得越来越多的自由，违反这种规章制度必然会在生产斗争中碰得头破血流。责任制是企业规章制度的核心，要把建立责任制，作为整顿企业管理的重要一环。（4）各级领导要做到生产、生活同时抓。不仅要关心群众的政治生活，也要关心群众的物质生活，要在发展生产的基础上逐步改善群众的生活。要把群众生活上的问题，提到重要的议事日程上来，凡是能够解决的，都要发动群众，自己动手，积极去解决。
《论总纲》以实现四个现代化为出发点和归宿，论述了以“三项指示为纲”从经济基础到上层建筑进行“全面整顿”的任务、方针、政策，探索了在进行了九年“文化大革命”的中国，摆脱动乱局面，实现安定团结，把国民经济搞上去的办法，称得上是邓小平领导全面整顿的政治纲领。文稿在论述以三项指示为纲进行全面整顿的同时，又相当尖锐地揭露了“四人帮”的极左路线、策略及其本质，具有强烈的批判精神和战斗力量，同时也是一篇揭发批判“四人帮”的檄文。
10月7日，《论总纲》的初稿印出，印发给国务院政研室负责人胡乔木、吴冷西、胡绳、熊复、于光远、李鑫等审阅，请他们提意见。胡乔木读后对文章的写法不满意。认为这篇稿子不能用，文章用批判和论争的语调写不好。熊复意见相反，认为批“四人帮”还不够尖锐。胡乔木让吴冷西、胡绳、于光远同邓力群等五人一起讨论怎样修改。经讨论，共同的意见是要围绕无产阶级专政来写三项指示。邓力群等于10月20日左右写出第二个稿子，题目改为《为加强无产阶级专政而奋斗》，印出再送政研室各负责同志审阅。胡乔木看了仍不满意，认为批判的语调没有完全改掉，标题也不好，文章中选用的有些材料不妥当。胡乔木要邓力群等再作修改，并另外找吴冷西起草。邓力群又主持改出一稿，题为《沿着社会主义道路大踏步前进》，准备在1976年元旦《思想战线》创刊号上发表。吴冷西也在11月初写出一稿，题为《坚决执行毛主席的三项重要指示》。这时，风向已经变了，胡乔木已经成为批判对象，所以，邓力群的第三稿没有来得及送给胡乔木看，吴冷西的稿子根本就没有拿出来。
在“反击右倾翻案风”运动中，“四人帮”抓住这个初稿，扣上种种帽子，妄图作为打倒邓小平和其他支持邓小平进行整顿的中央负责同志的口实。1976年2月，姚文元对《论总纲》下了47处批语，把《论总纲》断为“一篇复辟资本主义的总纲”，并把它同林彪的反革命政变纲领《“571工程”纪要》类比，说《论总纲》“同五七一工程纪要何其相似！”对《论总纲》以实现四个现代化开头和结尾也大张挞伐。对开头，批曰：“前提：经济领域社会主义革命，阶级斗争为纲被排除”；对结尾“只要我们以毛主席的三项重要指示为纲，做好各方面的整顿工作，继续坚持独立自主、自力更生方针，我们就一定能够实现在本世纪内把我国建设成为一个社会主义强国的宏伟目标，就一定能够解放台湾，完成祖国统一的大业”这段话，竟批道：“一定能复辟吗？痴心梦想！”
姚文元作出“批示”以后，对《论总纲》的写作经过和政治责任进行了清查、追究。一时之间，形成巨大的政治高压。邓力群在政研室的会议上主动表示：《论总纲》这篇文章是由他负责并口授写成的。起草过程中再没有就文章的内容同胡乔木交换过意见。三次稿子中的每个观点、每个提法和每句话，都由他一个人负全部责任。参加写这篇文章的同志对此不负任何政治责任。1976年2月29日，邓力群写信给华国锋，同样承担全部责任。在批判的高潮中，邓力群仍然毫不含糊地说，这篇文章的每个观点、每个提法、每句话到每个标点，都由我负全部责任。并拿起笔来，当众在《论全党全国各项工作的总纲》这个大标题上画一个圈，一条直线画下来，签上名字：“邓力群”。
胡乔木也承担责任，负责地说明：“写作此文并非邓小平所布置，完全出于我自己的主动，是我布置邓力群他们写这篇文章。”
从1976年4月起，“四人帮”通过他们控制的舆论工具把《论总纲》和《工业二十条》、《汇报提纲》这三个文件诬蔑为“三株大毒草”进行公开批判。由于邓力群、胡乔木都把责任承担起来，“四人帮”无法把此文同邓小平直接挂钩，在公开批判所谓“三株大毒草”时，在《论全党全国各项工作的总纲》题目之下，署上的名字即为邓力群。他们给《论总纲》安上“邓小平复辟资本主义的政治宣言”、“赫鲁晓夫秘密报告式的大毒草”等罪名。还说什么《论总纲》是“文拳头”，丙辰清明天安门事件是“武拳头”；《论总纲》是“主体”，《工业二十条》和《汇报提纲》是“两翼”。他们不仅在报刊上连篇累牍地竭力诋毁，而且还编了三本小册子，由张春桥、姚文元改定“前言”，于8月印了几千万册，向全国发行。他们称这是“不用中央名义的中央文件”，图谋在全国范围内组织发动对“三株大毒草”的“围剿”，为他们篡夺党和国家的最高权力制造舆论。
然而，历史却同“四人帮”的倒行逆施开了一个大玩笑。本来还没有来得及同广大党员、干部和群众见面的《论总纲》等三个文件，却通过这种特殊方式走到了人民中间。如果说，人们从1975年实践中已经感觉到、体会到邓小平的正确，那么，恰恰是在“批邓”的高潮中，人们又从《论总纲》和《工业二十条》、《汇报提纲》这所谓“三株大毒草”，把原来的感性认识提高到理性阶段，理解并认定邓小平提出的思想、理论和方针、政策真正反映了人民的意志和愿望，真正代表科学社会主义，而发动“反击”和“围剿”的“四人帮”是站在中国人民和社会主义的敌对方面的一小撮。如果说，1976年4月的四五运动为10月粉碎“四人帮”奠定了伟大的群众基础，那么对“三株大毒草”的“大批判”则同发动者的愿望完全相反，反而从思想上、理论上加强和巩固了这个基础，加快了“四人帮”的灭亡。
如上所述，《论总纲》实际上还是一个正在修改中的未定稿，当时并没有送给邓小平看。直到粉碎“四人帮”以后，邓小平才看到。1977年5月24日，邓小平同王震、邓力群谈话，对《论总纲》作了评论。邓小平说：
“三株大毒草”中的《论全党全国各项工作的总纲》，我确实是在最近才看到的。文章写得好，针锋相对，很尖锐，是香花，不是毒草。《关于科技工作的几个问题》，当时想争取通过，但没有能做到，有些问题现在要进一步写。《关于加快工业发展的若干问题》，看过第二稿，以后的稿子没有看过。这些文章也有缺点，没有缺点的香花我看是没有的。