1964年，杨尚昆去陕西长安县蹲点，半年中真正做到了同社员同吃同住同劳动，在指导当地的“四清”运动中，突出地体现了他一贯既忠实地执行中央的指示，又独立思考，善于发现问题、解决问题的鲜明特点，可称为坚持实事求是的典范。他在离京前召集同他一道去长安参加“四清”的同志开会，强调根据中央的精神主要是防右，但又同时指出要从实际出发，不带任何框框。进村以后，他发现那里的实际情况和进村前听到的情况有很大的出入。他说服了地方同志，没有按照当时“扎根串连”、让干部靠边站的普遍做法，而是责成干部照常抓生产，安排好群众生活，同时组织他们学习政策，解除他们的顾虑，鼓励他们放下包袱，主动交代问题，不实行“逼、供、信”。整个运动进行得比较平稳，基本实现了账目、仓库、财物、工分“四清”。运动结束时，干群之间经过一定的斗争达到了新的团结。杨尚昆通过这次蹲点，摸到了当时农村存在的一些实际问题，深感对农村阶级斗争形势的看法以及“四清”运动中的一些做法，都有不少问题值得研究。对此，他郑重地向中央写了报告。不久，指导“四清”运动新的文件《二十三条》下达，解决这些问题已经是不可能了。
杨尚昆坚持从实际出发，实事求是，与时俱进。1979年，他到广东后，认真贯彻十一届三中全会精神，强调首先是解放思想、端正思想路线。当时某些地方试行土地承包制，有人就想不通，说与三中全会精神不符。杨尚昆为此反复做工作，指出“凡是决定了的东西都不能改，不能随着情况变化而变化，那是‘两个凡是’思想”。1980年春节，他以省委书记的身份到南海县给农民拜年，祝贺农民“恭喜发财！”，引起了强烈反响。
光明磊落 无私无畏
一个真正的马克思主义者，必须是一切从党的利益出发，以人民的利益为归宿。杨尚昆一生光明磊落，无私无畏，他就是这种胸怀大局，从不考虑个人得失的真正共产党人。
杨尚昆一生坎坷，受过许多不公正的待遇。从抗日战争开始杨尚昆就随刘少奇一起去太原主持北方局工作，1938年11月，中央正式任命杨尚昆为北方局书记直到抗日战争胜利。1945年党召开七大，杨尚昆没有作为华北代表团团长，而是作为一个普通代表编在以杨秀峰为组长的太行二组出席会议；当时健在的六届中委、候补中委大多数选进七届中委，只有杨尚昆等几个人落选，对此，他泰然处之。抗日战争胜利以后，延安的许多同志都奔赴前方开辟工作，只有杨尚昆被留在后方，他在中央办公厅主任的岗位上一干就是20年，这期间也曾几次要求下去工作，毛泽东就是不允。
1965年秋，中直党委被撤销，杨尚昆不再兼任中直机关党委书记，但是中央书记处仍分工他联系中直机关和国家机关两个党委，并指导两个党委为右派分子摘帽和为右倾机会主义分子甄别的工作。他心怀坦荡，严格按照党的政策，为一批受冤屈的同志恢复了名誉。在1959年庐山会议上，彭德怀、张闻天受到错误的批判，他们的夫人也受到了不公正的待遇，她们遇到困难都求助于杨尚昆。当时，张闻天的夫人刘英面临被划为右倾机会主义分子的危险，杨尚昆同情地对她说：“我们不搞株连九族，你给毛主席写信，我给你送。”就这样保护了刘英。1964年，康生制造所谓“彭、高、习反党集团”利用小说《刘志丹》反党一案，杨尚昆承受着巨大压力，保护了受诬陷的有关单位和同志。
最令杨尚昆伤心的是所谓“秘密录音”问题。“文化大革命”中杨尚昆的第一大“罪状”是“他不顾中央多次关于禁止安设窃听器的决定，背着中央安设窃听器，私录毛主席和常委同志的讲话，盗窃党的机密”。试问，作为中央办公厅主任的重要职责之一，就是维护档案的完整，党和国家领导人的重要讲话不留下记载岂非失职？中央办公厅主任是掌管全部机密的岗位，何须秘密窃听？实际情况是，毛泽东讲话时不喜欢别人做记录或录音。1959年他在一次会议上发现有录音就很生气，这以后遇有需要录音情况，杨尚昆都要事先请示邓小平或彭真。1961年毛泽东在长沙接见外宾前，发现准备录音，就追问是谁让带录音员的，第二次批评了录音。为此，中央书记处做出除中央重要的正式会议，经中央书记处批准，可以进行录音外一律不准录音的规定。与此同时，杨尚昆冒着风险，果断地指示主管录音工作的中办机要室，尽快把最重要的录音转换为文字记录，为党保留下来一大批重要档案。后来杨尚昆在回忆此事时说：“我坚持认为，录音不但不是我的罪过，相反是一大功劳。录音，就是为了保存党的历史文献嘛！遗憾的是，1961年销毁了大批录音带，由于时间紧迫，抢救下来的东西太少了，不知有多少珍贵史料化为灰烬。”在“文化大革命”中，因“窃听”一案把毛泽东外出巡视所到过的省市公安厅、局长都牵连进去了。在十一届三中全会前夕的中央工作会议上，当时中央主要领导同志仍然坚持说“杨尚昆同志不顾毛主席的指示和批评，在私录毛主席谈话问题上犯有错误”。为此，中央办公厅再一次认真地进行复查，最后终于澄清了事实真相，所谓“私录毛主席谈话”完全是林彪、江青一伙为了整人不择手段编造的弥天大谎。1980年10月，中央为杨尚昆彻底平反。
生命不息 战斗不止
1945年，杨尚昆被任命为中央书记处办公厅主任，直到1955年，10年间中央也没有给他配备副手，担子全压在他一个人身上。在中办20年，他宵衣旰食，日以继夜，有效地保证了中央工作的正常运转，功绩卓著，有目共睹。他生活俭朴、平易近人，严以律己、宽以待人，既是身肩重任的中央领导集体的一员，更是群众中普通一员。
1979年，他以72岁高龄出任中共广东省委第二书记，决心加倍努力工作，以弥补十年动乱被剥夺工作权利造成的损失。他协助习仲勋认真贯彻十一届三中全会精神，解放思想，妥善解决历史遗留问题，实现党的工作重点转移；率先提出在深圳等地建立特区，让广东在改革开放中先走一步，这些意见得到邓小平的充分肯定。1992年1月，杨尚昆极力建议并陪同邓小平去南方视察，回到北京以后，中央迅速整理、转发了邓小平一路上的重要讲话，即著名的“南方谈话”。
1981年夏，杨尚昆临危受命，出任中央军委常委兼秘书长，主持军委日常工作。他坚决贯彻邓小平积极防御的战略思想，强调军队必须转到和平建设时期的轨道上来，服从国家经济建设大局，走有中国特色的精兵之路，特别是组织实施、顺利完成裁军百万的艰巨任务，为我国军队革命化、现代化、正规化建设作出了突出贡献，而他却谦逊地说“小平同志做大文章，我贯彻执行，做了一点具体工作”。
1988年春，杨尚昆当选为国家主席。在这期间，他密切关注国际形势的发展变化，进行繁重的外事活动，向世界阐明我国独立自主的和平外交政策，进一步促进各国之间的相互了解，为提高我国的国际地位，为赢得一个有利于我国和平发展的良好环境作出了重大贡献。1993年3月，在全国人大八届一次会议上，他愉快地退出全部领导岗位。
退休以后的杨尚昆开始思考他的一生。后来，他接受大家的建议，开始撰写回忆录。他认为撰写回忆录是一项严肃的政治任务，为此他郑重地向中央写了报告，并表示回忆录出版前要经中央审定。他在撰写回忆录的同时，不顾疲劳，又坚持撰写纪念周恩来、刘少奇和彭德怀百年诞辰的三篇文章，终因劳累过度病倒了。在住院期间，他仍然关心国家大事，对党中央、国务院在抗洪救灾、应对亚洲金融危机取得的胜利表示欣慰。他在弥留之际不忘嘱咐家人：“后事要从简，今年遭了大灾更要从简，我的一生中央会作出评价，不要争高低。”
1998年元旦，是杨尚昆一生中最后的一个元旦。这一天，他激动地在日记里写下一段文字：“旧年过去，新年又来。大家努力下，写了一篇纪念周恩来同志的文章，主要想说明：他是我党核心的第二名，在中央参加领导从大革命起到逝世止，整个一个世纪，中外各政党中极少这样的人！”
杨尚昆和周恩来有许多相似之处。在他70多年的革命生涯中，参与中央领导工作长达60余载；1988年，邓小平在七届全国人大一次会议上郑重地推荐他任国家主席，称他是革命元老，有资格担任这个荣誉职务；从1956年党的八大起，杨尚昆就是我们敬爱的总设计师的助手，直到他们退休。