消毒是防疫措施中的一项非常重要的工作。其目的在于消灭外界环境中牛体表及用具上的病原微生物、寄生虫（幼虫及虫卵）和吸血昆虫。在发病前，为了预防疫病的发生应对栏舍、用具等进行消毒。在发生疫病期间，为了消灭病牛排出的病原体，应对病牛接触过的一切器械、物品、栏舍、场地及痊愈病牛体表进行一次彻底消毒。常用消毒方法有如下几种：
（1）煮沸消毒。适应于注射器、针头、金属器械、玻璃器皿、衣物织品、竹木器具等，一般煮沸30分钟，加入2.5％石炭酸或1％碳酸钠可以提高消毒效果。
（2）蒸汽消毒。用高压消毒锅，30分钟可以杀死全部细菌和芽孢。
（3）栏舍消毒。常用10％～20％新鲜石灰乳、5％～20％漂白粉、2％～4％烧碱溶液、20％热草木灰水、2％～4％福尔马林溶液，5％来苏儿溶液。先将栏舍打扫干净，然后将消毒液喷洒在顶棚、地面和用具上。
（4）粪便消毒。对抵抗力极强的病毒、芽孢污染的粪便必须烧毁。一般病牛粪便可利用自身发酵产生热量杀灭病原体及寄生虫卵。也可采用堆积泥封发酵或投入沼气池中发酵的办法处理。
死亡、扑杀和急宰病牛的尸体必须按四部规程分别进行高温、化制、深埋（2米以下，远离人畜房舍、水源、防止狼、犬等掘食）、烧毁（适应于炭疽）等无害化处理。治疗、护理、隔离病牛必须做好消毒防护工作。诊疗、饲养、清扫工具、场地必须消毒，防止传播疾病病原体。