（1）山地生态组分简单化，生态环境恶化。目前山地农业复合模式却存在着生态组分简单化、生态环境恶性循环的不良现状。其主要原因：①搞山地开发，缺乏合理规划布局，带来盲目性和片面性，致使资源配置不合理。②食物链由复杂向简单演变。山地物种单一，尤其是土壤微生物和天敌种群因生态因子改变和大量使用化肥、农药而日益减少。③传统清耕和不套种绿肥、导致山地农业生态环境恶化。
（2）山地土壤侵蚀，地力衰退。由于缺乏有效的水土保持防护、采用不合理的耕作措施，有些地区，如福建三明市果树园，水土流失。长期的水土流失不仅使下垫面被冲刷、根系裸露、土层变薄，而且随水土流失带走土壤中有机质和氮磷钾养分，致使土壤沙化、地力衰退。
（3）山地农业能量输入由有机能向无机能变化。20世纪60年代山地农业辅助能量输入以有机能为主，70年代以无机能（化肥、农药、除草剂、生长激素等）投入增加，80年代起则逐渐以无机能为主，辅之以有机能。这种能量输入变化，眼前虽能提高产量，获得一定经济效益，但从长远分析，却带来了一系列农业生态问题，并潜伏着严重的生态“危机”，导致农产品产量和品质下降。
（4）外界环境污染对山地农业生态的影响。20世纪80~90年代，我国乡镇工业迅速发展，尤其是水泥、化工、造纸、砖瓦等发展更快，导致空气中煤粉尘、一氧化碳、二氧化硫增加。此外，自身施用农药、化肥等也使生态农业受到严重的污染。这些外界环境污染直接影响着生态农业的正常生长发育。