事实上，谢里曼确实犯了考古的大忌，在他判断出石墙下面的第一层废墟不是他要找的特洛伊时，竟让民工残忍地用大车拖走了成千上万立方的泥土和石头，使这座遗址小丘上面几层具有考古实证价值的地层，因他的意气用事而破坏掉了。他自己颇为懊悔地申辩道：“我的目的是掘出特洛伊，我估计它是较低地层遗址中的一个，我不得不破坏而放弃较上面的地层中许多有趣的遗址。”当时一些学者愤怒地诅咒他是“特洛伊第二个破坏者”。
这个山丘下埋着一大片的城市，从上层到下层共有45英尺深，几乎每一层代表着一个城市。谢里曼判定靠近下面或最下一层是特洛伊。后来证明他的判断是准确的。在层层叠叠的废墟下面的倒数第二个城，有着厚实的城墙和高耸的城门，城内有一处昔日甚为可观的宅院，城墙上也有大火焚烧的痕迹。这就是特洛伊城，而那个院也就是普里阿摩斯王宫。
谢里曼很清楚他一生中最重要的时刻到来了，但事与愿违，他几乎挖空了占城的一半，却从没有发现一块金子。
1873年6月14日，谢里曼和雇工们到工地作最后一次努力。当他站到28英尺深靠近普里阿摩斯王宫环形墙附近时，目光突然被废物层中一个形状很特别的器物吸引住了，因为那东西后面似乎有夺目的光彩在闪烁，谢里曼的心脏顿时狂跳不已，意识到那肯定是金子。但此刻他很冷静。他知道土耳其政府派来的官员在监视自己，不会让他带走任何东西，于是便找来妻子，要她告诉工人们：今天天气太热，所以提前收工，工资照发。
在遣散雇工后，谢里曼就迫不及待地扑向那件器物，扒开边上的灰烬一看，是一件铜制器具，可要把它挖出来殊属不易，因为上面压着一截19英尺高的城墙。但谢里曼早已把安全置之度外，他在城墙下面挖啊挖，终于可以把手伸进去了，于是一件又一件金银财宝被取了出来。回到他们居住的木屋，仔细检点，发现共有金王冠2顶，还有4066个近似心形的金片、16尊神像、24条项链，以及杯、瓶、耳饰、纽扣、针、棱柱等，总计8700件各式金制物件。谢里曼认为这就是普里阿摩斯王宫的宝藏。
谢里曼设想，这些财物紧挨在一起呈长方体，可能是原来是装在一个木制箱子里的，后来木箱被战火焚毁，宝藏却保留了长方形状。他们在宝藏附近发现的铜钥匙可以验证这种推判是可靠的。希腊人攻进特洛伊城后，城内一片混乱，王宫内有人匆忙地把一些财宝装进箱子，连钥匙都来不及拔下来就仓皇出逃。走到城墙边，也许遇上了大火，也许是敌人的追赶，使他被迫丢下箱子逃之天天，而箱子也马上被倒塌的房屋和城墙所覆盖。但后人对此假设提出异议，他们认为这些财宝原是藏在王宫楼上的箱子里的，后来由于大火烧毁了王宫才使宝箱摔落到了离城墙不远的地方，因为不久在离第一宝藏只有几码远的地方以及在王宫墙脚处又发现了另外两个宝藏。于是又有人推判，这可能是当希腊人破城而入的时候，宫廷侍卫情急之中把国王的财宝装进几个大箱子，故意放到即将倾塌的城墙下面的。
谢里曼夫妇“一夜暴富”，激动的心情无以言说，而更让他欣喜万分的是，终于找到了证实特洛伊城存在的证据，实现了他一生的梦想。
为了保住这笔财富，谢里曼想尽办法在土耳其官员眼皮底下将它们偷运出土耳其。尽管这样很冒险，倒屡试不爽。
在以后的6个月里，谢里曼躲过土耳其官员的视线，在古城遗址中更为偏远的地方进行了秘密发掘，再神不知鬼不觉把装满宝藏的箱子一批批地装上船从土耳其运往希腊。这批宝物的种类之多，覆盖面之广，令谢里曼惊讶不已。
谢里曼用黄金饰物将妻子装扮了一番，仿佛要在妻子身上找到当年海伦的影子。
他感到自己像活在神话故事里一般，再也抑制不住兴奋喜悦之情，终于向全世界宣布了他的这个神奇的发现。
轩然大波
特洛伊古城被发现的消息引起轩然大波，首先人们不相信荷马史诗上的子虚乌有的城市真正存在过，更不能相信一个名不经传的局外人能发掘出一个3000年前的城市。可谢里曼手中的宝藏向世界证明一个童话的真实。用他的话说：“我没想到我会亲眼目睹荷马笔下的这座不朽的城市。”
在世人对谢里曼进行祝贺和质疑的时候，谢里曼也承受着很大的压力。土耳其政府非常气愤，斥责谢里曼掠夺了土耳其的财富，表示不甘就此罢休。土耳其政府甚至下令禁止谢里曼再次踏入土耳其的国土。
为了表示对希腊的挚爱之情，谢里曼决定把这批宝藏献给希腊政府。然而希腊政府在土耳其政府的压力下，拒绝接受这批宝藏。谢里曼无奈把它送到英国伦敦的博物馆，希望因此而授封，但英国人没有同意给他这个许诺。最后，他选定了柏林，因为德国人许诺授予他封号和勋章。于是1880年，他正式将这批宝藏送给了德国，送到了柏林。
当时德国政府还为此举行了盛大的仪式，德国皇帝亲自接见了他，场面极为隆重，后来德国人展出了这批宝物，世界各地的人们都纷纷赶来亲眼目睹谢里曼的这批黄金宝藏。
出于道义，谢里曼后来付给了土耳其2000英镑作为补偿。1876年，谢里曼被允许再次回到土耳其进行勘探考察。这次他打算发掘迈锡尼——特洛伊战争中希腊人出征远行的地方。这次的发掘比与上次逊色很多。19世纪70年代中期，他还开掘了一个称为迈锡尼的古希腊遗址——传说是征服特洛伊的希腊联军统帅阿伽门农国王的故乡。
谢里曼对迈锡尼文明的发现，将欧洲历史的序幕提早了1000年或更早。在那个遗址，谢里曼发现了又一个有价值的宝藏——“皇家墓地”，其中有金饰点缀的遗骸，还有一个男性骷髅戴着的一个黄金面罩，被称为“阿伽门农面具”。
1890年，68岁的谢里曼离开了人世。他被安葬在希腊，受到国葬的礼遇。他逝世3年后，他的有关特洛伊遗址的论断被人们所推翻。
考古学家德尔费德根据新的发掘材料，认为地层下第六座城才是荷马诗所说的特洛伊遗址，而谢里曼至死不疑的特洛伊第二座城在特洛伊战争前1000年就已经存在了。上世纪30年代，英国考古学家布列经研究后进一步指出，真正的特洛伊战争遗址也不在第六文化层，而在第七文化层，因为导致第六文化层城堡毁灭的原因是地震而不是战争。推算各地层所属年代的主要权威是威廉·多朴菲尔德，他在1882年被谢里曼雇佣来监督发掘工程进展。据他断言整个废墟遗址由九个不同地层构成。谢里曼认为的倒数第二层遗址比推算的要古老的多；荷马史诗中早已描述过的特洛伊，即公元前13世纪的特洛伊，会在新近得多的地层，即遗址的六层中找到。谢里曼还是接受了威廉耐心收集的证据，认为有这样的可能性，即他所发现的宝藏可能不属于普里阿摩斯国王。在他去世之前，他承认：
他所发现的艺术珍品可能比普里阿摩斯在位的年代要早1000年。
谢里曼去世后，威廉在西沙里克遗址上继续探察，并成功定位了第六层城市的部分遗迹。这是谢里曼的民工尚未破坏掉的部分。威廉宣告，这才是“真正的”特洛伊。现代考古学家已经证实了他对年代的推算。只有美国考古学家卡尔·布勒根认为第七层的城市才最有可能是传奇中的特洛伊。
另外，现代考古学家认为，谢里曼发现的“阿伽门农面具”制作时间比阿伽门农国王（如真有其人）在位的时间早几百年。由此看来，谢里曼也错认了阿伽门农。
尽管有众多争议，但考古专家都一致认为谢里曼把西沙里克作为特洛伊遗址的所在地是准确的。德国考古学家玛夫锐德·柯夫曼他认为，《伊里亚特》史诗描述的事件是否曾经发生不太重要。他这样说道：“我相信，《伊里亚特》描述了历史事件的核心：战争确实在这个地势险要的地区不停地发生……”
另一位史学家也说就其意义和价值而言，特洛伊城的发现并不比哥伦布发现美洲大陆逊色！
特洛伊黄金失踪之谜
谢里曼去世后，他的妻子索菲亚继承丈夫的事业，在土耳其指导考古发掘工作。他们的儿女们也成为新一代的考古工作者。然而谁能想到，半个世纪后第二次世界大战爆发，收藏在柏林博物馆的特洛伊城黄金宝藏不翼而飞。这件事在当时被称为现代考古史上的最大秘密。
据称，第二次世界大战期间，德国的艺术珍宝（包括特洛伊的黄金宝藏）被统统打包，藏进了地下碉堡，以防不测。但在大战结束的一片混乱中，取胜的俄国和美国军队占领了德国，许多珍藏品不是被士兵抢走，就是作为获胜方的战利品而被没收，曾经转移到柏林动物园的特洛伊黄金宝藏也不见踪影！
二战结束时，德国人声称，特洛伊宝藏已在盟军占领柏林时被毁掉了。但不久传出消息，前苏军曾从德国运走了这批宝藏。关于宝藏是如何落入前苏联之手，前苏联和德国各执一词。前苏联人说，当炸弹开始大规模轰炸柏林时，柏林博物馆的那位老馆长做了他惟一能做的事来挽救那些宝藏——他去找能碰到的第一批盟军士兵——前苏联人，并把宝藏交给他们妥善保管。而德国人却说盟国的军队进驻柏林后，下令没收一切德国的和外国来的艺术品。
这些东西都是盟军用暴力夺走的。多年以后，德国人要求前苏军归还这些战利品，但前苏联人一再声称特袼伊黄金宝藏的确在二战中被毁掉了。人们似乎都信以为真，没有人想着再去找它。
但沉寂了近半个世纪的特洛伊黄金宝藏悬案在1991年又一次成为热门话题。
1991年的春天，普希金博物馆正在处理一些旧文件。
莫斯科两个学艺术的学生正好路过那里，便主动帮助处理文件。这两个学生早就听到人们谈论普希金博物馆里的地下密室藏着了战争时期运来的巨额宝藏。20世纪80年代以来，他们查阅了许多官方文献，但只找到很少一些有关宝藏的线索。然而这次上帝赐给了他们难得的机会，使他们找到了相关文件。文件中详细记录了二战时前苏联军队是如何从德国运回宝藏的。
原来前苏联人当时把这些宝物装上了一辆卡车运到机场，尔后再用飞机运回莫斯科。到达目的地后，又用一辆货车运往普希金博物馆，存放在入口通道下面的一个很小的地下贮存室。1945年至1949年期间，世人对普希金博物馆里舶秘密议论纷纷，似乎是一个公开的秘密。这批珍藏品当时只向考古学家、古物鉴赏专家及一些政界要人开放。可是到1949年，博物馆却突然宣布不再对外展览这些珍藏品，并将其秘密地藏了起来。
后来，冷战开始，有关这批战利品的消息被视为国家的最高机密。每个人都收到严格的指示，只有官方才有权过问的这批宝藏，必须绝对保密。
如果有人问前苏联是否藏有这批宝藏，官方的答案总是否定的。在以后的50年里，每天都有成千上万的参观者通过这里，然而他们却不知道世界上最大的一笔财富就在他们的脚下。
这两个学生的发现使普希金博物馆的秘密得到进一步的证实，苏联人想隐瞒也不行了。正值当时国际政治的微妙变化，前苏联政府想与欧洲国家做朋友，想尽快恢复自己的声誉，迫于这些压力不得不承认，他们已经发现这批黄金被藏在某个地下室里。
前苏联还透露，在20世纪90年代曾对这批黄金作过碳定年代法的测试，却发现谢里曼黄金形成的时间要比普里阿摩斯国王和荷马诗人所处的时代还要早1000年。这种说法正好与考古学家威廉的说法一致。
当时前苏联人只同意展出谢里曼发掘的黄金宝藏，但并没有打算把它们归还给德国。他们的理由是，德国人在二战中也从苏联掠夺走大量的财富，至今尚未归回。他们的国家在战争中遭到巨大的损失，谢里曼黄金仅仅是战争的胜利者应该得到的战利品而已。但是德国政府的态度非常坚决，他们认为自己才是这笔财富的合法主人。因为谢里曼是德国公民，而且他生前已经把这些宝藏送给了柏林博物馆。
另外，土耳其、希腊等国也声称这笔黄金财富该归他们所有。土耳其认为，这一宝藏最初在他们的领土上发现的，应属于土耳其国家所有。希腊认为，谢里曼的第二任妻子索菲亚是希腊人，而且这批黄金最初是被运到雅典之后才送往柏林的，所以希腊对这批财富享有所有权。英国人也声称自己该拥有这笔财富，因为二战即将结束的时候用来存放这批宝藏的地下室是在他们所管辖的区域范围之内。于是，特洛伊城的黄金又成为有吏以来最有争议的宝藏。
而这一切争议对特洛伊宝藏的发现者谢里曼来说已没有意义。他的传奇发现已向世界展示了一种失落的人类文明，为我们开启了通向这一古代文明的大门。