当“贝格尔”号驶入太平洋时，达尔文已经放弃了他回家当牧师的计划，而决心做一名博物学家。因为在沿海南美洲的西岸北上的航行中，他耳闻目睹了越来越多的有关自然力量的种种表现，也明白了自然的力量能发挥什么作用。他亲眼看到了一座火山在瞬间吞噬了四周的物种，也看到了一场地震毁掉了一座小镇。1835年9月15日，达尔文在加拉帕戈斯群岛登陆。这是一座以动物命名的群岛，意为“巨龟”。达尔文对这个无人居住的群岛的最初反应是沮丧的。可“贝格尔”号围绕着群岛航行了一个月，在一个又一个岛屿上作了停留。达尔文对自己所见到的一切日益入迷，群岛孕育着许多神秘的事物使他感到做一个博物学家的乐趣和迷惘。
大地树懒的神秘消失也使达尔文感到迷惑不解。尽管大地树懒在冰期末期的灭绝几乎是一个不争的事实，但如何解释它的消失却是个难题。许多科学家怀疑是人类的到来使这些动物陷入绝境，因为像树懒这种行动缓慢，反应迟钝的动物面对超级肉食者人类来说，很少有幸存的可能。
但是包括达尔文在内的许多科学家认为，事件可能不会那么简单，在辽阔的美洲草原，人和自然的力量相比显得那么微不足道，在19世纪，有关大洪水的解释普遍流传。根据《圣经》所述，由上帝降赐的这场洪水是为了惩罚邪恶的世界。在洪水中，世界上大部分生灵都在诺亚方舟中得到拯救，而大地树懒和其他一些动物就没有那么幸运了。它们被洪水吞噬，这些物种也就灭绝了。
达尔文像其他基督徒一样通晓《圣经》，但有关洪水的说法，使他感到不安，传统上的牧师所讲授的世界历史只能追溯至几千年前。但是被后来的科学家们所证实的几百万年的世界历史似乎更接近事实。在达尔文他们看来，发怒的上帝降赐的洪水并不是突发的，而是缓慢形成的。洪水遗留下了火山、河流和海洋，生存条件的改变，导致了巨兽的灭绝，但为什么不是全部死亡呢？较小的同类，以及三趾树懒、犰狳和水老鼠又是如何适应这种环境的呢？
具体地说，比如生活在澳州树上的三趾树懒，排泄时必须爬到地上来，但是由于它行动缓慢，地面上的捕食者很容易伺机将其捕捉。按照物竞天择的说法，这种动物应该很容易被淘汰。但是这些动物早已生存很久了，而且许多动植物在生理结构上百万年间都没有重大改变。
现在科学研究表明，世界上的某种因素可能限制了每个物种和种群。这也是达尔文的思想。但达尔文也不能肯定这种生物种群的控制是如何奏效的，但他确信它发生过。他认为有时这种控制过于严格，过于有效，而使某一种类的动物数目开始下降了，变得越来越稀少，直至灭绝。稀有动物可能更容易遭遇灭顶之灾，古代的怪兽比如大地树懒就发生了类似的情况。
就像解释恐龙灭绝一样，大地树懒的消失也传递了许多不可思议的神秘信息。