战争快结束时，前苏联政府成立了一个寻找琥珀屋的组织，他们紧随前苏联红军开进德国，在战争的废墟中到处寻觅，却一无所获。
1949年年底，经过多方调查，终于获悉奥内斯克城的德国人格诺萨斯知道琥珀的踪影。于是，搜寻队立即找到了这个德国人。当搜寻队问他知不知道琥珀屋的下落时，格诺萨斯十分自信而干脆地回答：“是的，我知道琥珀屋——它被沉到波罗的海的海底了。德国人在1945年1月曾把一批财宝，包括琥珀屋丢入了大海中。”根据他的指点，搜寻队动用了两艘船在海底打捞上来17个大木箱子，然而打开一看，里面装的根本不是琥珀屋，而是滚珠轴承和汽车部件之类的东西。看来，这是一个精心制造的骗局，自以为知情的格诺萨斯也上当了。
搜寻队并不气馁，这根线断了，他们又去寻找其他线索。搜寻队在研究了大量的原始材料后，发现罗德博士是一个十分重要的人物。罗德是德国一个艺术权威，战前便发表过不少关于琥珀的著名的专题论文。他对琥珀的研究造诣很深，有“德国琥珀专家”的称号。1939年左右，他出任柯尼斯堡博物馆馆长，成了柯尼斯堡琥珀收藏品的管理人。纳粹分子把琥珀屋从叶卡捷琳娜皇宫中偷出来，运到柯尼斯堡后便交给了罗德博士，由他负责管理、研究并进行拼装。罗德博士收到这件旷世珍宝时高兴得欢呼雀跃，自认为是世界上最幸福的人。
罗德博士经过一番精心琢磨之后，决定把琥珀屋编入美术馆的目录，并将其重新组装起来，放在博物馆内展览。琥珀屋组装后开始在小范围内展出。不久，柏林有名的文物杂志《万神庙》上，便出现了罗德博士洋洋洒洒介绍琥珀屋的文章。
1943年底至1944年初，斯大林格勒大血战结束，苏军消灭德军90万人，苏德战场的形势开始逆转。苏军冒着暴风雪顽强地向西挺进。纳粹头子和要人纷纷撤至距离波苏边界很近的蒂尔西特和柯尼斯堡等地。随着形势的吃紧，一列列满载的火车开出了柯尼斯堡南站，一艘艘满载的货船驶离了海港。与此同时，英国空军也不断派飞机进入柯尼斯堡，进行骚扰和轰炸。原普鲁士国王居住的王宫在一次轰炸中起火，设在王宫中的博物馆面临被炸毁的危险。琥珀屋和各种琥珀收藏品的命运使罗德博士心急如焚。因此，就在普鲁士王宫被炸的当天，罗德博士就下令拆卸琥珀屋，装箱待运。然而这些装着旷世奇珍的箱子究竟有没有运离博物馆呢？关于这个问题人们莫衷一是，但谁也无法确切地说出它们的下落。有人断言，琥珀屋还在柯尼斯堡，埋于某个秘密地点。然而，俄罗斯人在柯尼斯堡掘地三尺，却没有找到琥珀屋一丁点儿碎片。
前苏联的搜索队决心一定要找出琥珀屋。他们把眼光重新集中到有关的资料上。经过一番查找，他们发现有个叫库尔任科的俄罗斯妇女，曾在罗德博士的博物馆里工作过。
1958年，经过多方调查，搜寻队找到了库尔任科——她那时在科斯特罗马教育学院讲授美术史。她刚过中年，衣着考究，十分精干。一听说搜寻队是来调查琥珀屋等博物馆展品的，她便有些紧张，但是很快就平静了下来了，她向搜寻队提供了一些十分重要的情况。她说：“1944年11月14日，我跟罗德博士一起到了维尔登霍夫。罗德把我介绍给施威林伯爵之后，便把我带到了一个大房间中。房间里有许多加封的箱子。罗德博士说，柯尼斯堡博物馆的所有展品都已经装在这些箱子中待运。至于琥珀屋，我一点儿情况也不知道，我倒是问过他一些关于琥珀屋的问题，可他却从不正面回答我，而总是把问题绕开。此后，我们的话题就再未涉及到过琥珀屋了。况且，战局的变化，使我精神负担很重，博物馆那么多展品交给我了，我能保证它们的安全吗？”库尔任科坦诚地说。
接着，她又说道：“1945年1月22日，形势越来越糟糕，施威林一家打算离开维尔登霍夫，而且希望我跟他们一起走。可我决意不去，我要留下来照顾博物馆的财产。1月23日，德国部队为了阻止红军开过维尔登霍夫，要我把自己住的房子腾出来供部队驻扎。德军进入庄园，看见这些箱子，便歇斯底里地发作起来。他们说，箱子太沉，不好搬运，用来作燃料倒蛮不错。我见势不妙，便威胁德军军官说：‘你们必须为这些价值连城的文化财富负责，否则，军事法庭不会饶了你们！’德军军官哼了一声，扭头便走了。但他身边的一伙暴徒狂呼乱叫起来：‘决不能把这些东西留给俄国人……’他们一边喊叫，一边破坏。我试图上前阻止，可无济于事，他们几下子就把我推搡到一边去了。正当我感到绝望之时，突然，城里燃起了一片大火，炮声隆隆，红军进攻了。火光中人影绰绰——德军开始撤离了。我想，那些箱子完了。我望着熊熊的大火一筹莫展。我就这么站着，一直站到早晨5点半，直到苏联红军进了城。我立即去找红军首长，要求派人去抢救那些财产。可是，现场除了烧焦的木头和圣像之外，我们什么东西也没有找到。整个城堡已变成一片灰烬。”从库尔任科这些话看来，琥珀屋早已被转移走了。
1945年4月，美国巴顿将军的先头部队在德国魏玛附近的默克斯盐矿矿井下，发现了纳粹秘密窖藏的一个宝库，仅黄金就有285吨，总价值52亿美元；图书珍本200万册，就是惟独不见最珍贵的琥珀屋。
德国战时的柯尼斯堡地方长官科克，西逃时被盟军俘获，被波兰政府判处死刑，前苏联政府照会波兰政府暂缓处决。科克向苏方透露：琥珀屋仍在世上，镶板装箱埋在柯尼斯堡郊外，但具体位置记不起来。
美国的寻宝专家奥尔福德从各种档案文件中查寻宝物的踪迹，在原东德的奎德林堡发现了一个纳粹的宝库，里面有德军从世界各地搜刮来的大批艺术珍品，但仍然没有找到琥珀屋。
就这样，搜寻琥珀屋的线索三续三断，搜寻队员无不感到万分懊丧。
然而，与此同时，有不少好心的德国人也在帮助俄罗斯人寻找琥珀屋。其中值得一提的是《自由世界》杂志，这家杂志为此特地登载了一则启事：“战争期间，纳粹分子从苏联抢走了大量文物，有些至今下落不明。现在苏联朋友正在寻找琥珀屋，若有谁知道相关的情况或线索，请直接函告《自由世界》，我们不胜感激。若要求保密，我们决不泄露情报来源。”《自由世界》杂志的这份启事吸引了不少人。信件从柏林、莱比锡、汉堡、慕尼黑、柯尼斯堡像雪片一样飞往《自由世界》。其中，一封化名鲁道夫·林格尔的信最引人注目，它重新燃起了搜寻队寻找琥珀屋的热情。
鲁道夫·林格尔的信是这样写的：“我父亲叫乔治·林格尔，战争爆发时，他在希特勒的卫队和秘密警察署里工作，掌握着一支由中央帝国安全局直接指挥的特种部队，在国内和德国侵占的外国领土上活动。由于他卓越的成就，战争结束前他得到了不少胸章和奖章。就在他逝世前一个月，向我讲述了他的平生经历，谈话中他曾提到琥珀屋和其他琥珀收藏品，说它们都藏在斯泰因塔姆的地下室中。我问他那个地下室在哪儿。他看着我，笑了笑，说我太年轻，不要什么都刨根问底。我父亲于1947年10月在格赖茨医院病逝。1948年1月的一天，我无意中走进家里的地下室中，发现了一个写得密密麻麻的日记本，上面记下了近100多条命令和执行命令的情况，其中的两份文件直接跟琥珀屋的转移有关。”
就在这封信中，林格尔附上了这两份文件。
林格尔上校：
立即在柯尼斯堡执行“绿色行动”计划。命令你把琥珀屋转移到B城的指定地点。完成任务后，按计划把入口伪装起来。若建筑尚完好，必须夷为平地。
中央帝国安全局：
根据中央帝国安全局的指示，已将30箱琥珀板和琥珀收藏品移交运输部。转移琥珀屋的任务已完成。按指示对入口进行了伪装，爆炸十分成功。