1945年春，日本的海上运输线被美国海军切断，制空、制海权损失殆尽。但当时日本还扣押着英、美等国战俘和侨民16．5万人。除日本本土外，分别关押在中国的沈阳、青岛、上海和台湾等地。英、美等国通过国际红十字会和一些中立国家，要求日本派民用船承运红十字会送给盟国战俘和侨民的救济物资。美国向日本承诺，在日本至中国东北、青岛、上海、台湾航线，以及日本至东南亚航线上，保证运送救济物品的日本民用船只的安全。日本决定动用“阿波丸”来完成这项任务。日本政府并保证该船只用来承运战俘和侨民所需的生活物资。然后，“阿波丸”按美方的要求，两舷漆上了绿色油漆，中间勾画出白十字，夜间航行时用灯光把白十字照亮。所以，无论是白天还是晚上，船上的十字标志都十分明显。
就这样，装有枪炮的“阿波丸”号摇身一变成了运送救济物品的“红十字”和平船。
根据协定，“阿波丸”撤掉了高炮和护卫兵，装上英、美、加拿大等国红十字会和国际红十字会送给盟国战俘和侨民的救济物资约2000吨。然而，聪明的日本人并没有完全按美国的要求去做，起航前秘密地装上了约600吨的军火及飞机零件，并在包装箱上贴上红十字标志，准备悄悄送往驻东南亚日军。而且有关国家提供的资料曾表明，“阿波丸”号上“装有金锭40吨，白金12吨，未加工钻石15万克拉，工艺品40箱，锡3000吨，橡胶2000吨，铝2000吨等。”但聪明反被聪明误，日本人怎么也没想到，“阿波丸”这次出海，竟成为死亡之行。
1945年2月17日，“阿波丸”由日本门司起航。途经台湾、香港、西贡、新加坡，于3月10日到达印度尼西亚雅加达港口。3月18日自雅加达开出返航。当时驻东南亚日军人心惶惶，军政要员们争夺“阿波丸”乘船证逃回日本。凡拿到登船证的军政要员都化装成伤兵，由士兵和医护人员扶上船。
3月24日，“阿波丸”到达新加坡，停靠4天后继续返航。开始日本人还担心那个绿底白十字不行，许多人还在舱内求神拜佛。第二天早晨，果然有两架美国飞机飞临“阿波丸”上空，船上人员吓得面无血色。好在这两架侦察机绕船飞一圈就走了。此后再也没见飞机跟踪，日本人感到虚惊一场。
然而，“阿波丸”怎么也没想到，美国海军的一艘鱼雷潜艇早就紧紧地盯上了它。第三天上午，忽然有人报告发现美国潜艇，跟“阿波丸”并排航行，潜艇驾驶台上还有几个美国水兵用望远镜观察着“阿波丸”。一会儿潜艇钻入水下消失了，但这并没有引起日本人的重视。
当“阿波丸”进入台湾海峡时，在值班巡逻的美国“皇后鱼”号潜艇也发现了“阿波丸”号。观测员向艇长拉福林报告：在牛山海面有一个巨大的目标在飞速行驶。拉福林艇长命令紧紧跟踪这个目标。经过测定，行驶目标航速达18海里，在牛头岛的北纬20°26′61″，东经120°08′01″。拉福林认为一般非军事船只没有如此快的航速，他们断定这是一艘日本的驱逐舰！
“阿波丸”发现“皇后鱼”号已逼进，船长并没有在意，照样快速前进。“皇后鱼”号发出“停车受检”的信号，“阿波丸”置之不理。带有复仇心理的拉福林艇长下令“鱼雷攻击”。在相距1万米的距离上，4只鱼雷间隔100米从水下飞速扑向目标。接着就是巨大的爆炸声，大约15分钟后，“阿波丸”就在海面上消失了。“阿波丸”上2009人中只有三等厨师下田勘太郎一人幸存。当时他正在船上看书，突然爆炸的冲击波将他从床上抛到海里，后来是美国“皇后鱼”号把他救起。“阿波丸”的许多情况就是他战后回忆提供的。
时间飞逝，一眨眼“阿波丸”号便在历史的记忆中暂时消失了三十余年。直到1977年3月，经当时中国国家领导人******批准，******、中央军委联合下达文件，决定打捞“阿波丸”沉船，“阿波丸”号才继续引起人们的关注。福建省有关领导组成代号为“7713”的领导小组。成立了工程指挥部，联合组成了打捞作业船队，于1977年5月抵达福建平潭。展开了中国历史上最大一次在远海及复杂海况和敌情下的打捞工程。这一重大工程牵动了陆海空三军。海军受命派出了潜水打捞小分队。
按照美国卫星探测到的方位，开始寻找海底“阿波丸”沉船。工程指挥部决定先派人探摸沉船情况。“阿波丸”沉船海域风大流急，气象复杂多变，按潜水规定，空气潜水装具的最大极限深度是60米，而沉船在近70米处。作业海区雾大风大，海涌借着风势，一浪高过一浪。因为海域复杂，潜水员随时都有生命危险。这项艰巨任务就落到了海军潜水打捞小分队官兵的身上。
下潜开始了。在近70米的海底，潜水员汤东征的呼吸越来越急促，甲板上的指挥员从话筒里听到他气喘不已的声音，大声地喊道：“汤东征，如果身体承受不了，就马上出水！”然而汤东征知道，第一次下潜关系到整个打捞工程能否顺利进行，他硬是坚持下来了。沉船在水下已几十年，倾斜的沉船如今已几乎被水草、海葵、珊瑚、废鱼网淹没了。他仰首看去，船体就像一座巨大的高山似的盘踞在海底。水下伸手不见五指，为以防万一，汤东征抽出了******，他开始从船底探摸。然后从右舷到左舷，并判明了船的走向和倾斜度。
工程指挥部决定分割船体，先切割船首。根据海军潜水员的建议，经过反复论证，认为切割的最佳位置在船口和首楼之间的一半左右。船首高10余米，宽20余米，而且三层舱，双层船底。指挥部决定先炸掉沉船桅杆，派汤东征进行了中国首次60米以下深水爆破作业，将20多公斤烈性炸药送到6个大气压下引爆，一次成功。
1980年6月30日，上海打捞局“大力”号开始起吊“阿波丸”船首，钢缆在出水40米后，竟断了一股。第二次又失败了。经再次下潜调整拴缆位置，第三次起吊终于成功。“阿波丸”沉没30多年后，终于在水面露出了“阿波丸”三字，重见天日。
1980年的打捞行动，经过潜水员上千次的水下作业，潜水员从“阿波丸”上打捞出大量尸骨、锡块、橡胶块等物，但并没有找到所谓的金银财宝。打捞后期，在桅杆底部发现一个图纸上没有的秘密舱室，许多人猜测这里很可能就是金库。潜水员满怀希望地在水下切割，打开了这个秘密小舱室，结果里面装的是一些钳子、铁环、大螺钉。但中国打捞“阿波丸”只是吊起船头，切割爆破，打捞到第六舱，还有三分之二的沉船残骸没有捞起，沉船上还有许多地方潜水员根本就无法进去。
《光明日报》出版社社长李树喜认为，“阿波丸”确是日本军国主义在二战失败前夕从东南亚撤回的一条万吨巨轮，据记载，船上秘密装载了日军掠夺来的大量贵重金属、工艺品、珠宝，是已知沉船史上丧生人数最多、价值最高的沉船。由于当时美日之间约定“阿波丸”是运送人道主义物资而日本方面又偷偷装载了武器弹药以及贵重物资，“阿波丸”事件在许多方面至今还是未解之谜，如：“阿波丸”究竟是和平船还是战争船？美潜艇将其击沉，是有意还是误会？2009名乘员为何只有一人逃生？自爆装置是否引爆，船上的黄金、珍宝究竟有哪些？至今为世人关注，被称为“阿波丸之谜”。有关部门曾经接触过国内外提供的大批“阿波丸”的情报资料，然而，由于当时注重了黄金珠宝而把另一个重要的“北京人”的信息“疏漏”了。
李树喜认为，从“北京人”头盖骨遗失的脉络看，最后是美国军医弗利带着“北京人”标本乘专列到秦皇岛，然后打算乘船经菲律宾马尼拉返美的。但还没有来得及上船，弗利便成了日本人的俘虏，“北京人”由此下落不明。据最后为“北京人”封箱的胡承志老人的分析，宝物极可能落在了日本人手中。鉴于日本军方的一些头领也是文化特务，而该船惟一幸存者下田勘太郎后作证说：“阿波丸在每个经停港口都卸了货又装了货”，“阿波丸”的滨田船长也曾秘密上岸和海军长官联系，“阿波丸”极有可能秘密装载了“北京人”头盖骨。
李树喜还说，在“阿波丸”初步打捞中，竟然发现了伪“满洲国”政要郑禹的家藏小官印（玉印）及郑孝胥安葬时分赠后人的圆砚，砚上有“郑公孝胥安葬纪念”字样，而历史记载“阿波丸”乘员全部是日本人。这说明，日本人搜罗携带了中国北方的文物宝器上了“阿波丸”，也是“阿波丸”可能装载“北京人”的有力的旁证。因种种原因，只捞取了放在甲板上和舱内的货物，而未能作全面打捞。
看来，只有等到把“阿波丸”完全打捞上来才能最终查清楚其所隐藏的神秘信息。