从历史和科学的角度看，武夷山具有突出、普遍价值，不仅能为已消逝的古文明和文化传统提供独特的见证，而且与理学思想文明有着直接的、实质性的联系。
1．武夷山的“古闽越”、“闽越族”文化遗存是业已消逝的古代文明的历史见证。
武夷山具有丰富的历史文化遗存。早在4000多年前，就有先民在此劳动生息，逐步形成了国内外绝无仅有的偏居中国一隅的“古闽族”文化和其后的“闽越族”文化，绵延2000多年之久，留下众多的文化遗存。反映这一时期文化特征的主要有“架壑船棺”、“虹桥板”以及占地48万平方米的汉代闽越王城遗址。
在武夷山东部绝壁岩洞中的架壑船棺、虹桥板是古先民丧葬遗存，距今3000多年。棺中的棉布残片是中国迄今发现最早的棉纺织品实物。武夷架壑船棺是现今国内发现年代最久远的悬棺。因而，武夷山被考古学家认为是悬棺葬俗的发祥地，其实物是研究我国先秦历史和已消逝的古闽族文化的极为珍贵资料。
占地48万平方米的汉城遗址，具有极高的历史文化和研究价值。它是中国长江以南保存最完整的一座汉代古城址，在创建选址、建筑手法和风格上独具一格，是中国古代南方城市的一个典型代表，在中国和世界建筑史上占有重要地位。现已发掘出土大量珍贵文物，如日用陶器、陶制建筑材料、文字瓦当、铁器青铜器等，分别代表当时先进的生产力，体现了中国文明的最高水平，为研究汉代闽越族盛衰及江南经济文化发展史提供了重要的实物资料。
2．朱熹(1130～1200)是继孔子之后中国历史上最伟大的思想家、哲学家和教育家。他集孔子学术思想之大成，形成儒学思想文化的杰出代表——朱子理学，被钦定为官方的正统哲学思想，构筑了中国宋代至清代(13世纪至20世纪)700余年间一直处于统治地位的思想理论，代表具有普遍意义的传统民族精神，影响远及东亚和欧美诸国，成为东亚文明的体现。至今，国外还保留着日本朱子学、朝鲜朱子学(退溪学)等，吸引着世界上几十个国家的专家、学者致力于理学思想的研究。在德国特里尔大学、荷兰国立莱顿大学、瑞典斯德哥尔摩、美国哥伦比亚、哈佛、夏威夷等地大学都开设有攻读朱子学博士学位的研究院。1982年以来，在夏威夷、厦门、武夷山、台北召开了4次国际朱子理论研讨会，探讨理学文化与儒学思想的渊源关系和发展历程以及朱熹理学的现实影响。
武夷山与朱子理学有着不可分割的联系。朱子理学在武夷山孕育、形成、发展。朱熹从14岁到武夷山，直到71岁去世，在武夷山从学、著述、授徒、生活50余年。朱子理学在这里萌芽、成熟、传播。朱熹在武夷山创办的武夷精舍等书院成为当时最有影响的书院，直接在武夷山受业于朱熹的学者达200多人，许多成为著名理学家，形成有影响的理学学派。在朱熹的影响下，历代理学家纷纷以传道为己任，在武夷山溪畔峰麓择基筑室，著述授徒，仅宋元间在武夷山创立书院的著名学者就有43位，使武夷山成为理学名山。中国著名历史学家蔡尚思教授赞誉：“东周出孔丘，南宋有朱熹。中国古文化，泰山与武夷”。朱熹及其门人、后人在武夷山的活动，为武夷山留下极其珍贵的文化遗存，如书院遗址武夷精舍、有朱熹等理学家富有哲理的题刻，“逝者发斯”、“修身为本”、“智动仁静”等、有现存朱熹撰写字数最多的“武夷神道碑”、还有朱熹创办的社仓等等。这些文化遗存，对研究朱子理学和儒学的兴衰演变以及中国哲学理想史都是非常珍贵的，是中国传统文化的瑰宝。