支付清算系统也称支付系统，是一个国家或地区对交易者之间的债权债务关系进行清偿的系统。具体来讲，它是由提供支付服务的中介机构、管理货币转移的规则、实现支付指令传递及资金清算的专业技术手段共同组成的，用以实现债权债务清偿及资金转移的一系列组织和安排。
我国支付清算系统建设的目标是建立以中国现代化支付系统为核心，各商业银行行内系统为基础，票据交换系统、卡基支付系统等并存的支付清算系统。
我国目前有中央银行和国有商业银行两大类系统、三条支付清算渠道。第一条渠道：中央银行支付清算系统，包括2000多家同城清算所、全国手工联行系统和全国电子联行系统。第二条渠道：国有商业银行联行往来系统及其辖内（内部）往来系统，大约三分之二的异地支付是通过这些系统进行清算的。第三条渠道：商业银行同业之间的异地跨系统资金划转，视汇出行或汇入行所在地区机构设置的特点，采用“先横后直”、“先直后横”、“直横再直”的方式，对开账户，相互转汇。同地划转则采用对开账户，直接往来或单向开户往来方式。这种方式主要是用于未建立同城票据交换的小城镇或矿区。
为了更好地发挥中心银行的职能作用，改进金融服务，促进社会主义市场经济发展，2000年月10月人民银行党委决定，要调整定位，借鉴吸收，完善需求，加快中国现代化支付系统建设。2002年10月8日大额实时支付系统首先在北京、武汉投产试运行成功，标志着中国现代化支付系统建设取得了突破性进展。随后，按照“先大后小，边建边用”的原则分批在全国推广运行。到目前为止，支付网络已延伸到各地市61569个金融机构网点，业务范围迅速扩大，业务量大幅攀升，从山西省支付业务运行情况来看，日均来往帐业务由原来的4000笔增长到1，2000笔，金额由6400万元增长到1300亿元，而每笔业务汇划时间不超过60秒，极大地加速了社会资金周转，促进了辖区经济发展。
中国现代化支付清算系统的建设已取得阶段性成果，具有我国特色的新的支付清算体系逐步形成，产生了显著和社会效益和经济效益。但在支付系统运行中，还存在一些不容忽视的问题，主要表现在：
1、组织机构不够科学。中国现代化支付系统建有两级处理中心，即国家处理中心（C）和城市处理中心（CCPC）。国家处理中心设在人民银行总行，由清算总中心负责治理维护，城市处理中心设在各省（区）省会城市人民银行清算分中心，全省的支付业务都要经城市处理中心处理转发。因此各省清算中心处在重要的节点位置。但各省清算中心定位一直不够明确，多数只是隶属于营业部的一个清算科或支付岗，对大额支付系统“业务集中到省”的工作造成治理、协调上的困难和尴尬，无法真正落实“谁运行，谁治理”的原则，从而影响系统的稳定运行。
2、运行治理机制相对滞后。大额支付系统运行以来，还未针对其业务处理特点及时制定完整的业务操作规程和系统维护办法，对参与大额支付系统的各参与者也缺乏相应的制度进行督促和制约，使得支付系统的运行治理存在漏洞。同时由于体制和熟悉上原因，只把城市处理中心当作一个孤立的系统，甚至把它混同于各参与网点，不利于清算中心与各参与机构建立长效的协调机制。缺乏畅通的沟通渠道，就不能在系统运行发生问题时做出快速反应，有效启动应急方案，及时处理突发情况，很可能会导致严重后果。
3、人员素质有待于提高。
中国现代化支付系统连接各银行机构和相关业务系统，支撑各种支付工具的应用，支持范围广，处理的业务种类多，是一个庞大而复杂的系统。但是就目前体制及其它因素的影响，大多清算中心在人员配置方面不如人意，人员不够稳定，技术力量严重缺乏，有些城市数据处理中心由于人员少，岗位调配不合理，出现一人多岗现象，既是系统治理员又是系统操作员，同时还兼业务主管，集多种口令于一身，极易造成大额支付系统运行风险。