1917年5月29日，肯尼迪在马萨诸塞州的布鲁克莱恩出生，他也因此成为第一个在20世纪出生的美国总统。
肯尼迪的父亲年轻时是一名成功的商人，后来进入政坛，曾经一度做到驻英大使。他给孩子们灌输了一个残酷的理念，包括“强迫自己一定要赢，以及一种发自内心贡献社会的责任”。
富裕的家世让肯尼迪有了一个还算安逸的童年。但不幸的是，肯尼迪的身体太差了，他一生都在与各种疾病做着斗争。
在三岁生日前三天，肯尼迪患上了恶性猩红热。从13岁那年的秋天开始，他患上了一种无法确诊的疾病，后来确诊为爱迪生氏症。这种疾病使得他的内分泌发生紊乱，免疫力降低。他的兄弟开玩笑说：“肯尼迪如此体弱多病，蚊子叮咬他，都可能让他冒生命的危险。”
为此，肯尼迪一直以类固醇类药物来抵御爱迪生氏症带来的身体虚弱的影响，并依赖大量的镇静剂、止痛药、睾丸素、抗生素和安眠药等来对付其他并发症。
糟糕的身体也影响了肯尼迪的学业，1931年他因阑尾炎被迫辍学。后来他在乔特中学读书，由于骨瘦如柴的外表，还有了一个“耗子脸”的绰号。
1935年肯尼迪在伦敦经济学院学习，但他患上了黄疸病。那年秋天，他进了普林斯顿大学，又由于阑尾炎的不断发作而退学。
1936年7月，肯尼迪申请进入哈佛大学学习并被顺利录取。在哈佛大学学习期间，肯尼迪曾两度到欧洲访问。
1937年夏季，他用了两个月的时间在法国和英国旅行。受1929年那次经济大萧条影响，美国因实施新政开始恢复，而欧洲则出现了纳粹政权。肯尼迪此次游历欧洲，就是要对这些情况进行探询。
1939年春季，肯尼迪再次访问了伦敦和罗马等地。作为一名罗马天主教教徒，他还有幸地从教皇庇护十二世那里领受了圣餐。
在哈佛期间，肯尼迪最为骄傲的一件事就是，他的毕业论文《慕尼黑的绥靖政策——英国民主从裁军政策缓慢转化为重整军备政策的必然后果》获得成功，当时《纽约时报》专栏作家阿瑟·克罗克帮助他进行了风格方面的修改，并根据丘吉尔的作品《英国沉睡的时候》，给肯尼迪论文改了一个标题——《英国为什么沉睡》。
最后，这篇论文变成了一本畅销书，销量巨大。肯尼迪成为了年轻的作家，并获得了4万美元的稿费。
虽然肯尼迪的身体一直不好，但他的学习成绩却不错。1940年6月他以优异的成绩从哈佛大学毕业。
哈佛毕业之后，肯尼迪曾经一度到斯坦福大学商学院学习，但因为健康问题，他后来又回到了美国东部。
在此之后，肯尼迪曾经希望进入部队服役，他先是被陆军拒绝了，接着又被海军拒绝了。原因很简单，肯尼迪的背部、结肠和腹部都有疾病，这种体弱多病的年轻人任何一个部队也不愿意要。
肯尼迪并没有就此放弃，他找到了艾伦·柯克上校。肯尼迪父亲做驻英大使时，这个人曾经是大使馆里的海军武官，现在他负责华盛顿特区的海军情报局。有了柯克上校的帮助，肯尼迪终于于1941年10月，以海军少尉的身份到海军情报局外国情报处工作，成为一名情报资料传递人员。