1946年8月19日，克林顿生于美国阿肯色州霍普镇，他也因此成为第一位在“二战”后出生的总统。
克林顿的生父叫威廉·布莱斯，是一名零部件推销员，就在克林顿出生不久前，布莱斯在芝加哥买了一套房子，准备到阿肯色州接怀孕的妻子。就在这段路上，布莱斯汽车突然爆胎，他被抛到路边的一个小水沟里。因为被摔晕了，布莱斯就在这只有几英寸深的水沟里淹死了。
虽然克林顿并没有见过自己的生父，但生父的去世对克林顿影响很大，他认为父亲的过早去世，让他更加急于获得成功。
克林顿的母亲是一名麻醉护士，为了到新奥尔良完成一年的麻醉学学习，她把克林顿交给自己父母抚养。在外公外婆的精心培育下，克林顿热爱读书，很懂礼貌。
当时，美国南部仍然处于种族隔离状态，克林顿的外祖父却打破社会惯例，允许所有种族的人以赊账的形式购物。他还教育克林顿，要平等地对待任何人，包括黑人。
大概在克林顿4岁时，母亲和一个叫罗杰·克林顿的汽车推销商结婚，克林顿的不幸童年也由此开始。
这个叫罗杰的继父经常酗酒，酗酒之后就经常殴打克林顿的母亲，有一次竟然开了枪，子弹打到了墙上。母亲报了警，警察才把他带走。
在此之后，继父还是经常把克林顿母亲打的遍体鳞伤，直到14岁时，克林顿才鼓起勇气警告继父，以后不要再打他母亲。
尽管在家中遭遇了这么多的不幸，但克林顿却一直保持乐观，他在16岁时还把姓氏由“布莱斯”改为“克林顿”，以至于很多邻居都不知道克林顿家中发生的家庭暴力。
克林顿甚至不把自己心里的苦闷告诉母亲，以减轻母亲心理的负担。多年后，母亲接受采访时说：“我当时的确没有觉察到他生活得很艰难，不过回头想想，我的确可以体会到他为保护我而承担的巨大责任。”
不仅有来自家庭的不幸，克林顿小时候还遭遇过一头公羊的攻击，克林顿在自传里说：“那时我只有七八岁，公羊把我撞倒了，那时我很小，来不及脱身，刚站起来又再次被撞倒，接连有10多次。那是我经历的最为惨痛的一次伤害，事后不得不去医院缝合伤口。”
不幸的童年生活影响了克林顿的性格，因为受继父的伤害太多，他逐渐形成了不愿意和人结怨的性格，连克林顿自己都承认，自己在很小的时候就练出了“维和技能”。因为不愿意得罪人，克林顿后来也因此受到了一些批评，人们称他为“圆滑的比尔”。
尽管家庭不幸给克林顿的童年抹上了一层阴影，但克林顿不仅学习成绩很好，而且还喜欢参加各种课外活动。当时，克林顿和另外两个小男孩组成了一个小型爵士乐队，因为三个人表演的时候都喜欢戴上墨镜，所以这个乐队又被称之为“三只瞎老鼠”乐队。
1956年，克林顿家买了第一台电视机，只有10岁大的克林顿非常喜欢观看艾森豪威尔与史蒂文森为总统大选所进行的竞选活动，多年后克林顿还说：“我当时真是着了迷，我是家里唯一一个看完竞选全过程的人。”
虽然喜欢观看政治竞选活动，但这个时候的克林顿并没有想从政，他此时的理想是做医生或者音乐家。直到一件事的发生，克林顿的理想才发生了改变。
1963年，还是高中生的克林顿作为阿肯色州少年代表，到华盛顿参加了童子军全美大会。在华盛顿，克林顿曾经和参议院外事委员会主席富布莱特共进午餐；后来，他又在白宫的总统花园，见到了当时的总统肯尼迪。
这次会见改变了克林顿的理想，从这个时候起，克林顿决定自己长大后要像富布莱特、肯尼迪那样，成为一名受人尊敬的政治家。