1743年4月13日，杰斐逊出生于弗吉尼亚古克兰特县的夏德维尔农场，他是家中的第三个孩子。
杰斐逊的父亲叫彼得·杰斐逊，是个殷实的烟草种植园主，具有较高的文化素养和社交能力，在当地颇有名气和威望，曾任地方民兵指挥官和弗吉尼亚议会议员。杰斐逊的母亲叫简·伦道夫，她的家庭背景显赫，其先祖据说可以追溯至苏格兰国王大卫一世。
良好的家庭条件使杰斐逊很小的时候，就能够接受到良好的教育，其方式就是请家庭教师。杰斐逊家的家庭教师，不仅教孩子们学习文化知识，还经常带他们到大自然中去，培养他们向社会学习的兴趣，向他们灌输严谨求实、奋发向上的精神。
杰斐逊无忧无虑的生活一直持续到他14岁时，这一年他49岁的父亲彼得·杰斐逊突然去世。父亲的突然去世对杰斐逊的打击是很大的，但父亲去世留给杰斐逊的遗产也是丰厚的。彼得·杰斐逊留下的遗产是近八千英亩土地和一百余名奴隶，而且根据遗嘱，小杰斐逊成年后将成为这笔产业的主要继承人。
和这些物质上的遗产相比，父亲留给杰斐逊最大的财富是教育。父亲在遗嘱中特别叮嘱杰斐逊，要接受最好的教育。父亲的这个叮嘱，让杰斐逊终生受益。
1757年，杰斐逊来到詹姆斯·莫里牧师所办的学校就读。父亲让杰斐逊接受最好的教育，但杰斐逊为何为找一个牧师做老师呢？
实际上，这个叫詹姆斯·莫里的牧师水平很高，他不仅培养了杰斐逊，还培养了詹姆斯·麦迪逊、詹姆斯·门罗，他们三人后来分别是美国第三任、第四任和第五任总统。一个牧师培养了三位美国总统，可见“名师出高徒”这句话，在任何地方都是成立的。
杰斐逊跟随詹姆斯·莫里学习的时间，只有2年左右。在这段时间内，詹姆斯·莫里启发了杰斐逊的语言学习能力，并培养了杰斐逊对名著原文的欣赏能力。
离开詹姆斯·莫里之后，杰斐逊进入威廉·玛丽学院。在这里，杰斐逊学习非常刻苦，据说他每天的学习时间长达15个小时。
在威廉·玛丽学院，杰斐逊再次遇到了一个名师，他就是威廉·斯莫尔。斯莫尔的主业在自然科学方面，但他在人文社会科学方面的学识也相当渊博。
杰斐逊跟随斯莫尔，学习了自然科学、哲学、修辞、文学等科目。对于斯莫尔这位老师，杰斐逊后来评价说：“是他塑造了我的命运”。
斯莫尔不仅教会了杰斐逊许多知识，又给杰斐逊介绍了两个重要的人物：一个是弗吉尼亚殖民地的副总督弗朗西斯·福基尔，一个是美国第一个法律教授乔治·威思。
平日里，四人经常在一起用餐，一起品赏名著，一起交流学习心得，一起纵谈天下大事，言谈之中时时迸发出的思想火花，让年轻的杰斐逊兴奋不已。杰斐逊后来对这段经历评价道：“我听到了一生中最多的、最深刻的、理性而富有哲学意味的谈话。”
从1762年开始，杰斐逊跟随乔治·威思学习法律。在此期间，杰斐逊认真攻读了枯燥乏味的《英国法律机构》和其他法律书籍。这段经历让杰斐逊更加博学，这也为他以后的法律生涯和起草《独立宣言》，打下了坚实的法律基础。
1767年，经过五年的学习，杰斐逊在弗吉尼亚州获得了律师资格。此时的杰斐逊，风度翩翩，才华横溢，一个美好的前途正在向他招手。