以阔端派兵进藏和邀请萨迦·班智达至凉州为开端。蒙古统治者与西藏僧俗上层正式建立了联系，并初步确定了依靠萨迦派实行对西藏统治的方针。蒙哥即位后，一方面派兵征进，一方面对新征服的西藏地区调查户口，实行分封，并改变了阔端时依重萨迦派的方针，改为对各派一律依重、分而治之的方针。噶玛噶举派有依靠西夏政权扩大和发展势力的历史和经验，因此，以噶玛拔希为代表的噶举派对蒙哥和阿里不哥表现出了比对忽必烈更多的热情。年轻的萨迦派教主八思巴却一直追随忽必烈，直至忽必烈取得帝位，被尊为国师、帝师。萨迦派依靠元朝最高统治者的支持在藏传佛教各派中占有了明显的优势地位，提高了本派的影响，扩大了本派的实力。在元朝统治的大部分时间里，萨迦派在西藏具有实权地位，他们是元朝在西藏各项政策的执行者。元朝一方面通过对萨迦昆氏家族的控制，以宗教和世俗上层维系其对西藏的控制，一方面在广大藏族地区建立各级政权机构，进行直接统治。
宪宗蒙哥时期，大汗及其同母诸弟和窝阔台子阔端在西藏都有封地，诸王在封地内设有类似管理中原封地最高长官的达鲁花赤一样的守土官。这时的分封，只限于乌思藏地区，尚未扩展至阿里。到忽必烈即位后，随着中央集权化的加强，在其确立了对包括阿里地区在内的整个西藏的统治后，没有再实行分封，而代之以派遣皇子西平王奥鲁赤出镇西藏地区。
中统元年（1260），忽必烈以八思巴为国师，掌管佛教事务。至元元年（1264），在元朝中央政府设总制院。掌释教僧徒和西藏事务，以国师八思巴统领院事，桑哥兼总制院使。至元二十五年（1288），“桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之”奏请，于是，“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名为宣政院”①。宣政院是专管佛教和西藏地方事务的中央机构。置院使二员、同知二员、副使二员，其人选则军民通摄，僧俗并用。西藏军民事务皆隶属宣政院管辖，小规模的军事活动，由宣政院直接处理，或置分院往镇；有大征伐则由宣政院会同枢密院讨论决定。
总制院设立的同时，国师八思巴返回西藏，协助蒙古贵族建立西藏地区的行政体制。同时，忽必烈又委派总制院使答失蛮前往，沿途清查户口、物产、道路等情况，为建立驿站和更好地治理西藏作必要的准备②。
蒙古在统一西藏的过程中，最早建立的是乌思藏十三万户。“它是蒙古统治者针对当时乌思藏分裂、割据的客观形势，因地制宜地采用的一项颇为策略的政治措施。其中的伯木古鲁、必里公两万户是蒙哥于1254年左右招封的。其余诸万户则是在至元五年（1268）及其以前逐渐建立的。万户长都是左右一方的豪族，他们是蒙古统治者按照其原有的势力和功劳宣授的蒙古官职。由大蒙古国大汗颁赐证券和虎符。对万户的封赏削夺权，掌握在蒙古国大汗手中。
各万户直接代表其所属的百姓接受蒙古国的统治，从而排除了各地方势力成为独立于蒙古国之外的行政实体的可能，使之在承认蒙古国统治的前提下，实行分而治之。蒙古统治者作为这些万户间不可缺少的平衡力量，有效地控制了西藏地区。当萨迦派取得了高出于其余各派的优势后，萨迦本钦（又作本禅，意为大官）作为乌思藏三路军民万户，是当时乌思藏地区的最高行政长官。其办事机构为乌恩藏纳里速古鲁孙三路军民万户府。
“至于各级官职。有十夫长、五十夫长、百户、千户、万户、路达鲁花赤。若管辖三个路，则称为路军民万户，赐给水晶印。在吐蕃，此官职曾封给本钦释迦桑布。”③
十户、百户、千户、万户这种十进制的地方行政组织是蒙古社会的组织形式，五十夫长即五十户的行政长官，五十户组织藏语称“达果”，又称“马头”。这种组织不见于蒙古和西藏社会，当来自汉地的村社。为稳定社会秩序，发展生产，元朝在汉地普遍建立了村社，作为社会的基层组织单位。随着对西藏统治的确立，内地的这种社会组织也被推行到了西藏，并成为当地征收驿站支应的基本单位。
至元十七年（1280），元朝在前后藏地区设置了乌思藏宣慰司，二十九年（1292）又将乌思藏宣慰司与纳里速都元帅辖区合起来，设置乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰使司都元帅府，它的辖区包括除今昌都专区以外的西藏自治区全境和现在国境外的列城等地。“宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布予下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则止为元帅府。”乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰使司都元帅府与通常在远离行省中心地区设置的宣慰司有所不同的是它并不隶属于行省，而是中央宣政院在西藏的派出机构，负责宣政院与乌思藏纳里速之间下传上达的任务和军民事务，“由于乌思藏各万户、千户与内地州县有很大的不同，又有萨迦本钦总管（十三）万户的事务，所以乌思藏宣慰司直接管理各万户的事务不多，它主要的职责是传宣政令。管理驿站和元朝在西藏的驻军”④。
除在西藏设置宣慰司外，元朝在藏区还设有吐蕃等处宣慰使司都元帅府（管理朵思麻地区）和吐蕃等路宣慰使司都元帅府（管理朵甘思地区）。
蒙古国和元朝曾经在西藏进行户口调查和征收赋税；为“通达边情，布宣号令”⑤，在内地通往西藏的沿途设置驿站；为控制西藏的局势，维持西藏政局的稳定，在当地驻有军队。
括户工作早在宪宗时已经进行，那时的括户目的是为分封提供依据。元世祖及其后诸帝，也多次在西藏调查户口，从而留下了当时西藏人口数目的确切记录。至元元年（1264），答失蛮赴萨迦，沿途曾清查户口、物产和道路险易。五年（1268），“即阳土龙年年初，由朝廷派来的金字使臣阿衮与迷林二人，对俗民、土地以及冠以大蒙古之名的根本户数进行了清查，此年之后的二十年，即火猪年（至元二十四年，1287），由大衙署派来的和肃与乌努汗二人，与本钦宣努旺秋一起，按照大清查的规定，统计了户口”⑥。当时统计户籍的办法是：有六根柱子面积的房子，有能下十二蒙古克种子的土地，有夫妇、子女、仆人共计六人，牲畜有乘畜、耕畜、乳畜等三种，山羊、绵羊等，共计二十四头只，这样一户人家称为一个蒙古户，五十个蒙古户称为一个达果（马头）。两个达果称为一个百户，十个百户称为一个千户，十个千户称为一个万户。按照规定建立的万户，都划分出六个千户为教民。这次清查户口是在整个乌思藏纳里速地区进行的，清查的结果是整个西藏地区共有36453个蒙古户（帐），其中纳里速和藏地方共计15690户，乌恩地方共有20763户。这是西藏有史以来最早、最确切、最详细的人口统计数字。
古代山水画鉴赏至元元年答失蛮进藏的一个重要任务就是选择适宜建立大小驿站之地。仿照汉地驿站之例，建立驿站。自此以后，自汉藏交界处至萨迦，总共设立了二十七个大驿站。它们是由朵思麻站户（支应的）七个大站，在朵甘思设立了九个大站，在乌思藏设立了十一个大站。
由乌思地方（前藏）入支应的大站有索（西藏索县）、夏克（怒江上游源头处）、孜巴、夏颇、贡、官萨、甲哇（此五站地址不详，当分布在藏北草原一线）等七个。
由藏地方（后藏）之入支应的大驿站有达（今西藏日喀则专区南木林县东的达拉）、春堆（今日喀则北，当即《永乐大典》所记的宋都思）、达尔垅（今日喀则西南，当即《永乐大典》所记的答笼站）、仲达（当即《永乐大典》所记的撒思迦站，仲达意为仲曲河谷，当由流经萨迦寺前的仲曲河得名）。初设在萨迦西北不远处的仲达地方，后移至萨迦等四个⑦。吐番地区的驿站同其他各地一样，在重要驿站设有脱脱禾孙（蒙古语，意为“查验者”），负责盘查往来使臣及持驿卷文书由驿站供应饮食乘马者，防止诈伪。藏区驿站的设置，无疑方便了使者的往来和号令的下达。
在西藏设置驿站的同时，就规定了“各个万户支应驿站的办法”。还委派一名同知院事带着管领吐蕃驿站的诏书，管理当地驿站，“使吐蕃二十七个驿站保持安宁，使上师、本钦、蒙古和吐蕃的金字使者们来往路途平安”。初，各驿站的人畜支应，分别由各相关万户负责。后来，有的驿站则由蒙古驻军负责，而由相应的藏地万户提供牲畜、物资⑧。
为了确保西藏的稳定，维持地方秩序，镇压反叛活动，元朝在西藏驻有军队，在乌思藏宣慰司下设有蒙古军都元帅二员，他们可能隶属于设在陕西风翔的蒙古军都万户府。当西藏有重大军事行动时，由枢密院拨给宣慰司指挥，任务完成后再归原建制。至元十六年（1279），总政院使桑哥率领七万蒙古军讨伐贡噶桑布，大军返回之际，桑哥将其中的一部分留在西藏，担任警卫和哨所驻军，警戒西路蒙古和驻守藏北，保障各寺庙的安全，还拨出部分军队负责驿站事务。
元世祖忽必烈“命宗王将兵镇边徼襟喉之地”，以第七子西平王奥鲁赤出镇吐蕃。西平王府设在“朵哥思麻地之算木多城（今青海互助县松多）”⑨，奥鲁赤的封地也在这里，他平时驻扎在朵思麻之地，遇有吐蕃发生变故，随时可领兵入藏，以尽其镇戍之责。他和他的儿孙作为镇守一方的宗王，一直负有保卫西藏安全的重任⑩。
元朝从政治、经济、军事上对西藏地区都实行了有效的管理。西藏从此正式纳入祖国版图。
注释
①《元史·百官三》、《元史·桑哥传》。
②《汉藏史集》称，忽必烈派答失蛮前往萨迦，对他说：“现今吐蓄之地无主，仰仗成吉思汗皇帝之福德，广大土地俱已收归（我朝）统治。萨迦喇嘛也接受召请，担任我朝的上师。上师八思巴叔侄，其学识在我等之上，如今也在我朝管辖之下。答失蛮……，速往萨迦一次，使我听到人们传颂强悍之吐蕃已入于我薛禅皇帝忽必烈治下，大臣答失蛮已到达萨迦的消息。”并指示：“自萨迦以下，可视道路险易、村落贫富。选择适宜建立大小驿站之地，仿照汉地设立驿站之例，立起驿站来。”
③《汉藏史集》。
④关于西藏地区的军政机构设置，参见韩儒林《元朝中央政府是怎样管理西藏地方的》，载《穹庐集》；陈得芝《元代乌思藏宣慰司的设置年代》，载《元史及北方民族史研究集刊》；沈卫荣《元朝中央政府对西藏的统治》，载《历史研究》1988年第3期；陈庆英《元朝在西藏地区设置的军政机构》栽《西藏研究》1992年第3期。
⑤《元史·兵志》。
⑥《汉藏史集》。
⑦朵思麻指安多地区，元代的朵思麻路当包括青海黄河以南、黄河河源以东的藏族地区及今甘南藏族自治州的西部、四川阿坝的北部。朵甘思即通常所说的康区，这里当指今青海玉树、西藏昌都专区北部、那曲专区东部和四川甘孜州北部地区。参见《汉藏史集》和陈庆英《元朝在藏族地区设置的军政机构》。
又《经世大典》载“乌思藏……其大站二十八所”，比《汉藏史集》所记多一站。
⑧《汉藏史集》载：“藏北的驿站，如索、夏克、孜巴、夏颇、贡、官萨、甲哇等大站，由吐蕃乌思地方各个万户的站户连续驻站支应，十分艰苦费力，乌思地方的人不适应藏北气候条件，故一再逃亡。驿站所在之地奇寒难忍。蒙藏来往使臣、商客，沿途得不到乌拉供应，己照料。按照众人的请求，大臣桑哥命令卫普尔、巴、拉克等军北的部队。拨出一部分人负责驿站事务，并规定乌思地方各个万达果为单位。将马匹、驮畜、乳畜、肉羊、供给驿站的青稞、褐布、帐篷、马鞍、坐垫、绳具、炉子、卧具、医药费以及人员统统交给蒙古人。从此，乌思地方的人，不必在藏北驻站，而是每年派人把应交付给驿站的物资运送到藏北交给蒙古军。”于是驿站常有乌拉供应，而藏民的负担也有所减轻。
⑨《元史·世祖纪》；仁钦扎西：《西平王府今地考》，载《青海社会科学》1986年第6期。
⑩《汉藏史集》载：薛禅皇帝（元世祖忽必烈——引者注）的次妃所生之子奥鲁赤。受命管辖西土之事，驻于汉藏交界之处。亦曾前来乌思藏，多次镇压反叛。奥鲁赤之子铁木儿不花也服事萨迦大寺，做了许多利益教法之事。铁木儿不花之子老的，承袭其父的爵位，未到西藏。铁木儿不花的次妃所生之子搠思班。受封为（镇西武）靖王，前来乌思藏，在江孜的山脚下击溃西蒙古的军队，并将止贡派的“官巴”处以死刑。