在肯定基金市场重要作用的同时，我们必须清醒地看到，这几年我国证券投资基金虽有了快速的发展，但比起国外的基金业，基金总体规模仍然偏小，基金占股票市值的比重远远低于发达市场的水平，其作用发挥有限；由于发展时间不长，经验不足，与国民经济和证券市场的发展要求相比还有较大差距；基金管理公司的治理结构、内控机制尚待完善，投资运作水平有待进一步提高；基金管理公司管理水平和人员素质参差不齐，难以适应市场竞争的需要。
（一）证券投资基金管理者的权利与责任、利益与风险不匹配，对基金持有人利益保护不够
这种状况的产生，是由证券投资基金管理者的某些薪酬制度设置的不太合理引起的。比如基金管理费是支付给基金管理人（基金公司）的报酬，是基金管理人主要的利润来源。一般公募基金是按照其所管理基金资产净值的一定比例从基金资产中提取，也就是说管理资产的规模越大，管理费收取的越多，和基金的盈利情况无直接关联。这种不太合理的薪酬制度，使证券投资基金管理者的权利与责任、利益与风险不匹配，对基金持有人利益保护力度不够，很容易出现基金管理人为自身利益而牺牲基金持有者利益的情况。
2008年8月29日，《上海证券报》报道，2008年上半年，59家基金公司旗下364只基金净亏损1.08万亿元，创历史同期的最高亏损纪录。与此同时，基金公司188亿元的管理费却“旱涝保收”，成为投资者心中不满的一个症结。基金公司的盈利，不直接和基金持有者的盈利相关联，就很容易出现基金公司为了追求规模而牺牲基金持有者利益的情况。由于基金管理人员的收入不能够同基金持有者的盈利挂钩，在基金的运作中还容易形成老鼠仓。这就是用自有资金买入股票后，再用自己控制的证券投资基金拉高相应股票价格后，通过出售个人所购买的股票进行盈利。这是一种以损害基金持有人利益为手段自肥的非法行为。还有上市公司或相关庄家先买入自己的股票，然后基金在上市公司利好公告的配合下拉升股价并掩护出货。大基金公司往往成为利益输送的首选，因为它们管理着更多的资产可以调用。当然在这之后上市公司将向基金经理和基金公司付出一大笔好处费。
（二）基金管理缺乏长期的激励机制，容易导致优秀人才的流失
公募基金在基金管理激励机制方面缺乏长期的激励机制，使得基金的业绩表现与基金管理人自身收益的关联度缺乏紧密联系，容易诱使个别基金在操作上不作为。因为没有相关比较好的配套激励措施，人才招募各方面也造成一些困难，而激励机制和灵活性是私募基金相对于公募基金的突出优势，私募基金开出一个优厚的薪酬条件，就把公募基金的人才挖走了。
2007年4月18日《证券日报》报道，2006年内共有130只基金发布基金经理变动公告，其中104只属于原有基金经理离职，占基金总数的33.88%。2007年上半年，基金经理离职更多达163次，约占基金经理总数的41%。如此大量的基金经理离职，固然有他们自身的缘由，但根源还在于公募基金缺失激励机制。
私募基金的股权结构以及对基金经理的激励要比公募基金灵活。公募基金公司的股东仅局限于机构，而私募基金往往采取合伙人制度，基金经理也可以成为私募基金的合伙人并分享投资收益。除了收入因素外，压力太大，压力与收入不成比例，也是导致公募基金经理选择离开的因素。部分基金经理会因考核压力，出现过于注重短期收益而牺牲长期收益的现象。出于排名和考核压力，在相关时间段内，基金经理可以故意通过同一基金公司旗下的基金抬高特定基金的业绩，造成此基金业绩优秀的假象。
（三）基金投资品种较少，创新不足
首先，目前国内的金融产品不多，基金投资品种较少。国外基金投资品种除了股票、债券、权证等品种以外，还包括期货、黄金、外汇等，而中国基金的投资范围显然不能够与国外成熟市场同日而语。其次，创新流于形式，缺乏实质性创新。虽然多数基金公司已经从过去的复制、拆分、大比例分红等被动创新，向细分市场与客户、设计差异化产品转变，但是目前多数基金产品的创新还是流于形式，缺乏实质性创新。创新不足、同质化严重以及定位模糊是造成新基金发行难的重要因素之一。基金产品的创新，很重要的问题在于创新之后是不是能够提高基金的收益。对于大多数基金公司而言，想做到真正的投资运作方面的创新，实际上是相当困难的。
（四）“基金扎堆”，雷同化现象较为严重
与股市一样，基金在体制上也有许多先天的不足，一是基金的发行缺乏足够的市场差异，造成了其后基金的投资理念、手段方法等各方面的雷同。二是只能单边做多或做空的股票市场也是造成市场各方尤其是机构投资者持股集中度较高的重要原因。
基金的雷同化现象，是导致市场价格过度波动的一个重要因素。当某些先知先觉的基金率先买入某些股票，这些股票价格的上涨导致基金资产净值大幅提升以后，追逐市值提升的动机必然促使越来越多的基金加入买进的行列，由于基金交易金额巨大，从而推动股价大幅上升；反之亦然。可见，基金的雷同化现象加剧了某些股票的价格波动。更为重要的是，基金在股票市场中起着风向标的作用，如果众多基金同时卖出大量价格不断下跌的股票，会对整个股市信心造成重大打击，甚至引起股市的崩溃。
我国相关法规规定，一只基金持有一家上市公司的股票，其市值不得超过基金资产净值的10%。这项规定旨在从制度安排上实现基金的分散投资，防范基金过于集中地持有某一家或几家上市公司的股票而形成的投资风险，但是这项强制规定主要限于单只基金。对于同一家基金管理公司旗下的多只基金而言，持仓结构受同质化的投资策略及选股程序影响，势必造成整体侧重于持有某几只相同股票的现象。如果将这一因素放大到整个基金行业来看，最终形成的结果同样也是市场上人们俗称的“基金扎堆”现象。可见相关制度的安排并没有对基金是否真正分散投资形成实质性的影响，投资策略到底是选择激进还是保守、集中还是分散，主动权完全掌握在基金管理者手中。从国内开放式基金的运作情况来看，大部分基金的持仓比重随着市场的牛熊周期变换呈现出整体趋同的特征。
（五）QDII类基金产品尚未走出封闭期就跌破净值
据中评社香港2007年11月28日电，QDII类基金产品尚未走出封闭期就跌破净值，出乎市场各方预料，也给前期争相抢购的投资者当头浇了一瓢冷水。根据日前基金公司公布的数据，南方、华夏、嘉实和上投摩根4只QDII产品净值分别为0.947元、0.915元、0.8940元、0.9080元，跌幅分别为－5.30%、－8.50%、－10.60%、－9.20%。
从QDII产品开始发行，到QDII产品正式扬帆海外，在QDII宣告全线亏损前，我们看到的是几乎所有的市场机构、投资者对投资海外市场的过分乐观和充满自信，而对投资海外市场可能的风险却很少有充分的认识和揭示。现在看来，正是对投资海外市场的盲目乐观，导致当时的宣传至少给投资者形成了如下的误导，即中国流动性过剩，泄洪势在必行；二是国际市场危机正是我们抄底的大好时机；三是基金在国内充分显示了专家理财的功能，参与国际市场同样会给投资者带来丰厚的回报。正如一位市场人士所形容的那样，当初不对QDII投资者进行风险教育而只说布局全球，分享全球经济成长，这种带有过分功利性的宣传，其结果只能是弊大于利。必须承认，QDII绝对不是“垃圾”，它是分散风险的好工具，错就错在没有在风险之前揭示风险，反而积累了更多的风险。