濠州经过长期围攻，不但粮秣缺乏，兵力也衰减得多。元璋想办法，弄了些盐，到怀远换了几十石米，献给子兴。细想二王和诸帅，胸襟太窄，眼光太短，怕成不了什么气候，要做一番事业，得凭自己有队伍，才有力量。打定主意，请准了假，回到钟离，竖起招兵大旗。少年伙伴徐达、汤和等几十个人，听说元璋做了红军头目，都来投效。不过十天工夫，就招募了七百人，子兴大喜。至正十三年（公元1353年）六月，派元璋做镇抚，从此，就一跃成为带兵官了。一年后，又以罕功升作总官。
彭赵二王管军无纪律，随便做坏事，不听劝，也不能改，子兴又兵力单弱，做不了主张。元璋认为一起混下去，会出毛病，不如自己单枪匹马，向外找出路，把新兵交代了，禀准了主将，带领贴身伙伴徐达、汤和等24人，南游定远。使个计策，招降了张家堡驴牌寨三千民兵。向东半夜里袭击元将张知院，收降民兵男女七万口，挑拣得两万壮士，成为浩浩荡荡的一支队伍。用朱元璋自己的话来形容，真是：“赤帜蔽野而盈冈。”
元璋得到大量的生力军，立刻重新编制，加紧训练。他最看重纪律，在检阅新军时，特别指出这一点，他恳切地训诫将士说：“你们原来是很大的部队，可是毫不费事就到我这边来了，原因在哪里呢？一是将官没有纪律，二是士卒缺乏训练。现在我们得建立严格的纪律，做到严格的训练，才能建功立业，这样大家才有好处。三军听了，无不喜欢。”
定远人冯国用、国胜（后改名胜）两兄弟，原来是地主，天下大乱后，团结地方上的佃户和乡民，建立堡砦自卫，听说元璋军队的纪律不错，带领部队来投效。元璋端详这两兄弟，装束很像读书人，行动说话都和一般老百姓不同，就问如今该怎么办。国用以为建康（元集庆路，今南京）这地方，形势极好，书上有“龙蟠虎踞”的话，是多少代帝王的都城，先占了这地方做根本，站稳了逐步发展，扩充地盘，不贪子女玉帛，多做好事，得到人民的支持，建功立业不是难事。元璋听了极高兴，留下做幕府参谋，把两家部队合并编制，南下攻滁州（今安徽滁县）。
在进军滁州的路上，定远人李善长到军门求见。善长头脑清楚，有智谋，善于料事，学的是法家的学问，和元璋谈得极为投机。元璋问什么时候才能太平昵？善长劝他学汉高祖，因为汉高祖也是平民出身的，气量大，看得远，也看得宽，会用人，又不乱杀人，五年工夫，便打平了天下；元朝政治一团糟，已到了土崩瓦解的地步，濠州和沛相去不远，如能学学这位同乡，天下太平也就快了。元璋连声叫好，留下做掌书记，同时嘱咐：“如今群雄四起，天下糜烂，仗要打好，要紧的是参谋人才。我看群雄中，掌书记和做参谋的幕僚，总说将士的坏话，将士无法施展，自然打不了胜仗。你要做一个桥梁，调和将士，不要学他们的样。”从这时候起，元璋心目中时时有个老百姓出身做皇帝的同乡在，说话、办事、打仗，事事都刻心刻意地学习。善长呢，也一心一意做桥梁，沟通将士和主将，以及将士们的意见，尽心尽力，提拔有能力和有功的，让大家能安心做事。
滁州守军力量单弱，元璋的前锋黑将军花云单骑冲破敌阵，战鼓打得震天价响，大军跟着推进，一霎时便占领了这所名城。元璋亲侄文正，姐夫李贞带着外甥保儿（后改名文忠）得到消息，奔来投靠，才知道二哥三哥也已去世了。大家哭了一场，又伤心又欢喜，伤心的是一家人只剩了这几口，欢喜的是这样乱世，还能团聚：“一时会聚如再生，牵衣诉昔以难当。”定远人沐英父母都已死去，孤苦可怜。元璋把这三个孩子都收养做义子，改姓为朱。原来收养义子是当时流行的风气，带兵的将领要培养心腹干部人才，喜欢把俊秀勇猛的青年收养，不但打仗时肯拼命，在要紧关头，还用来监视诸将。沐英在军中称为周舍，又叫沐舍，舍是舍人简称（文武官员的儿子叫舍人）。元璋义子除文正、文忠、沐英以外，还有二十几个。后来所占城池，专用义子做心腹和将官同守，如得镇江用周舍，得宣州用道舍，得徽州用王驸马，得严州用保儿，得婺州用马儿，得处州用柴舍、真童，得徽州用金刚奴、也先，此外还有买驴、泼儿、老儿、保儿、朱文逊等人。柴舍即朱文刚，在处州死难；道舍即何文辉；马儿即徐司马；保儿即平安；朱文逊小名失传，在太平阵亡；王驸马、真童，金刚奴、也先、买驴、泼儿、老儿，复姓后的姓名可惜都失传了。至正十八年（公元1358年）胡大海、李文忠占领严州后，两人闹意见不和，元璋批示帐前都指挥使司首领郭彦仁，派他说和两人说：“保指挥我之亲男，胡大海我之心腹，前者曾闻二人不和。且保指挥我亲身也，胡院判（大海官衔枢密院判官的简称）即我心腹也。身包其心，心得其安；心若定，身自然而定。汝必于我男处丁宁说知，将胡院判以真心待之，节制以守之，使我之所图易成，只此。”李文忠代表元璋亲身监视大将胡大海，并有节制之权，这一个例子说明了义子的作用，也说明了元璋对大将的不放心情形。
单是用义子监视，还怕诸将靠不住，另一办法是留将士的家眷做抵押。这法子在刚渡江时便实行了。元璋统兵取集庆，马夫人和诸将家属留在和州（今安徽和县），到取下集庆以后定下规矩：“与我取城子的总兵官，妻子俱要在京住坐，不许搬取出外。”“将官正妻留于京城居住，听于外处娶妾。”规定极严格。将官顾虑妻子安全，自然不敢投敌以至反叛，平时征调差遣，也不敢不听话了。
此外，还提防将官和读书人勾结，规定：“所克城池，令将官守之，勿令儒者在左右议论古今。止设一吏，管办文书，有差失，罪独坐吏。”凡是元朝官吏和儒士，都要由朝廷选用，逃者处死，不许将官擅用。这是因为读书人谈今说古，拿历史上的事情和现今一比，将官省悟了难免生是非，左思右想，不是好事的缘故。
当元璋进攻滁州时，濠州的红军主力由彭大、赵均用率领，攻下了盱眙泗州，两人性情不合，为郭子兴的事结下怨，竟闹翻了。均用和孙德崖四个合成一气，彭大抵不过，事事不称心，手下得力的人，也逐渐被均用收买过去，气闷不过，发病死了。彭大的儿子早住接着也称鲁淮王，年轻，比均用矮一辈，又会敷衍说好话，均用没把他看在眼里，倒也相安无事。接着，是郭子兴代替了彭大做出气孔，左也不对，右也不对，做一事，说一句话都被挑眼。几次借题目要害子兴，碍着元璋在滁州有几万人的部队，做决裂了怕坏事，于是出主意下令牌调元璋来守盱眙，一箭双雕，一窝子收拾掉。元璋明白这道理，委婉地推辞移防，说有军事情报，部队动不得。又使钱买通王府的人，拿话劝均用，不要听小人挑拨，自剪羽翼，惹人笑话，万一火并了，他部下不服，也不得安稳。针锋相对，均用摆布不得。说话的人又劝好好地待子兴，让他出气力占地方，保疆土。成天有人说话求情，均用软了，竟放子兴带原来人马一万多人回滁州。元璋把兵权交出，三万多兵强马壮的队伍，旗帜鲜明，军容整肃，子兴大喜。
至正十四年（公元1354年）十一月，元丞相脱脱统兵大败张士诚于高邮，分兵围六合。
张士诚小字九四，泰州白驹场人，和弟士义、士德、士信一家子都靠运官盐贩私盐过活。贩私盐赚大钱，和伙伴们大碗酒大块肉，幺五喝六，过得极舒服，入伙的人日渐加多，都听士诚调度。贩私盐是犯法的，常时卖盐给大户，大户吃住是私货，不但说闲话挖苦，有时还赖着不给钱，弓兵邱义尤其作践他们。士诚气愤不过，趁天下大乱，带着兄弟和李伯升、潘原明、吕珍等十八壮士，杀了邱义和仇家大户们，一把火烧了房子，招兵买马，攻下泰州高邮，占了三十六盐场，自称诚王，国号大周，改年号为天祜，这是至正十四年五月间的事。
元兵围六合，六合主将到郭子兴处求救。六合在滁州东面，万一失守，下一被攻击的目标便是滁州，要保滁州，就非守住六合不可。郭子兴和六合主将有仇恨，元璋费尽唇舌才说服了他们化干戈为玉帛。元兵号称百万，无人敢去，推称求神不许，元璋只好讨了令箭，统兵出救。元兵排山倒海似的进攻，城防工事全被摧毁，拼死地抵住，赶修了堡垒，又给打平了，眼看守不住，只好把六合的老弱妇孺掩护撤退到滁州。元兵乘胜进攻，元璋在中途埋伏，打了一个胜仗，得到好多马匹。却顾虑到孤城无援，元兵如添兵包围，不困死也得饿死，忍气打点牛酒，派地方父老把马匹送还，哀求说全是良民，不敢造反，团结守护是为了自卫，情愿供给大军军需给养，请并力去打高邮，饶饶老百姓。元兵信以为真，引兵他去，滁州算是保全了。
元兵一退，郭子兴高兴极了，打主意要在滁州称王。元璋劝说：滁州山城，交通不便，形势不好，一称王目标大了，元兵再来怕保不住。子兴才放弃了做王爷的念头。脱脱大军用全力攻高邮，城中支持不住，想投降又怕朝廷不肯赦罪，正在两难间，外城又被攻破了，张士诚急得团团转，准备城破时突围下海。突然元顺帝颁下诏旨，责备脱脱，说他：“往年征徐州，仅复一城，不久又丢掉了。这次再当统帅，劳师费财，过了三个月，还无功效。可削去兵柄，安置淮安路，弟御史大夫也先帖木儿安置宁夏路。如胆敢不接受命令，即时处死。”宣读后全军愤恨大哭，一时四散，大部分投到红军，红军越发强大。张士诚趁机出击，不但转危为安，而且从此基础稳固，再也不能动摇了。
脱脱奉命交出兵权，被押送西行，鸩死于吐蕃境上。元朝唯一有作为、有威名的大将一死，元朝的命运也就决定了。
这一变化，简单说起来，是个人的倾轧，政权的争夺。脱脱忠于元朝，元顺帝也极信任他，付以军政大权。从徐州平定后，脱脱威权日盛，元顺帝也以为天下太平了，该好好享乐。奸臣哈麻巴结皇帝，背地介绍西天僧，会房中运气之术，能使人身之气，或消或涨，或伸或缩，号“演揲儿法”，也叫秘密佛法，多修法。顺帝大喜，封为司徒大元国师。国师又荐了十个皇亲贵族会这佛法的，叫做十倚纳，里边有皇舅和皇弟。君臣共被，互易妻室，名为些郎兀该，意即事事无碍。上都穆清阁连延数百间，千门万户，充满了妇女，作大喜乐禅定，朝朝宴会，夜夜笙歌，君臣都玩昏了。哈麻忌脱脱正派，挑唆顺帝，挤出去统兵打仗。又怕脱脱功成回朝，多管闲事，当脱脱全军苦战，正要成功时，哈麻又使人弹劾，劳师费财，罢其兵权，还不甘心，索性把他毒死。顺帝糊里糊涂，也有些忌惮脱脱，哈麻如此安排，正中下怀，毫不在意。
脱脱使心眼挤走伯父伯颜，在对汉人、南人的看法这一点上，却和伯颜一样。当红军初起时凡议军事，不许汉人、南人参与。有一次脱脱进内廷奏章，中书官（中书省的属官，相当于现在的机要秘书）两人照例随后跟来，因为这两人是汉人，忙叫禁卫喝住，不许入内。又上奏本说，如今河南汉人反，该出布告，一概剿捕汉人；诸蒙古人、色日人犯罪贬谪在外的，都召回来，免得叫汉人杀害。这榜文一出，不但河南，连河北的汉人也不能不参加红军，来保全自己的生命了。红军声势，因之日益浩大。
脱脱死后，顺帝越发无忌惮。这时东南产米区常州、平江（苏州）、湖州（浙江吴兴）一带都被张士诚占领，浙东沿海地区被方国珍占领，往北运河线在红军控制下，海运和内河运输线全被切断。另一补给区湖广（湖南北）也早已失去。南方的粮食不能北运，大都的百万军民，立刻缺粮闹饥荒。加上中原连年闹蝗灾、旱灾、兵灾，老百姓拿蝗虫做食料，大都军民连蝗虫都没有，饿死的每天成千上万，又闹瘟疫，惨到真有人吃人的事，甚至连一家人都吃起来了。在这样的境况中，元顺帝却在内苑造龙舟，亲自打图样，长一百二十尺，宽二十尺。前瓦帘棚穿帘两暖阁，后五殿楼子龙身并殿宇，用五彩金装，前有两爪，水手24人，身衣紫衫，金荔枝带，四个戴头巾，于船两旁下各执篙一。从后宫到前宫山下海子内往来游戏，驶动时龙的头眼口爪尾都跟着动。内有机关，龙爪自会拨水。顺帝每登龙舟，用彩女盛妆，两岸牵挽。又自制宫漏，约高六七尺，宽三四尺，造木为柜，阴藏诸壶具中，运水上下。柜上有西方三圣殿，柜腰立玉女捧时刻筹，到时候自然浮水而上。左右站两金甲神，一悬钟，一悬钲，到夜金甲神会按时敲打，不差分毫。当钟钲敲响时，两旁的狮子凤凰会飞舞配合。柜的东西面有日月宫，飞仙六人在宫前，到子午时飞仙排队度仙桥到三圣殿，又退回原处。精巧准确，的确是空前的制品。又喜好建筑，自画屋样。爱造宫殿模型，高尺余，栋梁楹槛，样样具备。匠人按式仿造，京师人叫做鲁班天子。内侍们想弄新殿的金珠装饰，一造好就批评不够漂亮，比某家的还差，马上拆毁重造，内侍们都发了财。成天搞这样，修那样，政事也懒得管了；成天游船摆酒，打仗的事也不在意了。还想出新办法，宫女十六人按舞，名为十六天魔，新奇打扮，头垂发数辫，戴象牙佛冠，身被璎珞，着大红销金长短裙，金杂袄，云肩合袖天衣，绶带鞋袜，唱金字经，舞雁儿舞，各执加巴刺盘之器，内一人执铃杵奏乐。又宫女十一人练槌髻勒帕常服，或用唐帽窄衫，所奏乐用龙笛头管小鼓筝纂琵琶笙胡琴响板拍板，以宦者管领，遇宫中赞佛，按舞奏乐。宫官除受秘密戒的以外不得参领。照旧例五天一移宫，还觉得不畅快，在宫中掘地道，随时往来，和十倚纳一起，以书作夜，行大喜乐法，跟天魔舞女混成一团。国库的存粮全运到女宠家里，百官俸禄只好折支一点茶纸杂物。宫里充满了繁华升平的气象。
滁州在战乱后，突然增加几万大兵，粮食不够吃，军心恐慌。元璋建议南取和州（今安徽和县），移兵就食。虹县人胡大海长身铁面，智力过人，带全家来归附，就用作前锋。至正十五年正月，子兴得到占领和州的捷报，派元璋做总兵官镇守。
元璋在子兴诸将中，名位不高，年纪又轻，奉命总兵，怕诸将不服。寻思了半天，想出主意。原来诸将会议军事，大厅上排有公座，按官位年龄就座，前一晚元璋叫人把公座撤去，只摆一排木凳子。次日五更，诸将先到，当时座位蒙古人办法以右首为尊，元璋后到，一看只留下左末一席，不做声坐下。到谈论公事时，诸将单会冲锋陷阵，杀人放火，要判断敌情，决定大事，却一句话也说不出来，像木偶般面面相觑。元璋随事提出办法，合情合理，有分寸，又会说话，诸将才稍稍心服。末后议定分工修理城池，各人认定地位丈尺，限三天完工。到期会同诸将查看工程，只有元璋派定的一段做完，其余的全未修好。元璋放下脸，面南坐下，拿出子兴檄文，对诸将说：“奉主帅令总兵，责任重大。修城要事，原先各人认定，竟不齐心，如何能办事？从今说明白，再有不遵命令的，军法从事，可顾不得情分了！”一来确是子兴的令牌，和州军事由元璋做主，二来也确是自己不争气，误了军机，诸将做声不得，只好谢罪求饶。虽然如此，还仗着是子兴的老部下，面子上认输，肚子里仍然唧唧咕咕，只有汤和小心谨慎，最听话服从。李善长从旁调和，左劝右说，元璋的地位才算稳定。这样，元璋又从总管成为总兵官，从带领几千人的小军官变成镇守一方的将军了。
一天，元璋出外，有一小儿在路旁独自啼哭。元璋问，你父亲呢？说是与官人喂马。母亲呢？也在官人处。原来红军攻破城池，各将领大抢一顿之后，又把满城男妇掳获，闹得老百姓妻离子散，家破人亡。元璋省悟不是久长的道理，召集诸将，说明“大军从滁州来此，人皆只身，并无妻小。今城破，凡有所得妇人女子，惟无夫未嫁者许之，有夫妇人不许擅有”。第二天全城妇女男子都从军营里放出，在衙前会齐，让他（她）们自己认亲，一时夫认妻、妻认夫、子认父、父认女，闹哄哄挤成一团，有哭的，有笑的，有先哭后笑的，也有又哭又笑的，一时间有多少家庭团圆，也有多少孤儿寡妇在啜泣。原来惨惨凄凄路上无人行的景象，稍稍有了生气，不光是有驻军的城子，也是有人民的城子了。
孙德崖因濠州缺粮，一径率领部队到和州就食，将领兵士携妻挈子，不由分说，占住和州四乡民家。德崖带了亲兵，说要进城住一些时候，人多势大，元璋阻拦不住，也无法推脱，正在苦恼发愁。郭子兴听得消息，也从滁州赶来，两个对头挤在一处，苦煞了元璋这个小头目。
原来子兴人虽刚直，但耳朵软，容易听人闲话。开头有人报告，元璋多取妇女，强要三军财物，已然冒火，再听说孙德崖和元璋合伙去了，越发怒气冲天。也不通知日子，黑夜里突然来到，元璋不及迎接。一进门，子兴满面怒容，好半晌不说话。元璋跪在下面，筹思答话。突然子兴发问：“是谁？”元璋答说：“总管朱元璋。”子兴大喊：“你知罪吗？你逃得到哪里去？”元璋放低了声气：“儿女有罪，又逃得到哪里去？家里的事迟早好说，外面的事要紧，得马上办。”子兴忙问：“是什么事？”元璋站起来，小声说：“孙德崖在此地，上回的事结了深仇，目前他的人多，怕会出事。大人得当心，安排一下。”子兴还带信不信，把元璋喝退，独自喝酒解闷。
天还不亮，孙德崖派人来说：“你丈人来了，我得走了。”元璋知道不妙，连忙去告诉郭子兴，又来劝孙德崖：“何必这样匆忙呢？”德崖说：“和你丈人相处不了。”元璋看德崖的神色，似乎不打算动武，就劝：两军在一城，提防两下里有小冲突，最好让部队先出发，元帅殿后好镇压。德崖答应了，元璋放下心，出来替孙军送行，越送越远，正要回来，后军传过话来，说是城里两军打起来了，死了许多人。元璋着急，连忙喊随从壮士耿炳文、吴祯靠近，飞马奔回。孙军抽刀拦住去路，揪住马衔，簇拥向前，见了许多将官，都是旧友，大家诉说，以为城内火并，元璋一定知情。元璋急忙分辩，边说边走，趁大家不注意，勒马就逃。孙军的军官几十人策马追赶，枪箭齐下，侥幸衣内披了连环甲，伤不甚重。逃了十几里，马力乏了，被赶上擒住。这回可是俘虏了，铁索锁住脖子，有人就要杀害，有人主张孙元帅现在城里，如此时杀了朱元璋，孙元帅也活不了，不如派人进城看明白再作打算。立时就有一军官飞马进城，见孙德崖正锁着脖子，和郭子兴对面喝酒呢。郭子兴听得元璋被俘，也急了，情愿走马换将，可是两家都不肯先放，末后挑定折中办法，郭子兴先派徐达到孙军做抵押，换回元璋，元璋回到城里，才解开锁放回孙德崖，孙德崖回去了，再放还徐达。总计元璋被孙军拘囚了三天，几次险遭毒手，亏得有熟人保护，才能平安脱身回来。
元至正十五年（宋龙风元年）二月，红军统帅刘福通派人在砀山（今江苏砀山）夹河访得韩林儿，接到毫州（今安徽毫县），立为皇帝，又号小明王，臣民称为主公。建国为宋，年号龙风。拆鹿邑大清宫木材，建立宫殿。小明王尊母杨氏为皇太后、以杜遵道、盛文郁为丞相，刘福通、罗文素为平章政事，福通弟刘六为知枢密院事。军旗上写着鲜明的联语：“虎贲三千，直抵幽燕之地。龙飞九五，重开大宋之天。”遵道得宠擅权，福通不服气，暗地里埋伏甲士，杀害遵道，自为丞相。不久又改作太保，东系红军军政大权全在他手里。
郭子兴深恨孙德崖，为着交换元璋，受了惊吓，又忍着气，成天愤恨发脾气，得了重病，于三月间不治死去，葬在滁州。