减、免税的申请须经法律、行政法规规定的减税、免税审查批准机关审批；地方各级人民政府、各级人民政府主管部门、单位和个人违反法律、行政法规规定，擅自作出的减税、免税决定无效。根据《税收征管法》第二十一条的规定，纳税人申请减税、免税，应当向主管税务机关提出书面报告，并按规定附送有关资料。经税务机关按规定权限审核批准后，方可享受减、免税。所以，根据规定，纳税人申请减免税应办理如下手续：
1.提出书面申请报告
根据有关税收法律的规定，纳税人有依法获得减税、免税优惠照顾的权利。无论是享受法定减免税的纳税人，还是法定的有权审查批准的机关予以审批减免税的纳税人都应当到其主管税务机关办理减免税手续。纳税人可以依照法律、行政法规的规定向税务机关书面申请减税、免税。纳税人申请减税免税，必须向主管税务机关提出书面报告，说明申请减税免税的原因，减免税金的用途，提供可靠的数据资料，并提出减税免税后可能达到的经济效益目标和可行的措施等。
2.主管税务机关调查核实
主管税务机关在接到纳税人减税免税申请后，必须对纳税人的减免税申请报告认真地逐项核实，对纳税人的生产、经营情况和其他与申请减免税有关的情况进行调查，提出具体的初审意见和报告，并按税务管理体制的规定逐级上报上级税务机关。
3.审批机关审批
减税、免税必须贯彻依法治税的原则，严格按照税收法律、行政法规和税收管理体制的规定办理，任何单位和部门不得超越权限，自行其是，擅自减免税。目前，国务院、财政部、国家税务总局以及地方人民政府依法有一定减税、免税审批权。比如：《企业所得税条例》第八条规定，对于民主自治地方的企业，需要照顾和鼓励，经省级人民政府批准，可以实行定期减税或者免税。享受上述任何类型减免税的纳税人都应持有关证件或批文、税务登记证、有关部门出具的证明文件等向其主管税务机关办理减免税手续。税务机关在为纳税人办理减免税手续时必须对纳税人提交的各种证件逐项核实，提出具体的初审意见和报告，并按照税务管理体制的规定逐级上报。上级税务机关按照税收管理体制的规定，对纳税人的减税免税申请和下级税务机关提出的初审意见进行审批，对金额较大或影响面广的减税免税申请，派人进行调查，然后再作出审批。符合减税免税条件的，批准纳税人减税免税，对不符条件的申请，不予批准。
纳税人享受的减税、免税期满，应当自期满次日起恢复纳税。个别纳税人恢复纳税仍有困难的，应当按规定重新办理减免税申报审批手续。纳税人享受减税、免税的条件发生变化时，应当及时向税务机关报告，经税务机关审核后，停止其减税、免税；对不报告的，税务机关有权追回相应已减免的税款。同时，纳税人必须按照法律、行政法规以及税务机关的规定使用减免税金。对不按规定用途使用的，税务机关有权取消其减税、免税，并追回已减免的税款。纳税人骗取减税、免税的，一律按偷税论处。