战国末期的韩非是法家集大成的人物，他在《韩非子》一书中，肯定了商鞅的功绩。
《韩非子》说：“秦行商君法而富强。”秦通过变法，“是以国治而兵强，地广而主尊”。总之，《韩非子》对商鞅变法作了比较多的记述和客观的评价。
韩非还记述了商鞅推行法治的情况。他说，商鞅推行新法之初，秦民还很不习惯，并且抱着侥幸心理，对于犯法可能带来的后果，没有看得严重，结果，凡是有犯法的一定会受到严厉的惩处，而告发者也一定会得到重赏。韩非子认为，这是商鞅在秦国成功的重要原因。
韩非认为，商鞅“赏厚而信，刑重而必”，使秦国之民“用力劳而不休，逐敌危而不却”（辛苦劳动而不顾休息，追逐敌寇而不怕危险），这是秦国强大的重要原因。
韩非还特别意味深长地说：“及孝公、商鞅死，惠王即位，秦法未败也。”就是说，秦惠王虽然怀恨商鞅这个人，但商鞅的新法并没有废除。因为商鞅给秦国带来的好处是实实在在的，商鞅加强中央集权、提高王权的主张也符合秦惠王的利益。商鞅的事业并没有废弃，他也可以含笑九泉了。
不过，韩非对商鞅变法的不足之处也有所批评。
批评之一，是说商鞅“无术以知奸”，结果是以富强的秦国给了其大臣专权的方便和条件。但这实际上是商鞅死后秦国出现的新问题，是不能算商鞅的过失的。
批评之二，是说商鞅新法的一些偏失，即依斩首立军功来作为授爵加官的条件，这就好像下一道命令说：“如今以斩首立功者为医生为工匠。”结果怎样呢？房子也盖不成，病也治不好，这是因为工匠要靠手巧，医生要靠懂得调药，而这些都不是杀敌立了战功的人所能胜任的。当然，这是韩非打的一个比方，他从而得出结论说：“当官是要依靠智能的，而斩首是凭勇力，让杀敌的勇士去做需要智能的官吏，就好比让他们去做医生、工匠一样。”
韩非这个批评是有道理的。
到了西汉初年，政论家贾谊在《过秦论》中，对秦始皇父子进行了尖锐的批评，但对秦孝公和商鞅则是持比较平和的首肯态度。他说：秦孝公据有崤山和函谷关的地形之险，有秦国所在的雍州的广大的土地，君臣固守着基地，窥视周室，有席卷天下，包举宇内，囊括四海之意，并吞八荒之心。而这时商君辅佐他，在秦囱确立法度，努力从事于耕织，积极备战，并且在外通过连衡而与诸侯较量。这样，秦人就攻取了西河之外的地区。
贾谊的“过秦”，是批评秦政之失，但并非全盘否定秦国到秦朝的全部政策和做法，因此，态度和立论可谓公允。他说秦始皇成就帝业是“续六世之余烈”，此“六世”，就是从秦孝公时算起的。从贾谊开始，秦的帝业奠基于孝公时期，已成为定论，而真正的奠基人，实际上是商鞅。
因此，贾谊“过秦”，总结了秦政之失和秦朝速亡的教训，但对商鞅，还是以肯定为主的。
到了西汉昭帝时期，朝廷召开了一次著名的“盐铁会议”。这次会议其实是儒生与法家之争。御史大夫桑弘羊等人代表法家，主张严刑峻法、盐铁专卖；贤良文学则主张推行德治，与民休息。贤良、文学，是西汉时举擢人才的两个科目，他们都是儒生。
争论自然提及商鞅。贤良、文学是持否定商鞅的态度的，《盐铁论》的整理编辑者桓宽是倾向于他们的立场、观点的，他把专门讨论这个问题的一篇定名为《非鞅》。桑弘羊是肯定并赞赏商鞅的，他是“是鞅”派。
请看桑弘羊对商鞅的评价，他说：
从前商鞅相秦，内立法度，严刑罚，饬政教，使想作奸犯科的人无法得逞。
秦国任用商君，国家因而富强，后来终于并六国而完成帝业。
商鞅起自于布衣，自魏入秦，过了一年就当了秦相，革法明教，而秦国大治。
而贤良、文学激烈地批评商鞅，他们说：
商鞅实行严峻的法律，贪图利益，秦人无法生活，相与哭喊着呼唤孝公。
商鞅以重刑峻法为秦国的基本国策，所以二世而失国，刑罚很严峻，又行连坐之法，使百姓战栗，手足无措。他重利轻义，高力尚功，虽然使国土拓广，但如同一个人怕水，却又使水不断加深一样。不能光看商鞅为秦开帝业，而不知他也是为秦铺设通向死亡之道啊。
对于商鞅之惨死，贤良、文学是庆幸的，视为罪有应得，死有余辜；他们说：“秦人怨毒商鞅之法，对他恨之人骨，所以孝公死后，举国而攻之，东西南北，他连个藏身之地都找不到，终于遭车裂之刑，族灭之灾，为天下所笑。这个人完全是自杀，是自取死亡，而不是别人害他呀。”
桑弘羊对于贤良、文学对商鞅的攻击是作了有力反击的。贤良、文学意气用事，有的话是过激之言，有的则并无根据。例如，他们说秦国百姓“相与哭孝公”，就于史无据，难以凭信。他们说商鞅为亡秦铺了道路，也是乱扯因果，正如桑弘羊所说，亡秦的是赵高，而不是商鞅，把亡秦的责任推给商鞅，是不合实际的。
自汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”，两千余年间，基本上是儒家思想在中国占统治地位，法家也就不那么光彩了。历代儒生谈起商鞅，大都是否定的态度。