辛亥革命前，革命志士的观念多是“排满”的狭义民族主义，所以革命成功后，部分革命党员以为目的已达，过去结合的因素消失，加上组府的人事问题，革命的其他意见，因此分化的作用便随之发生。章炳麟的光复会本是同盟会的一个支系，辛亥光复后，同盟会主急进，章派主缓进。南京政府成立后，章即脱离同盟会，民国元年1月3日先组织中华民国联合会。后来张謇一派的预备立宪公会因同以江浙人士为中心之故，遂与章之中华民国联合会合并，组成统一党，以注意民生采用社会政策、发展国民经济等十一项为政纲，由章炳麟、程德全、张謇、熊希龄为理事，汤寿潜、唐绍仪、汤化龙等为参事。另一方面孙武因不满黄兴，乃约湖北临时参议员刘成禺、张伯烈等组织民社，以拥黎为号召，主张“进步主义，以谋国利民”为宗旨，发起人有黎元洪、蓝天蔚、谭延？、王正廷、王鸿猷、孙武、张振武、吴敬恒、刘成禺、宁调元、张伯烈、汪彭年等。这个民社可说是以湖北人为中心。
章炳麟有学问，古怪，是个大胆敢说的人，孙大总统对他很优容。在南京组府时，章有一信给孙大总统，请戒饬左右，孙中山先生以章素好诋诃，不以为意。章遂再上一书云：
“……武昌倡义，曾不二月。南北肃清，首发难者不敢居功，而况吾侪鼓吹之士……仆亦尝与人言，孙君今日莅中国而总群黎，非复曩日秘密结社时也，宜屏去幸人，委心耆秀，东西从者三数浮浪之人，一律资遣归国，无令杂处，然后搏精一志，劳来四民，南方虽弱，足勉自成就，尝传达其言于汪兆铭……箴规不听，不得不着之报章……仆虽浅拙，亦尝涉历世变，死生之分，一系于执事耳。”
孙大总统对这位狂妄的国学大师不以为忤，还聘为总统府的枢密顾问，其聘函典雅可诵，有谓：
“执事目空五蕴，心殚九流，撷百家之精英，为并世之仪表，敢奉国民景仰之诚，屈为枢密顾问。庶几顽懦闻风，英彦景附，昭大业于无穷，垂型范于九有。伫盼高风，无任向往，急惠轩车，以慰饥渴。”
从这封聘函可以看出孙大总统的豁达大度，实在是一位伟大的开国领袖。
中华民国的临时参议院是在国民元年1月28日上午8时正式成立，议员到会的有17省38名议员。孙大总统致祝词，然后黄兴、蔡元培、居正、马君武相继演说。最后推选林森为议长，王正廷为副议长。
南京临时政府时期，孙中山先生和17省代表所组成的参议院之间，始终存在着相当的距离。
古老的中国，根本就没有国旗，及至西方列强侵入中国后，清朝才制定国旗，当时决定以“黄龙旗”作为大清帝国的国旗。龙是个抽象的东西，封建时代它代表皇帝，而黄色则是清朝的代表色，“朕即国家”，所以黄龙为清国旗是很合理的。可是龙只在中国有象征意义，对西方各国则毫无意义，外国人根本不知道这是个什么动物？加上早期的黄龙旗是三角形，三角形的国旗在世界国旗史中还没有，三角形旗上的动物又是大家从来未见过的动物，洋人不知龙为何物，只好叫它是一个“有爪之蛇”！
武昌起义时，革命军所用的旗帜是代表十八行省的“铁血十八星旗”，后来又改为代表汉（红色）、满（黄色）、蒙（蓝色）、回（白色）、藏（黑色）的五色旗代表五个民族。南京临时政府成立时，临时参议院议决，以五色旗为中华民国的正式国旗。孙大总统却坚决主张以青天白日旗为国旗，他提请参议院复议的咨文中曾列举如下的理由：
“贵院议决以五色旗为国旗，本总统认为未可遽付颁行。清国旧制，海军以五色为一二品大官之旗，今黜满清之国旗而用其官旗，未免失礼。五色旗用意为五大民族，然其分配代色，取义不确，如以黄代满之类。且既云五族平等，而上下排列仍有阶级……天日之旗为汉族共和党（注：即同盟会的前身兴中会）人用之于南方起义者十余年，乙未年陆皓东身殉此旗……青天白日取象宏美：中国为远东大国，日出东方，为恒星之最大者，且青天白日示光明正照，自由平等之义……”
临时参议院认为青天白日旗仅是同盟会一个党派所制定，不能代表全国，而五色旗已经为武昌革命军所采用，就具有极大的历史意义，因此该院仍然决定以五色旗为国旗，而将青天白日旗改为海军军旗，并将武昌革命军初期所用的十八星旗规定为陆军军旗。
兴中会早期曾用过红、蓝、白三色旗，红色象征“流血以求自由”，蓝色代表“公正平等的天空”，白色说明“人心皎洁而互爱”。三项意义表示“自由、平等、博爱”。这个三色旗不久即为青天白日旗所取代。
北方的革命活动
革命军中虽多数存在妥协意念，可是还有一部分是坚决主张把革命向北方推进。第一次是在辛亥十月初九日（11月29日），北方革命同志准备在北京发动军事行动，由于杨度和汪兆铭的疏通，据说袁世凯已答应响应。其计划是于初九日晚由革命党在北京鸣炮，并在正阳门、崇文门、宣武门诸处发难，袁则命禁卫军第四标由西直门以南进攻西华门，并命其长子袁克定率3000兵攻东华门以响应革命党。到了九日晚革命党人依计划发动于正阳门、崇文门、宣武门，各任一路以进攻天安门、东华门、西华门。这时果然见到一支军马来迎，革命同志以为是袁克定来接应，不料竟是军警探谍，四面包围，捕去同志李汉杰等十余人，这第一次举义便失败了。
十月十一日，汪兆铭于天津意大利租界寓所成立中国同盟会京津保支部，汪任支部长，并组织暗杀队，汪自为队长。汪和武昌首义的同志没有什么连系，武昌方面这时已派了胡鄂公为鄂军政府驻北方全权代表，主持北方革命。汪既以同盟会北方支部长为号召，而革命同志很多不满意汪和袁勾结，所以和胡鄂公商量，成立鄂军代表办事处于天津，分设北京、天津、保定、通州、石家庄总指挥处。十月二十四日又在天津英租界小白楼组织北方革命协会，这时汪兆铭已去上海。十月二十八日革命同志在任丘、雄县揭竿而起，被当地驻军击溃，殉难志士有耿世昌、冯杰、戴国栋、李启明、郑玉成、罗子云、刘长雄、马荣华、赵世铎等百余人。这是第二次举义。
十一月十四日（即民国元年1月2日）滦州驻军三营宣布独立，举第二营营长王金铭为滦军都督，第三营营长张建功为副都督，第一营营长施从云为滦军总司令，白毓昆为参谋长，先后通电致袁世凯，表明共和主张。电文：
“自武汉事起，各省响应，势如奔涛，足见人心之所向，非兵力之所可阻也。全国人民望共和政体，甚于枯苗之望雨。诚以非共和难免人民之涂炭；非共和难免后日之革命。我公身为总理，系全国之总代表，决不能以一人之私见，负万民之苦心，况刻下停战期迫，议和将归无效，全国人民奔走呼号，惊惶之至，而以直省为尤甚，是以陆军混成四十协官兵等，驻扎直省，目睹实情，不能不冒死上陈，有渎尊听。查前奏之信条内，开有军人参政之权，刻下全体主张共和，望祈我公询及刍荛，不弃鄙拙，速定大局，以弭乱事而免惨祸，实为至祷。临发百拜，不胜惶悚之至。”
袁世凯接获滦州独立的警报，乃派开平镇总兵王怀庆和曹锟率领大批人马进攻。至二十日张建功的第三营内变，滦州遂告陷落，王金铭、施从云、孙谏声、陈涛均奋战死难。这是一次最严重的损失，因为孙谏声、陈涛都是北方同志中的佼佼者。孙、陈在这次战斗失败后，单骑驰入敌阵，横枪四射，遇者披靡，及至弹尽力竭，遍体创伤，犹大呼革命万岁，清军嫉恨之甚，竟于死后剖破其腹，支裂其体。这是第三次举义。
南京革命政府成立后，北方革命党人更趋积极，由钱铁如、蔡德辰、熊得山、罗明典等联络北京、通州一带毅军各营，拟于十一月二十一日（民元的1月9日）起事，不幸因接济未到而展期。通州方面系由蔡德辰主持，机关设在王丕丞家，不料有余临江向清军告密，召引毅军围搜王宅，王家父子三人王丕丞、王洛增、王斌及蔡德辰、杨兆麟、雷竹村、张雅堂等共七人被捕殉难。这第四次举义的计划亦告失败。
通州革命机关是在十一月十五日（民国元年1月9日）被破获的，北京同志正准备召开会议商讨补救办法，恰因同志罗明典、张先培得到一个消息说袁世凯将于第二天早上上朝，于是钱铁如、张先培、傅思训、罗明典、郑毓秀等十余人遂集议商量，决定先暗杀袁世凯，以除去革命的真正障碍。讨论结果，分四组进行：第一组张先培、傅思训、许同华、黄永清、陶鸿源等隐匿于三义茶叶店楼上；第二组黄之萌、李怀莲、李献文、萧声、薛荣在祥宜坊酒楼伪装饮酒；第三组钱铁如、曾正宇、杨禹昌、覃秉清、邱寿林等在东安市场前徘徊；第四组吴若龙、罗明典、郑毓秀则共乘马车一辆，游弋于东华门、王府井两大街之间。当时东华门、王府井军警夹道林立。11月16日上午11时45分，袁世凯乘双马车出东华门，过东华门大街，向外务部新衙门前进。张先培自三义茶叶店楼上看到袁的马车到了面前，乃扔下一个炸弹，怎知袁的马车走得快，炸弹落在马车后爆发，这时袁的马车已到达了祥宜坊酒楼前，黄之萌、李献文乃各掷一弹，其中之一竟炸中了马车，弹发车覆，当场死马车夫一人、护卫管带袁金镖、护卫排长一、亲兵二、马巡二、路人二、骑马兵三。第三组在东安市场徘徊的钱铁如和第四组乘马车的吴若龙、罗明典、郑毓秀闻炸弹声，遂以手枪和炸弹威胁沿街夹立的军警。
一个人不能不说是有命运，袁世凯这一时期实在是黄金时代，遇事逢凶化吉。他的马车虽被击中，他却只是被扔出车外，未受丝毫伤害，卫兵们立刻扶袁改骑马脱出炸弹的浓烟，袁并于马上下令还击和搜捕。这时张先培见袁下马，乃冲向前，欲以手枪击袁，还没有发枪，袁的卫兵却已射中了张的前额。张于是跌倒地上，黄之萌赶来救援，两人在马路中间和袁的卫队互相枪战，而袁则在其他卫队的护卫下，安全脱走了。接着大批军警赶至出事地点，当场捕获了张先培、黄之萌、杨禹昌、陶鸿源、薛荣、李怀莲、许同华、傅思勉、黄永清、萧声等10人。当天晚上就由袁世凯的特务头子、营务处总理陆建章亲自审讯，其中有七个人由外国新闻记者出来保释，只有张先培、黄之萌和杨禹昌是在射击时被捕，罪证确实，立即执行枪决。被保释的七人据说是郑毓秀去找外国记者。
袁遇刺未中，想不到却帮了他的大忙。因为在此以前，由于革命军有愿推袁为大总统之议，满族亲贵都骂袁是个卖主求荣、私通革命党的奸贼，袁曾和清廷说革命党已大批潜入京师，亲贵们都说这是袁挟革命党以威胁，不予置信。有了这次谋刺案，隆裕太后于是才相信袁世凯是清朝的大大忠臣，同时也相信革命党人的确已大批潜入京师了。
袁被刺未死，另一个满族亲贵良弼却被刺而死。良弼是清朝末年亲贵中惟一有才识的军事人才，他是日本士官生，最后的职务是禁卫军第一协协统。禁卫军虽由光绪和载沣的兄弟载涛统率，可是载涛胆小如鼠，因此良弼便以第一协协统兼任禁卫军训练总办，实际是这支皇族卫队的组织者和领导者。袁世凯再起组阁，入京后其第一个手法，就是要把清廷这支武装力量夺过来，如此才能迫使清皇室就范，自己才可为所欲为，所以他建议请皇族统军南征，吓得那位禁卫军统帅涛贝勒慌慌忙忙辞去了禁卫军军统。袁偷偷地好笑，于是从从容容地把心腹的大将冯国璋从汉口前线调回，让冯接替载涛的职位，统率禁卫军。冯虽然担任禁卫军军统，可是实权却仍抓在良弼手上，良弼在禁卫军的基础已很坚固，他不只不买冯的账，而且对袁世凯也不满意，他自认是清室的保护者，有监督袁阴谋叛逆的责任。
当袁在东华门被刺后，他就借此机会向清廷要挟，一方面请假不上朝，一方面逼清廷宣布退位，否则便要辞职。良弼这时便挺身出来，主张隆裕太后批准袁内阁辞职，另组皇族的战斗内阁，派铁良南下统率清军，以不受袁的北洋系牵制。袁世凯这时的实力比良弼当然大多了，他要对付良弼实在是轻而易举的事，但是他不愿蒙谋杀满人亲贵的罪名，于是乃采取借刀杀人，移花接木的妙计。这时恰巧汪兆铭由上海回到北京，他便对汪暗示：清廷退位已无问题，目前的阻力是来自良弼，只要除了良弼，一切便水到渠成。汪得到这个消息，便去天津，在天津遇见了旧友黄树中。黄自谋刺摄政王失败，坐监获释后，就改名黄复生。汪劝黄去杀良弼，给了黄一张奉天讲武堂总办崇恭的名片，要黄持崇恭名片去见良弼。黄复生自己不愿往，但答应物色一个“荆轲”。汪走后恰巧彭家珍访黄，彭是四川人，以前在东北军当过军需，辛亥革命后，他听到四川同乡程德全做了江苏都督，就专程南下访程。程都督知道袁对东北人地熟悉，就派彭为“东北招讨使”，叫他仍回东北策动当地军队起义。这时他正从南方回来，路过天津，便道访问也是同乡的黄复生。黄把汪来访的意思告诉了彭，彭很激动，自愿担任荆轲，他讨了崇恭的名片到了北京，找到了光明殿胡同良弼的住宅。民国元年1月26日，良弼退朝回家，彭家珍迎了上去，出其不意对良弼扔了一个炸弹，彭自己当场被炸死，良弼炸断了一条腿，当场重伤，第二天也死了。
开国时的革命志士多是血性男儿，只要有一个任务，牺牲自己的性命是毫无所惜的，彭家珍烈士和刺袁世凯殉难的三位烈士张先培、黄之萌、杨禹昌三人，以后都卜葬于北京三贝子花园。
军心摇动难再战
北方革命运动展开后，对清廷来说，威胁已经很大了，可是更大的威胁则是来自军方，军心不稳，统军的将领也表示了主张君主立宪的意见，这真是严重的打击，加诸风雨飘摇中的清朝廷。
1月22日湖广总督段祺瑞致电清内阁、军咨府、陆军部，报告所部多有与革命党沟通，共和思想已不可遏，无长久维持之信心。电云：
“昨夜四镇参谋忽电传来谓施统带云：二营目兵鼓噪特甚，求立即调往后方，以免意外。一、三营亦有染等语。今晨陈统制来，求即调开，有刻不容缓之势。询其所以，吞吐不言。瑞见其情急，当准将该标调至李家寨，即派员密访情形。据称：该标目兵已与革命军沟通，约今夜叛去，四镇亦有云云。侧闻共和思想，近来将领颇有勃勃不可遏之势，征之今日事，益信其然。但瑞职责所在，惟有旁引远喻，力为维持，未知能持久否？惟十九标又去，力益单弱，彼若环攻，惟有尽其力之所有，成败利钝未敢料也！祺瑞。歌。”
1月23日段祺瑞再致电清内阁，以民心、军心趋向共和，已与各路将领熟商，拟即联衔，陈请代奏。文曰：