如何对待不同意见，特别是一些尖锐刺耳的批评，光绪提出了“有真是非，无私喜怒”的非常有价值的见解。他认为臣下所提意见未必皆是，要在人君于听言之际认真鉴别，而判断是非的标准，不应是人君的主观意志和个人喜恶。他提出一个原则：“言逆于心，必求诸道；言逊于志，必求诸非道。”并且主张“顺言而悖乎道者，人君必当责斥之；逆言偶悖乎道者，人君亦当涵容之。”只有这样，臣下才能言无不尽，人君耳目才不致壅蔽。他谆谆告诫各级官吏在听取意见时，应虚怀若谷，千万不能固执己见，应“只见有道而不见己之心”，只有如此，方可做到“逆言合乎道，但觉其顺于道，不知其逆于耳矣；顺言不合乎道，但觉其逆于道，不知其顺于耳矣。”光绪的这些想法和主张无疑是非常值得称道的。
至于提意见的方式，光绪认为只要意见正确，无论以何种方式提出均可。他主张一针见血，态度鲜明，反对似是而非，模棱两可。他认为是则是，非则非，一断于理而已。“理之所是，虽众以为非，极力争之可也。理之所非，虽众以为是，极力辟之可也。”模棱两端是不能肩天下大事的。他很推崇里革断罟来讽劝鲁宣公的精神，并指出“人君听逆耳之言，不过拂意于一时，而受福于无穷；听顺耳之言，不过快意于一时，而受患于无穷。”光绪甚至赞同鬻拳兵谏的做法，认为“谏之法非一端矣”，当人君听信谗言，行为不端时，像鬻拳那样以兵谏楚文王，亦无不可。
光绪还把大臣敢于直谏，视作国家兴旺发达，政治开明的重要标志。他指出“兴隆之世，无所谓不敢言，至于有所不敢言则国事已坏矣。”当政治开明之际，“虽匹夫匹妇皆能以自达；及其衰也，即左右近臣亦嗫嚅而不敢出焉，识者于此可观世变矣。”因此他提出人臣有三谏之义的主张：“一谏不入则再之，再谏不入则三之。”才算尽到了臣子的职责。
在封建专制的时代，皇帝乾纲独断，“天下之事无大小皆决于上”，君主的意志就是法律。韩非子《说难》云：龙的喉下“有逆鳞径尺，若有人婴之者，则必杀人。人主亦有逆鳞，说者能无婴人主之逆鳞，则几参。”可见大多数皇帝惯于听阿谀之词，容不得不同意见，臣下犯颜直谏，时常会招来横祸。光绪却与此相反。他说：“凡直谏之臣必遇明主，而后可触其忌讳。若夫昏主，则所言愈峭直而愈不见用，甚且加之以罪矣。”光绪的这种虚怀纳谏思想，到了百日维新期间，得到了进一步的发展。他对那种诸臣泄泄，言路钳口，君臣隔绝，上下壅蔽的现象深恶痛绝。他多次颁布上谕，要求广开言路，鼓励士民上书，打破了只准少数大员上书言事的特权。清制“自内而公卿台谏，外而督抚，数百人外不能递折”，其余官员上书只能通过所在部院堂官或教察代递。且格式极严，一笔违误，即致议处。光绪摒弃“祖宗成法”，力图改变这种君臣隔绝、官民隔绝，“大臣小臣，又相隔绝，如浮屠百级，级级难通，广厦千间，重重并隔”的现象。他谆谆告诫各级官吏，士民有上书言事者，应随到随递，不许稽迟，“不准稍有抑格，如敢抗违，或别经发觉，定将该省地方官严行惩处。”光绪甚至将百般阻挠主事王照上书的怀塔布等礼部六堂官统统罪斥，以表示其“力除壅蔽之至意。”于是“举国鼓舞欢蹈，争求上书，民间疾苦，悉达天听。”光绪鸡鸣而起，日晡乃罢，览阅章奏，犹不能尽。就连“野民渔人”也来上书，用二尺长纸缮写奏本，称及皇上亦不抬头，光绪不但不加责怪，反而“览之欣笑。”亲身经历了戊戌变法运动的吴玉章同志，回忆当时的情景说：“当变法诏书一道道地传来的时候，我们这些赞成变法的人，真是欢欣若狂。尤其是光绪帝三令五申地斥责守旧派阻挠上书言事，更使我们感到鼓舞，增长了我们的气势，迫使那些反对变法维新的守旧分子哑口无言。”在死气沉沉的中国能出现这样生机勃勃的局面，应该说这与光绪早期“不弃刍荛，采及葑菲”的思想不无联系。梁启超说他“从善如转圜，受言若流水”，并非全是溢美之词。
战败与反省
中日战争的惨败和《马关条约》的签订，中华民族面临亡国危险。中日战争对于当时的中国人，是一次大震动，大刺激，它向中国人民敲响了警钟，促进了民族的觉醒。中国是一个古老的宗法帝国，人们的观念长期来依附于以家族为单元的宗法社会的古老范畴。自鸦片战争以后，随着资本主义的侵入，给中国社会的陈腐观念增添了一些新的思想内容，中国人的思想开始有所转变。然而，这种意识形态上的转变，因为受到传统文化惰力的重重束缚，其步伐是非常缓慢的。只有在外部和内部的强烈冲击之下，才有可能使这个古老民族从长期沉睡中惊醒过来。中日战争对中国人猛击一掌，它的冲击力远远超过两次鸦片战争和中法战争，中国人的近代民族意识在甲午战争以后才明显地萌发出来了。
甲午战争败得太惨，日本提出的条件太苛刻，而这次战争的对手，并不是英吉利、法兰西那样的超级大国，而是历来被中国视之为“倭寇”的弹丸岛国日本。这就使得中国的各个阶级和各阶层感到震惊、愤慨和困惑。稍有头脑的中国人都在反省，都在思考中国战败的根本原因何在。大风暴洗刷了空气中的污浊，人们的头脑显得格外清醒，视野更加清晰宽广，此时可以说是近代民族觉醒的真正发端。它的标志，一方面是战后资产阶级作为政治势力在中国出现，代表资产阶级意识、观念的知识分子，无论是革命派还是改良派，他们关怀祖国的前途和民族的命运，热烈地投身到救亡图存的洪流中去。为中国带来了新的希望；另一方面，以光绪皇帝为代表的清朝统治集团中的主战派，他们冷静地反省战争失败的症结在哪里？今后怎么办？是否还是同以往历次战争那样，随着战火烽烟的暂时平息，依旧文恬武嬉、歌舞升平。严酷的现实，做出了无情的答复，不行了！现在不行了！中日战争以后帝国主义瓜分中国，中华民族面对殖民主义者严重威胁。一种亡国灭种的危机感、救死不遑的紧迫感和难于立足世界民族之林的耻辱感紧扣着中国人的心灵。中国近代知识群体为中华民族救亡图存呼号呐喊，部分清朝官僚对国家命运产生无限忧虑，促进了光绪帝萌发维新变法思想。这是在塌天的亡国之灾即将临头的严重时刻，在漫漫长夜里闪烁出耀眼的曙光。
作为一朝之主的光绪帝没有因甲午惨败而恹心丧志，也没有因签订《马关条约》含恨受怨而消极后退，却是在失败中冷静反省，重新振作精神，继续进击，不做亡国之君。这就是光绪帝同他以前几位清朝皇帝品格的根本区别所在，也是值得被后世称颂的一个方面。他在《马关条约》换约的当天，四月十四日（5月8日）在张之洞奏折的批谕中做了如下的表示：
嗣后我君臣上下，惟其坚苦一心，痛除积弊，于练兵筹饷两大端实力研求、亟筹兴革。毋生懈志，毋骛虚名，毋忽远图，毋沿积习，务期事事核实，以收自强之效，朕于内外诸臣有厚望焉。
实际上是中日战争失败后的反省，其精神是奋发向上的，态度是务实的，反映了战后光绪帝的思想面貌。
上面所述，中日战争的失败，对中国人是一次大震动、大刺激。在这场大震动中，必然有人一筹莫展，消极颓废；有人在失败中猛醒，奋发进击。清朝走向何方？关键在于作为一朝之主的皇帝态度。安定人心，重新建树皇帝的权威，这是中日战争以后光绪帝首先所要反省的问题。安定人心之首要者是重整抗战派的士气，形成以皇帝为核心的近臣亲信圈子，进而增强对清政府整个官僚集团的凝聚力。为此，光绪帝于四月十七日（5月11日）向军机大臣等发了开诚布公的上谕，解释主战派提出的“废约”“迁都”“持久战”等积极主张未能实施的原由，明确表示了战后积极进取的态度。
谕军机大臣等：日本觊觎朝鲜，称兵犯顺，朕怀藩服，命将出师，原期迅扫敌氛，永弭边患。故凡有可以裨益军务者，不待臣工陈奏，皆以主见施行……
……乃尔诸臣工于所议章约，或以割地为非，或以偿银为辱，或更以速与决战为至计，俱见义奋发，果敢有为。然于时局安危得失之所关，皆未能通盘筹划，万一战而再败，为祸更难设想。今和约业已互换，必须颁发照行，昭示大信……自今以后，深责愆尤，痛除积弊……切实振兴，一新气象，不可因循废弛，再蹈前辙。诸臣等均为朕所倚畀，朕之艰苦，当共深知，朕之万不得已而出于和，当亦为天下臣民所共谅也。
在光绪帝周围的一些近臣中有因中日战争的惨败而气馁，皇帝权威的失灵也使一些人寒心。光绪帝在谕旨中开诚布公，希望诸臣“深知”他的“艰苦”，“共谅”他出于万不得已批准《马关条约》的做法，坦诚之心公布于众，对于维系人心，有极为重要的作用，中国人有句俗语所谓“皇帝不急急太监”，而光绪帝急人民之急，他告诫臣工“不可因循废弛，再蹈前辙”，战后的光绪帝颇有卧薪尝胆之心态，对于企望中兴清朝，而被光绪帝视为“所倚”的诸臣，无疑是莫大的鼓舞。
中日战争结束以后，光绪帝对清军从将领到士卒的腐败无能痛首恶疾，他在好几处的上谕中反省到这一问题。四月十四日的上谕指出：
朕办此事熟筹审处不获已之苦衷有未深悉者。自去岁仓卒开衅，征兵调饷不遗余力，而将少宿选，兵非素练。纷纷招集，不殊乌合，以致陆交绥战无一胜。
又在四月十七日给军机大臣等的上谕里说：
何图将不知兵，士不用命，畀以统之任而愤事日深，予以召募之资而流民麇集，遂至海道陆路无不溃败，延及长城内外，险象环生。
封建社会的募兵制腐败不堪，导致流民麇集，尽是乌合之众，这样素质低劣之士兵，在战场上必然是风声鹤唳，一挫即溃。更为严重的是募兵制使将帅把家族、同乡的宗法制度移植到军队建制，成了地方军阀和高级将领的私兵，曾国藩募湘军，李鸿章募淮军便是他们实力的基础。在中日战争中李鸿章敢于抵制光绪帝的战略指令，除了有慈禧太后作为靠山之外，另一个原因，就是他所控制的北洋海军和淮军是他的私兵，惟李鸿章命令是从，只知李相而不知皇帝。殊不知，清朝军事制度的腐败，战斗功能的丧失仅是清朝封建统治制度腐败的一个缩影，作为清朝封建制度的最高统治者的光绪皇帝当然是不可能反省到这一根本点上去的，他只能从具体的，一个方面去反思，去考虑加以纠正与克服，他反复指出，要从“练兵筹饷两大端实力研求”。“咸知练兵筹饷为今日当务之急”，尽管对练兵筹饷的“实力研求”是治标不治本的措施，但总算涉及到制度的外圈，再深一层下去必将促使从制度上加以改革，所以改革军事制度也是后来戊戌变法中的一个方面。
《马关条约》的签订，李鸿章成了全国上下同声唾骂的众矢之的，“疏弹合肥章以百计”。将中日战争的失败和《马关条约》的签订，归罪于李鸿章一身，光绪帝也是这样反省的。六月初八日，李鸿章回京请安，光绪帝当面指责他“失民心，伤国体”，这样“词甚峻厉”的斥责，不仅指的是他没有在日本为拒绝割台而据理力争，而是对他在中日战争中一意主和，贻误战机铸成败局而发出的愤怒。李鸿章一意避战求和的错误方针，成为战争失败的关键，这是历史事实。战前坐视日军在朝鲜布置阵营，占据有利形势而不采取相应对策，造成丰岛、成欢初战失利；战后平壤陷落、辽东败北；旅大拱手让敌，威海卫北洋舰队全毁。战局败定后，李鸿章竭力主张向日本屈辱求和，不惜巨额赔款和割地签订《马关条约》，这一切确实是他避战求和的错误方针所铸成的结果。然而，李鸿章始终推行这一错误方针，并非偶然，一是为了保存他的政治资本――淮军和北洋海军，视军事为私事，结果碰上了凶恶的对手日本军国主义，他苦心经营几十年的军事力量尽付东流。二是，避战求和是慈禧太后在中日战争时期总的旨意，李鸿章在战争中的一切重大决策都按慈禧太后这一旨意运行，所以平心而论，李鸿章还不能算是导致这次战争失败的罪魁祸首，真正的罪魁祸首是掌握清朝最高实权的太上皇慈禧太后。战前挪用海军经费建造颐和园的是她。据考证这笔挪用总数达1200万至1400万两之巨，影响北洋海军1888年后未购一新船、未添一新炮。而日本当时拥有的21艘战舰，其中有9艘是1888年后新添购的，时速和炮火威力远胜中国海军，致使黄海激战时，败于敌手。战争爆发前后一心于寿辰庆典的筹划，力主避战惟恐寿辰扫兴的也是她。中日战争的关键时刻，光绪二十年的九、十月间，正是清廷以慈禧太后六十大寿的筹备和庆典压倒一切的重要时期。当日军已在花园口登岸正向旅顺逼进的时候，慈禧太后还在大事做寿，京内外王公大臣、督抚疆吏贡献寿礼，举行隆重的庆祝仪式，粉饰太平，极大地牵制和分散了清廷的精力和财力，涣散了军民斗志。九月初九日寿辰大典即将举行，万寿宫里演戏三天，从枢臣到部院京堂都要陪着她听戏，光绪帝对此极为反感。当天战情十万火急，光绪帝召枢臣指示战略，“审谕极急，并云不可早散，又云听戏三日，诸事延搁，不可不到也。”后期力主屈辱求和的更是她。李鸿章官复原职，并召京面授机宜，作为清政府全权代表赴日本议和，都是由慈禧太后抛开光绪帝而独自做出的决定，最后她还支使孙毓汶、徐用仪逼着光绪帝批准和约。慈禧太后是避战求和方针的最高决策者，而李鸿章则是慈禧太后旨意的具体执行者，在某种程度上讲他遭举国唾骂，为众矢之的，是做了慈禧太后的替罪羔羊。光绪帝心里很明白，但又不敢公开谴责，这就是康有为所说的“皇上之苦衷迫逼之故，有难言之隐矣”。光绪帝的难言之隐，后来他在答复张之洞关于“迁都再战”的奏章中作了隐约的透露，他说：“20余年来，慈闱颐养，备极尊崇，设使徒御有惊，则藐躬何堪自问。”因为20余年来光绪帝一直是西太后手中的傀儡，这次更害怕“有惊”皇太后六十庆典，光绪帝只得忍气吞声，听任她的独断专行，他在战后的反省中粗浅地触及到了清朝全部症结的要害。