一位大臣在阅卷中正好发现一篇才气横溢，充满“非常异义可怪之论”的试卷，经互相传阅后，阅卷大臣皆以为是康有为的试卷，决定不予录取，可惜这是梁启超的试卷。李文田在试卷末页批上：“还君明珠双泪垂，恨不相逢未嫁时。惜哉！惜哉！”以此来嘲讽康有为。按当时的规定，会试发榜，前五名最后公布，当五名以后按次全公布完后，还不见康有为的名字，徐桐、李文田等人洋洋得意，以为康有为必被淘汰无疑。翁同（则开玩笑地说：“怎知前五名里没有康祖贻呢？”当前五名的试卷开封后，康有为的名字竟在其中，而且还拟为会元，徐桐、李文田等又惊又怒，但已找不到任何理由将康有为刷掉，只好将其名次降至第五名。事后，徐桐恼羞成怒地声言：“康有为来拜谒，拒不纳。”谁知，在康有为的眼里，徐桐不过是顽固不化的老古董而已，根本不会折节去逢迎他。
康有为的好友沈子培劝告说：“本朝科第向例皆以座主为师，不认座主为师，会影响科举名次。”但康有为认为：生死有命，富贵在天，皆非人所能为也。枉己者，徒自贬节而已。
康有为不认座主为师更加激怒了这些守旧大臣，对康有为力加排斥。殿试时，阅卷大臣徐寿蘅、树铭欲将康有为排名第一，其他各阅卷大臣都已画圈，惟有李文田不圈，并加黄签，将康有为降至2甲46名。朝考时，翁同（对康有为的试卷也很欣赏，欲列为会元。但由于试卷在李文田处，李对康有为的试卷横桃鼻子竖挑眼，认为康有为试卷中有几个字写得不规范，加以黄签，降至二等。但科场的名次对康有为来讲已不关重要，他的前途已不是科举所能决定。
康有为中进士后，被授工部预衡司主事。他虽然讨厌做官，但仍然接受了这个官职，因为他指望这个职位虽然不高的官位可以给他在京城推行维新变法活动提供一些有利条件。他在《自编年谱》中写道：“自知非吏才，不能供奔走。又生平讲学著书，自分以布衣终，以迫于母命，屈折就试，原无意于科第，况仕宦乎？未能为五斗米折腰，故不到署。徐公树铭至累揖相劝，吾卒不行。”实际上康有为感到自己的前途并不在这里，因而他始终没有到工部任职，而是继续从事维新变法活动。
康有为密切注视着京城的政治动向和所发生的各种事件，朝考之后，康有为又在《公车上书》的基础上重写了一封上皇帝书，并于1895年5月29日以进士身份，递交都察院，呈请代奏，这就是著名的《上清帝第三书》。
《上清帝第三书》与《公车上书》相比，关于拒和、迁都的建议没有了。康有为集中论述了中国所面临的危亡，并指出为安危之大计，应急速变法。变法的内容具体表现为四个方面：富国、养民、教士、练兵，此外吸收有才能的人才参加国家管理，他提醒皇上应慎左右、通下情而图自强，以雪国耻而保疆域。以上有关变法的内容与《上清帝第二书》基本相同，但在一些措施上更加具体。比如关于练兵，《第三书》提出了六种措施：1.汰冗兵而合营勇；2.起民兵而立团练；3.练旗兵而振满蒙；4.募新制以精器械；5.广学堂而练将才；6.厚海军以威海外。康有为不仅论变法的必要性和变法的具体内容，而且还重申了他在第一书和第二书中的一个主张，即只有吸收有才能的人参加国家管理，才能保证变法的顺利进行和政权的不腐败。康有为明确地表达了资产阶级要求参与政权的主张。
这一次上书和以前不同了，由于康有为已是朝廷命官，和过去身份不同，都察院对他的上书不能再扣压，于6月3日将上书代递军机处。当天，军机大臣翁同（就将康有为的上书呈上光绪皇帝御览。康有为的变法主张终于上达天庭。
光绪皇帝在批准《马关条约》后，痛于丧师败绩和割地赔款的耻辱，亟思振作，每言及国耻辄顿足流涕。当他读到康有为的上书时，心中感到极为受用，“览而喜之。”他从上书中得出这样一个结论，即通过维新变法，不仅可以使中国自强，而且还可以改善自己在清朝统治集团中的地位，因而慨然以发愤自强为己任，并命令迅速将康有为的这个奏折分别缮写成三份，一份抄发军机处各处将军督抚议处，一份存于乾清宫自览，另一份存勤政殿备览，而将都察院上呈原件送慈禧太后御览。
这一次上书的成功使康有为大受鼓舞，但他感到这一封上皇帝书“仅言通变之方，未发体要及先后缓急。”于是他又写了《上清帝第四书》，“言变法次第曲折之故，凡万余言，方详尽矣。”
康有为在这封上书中首先论述了变法的必要性和迫切性，同时指出变法要分先后和轻重缓急。他引证了西方各国富强的经验后，提出了中国目前首先应在两个方面进行改革。
一、立科学以励智。
康有为认为这是英国等西方国家富强的一个重要原因。对于著述新书、发今古未创之说者，制有新器、创今古未有之巧者，皆应给予精神的和物质的奖励，并保护其专利权，使人人各竭心思，各创新法，从而使中国日益走向富强。
二、设议院以通下情。
康有为认为君臣与人民之间上下情不通是中国政权腐败、国弱民贫的重要原因。因而应依照西方设立议院，使上下情通，民间疾苦无不上闻，朝廷的德意也无不下达，事事皆本于众议，故奸权无所容其私，中饱者无所容其弊。他建议光绪皇帝采取五项措施：
（一）下诏求言。
允许普通民众向朝廷上奏，陈述自己对管理国家的看法或意见。
（二）开门集议。
成立御门会议，由天下郡邑每10万户人推1人组成，共商国是，各州县相应设立类似机构。
（三）辟馆顾问。
设立皇帝的顾问团，任命天下有才干的人担任顾问，以随时向皇帝提供咨询。
（四）设报达聪。
令在全国普遍设立报馆，以普及知识和传递信息。
（五）开府辟士。
在朝廷设立幕府，选择有才能者参与行政管理，督抚县令也仿其制。康有为认为通过采取以上措施，就可以顺天下之人心，发天下之民气，合天下之知以为知，取天下之才以为才。三个月之内，怀才抱艺之士云集都中，强国救时之策并伏阙下。这样就可以陆续进行其他改革。如修筑铁路、使用机器、行轮船、开矿山、发行纸币、铸银币、发展商业、扩大邮电业、使农业现代化，及救济贫民等。十年之内诸学如林，成才如麻，铁路罗织，矿产洋溢，百度举而风俗成，制造极精，创作极众，农业精新，商货四达，地无余利，人有余饶，枪炮船械之俱巧，训练驾驶之俱精，富教既举，武备亦修。
康有为把维新变法简单化，对改革所将面临的困难估计不足，他认为只要光绪皇帝能赫然发愤，扫除更张，就可以很容易地实现自己的改革计划。所谓“中国人主之权，雷霆万钧，惟所转移，无不披靡。”他在对国内的腐败现象和守旧大臣作了尖锐的批评后，希望光绪皇帝接见他，以便当面向光绪皇帝详述奏章中所未提及的有关变法主张。
康有为将《上清帝第四书》呈递都察院。但都察院转告康有为，他现在已是朝廷命官，有了衙门，其奏章例不能再由都察院代递转呈。其时主管工部的尚书孙家鼐对康有为颇相慕，故友人多劝康有为将上书交工部转呈。于是康有为将上书交工部。孙家鼐当面对康有为有称赞之词，并允代递。然而由于其时任工部侍郎的李文田反对，孙家鼐碍于李的情面，只好暂不上递。康有为无奈，只好与梁启超、麦孟华联名，再将上书呈请都察院代递，但都察院不肯收。康有为在友人的劝告下又将上书交督办处，但也受到督办处大臣荣禄的阻挠，以致康有为投递无门。康有为感到十分失望，刚树立起来的一点信心又受到动摇。他想南归返回家乡。但是当时北京的一些士大夫震于公车上书的热烈，很有一些发愤为雄的表现，朝野上下也颇有点新气象，军机大臣翁同（也日言变法，因而康有为与梁启超等人决定暂时留京观其举措。
晚清北京的市政建设十分落后，街道芜秽，尘土飞扬，与它作为帝国京都的地位极不相称。其原因之一，是工部街道厅的官吏长年侵吞清理、修缮北京街道的公款。因而康有为奏请修缮北京的街道，指出帝国的街道应该整洁而壮观。奏折呈工部后未能上达，康有为只好托请御使王幼霞代奏，光绪皇帝对此十分赞赏，下谕对京城进行修建。
康有为对清朝中央行政机构中的种种违法乱纪行为十分愤慨。他代人草拟奏折，大胆弹劾阻挠推行新政的军机大臣徐用仪，初请戴鸿慈上奏，戴害怕而拒绝，后仍由王幼霞奏上，光绪皇帝正好对徐用仪不满，奏折递上后，徐用仪即被逐出军机处和总理衙门。
不久，康有为听说保守的军机大臣刚毅授意广东巡抚马丕瑶，保奏市侩潘赞清为三品卿以后，便草拟了一道奏折，请王幼霞代奏，在奏折中，康有为义正辞严地揭发潘赞清的劣迹和刚毅的受贿，请求清廷收回对潘赞清的赏赐。这充分反映了康有为疾恶如仇的个性。
在此期间，康有为先后自上或代人草拟奏折，表现得十分活跃出色。
军机大臣翁同（性行忠纯，是光绪皇帝的师傅，故在当时众多的军机大臣中与光绪皇帝关系最密切。甲午战前，他反对在中国进行任何改革。但中国败于日本后，他开始感到小小的日本在经过明治维新改革之后，就能打败巨大的中国，真是不可思议，方知西法不能不用，于是大量搜集时务书籍加以阅读研究，并改变了过去反对变法的态度，对维新思想表示了较大的兴趣。他在朝考时即对康有为十分欣赏，其后读了《上清帝第三书》后，大为惊服，感到康有为是一个难得的人才，因而，翁同（不惜折节，亲自上门拜访官仅六品的康有为，然而康有为没有在家。早在1888年，康有为就想接近翁同获得他对维新变法的支持，但都遭到翁同（的冷遇。如今翁同（亲自上门拜访，康有为大感受宠若惊，同时也感到今非昔比，脸上十分光彩。他即回拜翁同受到翁的热情接待。
翁同（与康有为见面后，旧事重提，对1888年没有为康有为代奏上书表示歉意。康有为顿时感到翁同（与自己之间的距离缩短，产生一种亲切之感，二人大有相见恨晚之慨，进行了长达五个小时的谈话。其谈话的主要内容是关于在中国如何进行改革，康有为侃侃而谈维新变法的必要性和如何进行变法。翁同（反复询诘，“乃益豁然。”关于这次会面，康有为在《自编年谱》中记载道：“翁常熟以师傅当国，憾于割台事，有变法之心……常熟谢戊子不代上书之事，谓当时实未知日本之情……乃与论变法之事，反复讲求，自未至酉，大洽，索吾论治之书。”
其时康有为对宫中情形毫不了解，并不知道光绪皇帝是一个傀儡，他对光绪皇帝不满，但又不敢指责，只好责备翁同（不力任变法，推荐贤才，翁同（乃说：
“与君虽新见，然相知十年，实如故人，姑为子言，宣密之。上（皇帝）实无权，太后极猜忌，上有点心赏近支王公大臣，太后亦剖看，视有主密诏否？自经文芸阁如见后，即不许上见小臣，即吾之见客，亦有人窥门三巡数之者，故吾不敢见客，盖有难言也。”
翁同（所透露的宫中内幕实出于康有为意料之外，这无疑对急于求成的他泼了一盆冷水。但康有为并不灰心，他对翁同（所说并不完全相信，仍努力说服翁同。此后，康有为又多次写信给翁同督促他推行变法，其言语措词较为激烈，力陈变法的必要。并言，如果不进行变法，“上不能保国，下不能保身。”并建议首先改革陈腐的科举制度。
翁同（对康有为的部分维新的主张表示赞同，但对他的急于求成的焦躁则不以为然，而对康有为的民权平等学说更表愤慨。尽管如此翁同（也仍“备以康之言达皇上，又日以万国之故，西法之良，启沃皇上。皇上毅然有改革之志。”翁同（成为光绪皇帝与维新人士相结合的中介和桥梁。
康有为通过与翁同（和京中部分官吏士大夫的接触，对清宫中的秘密知道得越来越多，从而开始对清朝统治集团内部的黑暗有了更加深刻的了解，并认识到慈禧太后和一批顽固守旧的王公大臣是中国进行维新变法的死敌。同时对过去那种认为只要光绪皇帝下诏求变法，天下各省无不响应的想法产生了一定程度的怀疑，开始能较清醒地认识中国改革的艰巨性和长期性。
从《万国公报》到《中外纪闻》
康有为感到期望于朝廷变法十分困难，时机还不成熟，“而各国之革政未有不从国民而起，故欲倡之于天下，以唤起国民之议论，振兴国民之精神，使厚蓄其力，以待他日之用。”欲唤起国民，只好先倡新学，通风气，团结同志，合大群。要倡新学、通风气，快且速者莫如开报馆，办报纸；要团结同志、合大群，就必须创办学会等组织。因此康有为在梁启超、麦孟华等人协助下，致力下创办报纸和组织学会两方面的工作。
首先是创办报纸。康有为等人认为“办事有先后，当以报先通其耳目，而后可举会。”其时除外国人在中国办有报纸外，并无中国人自己创办的报纸。于是康有为捐资在北京创办了中国人自办的第一张报纸――《万国公报》。康有为让梁启超、麦孟华根据从上海购得数十种译书和当时外国在华创办的报纸，每日写一些短文，分别介绍西方各国的政治、经济、社会、文化、军事、史地、风俗习惯，以及一些新闻消息等，此外每期还有一篇论说，除转录外国报刊文章外，多出自梁启超、麦孟华之手，主要宣传富国强兵之道、国家振兴之源、教士养民之法。
《万国公报》于1895年8月17日正式创刊，其后每逢双日出版，一期出千余份，后多到3000余份。初由康有为独自捐款出版，每期需金2两，积少成多，不久，康有为的盘缠将尽，只好典衣付款，后得陈炽等人慷慨资助，方才渡过经济危机。由于经费有限，康、梁办报不可能购置机器，而京城也无先进的印刷机器，故只有向售京报处托用粗木版雕印，又不敢指望有人购阅，于是只好委托送京报人在送京报时，分别赠送各官宅，不收分文，还要给送报者以酬金。关于这段史事康有为自己写道：“以士人大夫不通外国政事风俗，而京师无敢创报以开知识。变法本原非处京师始，非自王公大臣始不可，乃与送京报人商，每日刊送千份于朝士大夫，纸墨银二两，自捐此款，令卓如、儒博日属文，分学校军政各类，日缮于朝，多送朝士，乃闻所不闻，识议一变。”
《万国公报》创办后，在京城产生了极大的反响，给死气沉沉的北京城吹进了一股清新的空气，京官和士大夫渐渐对世界大势有了一定程度的了解，于是“舆论渐明。”
当时在京的外国人对《万国公报》的出版也十分感兴趣，英国传教士李提摩太写道：“政府的机关报《京报》是1000多年来在首都的惟一的出版物，但是现在中国历史上初次出现了一个新报纸，虽然秘密受政府的津贴，但对政府是独立的。这是由维新会发行的。值得注意的是，在这个时期内维新党的怯懦，他们知道了广学会（基督教在华的组织）出版的月报，多年来在高级官吏间流通，没有遇到阻碍，于是他们命名头一次出版的报纸的名称和我们的一样叫《万国公报》，主要内容是从我们杂志转载过去，仅有的分别是我们报纸在上海铅印，而他们是用政府出版京报的木版印的。因此从外表上和政府的机关报相似，内容则是介绍广学会传播的西方思想。”李提摩太等人对由于康、梁所办《万国公报》与当时上海英、美传教士创办的广学会的机关报《万国公报》名称完全相同很不满意，认为易使人造成误会，因而建议康、梁将报名更改。于是在《万国公报》出版第45期后，康有为于1895年12月16日将《万国公报》改名为《中外纪闻》，以梁启超、汪大燮为主笔。其时强学会正好成立，《中外纪闻》就作为当时资产阶级维新政治团体“强学会”的机关报。《中外纪闻》除广泛介绍外国的政治、经济、文化等情况外，还极力宣传康有为的维新变法主张，尤其是着重宣传富国、养民、教民之法，对开矿、铸钱、制机器、筑铁路、造轮船、办邮政、设学校、开报馆以及务农、劝工、惠商、恤穷等方面都有所论述，影响颇大。
北京强学会
创办学会，建立组织，是康有为的第二步行动计划。他认为“中国风气，向来散漫，士大夫戒于明世社会之禁，不敢相聚讲求，故转移极难。思开风气，开知识，非合大群不可，在外省开会，则一地方官足以制之，非合士大夫开之于京师不可，既得登高呼远之势，可令四方响应，而举之辇毂众著之地，尤可自白嫌疑。故自上书不达之后，日以开会之义，号之于同志。”