对皇后钮祜禄氏来说，嘉庆十八年九月十五日是她一生中最为惊心动魄的一天。
皇帝去承德避暑山庄举行木兰秋围还没有回来，而就在那天申时（上午九点多钟）手持武器的歹徒却攻进了皇宫，从枪声中她感到匪徒已经离养心殿很近了，皇宫已经成为战场。皇后钮祜禄氏不知道什么人闯进了皇宫，更不知道歹徒的身份，她本能地意识到大祸临头，令身边的宫女、太监把宫门顶上杠子，把能搬动的东西都堵在窗户前，为了防止万一她还抄起火镰，一旦隆宗门被攻破，就把宫殿点燃，堂堂皇后绝不能落在歹徒手中。几个手持白旗的歹徒已经爬上养心门了，她的心都提到嗓子眼了……只听“啪啪”几声枪响，爬上宫门的歹徒掉了下去……不知过了多久，留京的王公大臣在仪亲王永璇的带领下率领禁军从神武门入宫，又不知过了多久隆宗门枪声才平息了下来，等宫禁恢复了往日的平静时钮祜禄氏一下子就瘫坐在椅子上了……枪声停了下来，但搜寻藏匿在皇宫里的歹徒的工作正夜以继日地进行着，经过两天一夜的清理，生擒以及击毙闯进皇宫的歹徒共72名，而此时嘉庆皇帝刚行至白涧。
而对歹徒的审理、对余党的抓捕实际上就由皇后钮祜禄氏同嘉庆皇帝的八哥仪亲王永璇商量着办理。经审理得知此次大闹禁中是在天理教首领林清的策划下进行的，九月十五日有200多名教徒从黄村出发，在菜市口集合，然后分为两路，一路奔东华门，一路去西华门，利用皇帝不在京城的机会，突然袭击皇宫。林清则留在黄村等待河南方面派来的援军。
从东华门混进皇宫的教徒十人左右（一说五六人），就被侍卫发现，立即关闭大门，把几十名教徒挡在宫门之外，而混进西华门的教徒则约四五十人，他们在混进皇宫以后为阻挡官军，反而把西华门关闭，手执白旗，进攻隆宗门、养心门。当时正在上书房读书的皇次子绵宁（即后来的道光帝）以及贝勒绵志，得悉宫禁有变，发现“有执旗上墙三贼，欲入养心门”，立即用鸟枪袭击教徒，喋血禁中。
在得到皇宫遭到袭击的消息后，留京的王公大臣在仪亲王永璇的带领下率领禁军从神武门入宫，并在隆恩门外击败教徒，经过两天一夜的清查把混入宫禁的天理教徒以及勾结教徒的太监全部肃清。正在回京途中的嘉庆在得到皇后和仪亲王的汇报后，异常震骇，九月十七日在燕郊行宫颁布《遇变罪己诏》。
而皇宫中的审讯依然在继续着，留在黄村等待河南方面援军的林清及其教徒均被抓捕归案。通过林清等人的口供，此次紫禁城之变的轮廓才勾画出来：天理教的前身是八卦教、红阳教，教徒主要集中在河北、河南、山东、山西等地，在河南传教的是李文成，自称是“李自成转世”；在河北及北京一带传教的林清，自称姓刘，是“汉帝转世”，在山东传教的是冯克善。
天理教同许多秘密宗教一样把给人看病作为传教手段，由于林清曾在西单牌楼的“九如堂”药铺学过三年徒，又到其他药铺当过伙计，对医道比较精通，在治病方面比一般教徒“把茶叶在香上熏绕数转，令病人煎服”的疗效，自然要明显得多，还编出“若要白面贱，除非林清坐了殿”等歌谣广为散布。天理教教首根据天象变化——“彗星出西北方（根据‘纬’之说‘主兵相’）”，认为在“酉之年，戊之月，寅之日，午之时”——即嘉庆十八年（1813年）九月十五午时发动起义，最为有利。并规定起义口号：“奉天开道”；联络暗号：“得胜”；还散布在该年九月有“白阳大劫，刮黑风七昼夜，惟入教之人给‘奉天开道’小白旗，即可免祸，其余遭劫，一概死亡”，并传播“专等北水归汉帝，大地乾坤只一传”等改朝换代的论调。
林清想通过突袭皇宫夺取政权，在他看来“我们占据了京师，不怕皇上不到关东去（即关外）”。为此，他想方设法在皇宫内的太监中传教，太监刘得财因是大兴人，便成为天理教极力争取的对象，又是赠金银，又是拜把子，于是刘得财就成为太监中第一个天理教教徒。经刘得财传教太监阎进喜、杨进忠、王福禄、高广福、刘金、张泰等人都也相继入天理教。嘉庆十八年（1813年）三月，林清两次来北京同刘得财等人见面，布置任务，并让他们做好接应的准备。
看到这些口供，皇后钮祜禄氏又焉能不后怕？教匪竟然在他们的眼皮底下发展内线，可她和皇帝竟然一无所知，还有比这更严重的失职吗？这的确是“汉唐宋明未有之事”！对局势的失控、对民变的失控、对教匪的失控，难道是“当今大蔽，是‘因循怠玩’四字”所能解决的吗？按说皇后只管后宫的事务，可是当变乱已经殃及到后宫她又怎能脱得干系！如果在陈德神武门行刺事件后能及时加强对侍卫、太监的管理，即使天理教滋事也未必能闹到喋血紫禁城的地步！对占据滑县李文成的消灭及对山东教匪的剿灭虽然让皇后松了口气，但紫禁城内的枪声却久久回荡在她的心中……