明初洪武年间，中国封建文化专制主义发展迅速，明太祖朱元璋利用手中的政治权力，对思想文化进行粗暴的干预，对当时和后世的社会发展产生了严重的消极影响。
明朝之初的文人士大夫可以分为四类：一是元朝遗民；二是元末战乱中曾为其他集团服务的人士；三是追随朱元璋的士人；四是隐居不出的士人。
历来新王朝建立后对于前朝遗民大多采取优惠态度，这是用以显示本朝的宽大和实行孔子的“忠恕之道”的。朱元璋却不同，《明朝小史》记载：“帝既得天下，恶胜国顽民，窜人淄流，乃聚数十人，掘一泥坑，特露其顶，而用大斧削之。一削去头数颗，名日‘铲头会’。”这种残忍的杀人方法古今少见。
对于第二类人比对元朝遗民还要严酷。在元末群雄逐鹿之中，吴中四士——高启、杨基、张羽、徐贲都曾是张士诚的座上客，杨、徐还做过张士诚的官。后来，这四人都曾出仕明朝，但是没有一个有好下场。高启诏修《元史》后，授翰林编修，乞归。后因为苏州知府魏观建知府衙门时写“上梁文”而被腰斩。杨基入明曾官山西按察使，被谗削职，罚作劳役，死于工所。张羽入明曾官太常丞，因事被流放岭南，自投龙江而死。徐贲入明曾为给事中后任河南左布政使，后因犒军不时，下狱死。
明初面临的社会矛盾很多，而在统治阶级内部矛盾中，一部分旧地主阶级文人拒绝与新的王朝合作，由此引发朱元璋制造文字狱。这些文人仇视造反起家的朱元璋，如贵溪儒士夏伯叔侄，斩断手指，立誓不做官，当面骂明太祖“红寇”，后被送回原籍处死。
有的文人谢绝新朝的征召，实在无法推脱的，即使勉强来到南京仍不接受官职。如浙江山阴人杨维桢、江阴王逢就是如此。也有一些曾经在元朝或东吴做官的文人，却坚决不做明朝的官，如回族诗人丁鹤年、山阴的张宪、长乐的陈亮、庐陵的张昱等。一些封建文人对朱元璋的统治不满，朱元璋则在文字上找毛病，牵强附会，吹毛求疵，兴起文字狱，以打击这部分不合作者，树立他专制君主的权威，强化刚建立的王朝统治。
自从秦代焚书坑儒之后每代的文人士大夫都有因为思想、文字而遭受迫害的，但以明代的洪武、清代的雍正、乾隆三朝最为严酷。如果就此三朝而言，清代的“文字狱”中的有些个案从清政府的立场来说不完全是冤案，而洪武时的案子大都是冤案，因为这些“文字狱”绝大部分是地方官吏在年节或某个喜庆的日子向皇帝敬上祝贺的表章里的文字触犯忌讳所导致的。这些地方官吏的初衷都是要歌颂皇帝的，其所用的文字也都是要歌颂的。但是他们不懂得皇帝的忌讳，才自蹈死地。
朱元璋出身寒微，当过和尚，于是“光”“秃”这类字词是最忌讳的，甚至也不能讲“僧”字。再加以推广，连同“僧”的同音字“生”也犯了忌。早年朱元璋参加了红巾军起义，当时元朝官吏及地主均称红巾军为“红贼”“红寇”，被骂作“贼”“寇”是朱元璋最痛恨的了。于是与“贼”字形相同、音相近的“则”字，也不许再提。
逢年过节或朱元璋的寿辰及其他皇家喜庆的日子，地方三司官和知府、知县、卫所官员，都要上表祝贺。学校的先生一般会代作祝文，满是歌功颂德之词，朱元璋很喜欢读。
从渡江到开国，文人起了很大作用，所以太祖认为要治国就要重用文人，世乱用武，世治宜文。有人指出：文人好挖苦毁谤。例如张士诚宠信文人，文人在他当王爷后，用“士诚”唤他，孟子云：诚小人也，可读成：“士诚，小人也。”朱元璋还真相信了这些话，开始怀疑有些人用“僧”“贼”等字在骂他。
随着统治阶级内部矛盾的发展，朱元璋对文人运用文字攻击他更加猜疑，于是便挑剔文字，将所谓犯忌的文人治罪或杀戮，洪武朝的文字狱便愈演愈烈。如浙江府学教授林元亮在为海门卫官作“谢增俸表”中有“作则垂宪”的话；北平府学赵伯宁给都司作的“贺万寿表”中有“垂子而作则”一语；福州府学训导林伯璟为按察使撰“贺冬至学”的“议则天下”；澧州学正孟清为本府作“贺冬至表”的“圣德作则”；桂林府学训导蒋质为布按二使作“正旦贺表”的“建中作则”，朱元璋把其中所有的“则”都念成“贼”，将他们一一治罪处死。常州府学训导蒋镇为本府作“正旦贺表”，内有“睿性生知”，朱元璋又将“生”字念作“僧”；怀庆府学训导吕睿为本府作“谢赐马表”中有“遥瞻帝扉”，将“帝扉”又读成“帝非”。这两个人也被处死。祥符县学教谕贾翥为本县作“正旦贺表”中有“取法象魏”，“取法”被朱元璋读作“去发”；亳州训导林云在为本州作“谢东宫赐宴笺”中有“式君父以班爵禄”一句，“式君父”被念成“失君父”；尉氏县教谕许元在为本府作“万寿贺表”中有“体乾法坤，藻饰太平”八个字，朱元璋将其中“法坤”认作“发髡”，“藻饰太平”看做“早失太平”；德安府训导吴宪在为本府作“贺立太孙表”中有“天下有道，望羽青门”两句，“有道”被看做“有盗”，“青门”被疑指和尚庙，于是朱元璋下令一律将他们处死。杭州府学教授徐一夔在贺表中有“光天之下，天生圣人，为世作则”。朱元璋大怒说：“生者，僧也，骂我当过和尚。光，是蕹发，说我是秃子。则即贼，骂我做过贼。”礼部官员左右为难，整日提心吊胆，只得求皇帝降一道表式，使臣民们遵守。洪武二十九年，翰林院学士刘三吾、在春坊右赞善王俊华受命撰庆贺谢恩表式，颁布天下诸司，今后再碰上庆贺谢恩，如式录进，照规定表式抄录，只把官职姓名填在上面就可以了。
苏州知府魏观把知府衙门建在原张士诚的宫殿遗址上，被人告发，又发现新房上梁有“龙蟠虎踞”四个字，被朱元璋下令腰斩。佥事陈养浩写诗“城南有嫠妇，夜夜哭征夫”，朱元璋恨他动摇士气，把他扔进水中溺死了。印度高僧释来复告辞回国，行前写了一首谢恩诗，诗中有两句：“殊域及自惭，无德颂陶唐。”意思很明显，他生在异国（殊域），自惭不生在中国，觉得自己还没有资格歌颂大皇帝。但朱元璋的解释不同，他说：“殊，明明指我‘歹朱’。无德，明明指我没有品德。”于是释来复从座上客变为阶下囚，处斩。状元张信受命训导诸王子，以杜诗“舍下笋穿壁”四句为字式，朱元璋大怒，说堂堂天朝，却如此讥讽，下令腰斩。京师上元夜，市民以隐语相猜，有人画一赤脚妇人，怀抱西瓜，朱元璋微行见此，认为这是影射其淮西夫人马皇后，又命军士杀了很多居民。洪武朝的文字狱从个人禁忌发展到广义的禁忌，洪武三年（1370年）发布了禁止小民取名用天、国、君、臣、圣、神、尧、舜、禹、汤、文、武、周、秦、汉、晋等字的禁令。
洪武二十六年（1393年）又出榜文禁止百姓取名用太祖、圣孙、龙孙、黄孙、王孙、太叔、太兄、太弟、太师、太傅、太保、大夫、待诏、博士、太医、太监、大官、郎中字样。民间已习惯的称呼也要更改，如医生不许称太医、大夫、郎中，违者处以重刑。
朱元璋用严酷的刑法，先后杀了十几万的文人学士及相关联的亲朋好友。被诛杀的主要是国公、列侯、大将、宰相、部院大臣、诸司官吏、州县胥役、进士、监生、儒士、文人、学者、僧、道和一般地主。
明初著名诗人袁凯曾以《白燕诗》闻名于时，入明，以荐授御史。当时明太祖朱元璋审完一些案子，常把这些案子的档案及量刑结论给太子看，太子往往予以减刑。朱元璋问袁凯，“朕与太子孰是”？袁凯谁也不好得罪，只好说“陛下之法正，东宫之心慈”。朱元璋认为他老奸巨猾，首鼠两端，一度下狱。释放后，他感到做朝臣的艰难，又没有理由回归乡里，于是装疯，仆地不起。太祖派人用木钻钻他，他也忍住不动，被视为真疯。这样才被放归家乡。后来朱元璋又曾派使者到他家侦查，他当着使者的面唱《月儿高》小曲，吃狗屎，这样才幸逃一死。
文人士大夫要生存非得彻底去掉面子、泯灭自尊不可，连求生都如此艰难，更不要想追求历代儒者所倡导的文人士大夫应该具备的风骨了。文人士大夫只有彻底变成软体动物才能在这样的社会里生存，这不仅使文人士大夫优良传统中断，也导致了全民道德水准的下降，因为知识阶层的道德水准不单纯是他们自己的事，它关系着整个的社会。
朱元璋还首倡以八股文取士，使明代无数知识分子摇头摆尾，死攻八股，至死不悟，“范进中举”就是最鲜明的写照。
这种以八股取士的制度，可以说吸收了秦始皇焚书坑儒、汉武帝独尊儒术、唐太宗开科取士思想的精华，达到了登峰造极的地步。此类观点，古来有识之士多有论及，顾炎武说：“八股之害，等于焚书，而败坏人心，有甚于咸阳之郊所坑者但四百六十余人也。”
可以说，阉割中国知识分子之思想最为锋利的利刃莫过于明清时期的八股取士制度。八股文的题目限制在《四书》《五经》的范围内，要求士子代圣人立言，用古代圣贤的思想和口吻，不得越雷池一步，在形式上必须按照一定格式和字数填写，毫无自由发挥的余地。明清八股取士制度延续数百年，而今人却很少看到他们的八股文，是因为八股文的唯一用途就是考科举，此外无论公私文书、文史论著、抒情、叙事、说理等，都不可能采用八股体裁。明清一整套苛酷、烦琐而又等级森严、集中体现出专制政治全部精神的科举制度，最主要的功能就在于奴化、禁锢知识分子，使社会的这部分最活跃的精英力量萎缩、沉沦，他们被囚禁在程朱注疏、八股章句的枷锁中，战栗在文字狱和科场案的屠刀下，挣扎攀爬在从童生、秀才到举人、进士的层层阶梯上，根本就丧失了唐宋以前知识分子阶层的魄力和自主精神。
明洪武二十九年（1396年），长达13年之久的文字狱告一段落。
朱元璋推行的文化专制主义，如果说对当时巩固朱明王朝的统治曾起过一些积极作用的话，那么对社会带来的负面影响却是巨大的。朱元璋以严酷的文忌文风禁锢思想，钳制言论，不许臣民议论朝政得失，只许歌功颂德，否则刀剑加之，身首异处。明初的文字狱，制造了许多冤案、错案，许多官吏和知识分子被诛杀，不仅削弱了明王朝的统治力量，而且在统治集团内部产生了巨大的离心作用。官吏文人中有许多人担心犯禁触忌，只得不谈政事，整日三缄其口，朝政因此日趋腐败。