青春期发育延迟是因体内缺乏雌激素，而缺乏雌激素的原因则在卵巢或调控卵巢功能的下丘脑或脑垂体的功能状态。由于启动青春期发育的机制尚不清楚，体质性发育迟缓的发病机制也未阐明。然而与早熟的青春期相似，遗传因素、环境、全身健康状况等因素与发病有关。
（1）营养因素：月经初潮与身体内的脂肪量有关，体重过低、青少年神经性厌食症、大运动量训练致体重下降时，初潮延迟。
（2）甲状腺功能低下症：患此病时发育往往推迟，与全身代谢低下有关。
（3）松果体肿瘤：产生褪黑素增多，影响促性腺激素分泌而使发育延迟或性腺功能低下。
青春期身体发育缓慢发病原因主要分为两大类：①体质性或特发性青春期发育迟缓。查不出任何原因的发育迟缓，最终可以发育正常，有家族倾向。②病理性发育迟缓。因全身性营养不良、慢性疾病、青少年期进行化学药物治疗、精神创伤、心情压抑或青少年内分泌疾病引起。松果体肿瘤引起者，女性少见。