紫禁城乾清宫
“这个委员会无论如何也不能置于朝廷的各部衙门的管辖之下的，他必须能独立自主的对学堂的任何事情进行处理。他是一个完全由学堂人员参与的机构，而不能让非学堂的行政人员来管理，朕要的是绝对独立的、严谨的教学和学术氛围，而不是参与了各种意识形态和干预性的政治的环境下的大学堂，这一点是朕的底线，任何都不要想在京师大学堂中搞政治的东西。学堂就是学堂，只能是做学问和搞研究的地方，是政治的真空任何个人和机构都不能染指。”林洲很严肃的阐述了关于京师大学堂的办学宗旨。
自从从朝会中传出来皇帝要建立一所前所未有的京师大学堂的消息后，内阁所在的文渊阁就是每天的车水马龙了。各个部门中心思活络的人员通过各种各样的关系和后门，不停的出入内阁值班房。他们唯一的目的就是希望能在这个新成立的机构中谋取个合适的职位，虽说现在是平级的调动，官阶品级也是不做变动的。但是以皇上在朝会中描绘的学堂未来的发展前景来看，将来这京师大学堂必定会是不亚于国子监的又一个重要机构。国子监是啥地方？那可是通向内阁阁臣进而向内阁辅臣甚至是内阁首辅前进的跳板啊！如此重要的台阶哪个官员不是挤破脑袋的想要进来的。
于是所有的有意向和没有什么真才实学的人，通过各种关系和后门统统的都把自荐书堆到了内阁的筹备委员会中去了，都想在京师大学堂里谋得一个席位以积攒资历。搞得还在内阁办公地委员会的于慎行是焦头烂额，即使是在文华殿中也是被那些手眼通天的家伙们搞得是烦不胜烦，没有办法就拟定了一个初步的也是经过深思熟虑后才形成的学堂校委会的组成名单请皇帝御批，没有办法四品以上官员的调动还是需要皇帝谕旨的。
“这个..这个恐怕是不太好办吧！那些人有的都走到两宫太后那里去了.....”于慎行的声音是愈发的小了，几乎不用心都不知道他在说什么了。这也是没有办法，这些人里可是有许多的王公贵戚，自己也不是好去得罪的。
”这个你就不用管了，校务委员会的事情必须要表达朕的旨意。京师大学堂是一个纯粹的学术机构，现在是将来是，以后永远都是的。我不希望他参合到政治中去，朕对他寄予了无限的厚望，任何人都不能打他的主意。“林洲很坚定很坚定的说。
于慎行望着神情坚定地皇上，知道这事情看来皇上是早已经都定下来的了，即使那些人蹦的再欢也是不能如愿的。皇帝坚持要有学堂里的教谕们来自己管理学堂，甚至是开设什么样的课程也要由这个什么教务委员会来自己商定。也就是说京师大学堂是无需任何的朝廷机构来管理和指导的一个学校了。
“臣，定当依照皇上的旨意来处理，不知道这学堂建成后的学科设置该如何？臣等一众办事官员们也是从来没有筹建这等学堂的经验，还请皇上能够多多的指点。”
“朕已经写好了一份关于学堂今后的一些院系的建立规则，还不是非常的完善于卿家把把这个手册拿回去好好的跟其他的筹备人员仔细的推榷一下，察疑补漏吗！”林洲顺手给了于慎行一个厚厚的文书。这是他花了两天的时间，查阅了大量的档案文史资料，又回忆了自己在大学时代学生会的组织管理模式，结合了现代的一些特点和现实的情况而编写的关于大学堂的建设和管理的一些规章及制度。这可是他来到这个时代后第一个耗费了如此大的精力所完成的一个“大”工程了。
于慎行接过皇帝给他的文书，心里也是不停的泛着嘀咕：皇上年纪轻轻地，也不知道张首辅教了些什么，竟然想到要办什么大学堂。还写了这么厚的一本建校的章程来。于慎行摸了摸，文书约有四十几张纸那么多，看样子皇上是花了许多的心思的。这也正说明了皇上对这件事的重视程度，看样子自己的心里也就有了底了，那些来钻营取巧的人也好打发了，这不是有着皇上的决心在给自己做后盾吗？
“那微臣就告退了，回去后就和负责筹备的同事们好好的研究一下皇上的这份章程。”
“好了，你退下吧！记住无论什么事情都有朕在后面给你们撑腰的，这将是一个能够载入史册的事情，希望你们能过发挥你们的想象力，创建一所前所未有的新学堂出来。”林洲还是不放心，不知道于慎行等一帮的筹备官员们能否顶得住那些神通广大的钻营者的攻势，只有继续给他们打气了。
“那臣告退！”说完就慢慢的退出了乾清宫的大殿。
林洲看着于慎行的背影，觉得自己选择他没有看错人。对于于慎行，林洲所了解虽说不是特别的清楚，但是在影视剧中还算是一个为人忠厚平恕、襟怀坦白。不管对皇上、对首辅还是对同僚皆心胸坦荡、真诚相待。但也是一个谨奉程朱理学思想的正统的文人，当张居正因为父亲病故而被太后“夺情”继续的留任内阁首辅大学士时，于慎行与其他大臣一起疏谏，以纲常大义、父子伦理劝神宗收回成命，张居正很不高兴。一次，他见到于慎行时说：“可远，你是我最赏识的学生之一，我平时待你不薄，没想到你也这样对我！”于慎行语重心长地对他说：“正是因为你对我不错，我才不得不这样啊！”不久于慎行由侍讲学士升礼部右侍郎、左侍郎，转改吏部，掌詹事府，又升为礼部尚书。后来因与内阁首辅张居正失和，称疾回乡。万历十年也就是1582年，张居正去世，反对他的势力执掌了朝政，左右了神宗；于慎行被重新启用，官复原职。这时，张居正遭政敌攻击，死后被剥夺封爵，籍没全家。于慎行在这种情况下，不避嫌怨，已恳挚的语气写信给主持此事的丘橓，整个万历一朝，鲜有人为此鸣冤的，于慎行曾给办案的邱橓写书一封，洋洋千言。政治这种事，大抵都是会玩过头的。于慎行当年是张居正选定的帝师之一，但曾在“夺情”事件中得罪张居正而受到排挤。正是于慎行，却敢担生命之虞，公开站出来为张居正主持公道。可见此人是一个不计个人恩仇，把国家和道德放在首位的正直的人。所以林洲也很是放心的把筹建京师大学堂的重任交给了他。
紫禁城文华殿
于慎行回到文华殿的京师大学堂筹备处，召集了所有的筹备的官员共十五个人一起讨论皇帝位京师大学堂写就的章程和组织管理办法。
这十几人都是从各个分散的部堂专科机构中抽调来的骨干，当然也包括那个被林洲已经任命了物理学院院正的原工部虞衡清吏司主事杜时中。坐在一起的众官员无一不羡慕这老杜的运气，虽然皇上说了这次是平调的，官阶品级都不会做变动。这也是为了让大家能免除后顾之忧一心的在新学堂中安心的工作，等将来学堂稳定了之后肯定是要有个说法的，可是不管怎么说人家老杜也是学堂的少数几个实权的人物之一啊！
中国古代教育，除建立学习儒家经典的学校系统外，还设立专科学校，培养各种能切实用的专门人才。曾设立过律学、医学、武学、阴阳学、算学、书学、画学、玄学、音乐学校、工艺学校等各种专科学校。这些学校培养出不少专业人才，对发展中国的自然科学、法学、文艺等方面起过很大的作用，并对世界文化作出了一定的贡献。
鸿都门学不仅是中国最早的专科大学，而且也是世界上创立最早的文艺专科大学。
属于大理寺管辖的律学是专门的学习法律的高等专科学校。。“律”的主要内容有：名例、卫禁、职制、户婚、厩库、擅兴、贼盗、门讼、诈伪、杂律、捕亡、断狱。
直属于中央太医署的除中央一级的医学外，还有地方的府、州医学，形成从中央到地方一套完整的医学教育系统。医学是中国历史上唯一形成学校系统的专科学校。在普及医药卫生知识，促进医药事业的发展方面，起了重大作用。中国许多医药学名著和传统医药成果，流传国外，至今仍在世界上享有盛誉。
武学则是由兵部所管理的专门培养军事人才的高等专科学校。明代于洪武年间设置武学，开始仅在儒学内设置武学科目,教导武官弟子至英宗正统年间,设立两京武学,成为中央设立的规模宏大的习武学校学生由提学官选送,以都、卫、司所应袭子弟年满10岁以上者为合格。
算学是中国古代培养数学人才的专科大学。是中国最早的学习研究自然科学的专门学校。算学教学同土地测量历法推算、水利和建筑工程等实际问题相互联系。教学的内容上以《九章》周髀》及假设疑数为算问,仍兼《海岛》《孙子》、《五曹》、《张丘建》、《夏侯阳》算法,并历算、三式,天文书等为本科。本科之外，还要占一小经或一大经。毕业考试及待遇，均与太学同。
书学是中国古代学习研究书法艺术的高等专科学校。课程习篆隶草书三体；读说文《字说》《尔雅》、《博雅》《方言》,愿选修大经者兼习《论语》《孟子》。学生毕业后，可以通过科举步入仕途。
音乐专科学校附设于太乐署,由乐师对乐人分批分程度进行教练，学习各类乐曲，都定有日程和要求，每年进行考课，评定优劣，然后累计成绩，决定升退。
工艺学校附设于专管手工业制造的少府监，由技艺最高的巧手任师傅来教授学徒，各种技艺难易不一，训练期限也不同，制造的器物刻上工匠姓名,作为鉴定考核的根据。《周髀算经》中国古代专科学校曾用作教材、《九章算经》中国古代专科学校曾用作教材、《天工开物》中国古代专科学校曾用作教材、《算法统宗》中国古代专科学校曾用作教材)。
由此可以看出在古代的中国并不是每一个的读书人都是死命的钻研《四书》、《五经》之类的经史典籍的，至少还是有许多的其他的途径可以进入仕途的。只是每一个王朝的更替都不同程度的破坏了原有的教育的体制，使得各个专业的学科教育没有能连贯的继承并延续下来。像是律学、算学等也不每一个朝代都有设置的，在明朝就没有这样的专门的学校。不过林洲在他的建校文书中已经把这两科给提了出来，并单独的成立了一个学院，并分别得改为司法学院和数学学院。
众人都围着皇上所写的建校文书进行着讨论，在关于校务委员会的组织章程中，众人的意见明显的不一起来。这校务委员会的组织办法明确的规定了校务委员的组成：当是从学堂内的各个教谕中推选或是不记名的投票产生。而且首次的提出了一个“民主”的新词，众人皆是不明所以的。
“这民主一词是什么意思？”
“不会是什么新的推选的方法吧？”
“也不知道皇上是从哪里弄来的，真是让人头痛。”
“是啊！最近的朝会上听说皇上也是出了许多的新词汇出来，而且还在朝堂上给臣工们解释了一番。”
“对了，杜兄应该对此深有体会的吧？”
众人皆是会意的一笑，关于杜时中在朝会上因为对皇上的“物理”一词的解释，而博得皇上的赏识被授予物理学院的院正一职，这也是京师大学堂成立以来的第一个正式任命的职务了。
旁边的一人翻了翻那文书，发现在结尾的地方对‘民主’做了解释。于是大声道：“看，皇上在这里原来是有解释的，可能是怕我们不能体会圣意吧？”
众人的脑袋几乎都挤到了一起，看见条例的结尾果然有部分的文字是解释‘民主’一词的：民主是以多数决定、同时尊重个人与少数人的权利为原则而进行的决策和决议。众人看过后皆是恍然大悟般：原来如此啊，这不就是少数服从多数么？没有想到这就是民主啊！
大家也不再纠结这个问题了，时间是紧迫的，学堂的基建工作已经开始了，最多三四个月就能完成初步的基础工程了。而最重要的组织及学堂管理的各个方面的进度确实难以把握的，往往为了一个章程的制定而耗费数天的时间。大家都知道要努力地完成这个皇帝交代下来的任务，因为于尚书已经说了皇上对此事的重视，要是因为办事不力而让皇上失望，那一辈子的仕途可就是要全完了。
接着大家又继续的讨论委员的权利和义务一项。皇上只是写了几条，但是每一条又是那么的有实务。委员的权利中规定的似乎有点大了些，共分了三条：一、在校务委员选举中，有选举权、被选举和表决权。二、按组织程序，有权询问和指出学堂各级领导工作中存在的不足。三、因行使正当民主权利而遭受打击报复时有权向有关部门提出申诉、控告。
而在委员的义务中也是写了四条：一模范遵守校纪、朝廷法令、学校的各项制度。二、宣传和带头执行校务委员会的决议，保质保量完成校务委员会交给的各项工作。三、正确代表教职工的利益，密切联系学生，深入调查研究，为学堂领导献计献策。四、努力学习，不断提高思想觉悟、教学业务和参政、议政的水平。
大家看到这里，也是不由自主的翻到最后去寻找皇帝的名词解释去了。众人看完皇上对选举权、被选举权和申诉等等没有接触过的词语。众人觉得这委员的权利是否有些过大了，要是依照这个章程来，那委员们还不都成了学堂里德监察御史了吗？
众人纷纷的向于慎行投去了询问的目光，没有别的原因，就在这个文书来的时候于尚书可是从皇上那里来的，应该最能知道皇帝的旨意的。皇帝不会让学堂中也出现一个‘都察院’吧？
于老尚书于是又把皇帝在乾清宫中所讲的那些话有一遍的讲给的这些同僚们听了。大家听完后不由得都松了一口气，毕竟大家谁也不想以后在学堂中也搞得跟朝堂上似的。
大家不知不觉中就把厚厚的一本建校文书看完了，也是大体上明白了皇上对京师大学堂的期望，这不是一个普通的各部门的专科学堂的集合体，而是一个全新的不同于这个时代的其他的学堂的一个崭新的大学堂。众人的心中不免的都生出一份向往来，也许自己也可以自由的、不受约束的在这个舞台上展现自己的才华的，因为这是一个敞开的舞台。
在文书中林洲把科系分成了：数学学院、物理学院、化学学院、经史学院（即是文学院）、经济学院、艺术学院、司法学院七个学院。众人又是翻了一遍也没有关于武学的信息，不知道皇上为何把这么重要的一个学科给忽略掉了。