刘瑾自进入司礼监后，窥测时机，总是乘皇帝寻欢作乐时才上奏本，惹得武宗厌烦地撵他走，说：“我用你干什么，这样来缠我。”于是刘瑾便以遵旨行事为名，利用武宗的宠信和手中的权力，自作主张，左右朝政日甚一日。他借故撤了韩文的职；杖责请求留用刘健、谢迁的给事中吕、刘和南京给事中戴铣等六人，御史薄彦徽等十五人；把负责守卫南京，曾经帮助吕、刘递奏疏的武靖伯赵承庆的俸禄削减一半；迫应天府府尹陆珩、南京兵部尚书林瀚退职还乡。对敢于营救戴铣等人的大臣，如南京副都御史陈寿、御史陈琳、王良，主事王守仁等，亦分别给予降职、杖责的处分。
刘瑾的势力越来越大，他吹毛求疵地指责官员们微小的过失，派出特务到处侦察，使人防不胜防，不敢谈及他的问题。为了进一步独揽大权，他派遣自己的党羽宦官分别镇守各边防要地，以官职收买人心。武宗即位时，鞑靼小王子部入侵宣府，武宗命保国公朱晖和监军太监苗逵、右都御史史琳率兵前往。小王子部转掠大同，被参将陈雄在顺圣川击斩八十余人，夺还被掠去的两千七百多人。朱晖等以此奏捷，列有功将士达两万余人，其中大量是虚报的，但因为苗逵的缘故，武宗全部都给予奖赏。刘瑾掌权后，朱晖又再次请赏，兵部力争，无效，于是朱晖被加太保，一千五百六十三个官校得到提升，从此边赏日滥。刘瑾又传旨把锦衣卫的官职授给数百人。但李东阳等在孝宗时奉旨编纂的《历代通鉴纂要》编成时，刘瑾却诬陷各翰林纂修官抄，写得不恭谨，统统给予谴责，而命令在文华殿负责书写的张骏等重新抄写，然后越级提升他们。张骏由光禄卿提升为礼部尚书，其他几人如周惠畴、高岱等等，均被任命为京城的大官。连装潢这本书的工匠窦瑁等七人，也都升了文思院副使。
刘瑾对官吏施以戴枷的刑罚，给事中吉时，御史王时中，郎中刘绎、张纬，尚宝卿顾璇，副使姚祥，参议吴廷举等，分别因曾上疏揭发刘瑾、两广总镇太监潘忠，或其他一些小过失，被枷得奄奄一息，才发放去充军。其余被枷死及被逮捕的人无数。
刘瑾恨锦衣佥事牟斌对在狱的戴铣、刘宽大，所写的狱词中直写“权奄”二字，且不肯涂改，便假传圣旨廷杖他，然后关到狱里。顺天府丞周玺以及五官监候杨源，亦被廷杖致死。为了对付称病不出的官员，刘瑾通告：凡生病缺勤三年者，免官为民，逼迫这些人出来为他效力。御史薛凤捕盗无功，徒善骑射，被降为徐州射手。
正德二年（1507）三月，刘瑾召集群臣跪在金水桥南面，听他宣读“奸党”的姓名，其中包括在言行中反对过他或其他宦官的官员，如大学士刘健、谢迁，尚书韩文、杨守随等，各部司官李梦阳、王守仁等一共五十多人，这些官员都是以正直、忠心知名的，这时都被革职或勒令辞职回乡。他又下令吏、户、礼、兵、刑、工六科的官员大清早便要上班，很晚才准回家，使他们得不到休息，以事折磨。又限制给文官封诰，狠狠整饬文官小吏。对空出来的职位，则迅速安插上自己的党羽。
宁王朱宸濠阴谋篡夺帝位，请求恢复在先朝被革职的护卫，遭到兵部反对。后来朱宸濠以重金贿赂刘瑾，便得以达到目的。有了这武装力量为基础，朱宸濠大肆活动，篡位的阴谋遂得以变成行动。
武宗上朝时，刘瑾站在他的右方。群臣拜完君王，都得向东北作一揖，故人均称武宗为“坐的皇帝”，刘瑾为“立的皇帝”。随着权力的日渐膨胀，刘瑾把武宗视为傀儡，公然把奏章带回家中。他本身不通文墨，每次批示奏疏都先和妹夫、礼部司务孙聪，松江县秀才出身的棍徒张文冕商议、起草，然后交给焦芳润色。对这样炮制出来的批示，李东阳只能点头赞同，不敢有任何非议。遇有重大问题要处理而刘瑾又刚巧不在时，李东阳还得派人把奏疏送到河下刘瑾住处，征求刘瑾意见，才敢下笔批答。于是刘瑾更加恣意作威作福：有个罪人溺水死了，他硬判定这是御史匡翼之的过失；对学士吴俨索贿不遂，又听信都御史刘宇的谗言，憎恨御史杨南金，便在考核地方官吏时借故罢了这两人的官；任命播州土司杨斌为四川按察使；任命家奴的女婿闾洁督察山东学政。
刘瑾的权势这样大，以致公侯勋贵、皇亲国戚都没有人敢和他平起平坐，私下见他时，一个个都向他叩头、作揖。百官见他即不觉下跪，甚至有一个叫邵二泉的无锡人，和同官一人因公事往见刘瑾，刘瑾怒斥同官时，邵二泉竟惊到双腿发软，站立不住，尿都吓出来。
当时给皇帝上奏折，先要用红色帖子送给刘瑾，称为“红本”，然后再上报通政司，称为“白本”。奏疏中对刘瑾只准称“刘太监”，不准写他的名字。都察院一次审判重罪犯，在定罪的奏疏中不小心写上了“刘瑾传奉”字样。刘瑾看到后恼羞成怒，狠狠地申斥他们，直到都御史屠带领下属跪下道歉，让刘瑾痛骂一顿，才算了事。因此谒见刘瑾时，拜帖一般都写“官某顿首拜禀见”；还有的竟称他为“顶上”，或自称“门下小厮”。
刘瑾又常派人外出查盘。正德二年（1507）三月，遣科道官查盘天下军民府库；十一月，遣科道官查盘天下粮储。三年（1508）五月，命科道官查核各边年例银；七月，差科道官查盘两淮运司革支盐引。四年（1509）三月，命直隶巡按罗查盘万全、大宁二都司及所属卫所军器。十二月，命科道官查盘两直隶及各省钱粮。同月，命工部员外郎王查盘遵化冶铁厂岁办铁料、夫匠、柴炭等，并规定今后工部管厂官交待之日，必查核明白方许离任。这些查盘在当时都起了极大的影响。如对各边年例银的查盘，户部原只准备查核军马见存及故物若干，而刘瑾却要对几年来年例银的开支作总清查。与此同时，又禁豪强兜揽各边粮草，由殷实之家报纳；惩治由于失职致造成边库粮草大量损坏的官员。于是都御史周南等五人，布政以下孙禄等十人，都被连同以前已经被赦免的罪一起论处，关进监狱，追逼补缴边防的军粮，以致刘宪死于狱中。
又如宦官韦核广东库藏，奏应解诸物多霉烂；梧州贮盐利军赏银六十余万两没有及时解送。于是逮捕原总督两广的右都御史潘蕃及前总督刘大夏，前左布政使沈锐等八百九十九人，全部被罚运米到边库。其实这些受罚的官员中，许多人所以受罚主要在于曾开罪刘瑾，而不是由于失职造成的大小过错的本身，所以受到的责罚特别重。如刘大夏，他曾根据孝宗遗诏，上奏罢免宦官六百八十三人，又曾揭发刘宇的罪状，所以被乘机抄家，七十多岁还充军。又如张鼐，曾反对刘瑾因受贿而曲法宽贷贪官和杀人犯，冒政没有按照刘瑾的暗示送去贿赂，马中锡反对刘瑾的走狗朱瀛等几百人冒认边功，等等。
刘瑾还令天下军民府库要将存留全部解送京师，使郡县积储为之一空。后来杨一清对此情况加以揭发，说这些解京财富一半落到了刘瑾腰包里。
刘瑾还插手盐法。正德四年（1509）闰九月，他上疏奏请免征天下户口食盐；令巡盐御史躬亲掣验；禁空文虚引；禁私贩夹带。太监杨镇携长芦盐八千引往南京易银买丝织造时，自己又买了私盐混在一起装载，并沿途向地方官民要挟贿赂的情况，就是被内行厂告发的。查核盐税时，又杖打了巡盐御史王润，逮捕了前盐运使宁举、杨奇等。杨奇死后，连孙女也被卖掉。但是，刘瑾本人却曾以海鲜为名，夹带私盐，被长芦巡盐御史涂祯拒绝。刘瑾索涂祯赂，涂祯却空着手去见他。刘瑾大怒，矫旨杖三十，戍肃州。
查核宫内掌贮银朱、乌梅、黄丹、百药煎之类的甲字库时，刘瑾把尚书王佐以下一百七十三人分别降职或流放。但都给事中许天锡清查内库时，查出刘瑾多次贪污，却不敢揭发，只好揣着奏疏自杀尸谏。也有人说是刘瑾知道许天锡要揭发他，抢先把他缢死的。
刘瑾又提出罚米法，曾开罪他的官员都被罚把米运到边疆的仓库，以充军粮。过去的尚书雍泰，都御史杨一清等数十人，全都因此倾家荡产。对已死者，则逮捕他的妻子儿女。