《黄帝八十一难经》和《黄帝内经》同为中医学知识体系形成的标志，共同为中医理论体系的构建奠定了坚实的基础。
有一天，名医扁鹊路过虢国，见到皇宫周边的百姓都在进行祈福消灾的仪式，就问是谁病了。宫中侍从说，太子死了已有半日了。扁鹊问明了详细情况，认为太子患的只是一种突然昏倒不省人事的“尸厥”症，便请求允许自己进去看看，或许能将太子救过来。侍从不信，扁鹊就说：“你要不相信，就进去看一看，现在太子的鼻翼肯定还在煽动，他的两大腿内侧至阴部还是温暖的。”
侍从检查一番，发现果真如此，十分惊奇地将情况禀告了虢国君王。君王连忙出宫迎接扁鹊，请他为太子医治。扁鹊仔细检查后，让弟子磨研针石，然后用针石刺太子头顶的百会穴，太子竟渐渐苏醒过来。又让弟子煎汤药内灌，做了药力能入体五分的熨药，在太子两胁下热熨，太子竟然坐了起来，和常人无异。继续调补阴阳，二十多天后，太子完全恢复了健康。从此，天下人传言扁鹊能“起死回生”。
有人认为，汉代出现的《难经》就是根据这位能“起死回生”的扁鹊的医术整理而成的，因为书上题名为“秦越人（扁鹊）撰”。
《难经》，原名《黄帝八十一难经》，3卷。“难”是“问难”之义，或作“疑难”解。“经”乃指《内经》。“难经”即问难《内经》的意思。这本书的作者把自己认为的难点和疑点提出，然后逐一解释阐发，对部分问题做出了发挥性阐解。
《难经》内容包括脉诊、经络、脏腑、阴阳、病因、病理、营卫、俞穴、针刺等基础理论，同时也列述了一些病症。该书以基础理论为主，结合部分临床医学，在基础理论中更以脉诊、脏腑、经脉、俞穴为重点。其中1～22难论脉；23～29难论经络；30～47难论脏腑；48～61难论病；62～68难论俞穴；69～81难论针法。
书中对命门和三焦的学术见解以及所论七冲门（消化道的7个冲要部位）和八会（脏、腑、筋、髓、血、骨、脉、气等精气会合处）等名目，丰富和发展了中医学的理论体系。这本书还明确提出了“伤寒有五”（包括中风、伤寒、湿温、热病、温病），并对五脏之积和泄痢等病多有阐发，为后世医家所重视。
《黄帝八十一难经》全书内容简明扼要，辨析既精且微，在中医学典籍中常与《内经》并提，被认为是最重要的古典医籍之一。
延伸阅读
关于《难经》成书年代的争议
（1）
战国时成书：唐代杨玄操《难经集注
序》说：“《黄帝八十一难经》者，斯乃渤海秦越人之所作者也。”《旧唐书经籍志》亦记载有“《黄帝八十一难经》二卷，秦越人撰。”这种说法的主要依据是《史记扁鹊仓公列传》，文中有“至今天下言脉者，扁鹊也”之说，而扁鹊即战国时的秦越人。
（2）
西汉时成书：此说主要依据《黄帝内经》、《难经》的学术源流继承关系，有人认为《难经》是仓公淳于意的门徒弟子所著，因而认为：“《难经》是继《黄帝内经》之后的又一部中医古典著作，其成书年代可以确定在东汉以前，大约编撰于西汉时代”。
（3）
东汉时成书：日本学者丹波元《难经疏证》说：“详玩其文，语气较弱，全类东京，而所记亦多与东京诸书相出入者。”并举例说元气、金木浮沉、泻南补北等说以及脉法三部在仓公诊籍中没有见到，而在张仲景、王叔和书中却有的情况，推测“其绝非出西京人手”，而是东汉时期的作品。现代学者李今庸亦赞成此说。
（4）
其他观点：除上述说法外，还有成书于上古说、六朝说、唐以后说等。