司马睿于317年即皇帝位，改元太兴，据有长江中下游以及淮河、珠江流域地区，史称东晋。司马睿致力于南方的庄园经营，使得江南的名士与渡江的中原人士有了更多的交流机会，促进了社会文化的发展。
公元四世纪初，在内乱外患的双重打击下，西晋王朝的统治摇摇欲坠，都城一度由洛阳迁到了长安。但迁都并不能挽救它灭亡的命运。316年，匈奴人刘聪率兵攻下长安，晋愍帝司马邺被俘，西晋宣告灭亡。
东晋的建立
司马睿是东晋的开国皇帝，字景文，河内温县（今河南温县西）人。司马懿曾孙，司马觐之子，在位六年，十五岁嗣琅邪王位。八王之乱后期依附于东海王司马越，越以其为平东将军、监徐州诸军事，留守下邳。汉主刘渊举兵后，中原局势恶化，司马睿用王导之谋，请移镇建邺（今江苏南京）。朝廷遂于永嘉元年（307年）命为安东将军、都督扬州诸军事，九月南下。
他在王导、王敦辅助下，优礼当地士族，压平叛乱，惨淡经营，始得在江南立足。建兴四年（316年），汉刘曜陷长安，俘晋愍帝，西晋亡。次年三月，司马睿即晋王位，始建国，改元建武。他广辟掾属以为辅佐，有“百六掾”之称。六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段匹、刘翰等汉、胡180人上书劝进。318年，司马睿即皇帝位，改元太兴，据有长江中下游以及淮河、珠江流域地区，史称东晋。
夺权之战
司马睿即位后，因为他在皇族中声望不够，势力单薄，本人才能也不高，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了政治家王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政，让王导的堂兄王敦都督江、扬、荆、湘、交、广六州军事，握有重兵，控制军权。其他重要的官职，大多数也由王导家族担任。东晋王朝，实际上是王导和司马睿共同掌握的。司马睿在登基大典上，几次请王导和他一起坐上宝座，接受群臣拜贺，王导谢绝。时人曾流传说：“王与马，共天下。”
司马睿在稳定了皇位后，开始不满“王马共天下”的局面，就起用刘隗、刁协为心腹，以削弱王导势力，并暗中进行军事部署，试图最终全面排除王导势力。王敦先发制人，从武昌起兵击败刘隗，进入建康，杀死刁协。在王导的劝说下，王敦才退兵武昌，政权仍然由王导控制。
司马睿见无法动摇王导势力，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。
322年闰十一月己丑日晚，司马睿病死于建康宫中的内殿。遗诏由太子司马绍继位。司马睿死后的庙号为中宗，谥号为元帝。
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草木皆兵
前秦的先头部队在洛涧附近被晋军偷袭，被击败得溃不成军，不但令秦兵士气受挫，亦令一向骄傲的苻坚信心动摇。他得知晋军正向寿阳前进，便和苻融登上寿阳城头观察晋军动静。他看见对岸的晋兵，排列整齐，战船密布，心中觉得晋兵训练有素。再望向北面的八公山，山上长满无数草木，北风吹过，草木晃动，就像无数士兵在运动，即时大惊地跟苻融说道：“晋兵是一支多么强大的对手，你怎么说他们是弱旅？”后来，人们以“草木皆兵”形容人神经过敏及疑神疑鬼。