这时，李邦华看出了崇祯的想法，就极力鼓动崇祯，大意是：你真的不想走，那就死在这里吧，可别让太子也死了啊。要么你和太子一起南下，要么太子一个人南下。只要保住太子，大明凭借半壁江山还有复兴的可能。
但崇祯却道：“诸位，我十五位祖宗辛苦终身，才有此天下，乱贼来我走，还有谁可以让京城百姓与贼拼战？况且，我走如何对得起宗庙社稷？如何对得起祖宗的陵墓？如何对得起京城百万生灵？乱贼虽然猖狂，但我有祖宗保佑，还有诸位爱卿。如果真的不成，我宁愿以身死社稷。”
见皇帝如此坚决，有大臣就提议，请太子监军。崇祯笑道：“我经营天下十七年尚不济，一个孩子能做得什么事。”
他虽然说得这样坚决，但仍旧把南迁事宜提到日程上来。先是命令天津方面收集漕船，在直沽口待命。然后让大学士陈演率百官固请南迁。
老奸巨滑的陈演不干，他害怕到了南京后担劝驾南迁的罪名。这个罪名绝对能让他陈家断子绝孙。
崇祯：此事要先生一担。
陈演：这个……
崇祯：南迁。
陈演：这个……
崇祯：先生怕什么？
陈演：这个……
崇祯：先生怎可在此危难关头退缩？
陈演：臣无能，请求回家享晚年。
崇祯：朕要作，先生偏不作。
陈演：臣无能，罪当死。
崇祯（拍案）：你他妈的一死不足蔽辜。
此事不久，大臣李建泰上奏：“乱贼势力越来越大，愿奉太子南下。”崇祯就把这封奏书交给百官们看，大学士范景文等认为可行。但兵科给事中光时亨认为坚决不可，并斥南迁为邪说。又有大臣趁机道：“皇上应该守社稷。”
崇祯的脑袋“嗡”的一下，心想，我和这群混账有什么深仇大恨，居然要让我守快要完蛋了的社稷。
但为了顾全皇帝的面子，他却摆出了自己从没有想过要南迁的样子来，颤声道：“国君死社稷，我还能去哪里？我意已绝，哪都不去，与京城共存亡。”
从这以后，没有人再提到南下之事，也没有人注意到，太子朱慈烺的命运就此定格了。要怪，就只能怪他有这样一个好面子而又不肯承担责任的父亲。
皇太子案，疑点重重
朱慈烺死后，事情并没有人们所想象的那样人死灯灭。在崇祯十七年（1644年）十二月，南明鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，因此结伴而行。晚上就寝时，穆虎发现少年内衣织有龙纹，惊问其身份，少年自称是皇太子朱慈烺。
其时，朱由崧已经在南京建立弘光政权。得知此事后，便命令太监李继周将太子接到南京。据说，太子在见到李继周时曾问：“迎我进京，皇帝给我做吗？”
李继周摇头，“此事如何哪是我等奴婢所能知晓的！”
顺治二年，也就是公元1645年三月初一，太子来到南京，被交付锦衣卫冯可宗处看管。朱由崧派了两个太监去辨认真伪。两人一见到太子就抱头大哭，还脱下了衣服给太子穿上。朱由崧知道后，大怒，跟两个太监道：“真假未辨，你们就行见太子之礼，混账！”
说完，将两个太监拉了出去斩首，又将李继周也杀了。然后，面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。
原总督京营太监卢九德来到太子所居处，正视良久，不说一语。太子大怒，“卢九德，你见我怎不叩头？”
卢九德不由自主地跪下叩头，已经魂不附体。
太子骂道：“才一年不见，你居然肥胖如猪，可见在南京享福不浅啊。”
卢九德上下牙捉对似的厮打，又被太子骂了许久，才张皇而出。见到朱由崧后，回道：“有些相像，却认不真。”
朱由崧陷入了沉思，老实说，他这个皇帝之位来得不易。如果太子是真的，按照祖宗成法，他必须要把皇位让出去。虽然，南京百姓对他这个政权的所作所为已经痛不欲生，但就这样把皇位让出去，实在不情愿。
当南京百姓知道了太子之事后，纷纷要求太子登基称帝。明旧臣、处于长江中游的左良玉在这个时候以保护太子的名义进逼南京；长江以北的黄得功、刘良佐等总兵也上疏要求朱由崧善待太子。危机一触即发，朱由崧如同热锅上的蚂蚁，坐立不安。
他准备再让人辨认太子，而这一次的辨认却是抱着某种目的去的。事实上，朱由崧政权的许多官员都在崇祯朝廷上任职，大多数人都远远地见到过太子朱慈烺。曾经担任东宫讲官的刘正宗、李景廉“皆言太子眉长于目”，他们看了伪太子之后都说“认不清”；朱由崧认为，这是大臣们对自己不满，而刻意地不想认出太子来。
他找来亲信，对太子进行辨认。这些亲信在他的示意下一口咬定太子是假的。并对太子进行严刑拷问，审讯结果出来了：太子是假的，真名叫王之明。
既然王之明承认自己就是王之明了，那么，下面的审讯应该轻松多了，但事实却是，难度依旧，笑料百出。
审问官问道：王之明，你冒充太子该当何罪？
王之明：我既然被你们说成不是太子，也就罢了，何必要给我改姓名？
审问官：王之明。
王之明不回答。
审问官：为何不应？
王之明：何不喊“明之王”？
审问官大怒，吩咐用刑。
太子高呼：皇天啊上帝。
该年五月十日，清军大举南下，朱由崧到太平府避难。南京百姓这才冲进监狱，把奄奄一息的太子救了出来，并拥其登上皇位。这个皇位只持续了五天，五天后，清军大将多铎进入南京城。他第一件事就是问太子，有人告诉他，哪里有什么太子，是一个叫王之明的人冒充的。
多铎笑道：“你们真愚蠢，如果他承认自己是真太子，朱由崧早就把他杀了。”
一名降臣趁机说道：“是啊，太子本不承认自己是冒充的，都是马士英（一个太监）的安排。”
多铎连连点头，并骂道：“奸臣，奸臣。”
十天后，多铎设宴招待刚擒获的朱由崧，并将他的位置安排在皇太子之下。皇太子对朱由崧道：“你看，你让李继周把我叫来，又不认我，还给我改名，又让人抽打我。这些事，你知道不知道？”朱由崧坐在他下首，不作一语。几个月后，多铎将太子和朱由崧带到了北京，随后都被处死。
惊动一时的皇太子案由此结束，我们真的很希望那个叫王之明的就是朱慈烺，但我们的希望往往都被清廷扼杀了，由不得我们做半分幻想。
朱慈烺和他的身体一样，在这个太子案后就永远地在历史上消失了。随之而起的是朱三太子。朱慈烺一死，作为崇祯帝的儿子们，年龄最大的就是皇三子朱慈炯，确切地说，他就成了大明皇位的合法继承人。于是，“朱三太子”四个字在清初的确闹腾了好久。
大概是在顺治八年，有人冒称是崇祯第三子，被清廷杀了；康熙十二年（1673年），有一个叫杨起隆的冒称是朱三太子，被杀；康熙四十六年（1707年），又有名为王士元的自称为朱三太子，后被凌迟。这三个人在当时冒充的朱三太子的名字叫朱慈焕，而不是真正的朱三太子朱慈炯。
这些人为什么要冒充一个本不存在的人呢？
朱慈焕本是崇祯帝的第五个儿子，在五岁的时候就死了。据传说他生前对崇祯道：“九莲菩萨说：‘皇上待外戚太薄，所以将让他的儿子们都死掉。’”
这个九莲菩萨就是万历的生母李太后，她曾支持张居正变法。崇祯听了这个小孩子的话后，很惶恐，就封其为“玄机慈应真君”。
这样看来，诸多的朱三太子案频频以朱慈焕为号召，而不是以真的第三子朱慈炯，原因已经很明显了。民间宗教是此类活动的依托，作为“玄机慈应真君”的朱慈焕显然具备这种蛊惑力，于是，诸多的人都选择了他。
中国历史上的末代太子很多，但真正让后人记得的的确太少。一个最主要的原因是，历史往往在每个朝代的末期所关注的焦点是他们的父亲，而不是他们。
朱慈烺能被清初的诸多历史学家所惦记，从这一点来讲，应该算是他的荣幸。对一个死人的惦记往往是活着的人生活中不可缺少的一部分。为什么要惦记他，从记载中，我们看不到朱慈烺到底有什么治国才能，他也没有机会施展。可事情恰恰就在这里，他的父亲崇祯连他施展的机会都不给，这可能就是他的悲哀所在了。
真假崇祯太子
崇祯自杀后，李自成入京并未加害太子朱慈烺。而李自成出京时乱军颠沛，太子朱慈烺沦为街边巷口厮养仆役，搬砖乞食。
时年十六七岁的太子虽生在北京，却养在深宫，只去太监常进节家玩过，故而回京就先找到了他。常公公不敢怠慢，但当时已是大清天下，也不敢留他，说他姐姐长平公主在姥爷周奎家，便带太子去见周奎。身为太子外祖父的周奎由于及时献媚于李自成，竟毫发无伤。
多尔衮入京后装模作样殡葬崇祯皇帝、皇后，追谥崇祯为“怀宗端皇帝”，陵号为“思陵”，明白表示天下是取于“贼”，而不是取于明，宣扬清军是为明朝“复仇”。这种政治秀，使得明太子误认为，大顺政权不仅让他活着，还给了他一个“宋王”封号，“仁义”的大清，应该不会比李自成差吧。