就在弘光政权灭亡的这一年，郑成功的母亲田川惠子刚好也回到了中国。这个时候正是战乱不断的时期。而且由于战乱和局势的变化，南京太学也被解散了。于是，郑成功便回安平老家与母亲团聚。其实，之前郑芝龙不能够接回自己的妻子田川惠子，主要是由于他的实力不够强大，而这次郑芝龙之所以此时能将田川惠子接到中国，正是因为他在弘光政权中被封为“南安伯”，田川惠子被封为“国夫人”，日本当局迫于形势才同意让田川惠子回到郑芝龙的身边。在这种形势下，郑成功得以和分别十多年的母亲团聚，百感交集。他深深地知道，此时母亲回到这里，是不安全的，但是不管怎样，一家人团聚了，郑成功还是非常的高兴。这些年来对母亲的思念终于可以告一段落了。所以，接下来的日子里，只要郑成功有时间，他都会前来陪伴母亲。
唐王被郑氏拥立为帝后，改元隆武，史称隆武帝。隆武帝朱聿键原是明先祖第二十三子唐定王朱桎的嫡系子孙，于崇祯五年（1632）嗣为唐王。到了崇祯九年（1636），明朝危机四伏，国运乖蹇，唐王朱聿键奋不顾身，为保王朝安危，未奉旨出兵勤王，犯了“亲藩”私自出境之罪。按罪论处是极刑，后被重臣力谏才废为庶人，囚禁于凤阳高墙内，直至崇祯十七年（1644）清军大举入侵，势如破竹，占领北京，朱由崧称帝于南京，大赦天下的时候，唐王方出高墙，恢复自由。但是不久，南京又沦陷了。唐王无奈中逃往福建，途中正好遇到郑鸿逵、郑彩、熊文灿等一批手握兵权的朝廷大人物。唐王对时局非常失望，尤其对、南京陷落感到悲痛不已。他激愤地说：“真没想到我大明王朝的天下，竟然会被鞑子轻而易举的窃据。我身为皇室子孙不能保国安民，却混在难民中逃亡，苟且偷生，想起来就惭愧！死后有何面目见列祖列宗？”言罢，放声大哭、涕泗横流，痛不欲生，情景十分感人，令随行者无不陪洒一把辛酸的泪水。
唐王朱聿键见众人同情他，心地开始复苏，认为自己还是有号召力的王孙。对此，他颇为得意和自信，觉得高墙内的赋闲生活虽然无聊而漫长，却没有消磨掉自己的才华和胆识，于诸多王孙中依然是出类拔萃的。正是这种勃然而起的豪情使他无所忌讳起来。他说：“我大明江山何以破碎得如此之速，委实并非偶然！说到内情，众位臣僚并非悉知，有的可能略知一二，有的则全被蒙蔽。今日有暇，我不妨聊聊，与诸位一同消遣。远的不说，就从神宗帝说起。他竟然是个鸦片烟鬼，荒唐到长年不上朝，怕见大臣。这岂不是千古荒唐事？有如此之帝王，就有如此的大臣。据我所知，吃鸦片烟的大臣至少有两百多人。这些文武大臣除了会吃鸦片，什么事都懒得做。不做也罢，反倒行腐败之能事；骄奢淫逸、枉法贪赃之徒比比皆是；少数不腐败者，又是不求有功、但求无过的多；默默无闻，做一日和尚撞一日钟，混混日子，粗茶淡饭也知足的占了不少。”
说到最后，唐王愈加显得激愤，说：“雄杰之士、龙虎之将者，降的降，被撤的被撤；再不就是溜的溜，死的死。这便是我大明朝廷的现状。如此下去，江山岂有不失之理！”
听完唐王的这一番话，众大臣和将士无不感到吃惊。他们没有想到，昔日的唐王虽然被囚在高墙之内，但却对当今的时局看得如此清晰。当唐王说完这些现状之后，在场的大臣都认为事已至此，已经无力回天了。通过聊天，唐王的心境更明亮了。他认为要扭转乾坤必须从朝廷做起，变革朝政迫在眉睫，但是真做起来又谈何容易！
但是不管怎样，唐王毕竟是皇室后裔，于是这些大臣就跟随唐王来到了福州，并一路保护唐王。这里是南国比较安全的地方，此时早已荟萃了许多朝臣。其中有礼部尚书黄道周，巡抚吴春枝和福建总兵郑芝龙等人。由于唐王一路礼贤下士，表现颇好，众臣对他产生了好感。由于朱由崧逃亡下落不明，多数消息传他被清兵杀害，一时群龙无首，所以由几位重臣倡议，拥立唐王为新君。唐王再三推让。众臣力举不休。唐王最终妥协，被众臣一拥而立为君，拟国号“隆武”。隆武帝登基后，广纳贤能之士，大施皇恩，封官赐爵。
隆武帝即位后，与其他政权有所不同。他看到过去的那些势力之间的争斗以及政权的腐败，心中十分愤怒。所以，隆武帝即位后，一心勤于中兴政务，凡有章奏批答，都亲自动手，不借助于阁臣，而且他生活俭朴，布衣蔬食，约束甚严。然而，与此同时，在清军大兵压境的危急关头，鲁王朱以海和唐王朱聿键两个并存的政权，仍然没有吸取以往的教训，还在忙于争夺谁是正统，势同水火；在隆武政权内部，尽管隆武帝一心革新政治，但同样也是矛盾重重。郑芝龙自以为拥立唐王有功，军政开支又都由郑家支付，因此居功自傲，非常跋扈。
郑鸿逵考中武举与武进士，做了崇祯皇帝的锦衣卫“掌印千户”，积功升至总兵，其后到南京帮助福王，在史可法指挥下，守瓜洲、仪真。此人忠心事主，福王封他为靖西伯。唐王即位后，升他为定西侯，也把郑芝龙由南安伯升为平西侯。此时，流亡四海的朝廷官员，闻讯唐王登基做了皇帝，纷纷赶来福州。一时福州紫气氤氲，市井车水马龙，万象更新。尤其救亡图存的旗帜无处不在高高飘扬。抗清复明的形势渐渐有了新起色。然而，隆武政权首先面临的难题是：兵少将寡，粮乏饷缺，困难重重。隆武帝召集群臣商议，勉励大家献计献策，渡过难关。大臣黄道周率先上奏：“皇上英明。微臣思量过，举坐者唯平国公经营闽南长久，尤占台湾海峡二十余年，人戏称‘海盗领袖’，官居‘游击将军’，富可敌国。这是众人皆知的。”黄道周一面说，一面关注周围的气氛，感到气氛有点热烈，便又以羡慕的口气说：“平国公德高望重，能呼风唤雨，人缘极好，控制沿海得心应手。港口里的船只多如水鹜。依我之见，抗清能立大功者，非平国公莫属！”
郑芝龙眨眨眼睛，似乎对黄道周的话感到不顺耳。“这是不行的，”他严肃地说，“恕我不恭，黄道周大人的计策是荒唐的，若照大学士所言，莫非要我放弃兵权，重蹈商界去经商不成？”
隆武帝见郑芝龙出言不逊，怒气冲冲地驳回黄道周的奏议，心里颇为不悦，却毫不动声色，心平气和地说：“依爱卿之见，目下，我大明的危局该如何方可扭转？”
郑芝龙说：“启禀皇上。眼下，民不聊生，国库空虚，微臣不是置困难于不顾，只因自己不才，又加上福建这偏僻之处，土地贫瘠，不毛之地，没有什么东西可长，故而家财亦菲薄，实非众人所认为的巨头商贾，更非富可敌国，充其量一介小商人而已。微臣这等说，绝无吝财之意，即使家境如此，臣也愿穷尽家当，养三万人马，并愿率部戍守仙霞关。若无异议，前方吃紧，恕臣不候了，臣告退。”
早朝便这样草草了之，君臣不欢而散。隆武帝心里有气不能出，闷闷不乐。虽然隆武帝想有所作为，但他也是心有余而力不足。在这样进退两难的境地中，隆武帝急需一个能够了解他并且愿意为他忠心效力的贤才。于是，在接下来的时间里他一直在等待着，寻找着。
明隆武元年（1645）九月，郑芝龙的弟弟郑鸿逵带着儿子郑肇基去拜见隆武帝，隆武帝见了这个孩子，十分高兴，就赐肇基朱姓。郑鸿逵带着儿子回来之后，洋洋得意地叙述了这件事。很快，这些话传到郑芝龙的耳朵里。郑芝龙一向是飞扬跋扈，听到这样的话，他感觉到隆武帝对他有所偏见，这些是他所不能忍受的。他心想：我的儿子哪一点会比肇基差呢？只是可惜我没有早想到这一点。不过，要补救这个过错也不难，只要带着儿子去见皇帝就可以了。然而，此时的郑成功并没有在他身边，而是在福建老家。
于是，郑芝龙写信给郑成功，要他火速返回福州，觐见新皇帝。由于当时的局势所逼，唐王的行宫是在福州。接到父亲的信后，郑成功告别母亲，连夜起程急急赶回福州。见到父亲后，郑芝龙又淡淡地对他说：“此番拥立唐王，实属无奈，绝非为父的心愿，全是你叔父和黄道周的主意，我无功受封，得了个太师平国公的头衔。当下大部分国土被清兵占领，时局艰危，江南虽大，兵微将寡，粮乏饷缺，军心不安，民心背向，境况窘迫。鉴于此，复兴谈何易耳。往后局势如何发展，实难预测。在此情势下，得好自为之，稍有疏忽，后果不堪设想。为父之言，望吾儿谨记于心。”
听完了父亲的这一席话，再想到平时父亲的教导，郑成功感觉非常的失望。但是不管怎样，在郑成功的心里，他仍然向往明室复兴的大业。于是，他怀着不合父意之心，来到了他的叔父定国公郑鸿逵的府上。郑鸿逵见侄儿来访，再想到以前自己对侄儿的了解，也能猜出几分意图。待他们都坐下后，郑鸿逵就开始大侃时局，所言之事都合郑成功之意。当谈及父亲拥立唐王称帝的经过时，郑鸿逵颇不留情面，严肃地批评了郑芝龙：“你父亲身为朝廷重臣，享受高禄，官居要职，总揽三部重责，位高权重，正好为国立功，报效皇上的恩典。然而，你父亲知恩不报，思前顾后，畏葸不前，而且常打退堂鼓。如此行为，实在令人焦虑不安。贤侄风华正茂，正是为国出力之时。此番回来，你要劝劝你父亲，要一如既往，全力以赴，共图中兴明室的大业。即使失败了，也会流芳千古，后人自有评说。”
听完叔父的话，郑成功的内心非常激动，并说：“叔父的思想与侄儿的思想是一致的。我会孜孜不倦地努力，争取不让叔父失望，做一个不负众望的人。因此，在这种情势下，我就要逆流而上。要做到如此，就要不怕艰难，不畏生死。”郑成功热切而自信地说着，一双眸子，在轮廓分明的脸上显得炯炯有神。他带着不解和渴望的心情，清清嗓音说：“侄儿见识浅陋，对复杂纷繁的时局把握不准，请叔父对当前局势指点迷津。”
此时的郑鸿逵也深知郑成功的心意，于是就说：“这个问题并不难，我把它概括一下，就一目了然了。先从北方形势看，北方有李自成的农民军。这支军队从人数上看，可谓强大，但透过强大的本质来看，并非如此。因为它是一群乌合之众。乌合之众聚也容易，散也容易。李自成与吴三桂在北京的一战，被吴三桂打得一败涂地，几乎溃不成军。当然，这不是吴三桂一人之力，他还借助了清廷势力。也正因为有了这一点，满族人的势力才急剧强大。从整个战事中不难看出，李自成的失败，吴三桂的降清，导致了满族人的空前猖獗。当前，清军一面全力以赴向南推进，一面招揽我大明的降臣为他所用。清廷多尔衮指使洪承畴窜到江南行招抚之能事，收买人心，这着棋下得非常狠毒，大大动摇了我大明的根基。据我所知，投降的朝廷重臣就有一百多人。除了多尔衮，还有一个叫博洛贝勒王的人，此人手段更是歹毒，他伎俩百出，致使东南诸府县官员大受其害。尽管如此，但东浙和闽北一带义军蜂起，举旗抗清者前赴后继。从这一点可以看出，黎民百姓是不甘愿做满族人的奴隶的，有了百姓的支持，我大明就还会有希望。但是，你父亲非但不能正视这一现实，反而被暂时的劣势吓倒。贤侄正是风华正茂之时，又怀有凌云之志，若能把握好时机，搏击浪头，驱逐满族人，光复大明，一定能够流芳百世，为后世所敬仰。”郑鸿逵的一番话说得是神情激奋，激情高扬。他显然把郑氏家族的兴旺和明朝的中兴寄托在郑成功的身上，要他与其父亲划一道鸿沟，以免受到消极影响。
听完叔父的这一番话，郑成功顿觉胸中燃起一股冲天豪情，在这一刻，他感觉自己的壮志更加明朗了。他看着叔父，心中充满了敬意。这是他第一次听到叔父说出这样激扬的话，于是他站起来对叔父说：“多谢叔父的谬爱和指点，愚侄永不忘您的教诲！”