1846年冬，林则徐结束了颠沛流离的流放生活，在玉门县接旨，以三品顶戴接署陕甘总督。第二年又调任云贵总督，不管在哪里，他都一心为国，鞠躬尽瘁。1850年4月14日，林则徐回到了养育自己的故乡——福州。这时，林则徐已经是一个百病缠身的垂垂老者，但是他那忧国忧民、反抗侵略的爱国意志却犹如秋后的核桃，老而弥坚。
道光二十六年（1846）12月4日，林则徐接到了赦免起复的圣旨。他满怀着感激之情，结束了颠沛流离的流放生活。9日，从哈密起程入关。20日，在玉门县接旨，以三品顶戴接署陕甘总督。
恰在此时，甘肃发生了震惊朝野的黑错寺叛乱。
黑错寺是甘肃西宁府循化厅卡外的一个规模较大的喇嘛寺，有寺院好几百所，寺僧八万多人。他们占有大量的土地，并利用这些土地控制着无数的佃户。他们还拥有自己的武装，又胁迫和蒙骗各庄的藏民、佃户来参加，其势力一天天恶性膨胀起来，严重威胁着清政府对该地区的统治。与此同时，由于清朝统治力量的削弱和封建剥削的日益加重，一些藏族农奴和贫苦的牧民因为不堪忍受压迫，被迫揭竿而起，他们成群结队地在边远地区抢夺牛马，甚至去抢劫清政府管理的马场，并杀死前来镇压的清军。在这种情况下，一些包藏祸心的藏族上层奴隶主贵族和寺院里的高级喇嘛们便趁机唆使手下四处盗马杀人，甚至还公然拒捕抗官。
1845年11月，黑错寺里的喇嘛又率领一群武装分子窜到甘肃洮州厅的着逊去抢掠牛马，还杀死了当地的土司千户杨国成。于是清政府便下令会剿，但是那些前去进剿的清军却连遭败绩，因此黑错寺的喇嘛们更加猖狂起来，他们用武力胁迫四乡八里的藏族佃户和寺内的僧人一起组成了一支近两千人的反动武装，公开同清军叫阵，还杀死了许多清军官兵和当地的土兵。
林则徐怒不可遏。1846年7月4日，他命令达洪阿率兵一举剿灭了这群叛乱分子。然而，清军在整个军事行动中却又不分青红皂白地烧毁村庄，滥杀藏民。这种滥杀无辜的行为不仅大大超出了他们的职权范围，而且种下了民族矛盾的祸根，并不利于该地的长治久安。平定黑错寺叛乱后，清朝在这一地区的统治得到了加强，但是在那平静的水面下却始终暗藏着无数的旋涡。
1846年8月15日，林则徐离开了兰州。月底，他抵达西安，接任陕西巡抚。此时，陕西正遭遇罕见的旱灾，哀鸿遍野，惨不忍睹。于是，大批饥民铤而走险，纷纷加入了刀客的队伍中。刀客，是清朝中叶尤其是自嘉庆年间以来人们对陕西一带抗清群众的一种称谓。他们通常都是一些破产的农民和手工业者，因为不堪忍受残酷的封建压迫而持刀反抗。这些人三五成群，到处活动，实际上还仅是一种农民自发的武装抗税和抗粮的斗争，并没有形成起义的阵势。
针对这种情况，林则徐决定首先要办赈抗灾。由于市场上粮食短缺，粮价暴涨，农民无钱购买，他便紧急动用官府库存的粮食来平抑市场的粮价，并规定了各地具体的购粮日期，让农民凭票限量以平价购买。对于那些无力购买者，他又命令官府代为收养，仅西安一地就收养了三四千人。针对农民杀牛为食的现象，林则徐命令各地方官收购耕牛，并劝各地富户质押耕牛，接济灾民，从而有效地保护了畜力，为恢复农业生产创造了条件。林则徐还视各地的灾情轻重，分别奏请朝廷予以缓征钱粮，从而极大地减轻了农民的负担。此外，他还筹谋兴修关中水利，引水灌田，缓解旱情；要求各地广泛征用无钱买粮的民工，实行以工代赈，并指示关中书院以“修关中水利议”为题进行考试，广泛征询意见，筹划水利建设。
抗灾的同时，林则徐坐镇指挥，严厉缉捕那些刀客，主张将他们一一“严拿严办”，将刀客马得枫处以斩刑，又将史双等数十人全部发配到云贵两广去充军戍边，并对严办“刀客”的地方官员给予奖励，对那些治理不力，“刀客”活动频繁的府、州、县则下令免去地方官员的职务。关注民生，体恤民情，这本是林则徐一生中熠熠闪光的地方，然而对于饥民暴动的残酷镇压，却同时又让他的人生沾染了令人遗憾的污点。
1846年底，林则徐身患重病，不得不上书朝廷，请假医治。1847年1月26日，他起程去陕西蒲城治病，同时为恩师王鼎守心丧。来到蒲城之后，他首先去相国府瞻仰恩师王鼎的故居，并拜访了师母孟太夫人。然后，他又亲自到城西八里忽家村的王鼎墓去祭奠恩师，并参加了3月19日人们为恩师诞辰八十周年而举行的纪念活动。他还为相国府书写了匾额和对联，又为王鼎的族弟王益谦题写了扇面。
在此期间，林则徐一如既往地情系百姓，体察民情。为此，他深入民间，亲自去对蒲城的旱情和当地的人民生活作实地考察，然后据此向道光帝呈递了一份《陕省道光二十六年被旱各属分别缓征折》。在这份奏折中，他根据自己的调查结果，恳请朝廷将蒲城本年的所有钱粮“全行展缓”。