左宗棠第二次幕湘期间，由于依靠骆秉章的专任，大权独揽，难免也会出现刚愎自用，对下属以至品秩较高的文武大员，常常不假颜色的情况。这样一来，自然就会招致一些人的忌恨和不满，由忌恨不满进而发展到行毁谤构陷之计。
咸丰九年（1859）是左宗棠入湘幕的第六个年头，发生了震动一时的“樊燮事件”，也称为“官樊构陷事件”，促使左宗棠的命运和事业起了一个急遽的变化。致使左宗棠险遭不测，并因此于咸丰十年（1860）年初不得不离开骆秉章幕府，结束他历时8年的幕府生涯。
樊燮，湖北恩施人。1856年（咸丰六年）9月起任湖南永州镇总兵，在职数年，声名极坏，仗着自己是湖广总督官文五姨太的娘家亲戚而有恃无恐，同城的文武官员及兵丁无不怨恨。湖南巡抚衙门接到过不少参劾他的信函，巡抚骆秉章不愿得罪官文，于是压着这些信没有理睬，师爷左宗棠也碍着骆秉章的面子，不便处理。
樊总兵治军甚严，有违犯军令者，一概军棍从事；而部下多在其家当差，不免偶触家法，也是军棍从事。樊家演戏，某千总迟到，违反了参加活动不应中途进场的社交礼仪，棍责数十；管理厨房的某外委千总烧煤过多，不能厉行节约，棍责数十；管理轿务的兵丁，因轿房灯具失修，棍责数十，等等，不一而足。
樊燮在永州总兵任上，官声极坏，其主要劣迹，一在贪，一在纵。贪者，贪污也。永州地区防兵共2000余人，常驻城内约300人；日常在总兵官署当差的，却有160人。樊家的厨夫、水夫、花匠、点心匠、剃头匠等额，都由兵丁充任，薪水则从军费中支取。不仅如此，举凡日用绸缎、房屋装修，也都挪用军费。因此，樊总兵排场虽大，用费却极俭省，全拜贪污所赐。纵者，纵肆也。不按军法，更没有“纪律条令”，动辄对下属和兵丁“棍责”，实际上根本谈不上“治军甚严”、按军法办事，而是私立家法，肆意妄为，霸道至极。还有，樊燮“违例乘坐肩舆，私役弁兵。”这就是说，他本来不够资格乘坐“肩舆”（按：人抬轿子）的，可是他认为武职官员可以搞特殊，私配弁兵抬轿。
1858年（咸丰八年）秋，湖南提督、湘军名将塔齐布在军中病逝，提督出缺，于是官文奏请让樊燮来署理，并且还奏清新授云南临元镇总兵栗襄署理永州镇缺。
可是，樊燮的这些“劣迹”都被反映到省里，“总管”一省军务吏事的左师爷闻之大怒，立即建议骆秉章参劾樊燮。正直无私的骆秉章当然是欣然同意。于是，官文的荐折递到北京还没几天，骆秉章就在该年冬赴京陛见时，具折参劾了樊燮。
湖广总督官文上折保奏樊燮为湖南提督，而湖南巡抚骆秉章上折参劾他的罪行，咸丰皇帝看到两份内容完全相反的奏折，不免有些困惑，十分生气，就下达谕旨：“樊燮着兵部从严议处，即行开缺。”
但是，1859年（咸丰九年）4月初，骆秉章又一次具折参劾樊燮，称其项各项劣迹均有实据，并有侵亏营饷的重要素情。请求将樊燮拿问，以便提同人证，严审究办。奏折上呈朝廷后不久，清政府就发布谕旨：“樊燮着即行拿问，交骆秉章提同人证，严审究办。并着湖北督抚饬查该革员现在行抵何处，即日委员押解湖南，听候查办。”
不久，樊燮就被革了官职，这时他不得不赶紧奔往长沙，向巡抚交代问题。但骆秉章把他推给了左宗棠，让他先跟左师爷去沟通，看左宗棠的意见如何，再作定夺。
这一天，樊燮去见左宗棠。按说，找左宗棠是为了让他帮忙、说情，应该对他恭谦才是，但是，樊燮也是个刚愎自用之人，平常作威作福惯了，对左宗棠这样一个屡试不第的老举人，他又根本没有放在眼里。
左宗棠接到公差禀报，说革职总兵樊燮求见。他为人一向心直口快，疾恶如仇，恃才傲物，不屑和人家虚与委蛇。何况对这位樊总兵的坏名声和劣迹不仅早有所闻，而且早有几分成见和厌恶。今天听说他上门前来，就决定非要当面严厉教训他一番不可。
樊燮到了左公馆，见到左宗棠，虽作揖行礼，但行为举止依然掩饰不住内心的那股傲慢。左宗棠看到眼前这个其貌不扬之人，竟做了那么多坏事，如今到了此地，还态度傲慢，便厉声喝道：“武官见我，无论大小皆要请安，汝何木然？快请安！”
樊燮向来是个傲慢的人，一看这个架势，早把自己此番前来的目的和目前的身份抛到了九霄云外，忘了自己是前来求情的，本该恭敬一些，忍耐几分，才好办事。岂不知“人在屋檐下，不得不低头”。他一时起性，却反唇相讥道：“朝廷体制，未定武官见师爷请安之例。武官虽轻，我亦朝廷二品官也。”
按说樊燮的话的确也没错，按朝廷体制来说，他虽解职，但毕竟曾授朝廷二品官，戴上了红顶子，而左宗棠本来只是一个落第的举人，后来骆秉章奏他“筹办船炮，选将练勇”有功，才授了个四品，与樊燮相比，还差两个档次。
左宗棠被樊燮依礼驳斥得哑口无言，不由恼羞成怒，随口就大骂一句：“滚出去！”
并且随即再次奏劾樊燮。
不过，事情至此并未了结。对待樊燮，总督要保，要重用；而巡抚要参，要惩办，官文心里自然是极不舒服。现在明知樊燮是官文的人，左宗棠不但不化刚为柔，反而变本加厉地侮辱了樊燮一番，这不是往火上浇油吗？
樊燮遭到辱骂且被参革后，对左宗棠更是怀恨于心，千方百计地想要进行报复。
骆秉章参革樊燮后不久，便有人唆使樊燮在湖广上诉，又在都察院呈控永州府黄文琛商同侯光裕，通知在院襄办军务绅士左某，以图陷害。至此，骆秉章参劾樊燮案一下子就转为樊燮呈控案，樊燮反成了遭陷害者，由被告变成了原告，而被告则成了骆秉章的心腹幕僚左宗棠！并且，形势发展得很快、也很险恶。官文亲自具折参劾左宗棠，很快奉到谕旨，令官文与湖北正考官钱宝青查办左宗棠，并有密谕称：“左某如果有不法情事，即行就地正法！”
面对这样的局势，左宗棠“忧谗畏讥”，不得已于1860年（咸丰十年）1月辞去了骆秉章幕府的职务，荐刘蓉自代，请咨赴北京参加会试。1月12日正式离开幕府，从而结束了他历时8年的幕府生涯。
樊燮与满族官僚控告左宗棠并要将他治罪，主要利用了清政府《钦定六部处分》中关于不许纵容幕友专权的一些规定，在这份朝廷的则例中有如下条款：
一、官吏纵容幕宾出署结交者，照纵容亲友招摇例革职；
二、督抚藩臬接用旧任幕友，令其始终踞一衙门者，照纵容幕友例议处；
三、督抚于幕友，务宜关防扃钥，不得任其出署，往来交结，若不遵功令致被参劾，或因事败露，将纵容之督抚治罪。
不过，这只是法律上的条款而已，如果从更深层次上看，所谓樊燮呈控案，就不仅仅是樊燮一人因不服劾罢而进行的反扑，其后还大有人在。骆秉章就认为，是有人唆使樊燮呈控。王闿运也说：布政使文格也忌恨宗棠，暗中帮助樊燮。当然其中最关键的人物还是湖广总督官文！是他直接具疏向清廷弹劾左宗棠，又是他奉命与钱宝青查办此案。因此，才使得樊燮的呈控迅速得逞，案件急剧发展，而左宗棠性命岌岌可危！
官文是何许人也？
官文（1798～1871），字秀峰，王佳氏，满洲正白旗人。先隶内务府正白旗汉军。由拜唐阿补蓝翎侍卫，依次升为头等侍卫。道光二十一年（1841），出任广州汉军副都统。后调荆州左翼副都统。咸丰四年（1854）升任荆州将军。六月，太平军攻占武昌后，清廷命官文统筹全局，慨复武昌。官文配合曾国藩的湘军与太平军战于江上。曾国藩再陷武昌、汉阳，官文也受到清廷的优叙嘉奖。此后，官文屡因湘军的军功而受奖擢升。这其中的奥妙就是因为官文是满族官员，能得到朝廷的信任，曾国藩等人虽与他矛盾很深，但为了自己的前途命运，只能大力拉拢他。湘军每有克捷，必以官文为首功。就这样，官文就成了名副其实的“福将”，论功行赏的现成好事都会从天而降到他的头上。直到同治三年（1864）湘军攻陷天京（今南京），曾国藩在奏捷时，仍然再推官文列名疏首。清廷下诏嘉奖官文征兵筹饷、推贤让能、接济东征、不分畛域，特赐一等伯爵，号果威，世袭罔替，升入正白旗满洲，赐双眼花翎。
由于官文出身于满洲贵族家庭，长期在昏庸糜烂的八旗军中供职，对民情、吏治、军事是一窍不通，更没有什么治国安邦的经验可言。他从未认真研究过兵法，没有什指挥才能，面对敌情，毫无定见，只知哪里告警，就往哪里派兵，头痛医头，脚痛医脚。
官文的大小事务全由幕友、家丁包揽办理。他自己不但于政事不闻不问，而且生活奢侈无度。胡林翼忍无可忍，与幕友商议弹劾官文。官文三次登门拜访，均为胡所谢绝。但幕僚阎敬铭对胡“进言献计”，说了三层意思：一是“本朝不轻以汉大臣专兵权”，如今满汉并用，湖北居天下要冲，能不派“亲信大臣临之？”二是“督抚相劾，无论未必胜，即胜，能保后来者必贤耶？”三是他“私费奢豪，诚于事有济，岁糜十万金供之，未为失计。”（意为满足他的私欲，有事可以利用他。）胡林翼大悟，立即前往拜见官文，每月奉送白银三千两，并结为异姓兄弟。这也是胡林翼“喜任术，善牢笼”的一个典型表现。
咸丰十年（1860）正月，左宗棠离开骆秉章的幕府，说是准备北上参加会试的时候，参劾“劣幕”左宗棠的案件也正在秘密地进行中。由于此案来头很大，查办之人对左宗棠极为不利，所以，除了胡林翼凭着与官文是异姓兄弟，能为之斡旋外，其他人等一概都不敢表态。
清政府令官文、钱宝青查办左宗棠的消息，最早是由权势显赫、而又“推服楚贤”的户部尚书肃顺透露给其幕客高心夔的，高心夔得知这个消息后，立即转告其同僚王闿运，王闿运又转告时任翰林院编修的郭嵩焘。郭嵩焘闻讯大惊，因自己与左宗棠是同乡、好友，不便出面讲话，就让王闿运求救于肃顺。肃顺则表示：必须待内外臣工有疏保荐，自己方能启齿。
这个时候，恰好郭嵩焘与潘祖荫同值南书房，有同事之谊。于是力请潘祖荫疏荐左宗棠。
潘祖荫，江苏吴县人，咸丰二年（壬子）“探花”，才华横溢，时任南书房侍读学士。他毕生有两个爱好，一是收藏书画古玩，二是结交才人名士。其癖好与光绪帝师翁同稣略同，因此后人常合称其为“翁潘”。
郭嵩焘、胡林翼不能出面保左宗棠，否则有庇护同乡、戚友的嫌疑。郭嵩焘说服潘祖荫之后，由潘祖荫出面，奏保左宗棠。则是大公无私，“有不得不为国家惜者”。于是潘祖荫“力辩其诬，三疏荐之。”
咸丰十年（1860）年初，潘祖荫在奏疏中说的大概意思是：楚南之军很得力，所向克敌，似乎是骆秉章调度有方，实际上是由于左宗棠在运筹决胜，这已经为天下所共见，也在我圣明的皇上洞鉴之中。上年“贼酋”数十万之众窜湖南，在左宗棠的规划之下，以本省之饷、本省之兵，几个月便将四境肃清。要是换个别的地方，那早就溃裂而不可收拾了。
其实，在营救左宗棠的过程中，骆秉章、胡林翼也在积极活动。骆秉章在闻知查办左宗棠的消息后不久，即于八月二十五日（9月21日）将樊燮妄控一事的原委奏明，并将委员查获的有关账簿、公禀、樊燮的亲供等文件，咨送军机处备查；胡林翼则凭借自己与官文的关系，多方向官文进行疏通。
此后，胡林翼见事有转圜，便乘机又上了一个《敬举贤才力图补救疏》，不仅极力保荐左宗棠，而且还提出了起用的具体方案。在奏折中，胡林翼对左宗棠的评价极高：
精熟方舆，晓畅兵略。在湖南赞助军事，遂以克复江西、贵州、广西各府州县之地。名满天下，谤亦随之。其刚直激烈，诚不免汲黯大戆、宽铙少和之讥。要其筹兵筹饷，专精殚思，过或可宥，心固无他。……以上二员（另一人为刘蓉），应请天恩，酌量器使，并请旨饬下湖南抚臣，令其速在湖南各募勇六千人，以救江西、浙江、皖南之疆土，必能补救于万一。
时任军机大臣的肃顺深得咸丰帝的信任，也深知大局危殆，不重用汉人，不能纾大难。他见时机成熟，便在咸丰十年春与咸丰皇帝的对答中也称赞了左宗棠“赞画军谋，迭著成效”，“人才难得，自当爱惜”。
后来，咸丰帝从镇压太平天国起义的大局出发，采纳了潘祖荫和肃顺等人的意见。
官文也知道了朝廷欲用左宗棠，于是见风转舵，与僚属私下议商，具奏结案，从而结束了喧闹一时的樊燮呈控案。
左宗棠在经过一场虚惊之后，因祸得福。咸丰十年四月一日，皇帝发了一封谕旨：
左宗棠熟悉湖南形势，战胜攻取，调度有方。……应否令左宗棠仍在湖南本地襄办团练等事，抑或调赴该侍郎军营，俾得尽其所长，以收得人之效？
左宗棠受到皇上垂青，自然更加兢兢业业于军事策划，更加效忠朝廷。
从此以后，左宗棠便开始了他在政治舞台上叱咤风云的新时期。