太平兴国八年（983年）十一月，62岁的赵普，以检校太尉兼侍中、武胜军节度使，出镇邓州（今河南省邓县）。他的次子承煦，年20岁，为牙职侍行。李重诲当时补邓州马步军都指挥使，赵普奏监州军。
雍熙四年（987年）二月，赵普66岁，徙为山南东道节度使，镇襄州（今湖北省襄樊市），改封许国公。承煦24岁，仍为牙职侍行，官为襄州衙内都虞候。
赵普在邓州和襄州，“皆以严重肃下，政务自集，唯圣节日即张乐，设宴则丰厚，凡一巡酒，则遍劝席中吃尽，尽与不尽，但劝至三而止。”他小心谨慎，每逢太宗的诞辰节———十月七日的乾明节（后改寿宁节），都派夫人和氏到京城朝见。他的长子承宗，则一直在京师为侍卫官。这些做法，都是为了去太宗的疑心，以能明哲保身，可谓煞费苦心。
赵普在邓州和襄州期间，影响最大的事就是在雍熙三年（986年）五月初从邓州上的《班师疏》，宋人说是“天下传颂”。《班师疏》主要是论及雍熙三年北征事宜的。
当时，辽国辽景宗已死，辽圣宗即位，因为年幼，其母萧太后听政。萧太后对内倚仗可靠大臣，笼络人心，稳定统治；对外任用名将驻防边疆，加强战备，攻打弱小民族，招抚归降的民众，实力大大增强。而另外散布流言，谎称国内君臣离心，战备空虚，给敌国造成一种假象。
这时，宋朝的贺怀浦领兵驻守三交，好议论边防事务。他听到有人说辽朝国内动荡不安，无暇加强防备的消息，便与儿子雄州知州贺令图，伙同文思使薛继昭等人相继上表奏议：“辽景宗年幼，母后专断国家政事，宠幸韩德让，委派他重任，连韩德让的几个兄弟德威、德源、德凝都因为韩德让的缘故，贵显于辽朝。辽朝国内怨声载道，君臣离心，请求趁着他们的裂痕，兴兵攻取幽、蓟。”宋太宗看了奏表之后，搁置很久的心又被打动。现在，赵廷美已经死去了，太宗的皇位没有了威胁，国内政治呈现一幅升平景象。太宗雍熙元年登丹凤楼观灯，见开封城内士庶工商，各色人等，云集而来，不禁骄傲地对宰相说：“国家在几代干戈兵乱之后，海宇安宁，京师繁荣昌盛，真让人感到快慰。朕平时很少饮酒，今天要与大家同乐，开怀畅饮，尽醉方休。”安定了国内，几年前的战争消耗得到一定的补偿，宋太宗又想再次北伐，挽回第一次北伐失败的面子，把辽朝占据了几十年的幽云地区夺回来，将敌人赶到长城以北，消除对中原的军事威胁，从而完成真正的统一。
雍熙三年（986年）春天，宋太宗接到贺怀浦、贺令图父子的报告后，认为是攻取幽蓟的好时机，便诏命枢密院商议北伐事宜，并提出御驾亲征的想法。参知政事李至认为：“幽州，是辽朝的右臂。我们发兵前去攻打，他们必然奋力抵抗。攻城的人不会少于几万，兵多军费就大，势必广泛储备粮草。即使有朝一日克敌制胜，也得花几个月的时间，边疆的供给能支持得了吗？而且范阳的四周，坦荡无边，没有丘陵高地，准备石块尤其困难，而敌人的城堡固若金汤，离开石头是无法击碎的。因此，如果准备不足，不宜贸然用兵，不如继续养精蓄锐，等待时机。宋辽决战，关键不在于时间的早晚，而在于要有获胜的把握。”说到这里，李至停了一会儿，太宗似乎有些不太高兴，慢条斯理地说：“就这些吗？”李至明白，太宗是决心要北伐了，谁也阻拦不住。于是又接着说：“兴兵打仗是十分危险的事，运用兵马作战，必须计划周密，准备充分，愿陛下慎重。另外，臣的愚见，京师是天下根本，陛下恭守宗庙，给敌人做出闲暇无事的样子来，同时抚慰人民的仰望，是最好的计策。您不能亲征，至多只能驻在大名府。大名位于河朔的要冲，可以暂时驻在那里，扬言亲自率兵征讨，壮大军威，鼓舞士气，提高斗志。如果陛下远提师旅，亲自到边陲前线，北有敌兵威胁，南有中原为虑，万一出现像高梁河之战的险情，那该怎么办？臣不惜狂愚，恳请陛下收回亲征的念头。”太宗心想，李至说攻取幽蓟时机不成熟，实在可恶，但是他说的不要亲征，倒值得慎重考虑。
这时，宋琪也站出来进言，这时他已经被从宰相罢为刑部尚书。宋琪说：“应该首先将主力集中在易州地区，然后提兵北上，沿着太行山东麓北进，控制军都山、燕山一线，切断辽朝军队增援燕京的道路，最后再集中主力夺取燕京，这是宏观的计划。另外，在战斗中还应注意辽朝将帅的作战特点。他们的用兵之术，把部队排成队列，但不战斗，等待对方退却时，乘机追杀，而且他们多设有埋伏，也常常切断我们的粮道。”宋琪的主张就是以燕京作为战略重点来攻克，则其他州郡不战自下。太宗听后，连连点头赞许。
这次太宗要大举北伐，非同儿戏，建议中否，风险极大。所以，谁也不敢轻易说话，更没人提出系统的建议，连宰相李昉、枢密使王显等人也未见表态。
986年，宋太宗决定起兵第二次北伐，任命天平节度使曹彬为幽州行营前军马步水陆都部署，率河阳节度使崔彦进等三十几个将领。分三路北伐。具体部署是，除了曹彬为帅、崔彦进为副帅率领一支大军外，又以米信为西北道都部署、杜彦圭为副帅，率领一支军队，从雄州出兵。这两支军队组成进攻幽州的主力，是为东路军。以田重进为定州路都部署，出兵飞狐，以切断辽朝西去的通道，孤立代州以北各郡，是为中路军。又以潘美为云州、应州、朔州等州都部署，杨业为副帅，从雁门出兵，攻击代北诸郡，是为西路军。太宗自己不再亲自出征，坐阵京师，遥控指挥。
兵力部署完毕，曹彬和众位将领人朝向太宗辞行。太宗向曹彬面授作战计划说：“潘美的西路军，只要命令他先行奔赴云、朔二州，其他众卿率领十万大军，声称夺取幽州，但要稳重慢行，千万不要贪图小利，与敌人大战。辽朝听到大兵将要来了，必然全力救援范阳，没有精力再援救山后（军都山以北）。”太宗的作战意图很明显，他兵分三路，以曹彬的主力吸引住辽军的兵力，使他们在幽州集结，无暇西顾，使潘美、杨业的西路军顺利攻占代北各州。然后，代北各州平定后，潘美和田重进的西、中两路军与东路军汇合，共同进攻幽州，打退辽军，把他们赶到沙漠地带。宋军一旦控制险要地势，便可恢复在长城以南的统治。太宗以太行山为界，把这次北伐划分为东、西两个战场。东部为主战场，以燕京为攻击目标，由米信配合曹彬完成主攻任务；西部战场的宋军负责战略迂回，由田重进配合潘美在攻占山后九州，控制军都山、燕山一线，切断辽朝腹地与燕京的联系之后，掉头南下，参与东部主战场的主力决战，消灭辽军主力于燕京城下，一举攻克燕京，从而最后实现奇取幽云地区的作战计划。这是宋太宗战略意图的核心。
其实，太宗的这个战略设想，是一厢情愿的，而且很容易被识破。辽朝统帅始终把南京即幽州作为战略重点，从而制定了重点防御、伺机反击的作战方针，以打破宋太宗的作战意图。这年三月，南京留守耶律休哥向萧太后奏报宋军三路进攻代北燕山要地的军情，萧太后与众臣商议，制定了富有针对性的作战部署：分派使者征调各部兵马，扩充耶律休哥的力量，迎战曹彬主力，然后派东京留守耶律默特率领大军继续增援，接着，又火速召回东征高丽的兵马，作为救应，用来加强南京辽朝军队的力量，派兵把守平州的海岸，防备宋军从水上进攻，保证幽州东路的安全，又任命枢密使耶律色珍为山西兵马都统，率军抵挡潘美的进攻，以北院宣徽使蒲伶为南征都统，做耶律休哥的副帅，辽圣宗宣告亲征，与萧太后驻军在驼罗口，发号施令，调遣各路军马，相互照应。
三月，曹彬奔赴涿州，派先锋将领李继隆大破辽朝军队，夺取固安和新城两县，进攻涿州，在涿州东面击败敌军。曹彬命令士兵乘胜进攻涿州北门，涿州守军拼力抵抗，但根本无法与曹彬的10万大军抗衡，几天便被攻破，涿州守将贺斯被宋军杀死。辽朝的军队又重新集结，迅速反扑上来，米信独自率领部下300人与敌人交战，被辽军层层包围。米信等人奋力砍杀，气力渐渐不支，米信手持大刀，大声呼喊着，杀出一条血路，突出重围。恰巧曹彬派遣的军队及时赶来，拦住辽军，一场恶战，直杀得天昏地暗，不见天日，终于在新城东北打退了辽军。
田重进率领中路军，与辽军进行了激烈的战斗。田重进出兵到达飞狐口，飞狐口是河北平原与北部边郡的交通咽喉，两侧山崖峭立，只留下一线天，崖下道路狭窄崎岖，蜿蜒如蛇，长达一百多里。地势险峻，易守难进，是设伏的好地方。田重进听从袁继忠的计策，在飞狐南口派兵埋伏起来，而自己与谭延美从飞狐北口出兵，攻击辽军。辽朝冀州防御使大鹏翼、唐州刺史马赟、马军指挥使何万通率众前来援救。田重进在东面布阵，几次交战不胜，部将荆嗣率领少量精锐部队，从西面出击，乘着薄暮敌人不注意的时候，逼近山崖，与敌军短兵相接，辽军猝然不及防备，大败。许多辽军官兵纷纷跳崖逃命，荆嗣追奔50多里。谭延美驻守在小沼，荆嗣命令谭延美在平川列队，另外派200人打着白旗排列在道旁。荆嗣率兵急速追赶敌军。辽军见宋军旗帜连绵不断，怀疑宋军大兵相继而来，吓得想要逃遁，田重进乘机出击，辽军崩溃，俘虏了辽军将领大鹏翼、马赟、何万通，以及渤海军3000多人。田重进于是围住飞狐城，命令大鹏翼到城下去劝降。大鹏翼被押到城下，劝谕飞狐城守将马步都指挥使吕行德等人，放弃抵抗，出城投降。吕行德和副都指挥使张继从、马军都指挥使刘知进等率领全城兵民，大开城门，向田重进投降。太宗下诏，升飞狐县为飞狐军。田重进乘胜又围灵丘，守将步军指挥使穆超也献城归降。
潘美从雁门关进入辽朝境内，与辽军遭遇，首战告捷，一直把辽军追赶到寰州。辽军惊慌失措，四处逃散。刺史赵彦章献出州城，投降潘美。接着，潘美进军围困朔州，节度副使赵希赞也率城投降。潘美乘胜继续扩大战果，转攻应州，很快便威逼守将降顺，不久又攻克云州。
四月初一，辽圣宗与萧太后进驻南京北郊，辽朝兵士气顿时高涨，宋军遇到更加激烈的抵抗。田重进攻占飞狐和灵丘后，又与辽军在飞狐北交锋，再次大败辽军，斩杀辽军两名主将。6天后，田重进逼近蔚州。蔚州节度使萧默哩出城迎战，被宋军左右都押衙李存璋、许彦钦两面夹击。萧默哩两翼受敌，一时手忙脚乱，不知所措，被杀死在马下。辽军或者被俘，或者四散逃命，只有一小部分逃回城中。守城的蔚州执监城使耿绍忠见主帅被杀，心知城池不保，与其被宋军攻破，屠杀全城，还不如献城投降，以保自家及全城将士百姓的生命安全。于是，耿绍忠震服了几个要战死守城的将士后，打开城门，迎接田重进。田重进整肃军队，开入蔚州城中，以崇仪使魏震为蔚州知州。
正当飞狐口战斗激烈进行的时候，辽朝山西兵马都统耶律色珍又被任命为诸路兵马都统，萧挞览为副都统，耶律迪子为都监，率领辽朝大军反攻蔚州。不久，萧太后又下诏派两部快速骑兵前往支援。田重进与辽朝援军转战。当时，辽朝军五成中有四成都已经战死，到大岭，只有荆嗣率军竭力拼斗，辽朝军队惧怕荆嗣军队的勇猛，开始退却，田重进终于安定了蔚州。蔚州争夺战相当激烈艰苦，当时边境上的许多骁勇善战的百姓，争相团结起来，进行抵抗。他们熟悉地形，机智敏捷，经常趁着浓浓夜色的掩护，爬进蔚州城中，斩杀辽军，提着辽朝人的头颅来投靠田重进的军队，编入军中，继续作战。太宗听说了这件事，非常高兴地说：“这些人生长在边陲，闲暇时间演习战斗，倘若公开定出奖赏的制度，一定会有大批人来应募，那无疑将会增大我军的力量。”于是立即下诏，招募边陲的民众。“有能纠合应援官军的人，由朝廷资助粮食，借给作战的武器和铠甲。擒到敌人酋豪将领的。按照俘虏的职位的大小高低，补署给捉拿者官职。捕获辽军，留下活口的，每人赏钱五千；斩杀敌兵首级的，每个三万；捉到战马的也列出等级，上等马赏钱一万，中等马七千，下等马五千。平定幽州之后，愿意留在军队中的，优先发给存禄饷银；愿意解甲回家种田的，免除3年的赋税。”赏赐的规格公开明确地宣布后，前来应募的人越来越多。这些人在与辽军作战中奋勇向前，充分发挥自身的优势，给辽军以沉痛的打击。
北伐初期，在辽军应援不及的情况下，宋军取得了迅速的进展。太宗原意是要曹彬的主力持重缓行，牵制辽朝兵力，而让西路潘美的军队攻击山后地区。现在，潘美连续攻下寰州、朔州、云州、应州，田重进又攻取了飞狐、灵丘、蔚州，山后要害地区大多被宋军占领，而主力曹彬军也连收新城、固安，又攻占涿州，所到之处无不攻克告捷。每次捷报奏闻京师，太宗都惊讶曹彬进兵太快，违背了事先的策略，担心被敌兵截断了粮道。
这时，赵普见大军征讨幽蓟，久未班师，便上疏太宗：“看今年春季出师，将要去收复幽、蓟，屡次听到克敌的捷报传来，民众深感快意。然而，光阴似箭，已入初夏，仍在计划克敌复地。季节炎热，粮草还在急速运送，非常疲劳。战斗尚未止息，王师已日见疲劳。百姓供应军需，几十州的土地，耕桑已损失过半。百姓疲惫不堪，早晚忧思，疑虑日增。臣以为，陛下自从歼平太原，怀柔闽、浙，统一了中原，英名大振，十年之间，臻达广济。远人不服，自古以来，圣王把他们置之度外，不值得放在心上。臣私下认为，奸邪谗谄之辈，花言巧语，蒙蔽圣上的耳目，才兴起这无名之师，深蹈不测之地。臣翻阅历代典籍，颇识前言，窃见汉武帝时主父偃、徐乐、严安等人所上的书文，以及唐朝宰相姚元崇献明皇十件事，都是忠言至论，可采纳实行。恳请陛下在日理万机的闲暇，看看这些建议。失误并不太深，走得还不是太远，只要及时悔悟，仍然能够追回补救。臣认为大举兴兵打仗，动摇百万之众，却犹如用明珠弹击鸟雀，为打一只鼹鼠而发动机关，失去的多，而得到的少。臣又听说战争属于危险的事情，很难保证万全必胜；兵甲属于凶器，最忌长年举扬，不知停息。此事关系重大，不可不慎重考虑。臣还听说上古圣人，不会固执一种意见。若想事件不凝滞，道理贵在变通。古书中有这么一句话说‘兵久生变’，非常值得深为忧虑。如果变更图谋进行得缓慢，就会失去时机。现在旬日之间，便进入秋季了。那时候，内地先困，边境早就微寒，辽朝弓劲马肥，而我们则人马疲劳，恐怕在这个时候，指挥失误。望能早日下诏班师，不要轻视敌寇。
“臣又认为，陛下这次出兵，一定是偏听偏信。小人在陛下的身旁，只知道欺蒙君主。事情成功了，自己就获利，事情不成功，受损害的却是国家。先前商议攻取幽蓟，不知是谁的主谋？毫无根据地胡言乱语，总会被事实揭穿的。请陛下审查虚实，追究妄谬，施以刑典，昭明圣听，以求压服群众的不满之情。臣知古人有以死谏阻君主，老臣虽没有死，也不想为了一条活命，而不向陛下进言。”
这就是历史上有名的《班师疏》。
太宗看完赵普的上疏后，并不以为然，仍然执意用兵，但是太宗与赵普所担心的事都不幸发生了。
五月，辽方援军陆续到达幽州前线，辽军大举反攻。耶律休哥亲率大军，与曹彬等人的东路军交战，在涿州、岐沟关和巨马河一带，连续击败宋军，东路军20万人溃散。六月，耶律色轸率军迎击宋西路军，朔州一战，勇将杨业被擒，宋军数万被歼，西路军溃败，中路军田重进，急忙退兵至定州驻扎。这一战后，宋初的宋辽均势被打破，辽方从此占了优势。《辽史》卷八十三的论赞即说：“宋乘下太脉之锐，以师威燕；继遣曹彬、杨继业等分道来伐。是两役也，辽亦岌岌乎殆哉！休哥奋击于高梁，敌兵奔溃，色轸擒继业于朔州，旋复故地。宋自是不复深入，社稷固而边境宁，虽配古名将，无愧矣。”可知从高梁河之败到雍熙之败，正是宋弱辽强的转变时期。
《班师疏》使赵普声名更高，一时间，成了众望所归的宰相人选。雍熙四年（987年）二月，66岁的赵普移镇襄州（今湖北省襄樊市）。九月，太宗诏以来年正月有事于东郊，亲耕籍田。赵普上表，请求入觐，参加籍田之礼，“辞甚恳切”。太宗恻然，对宰相李昉说：“普开国元臣，朕所尊礼，宜从其请。”
十二月，赵普到京城朝见，太宗召升殿慰抚。赵普见了太宗，不禁感咽，太宗亦为之动容。
太宗次子开封尹，陈王元僖上疏说：“普开国旧老，得参帷幄，厚重有谋，忠诚言事，不苟求思顾以全禄位，不私徇人情以邀名望，此真圣朝之良臣也。窃闻奸巧之辈，朋党比周，众口嗷嗷，恶直丑正，恨不斥逐遐以快其心。何者？盖虑陛下之再用也。然公谠之人，咸愿陛下复委之以政事，启沃君心，羽翼圣化，国有大事使谋之，朝有宏纲使举之，四目未察使明之，四聪来至使达之。官人以材则无窃禄，致君以道则无苟容，贤愚洞分，玉石殊致，当使结朋党以驰鹜声势者气索，纵巧佞以援引侪类者道消，沈冥废滞得以进，名儒懿行得以显，大政何患乎不举，生民何患乎不康？”太宗见到预定继位的儿子如此推崇，就准备重新起用赵普。
端拱元年（988年）正月，赵普参加了籍田之礼。二月，宰相李昉授右仆射罢政，赵普为太保兼侍中，吕蒙正为中书侍郎兼户部尚书、同平章事。
这时，赵普的《班师疏》朝野传颂，赵普以姚崇十事为号召，肩负重望入相，已是67岁高龄。太宗生怕他因此专权，特地对他说；“卿勿以位高自纵，勿以权势自骄，但能谨赏罚，举贤能，弭爱憎，何忧军国之不治？朕若有过，卿勿面从，古人耻其君不为尧、舜，卿其念哉！”与赵普并相的吕蒙正，时年45岁，是太宗即位后第一次科举———太平兴国二年时的状元，太宗十分信任，担心他威望不够，才以赵普为首相，“藉普旧德为之表率也”，又戒谕赵普不要专权。赵普明白这一点，与吕蒙正同在相位，常推许他。
赵普入相后，正立班宣制，工部侍郎、同知京朝官考课雷德骧听后，手执的朝笏不觉坠地。他儿子雷有邻，在太祖时曾上书告赵普，直接促成了赵普的罢相，他也因此得以复官，所以此时十分害怕，唯恐遭到卢多逊一样的命运。雷德骧便赶紧上疏乞归田里，又请对，向太宗陈述原因。太宗多方勉谕，并说：“卿第去，朕终保全卿，勿以为虑。”雷德骧固请不已。太宗只好罢知京朝官考课，让他仍奉朝请，并特赐白金三千两，以慰其心。雷德骧总算得到了保全。
闰五月，赵普的次子襄州衙内都虞候承煦，被任为六宅使。赵普入相后并没有为承煦求官，太宗特意任命，以表示尊宠。
七月，太宗对赵普说：“卿耆年触热，固应不易。自今长春殿对罢，宜即归私第颐养，俟稍凉乃赴中书视事。”赵普顿首谢。《玉壶清话》卷六记载此事：“旧制，宰相报到，未刻方出中书。会岁大热，特许公（赵普）才午归第，遂为永制。”
端拱二年（989年）四月，太宗到赵普家视疾，说明赵普的病已不轻。自此以后，到淳化元年（990年）正月为止，赵普虽为首相，但因病已不理中书之事了。所以，赵普第三次入相，时间虽有两年，真正在中书判事，不过一年左右。
赵普在这一年时间内，主要做了三件事：罢黜枢密副使赵昌言等人，杀掉太宗亲信侯莫陈利用，策划西北边防之事。
枢密副使赵昌言和盐铁副使陈象舆、度支副使董俨、知制诰胡旦、右正言梁颢五人结成一伙，日夜在赵昌言府第聚会，京师人称之为“陈三更、董半夜”。有一个人，名叫翟颖，素与胡旦亲狎。胡旦为翟颖“作大言狂怪之辞”，让翟颖上之。“其言多排毁时政，自荐可为天子大臣，及力举十数人皆公辅之器，昌言内为之助。”宰相李昉受到他们的攻击，被太宗罢免。赵普秉政后，深为嫉恨这一伙人。端拱元年三月，开封尹许王元僖派亲吏仪赞廉得他们的罪状，捕翟颖入狱，由开封府判官张去华审讯，翟颖具伏其罪。太宗大怒，将翟颖决杖流海岛，赵昌言为崇信节度行军司马，象舆复州团练副使，俨海州、旦坊州、颢虢州司户参军。
赵昌言是太宗心腹，太宗常想用他为相，赵普恶赵昌言刚戾难制，翟颖事发，便请求杀死赵昌言，太宗还是宽恕了赵昌言。赵昌言贬谪后，赵普又请求杀掉他，太宗不许。后来，淳化二年（991年），赵普已罢相到西京，赵昌言起知蔡州。淳化四年（993年）十月，赵普死后一年，赵昌言就做了参知政事。
赵普打击赵昌言、胡旦一伙人，实际上是打击太宗亲信中企图扰乱时政、改变太祖之制的人，由于得到太宗之子陈王元僖的帮助，一时得以成功。
打击侯莫陈利用，是赵普为维护法制，向太宗亲信开的第二刀。
侯莫陈利用在太平兴国初卖药京城，因为“多变幻之术，眩惑闾里”，被太宗召见，“试其术颇验，即授殿直，骤加恩遇，累迁至郑州团练使”。这样一个江湖骗子，便一下子成了太宗亲信，“前后赐与，宠泽莫二”。利用因此非常恣横，无复忌惮，甚至“居处服玩，皆僭乘舆宫殿之制”。“依附者颇获荐用，士君子畏其党而不敢言。”赵普深为痛恨，为相后，在三月派人“廉得专杀人及它不法事，力于上前发之”。太宗只得遣近臣就案，利用具服。于是，诏除名，流商州，仍籍没其家。但不久太宗又下诏，把家产还给侯莫陈利用。赵普预感到太宗又要起用利用。正巧，窦仪之子———殿中丞窦諲曾经监管过郑州的榷酤，当时对班列的同僚说：“利用每独南向坐以接京使，犀玉带用红黄罗袋。澶州黄河清，郑州将用为诗题试解举人，利用判试官状，言甚不逊。”赵普听知后，召窦諲至中书，询问他所说情况，让他上疏告发利用。京西转运使宋沆，在初次抄没利用家财的时候，获书数纸，“言皆指斥切害”，也拿来上报。赵普获得侯莫陈利用这两件罪状后，对太宗说：“利用罪大责轻，未塞天下望，存之何益？”太宗说：“岂有万乘之主不能庇一人乎？”赵普回答：“此巨蠹！犯死罪十数。陛下不诛，则乱天下法。法可惜，此一竖子，何足惜哉？”这一番大道理，使太宗无话可说，不得已，只好下令赐死于商州。不久，太宗又后悔了，赶紧派使者前去解救，等赶到，侯莫陈利用已被磔于市矣。听说这件事的人，无不拍手称快。这件事得罪了太宗亲信，有人便四处宣扬，说赵普在中书接见群官，“必语次寻绎有言人短长者。既退，即命吏追录之。事发，引以为证。由是群官悚息，无敢言者，中书事益壅蔽。”
太平兴国七年（982年）五月，定难军留后李继捧献其所管辖的五州八县，归顺宋朝，并且全家到了京师开封。当时，李继捧的弟弟李继迁不肯顺从，起兵反抗。此后，李继迁虽然几经挫折，甚至连母亲也被宋军擒获，但是终于击败了宋军，雄据西北。宋朝廷虽然几次招谕李继迁，但他“终不肯降，益侵盗边境”。赵普为相后，在五月建议，仍旧让李继捧管辖夏台故地，让他去消灭李继迁。于是，太宗召当时任感德节度使（驻耀州，今陕西省耀县）的李继捧赴阙。太宗亲书五色金花笺赐李继捧国姓———赵，改名保忠，授定难军节度使，将夏州等五州的钱帛、粮粟、田园等都赐给保忠，并派右卫第二军都虞候王杲领兵千人护送上任。
赵普二月为相后，在三月遂黜赵昌言等人，杀死侯莫陈利用；五月，又策划处理了西北边防事宜，一时声威大震。太宗便在七月要他颐养身体，少管朝政。赵普也因身体不好，逐渐不理朝政，在家养病了。
淳化三年（992年），赵普因自己年迈多病，让留守通判刘昌言奉表到京，请求辞官。太宗派中使前来抚问，授赵普太师之衔，封魏国公，给以宰相的俸禄，并让他病好之后，再来朝拜。赵普感激涕零，支撑着又去办公，以图报效。当年七月，赵普因病去世，享年71岁。
太宗闻此噩耗，“凄怆之怀，不能自已”，因此废朝五日。又追赠赵普为尚书令，追封真定王，谥忠献，并亲自撰写了神道碑以纪念他。