朱元璋在位时，为了使朱氏王朝长治久安，决定分封诸王。他先后把众多儿子分封在全国各地。出于“西北边远，非亲子弟不足以镇抚而悍外患”的考虑，在长城沿线分封9国，谓子塞王，如燕王棣、晋王纲、宁王权等，授以兵权，命他们镇守北方，抵御蒙古。另一部分则驻扎内地，负责监督地方官吏。诸王中，以燕王、宁王、晋王势力最大。他们拥有“清君侧”的权力，这种做法导致藩王权势过重，反而构成对皇位的威胁，埋下了隐患。
洪武二十五年（公元1392年），太子朱标病死，朱元璋立朱标嫡子朱允炆继为皇太孙。而朱元璋平时喜爱第四子朱棣，对于懦弱寡断的朱允炆，太祖忧虑他难以担负国家重任。一日，太祖有意考皇孙智力，出上联：“风吹马尾千条线”；朱允炆想了一下答：“雨打羊毛一片腥。”这看似对仗可以，却太平凡了，毫无远大抱负，太祖皇帝气得脸色大变。恰在此时，朱棣侍立身旁，随即对道：“日照龙鳞万点金”。这自然有气势，太祖无比欣慰。当然，燕王虎视眈眈，觊觎皇权威仪，早已垂涎三尺。
洪武三十一年（公元1398年）五月，太祖朱元璋病逝，皇太孙朱允炆即帝位，史称明惠帝，年号建文。太祖尚未驾崩前，曾召大臣议立燕王为帝，但刘三吾等都反对，说：“孙承嫡统，古今通礼。若立燕王，那么燕王之兄秦王、晋王将如何处置？决不可违背祖规。”
因此，朱允炆当了皇帝后，首先感到几位边塞藩王因屡番建功，手里握有重兵，尤其是驻北京的燕王朱棣兵力雄厚，对皇位威胁最大，务必实行削藩减少实力。他命兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄等策划。齐、黄认为燕王蓄谋已久，觊觎皇位，仓猝削他，一时难图。不如先削其手足，再向燕王开刀。建文帝同意此举，先用一年剥夺了周、齐、湘、岷、代五个藩王的实权。削藩至燕王时，就引起内战。
一般说的“靖难、靖国”，都是指国家安危而发兵平乱。当建文帝向燕王开刀时，燕王却装疯到处逛荡，使惠帝造成错觉。后燕王府长史葛诚告密，张信因与燕王有旧交之情，冒死劝慰，燕王方出兵南下，以“清君侧”为名，直攻南京。建文帝派出耿炳文、盛庸等将军率军30万讨伐，亦连连被打败了。
建文四年（公元1402年）四月，燕王朱棣的大军先后攻下盱眙、灵璧等地。他陈兵江北时，惠帝朱允炆派出朱棣的姐姐庆成郡主前往割地议和，燕王不予理睬。
燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。
四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏尤为严重，史书上称“淮以北鞠为茂草”，当为真言。