东南亚的华人问题既由来已久有又相当普遍，而其中拥有600万之众华人的印尼是华人问题最严重的国家。印尼的华人多灾多难，在1998年5月雅加达等印尼六大城市爆发的排华暴乱后，印尼华人能否摆脱回回噩梦仍是未知的答案。而对于与他们有千丝万缕的亲戚情谊的国人能为他们做点什么呢？这是一个两难的问题。因为印尼华人与祖籍国的联系是印尼原住民产生种族仇视的根源之一，中国政府的政策和民间的交往都必须考虑到印尼政府和原住民的疑虑。
中国人向印尼移民的历史可追述到汉代，但是直到16世纪西方殖民者入侵之前，并没有形成所谓的华人问题。在这之前，原住民与华人相处融洽，从未发生过排华运动。其原因是，当时的华人虽然在情感上归属中国，但是其在印尼的经济地位不足以引起原住民的顾忌。另外，中国历史上封建王朝（至晚清政权前）都没有华侨政策，甚或对海外华人采取敌视态度。
印尼华人问题便在晚清政权的以“血统主义”为原则的国籍法的颁布，这一对海外华侨政策由放任、敌视到保护的转变发生以后产生的。自此以后的中印（尼）关系可分为这样几个历史时期：晚清政府、民国政府、新中国政府，不同时期又有不同的阶断。下面将结合这三个不同的历史时期印尼华人与中国的关系来阐述华人在印尼的处境。
1.晚清政府时期
明清立国以来，为防海盗、倭寇，实行“海禁”政策，限制国人出洋谋生。政府长期都对海外的臣民漠不关心，甚至敌视态度。直到1860年清政府与英、法签订《北京条约》，被迫准许华工出国做工，禁令才被打破。
被带到世界各地的华工苦力惨遭非人待遇，拐匪掠贩人口出洋引起的对外纠纷和社会动荡，有损清廷颜面及其统治。另外，晚清政府派遣的外交官员与海外的华人有了接触，对华侨的富有有了极深印象，并认为可用于中国的现代化。基于此，清廷便逐渐转变过去漠视、敌视华工的态度。
1893年，在洋务派官员的推动下，清廷正式废除了“海禁”令，此后又制定了不少涉侨政策，申明了对海外华人的保护态度。其中最为重要的是1909年颁布的以“血统主义”为原则的国籍法，规定凡是中华种族之人，不论是否出生于中国，都属于中国国籍。而印尼的殖民政府依据出身地原则确定国籍，这样使许多华人拥有双重国籍身份。这样的身份使以后原住民对华人对印尼的效忠产生怀疑，埋下了以后的排华、反华的祸根。
这一时期，印尼华人由于政策的松动使其原本就强烈的对祖籍国的归属感得到释放的空间。另外，华人在印尼被排斥于政治之外，受殖民统治者的压迫。此时中国也惨遭列强侵略。这些使得印尼华人把自身与祖籍国的前途命运联系在一起。在这种背景下，印尼华人对于洋务运动、辛亥革命等中华民族自强图存的运动都积极支持。
他们协助洋务官员办实业，提供资金和技术。在辛亥革命中，积极发展革命人员，建立革命组织，宣传革命思想，为革命军捐献巨额经费，乃至直接投身革命，“黄花岗七十二烈士，差不多三分之一是华侨”。
这一时期印尼华人与祖籍国关系的升温，给其在印尼的处境带来怎样的影响呢？
印尼当时处于荷兰殖民者的统治中，殖民统治者对华人和原住民实行“分而治之”的政策，将华人置于第一等级西方人和第三等级原住民之间的第二等级。将华人作为殖民统治的工具，造成了华人与原住民的巨大分歧，华人被原住民看作“殖民剥削制度的代理人”。这段时期发生反华、排华事件多是在殖民者的主导下。因此，后人分析时只看到“分而治之”殖民政策的原因。实际上，此时华人与祖籍国的关系也同样是原住民对华人充满不信任乃至仇恨的原由。因为当时华人的地位高于原住民，并且是努力向第一层的西方人靠拢，对比自己地位低下的原住民疏远。华人的文化、习俗保持中国传统，其行动表现出对中国的效忠，在印尼国内积极的为国内的革命服务，筹经费，发展革命组织、成员。即使是在免于殖民统治保持独立的泰国，也因为对于华人效忠祖籍国而出现了排华浪潮。
2.民国政府时期
中华民国政府于1912年重新制定颁布了《中华民国国籍法》，后又有修订，但仍以“血统主义”为原则。民国政府大力发展侨社华文教育，争取华侨对中国的政治、经济的认同，不主张华侨在当地参政。确认华侨身份，保护华侨国内外的正当权益，鼓励华侨回国投资办实业及公益事业。
蒋介石南京政府时期，建立侨务机构，并在印尼的不少城市建立领馆，促进华侨利益。民国政府的吸引外资政策，因国内的政治混乱而不成功，但是其支持的华文教育，却在印尼乃至整个东南亚取得了成功。民国政府的政策密切了华侨与祖籍国的关系。
这一时期受国民政府的主动积极政策的影响，加上祖国惨淡的政治命运，印尼华人与祖籍国的民间交往在共同反帝斗争中达到高潮。国内的政治斗争如火如荼，包括印尼华人在内的海外华人华侨做了大量的经济支援。华侨团体积极支援国内的五卅运动。在印尼的泗水成立了著名的“华侨外交后援会”。当时有报道称，某次，该会汇款三万元至上海。华侨还通过集会、游行、罢工等方式支持祖籍国的反帝斗争。
抗日战争中，华侨的支援和做出的贡献更是有目共睹。印尼华侨将“华侨救国后援会”改名为“援助祖国慈善事业委员会”，大力开展捐助活动。除捐款、捐资以外。还有不少华侨青年回国从军上前线杀敌。同时印尼产生了许多土生华文刊物，他们积极弘扬抗日援华的主旋律。
华侨与祖籍国关系的密切，加上殖民者的恶意渲染，加大了印尼原住民对华侨的误解和偏见，形成根深蒂固的反华、排华潜意识。日本占领印尼期间，便蓄意放纵原住民对华侨大肆抢劫和杀害。这期间印尼华人在与中国共产党共同抗敌中结下了深厚的情谊，这成为以后“第五纵队”、“中国威胁论”等理论的在东南亚得以传播的基础。
3.新中国政府时期
自新中国建立以来，中印（尼）的关系经历了不同的阶段，可分为：1949年建国至1967年断交前的阶段、断交阶段、1990年复交以来的阶段。
1949年建国至1967年断交前的阶段
抗战胜利和新中国的成立，激发了印尼华人的爱国热忱。华人积极投身到新中国的建设中来，他们到国内投资，向国内汇款，甚至奔赴祖国定居。华人对中国各方面的认同，促使“华侨是中国的‘第五纵队’”、“中国威胁论”等等思想在东南亚盛行，使印尼原住民恐慌，从而加大了对华人的疑虑。
建国初的人民政府也积极开展侨务工作，尽力保护国外华侨的正当权益。更重要的是解决了华人的双重国籍问题。我国政府在与印尼的外交关系上，考虑到原住民的的疑虑，取消了华侨内的共产党组织，要求华侨遵循当地法律。
这一时期，印尼苏加诺政府对华人实行全面强制同化政策，在政治、经济、文教各方面限制华人。
1967年断交前的阶段
在1965年的“九卅事件”以后，印尼反共势力认为是中国支持印尼共产党发动了“九卅政变”。他们在消灭印尼共产党时，也掀起了大范围的反华、排华暴动，逮捕和杀害了很多华人。（其实印尼的反共总是要和排华联系在一起。究其原因，是因为印尼共与中共的亲密关系是足以让苏共嫉妒的，此前的共产主义运动风起云涌仍未退潮，各国共产党通过共产国际等组织相互协作，各国的原统治者对于无产阶级政党的革命输出的疑惧并非空穴来风）当时在雅加达的街头极端分子叫出了“粉碎中国”、“立即赶走中国人”、“把中国人吊死”等口号。中国驻印尼领馆不断遭到印尼人的围攻。在北京，“文革”中的红卫兵也破坏了印尼使馆。
1967年10月31日，两国外交关系中断。
断交阶段
断交以后，印尼华人与祖籍国的接触机会减少。此时，苏哈托政权的实施更加强硬的同化政策，歧视、限制华人的活动。而我国国内的极左的政治运动对华人在国内的亲属和亲戚以及早先归国的华人进行政治迫害。这一时期，由于中印（尼）的关系恶化，印尼社会的反华、排华运动仍有发生，但没有大规模、全国性的排华运动。华人与祖籍国的隔离使得印尼政府的同化政策取得一定的效果，基本解决了华人政治上的效忠问题。
1990年复交以来的阶段
在复交以前的1985年，中印（尼）便开展直接贸易，从那时开始，印尼华人与我国的交往就逐渐密切起来，复交以后尤盛。我国的改革开放，制定吸收外资的优惠政策。印尼华人积极到中国来投资。这时的投资行为已经由40、50年代的爱国行为转变为纯粹的商业行为。然而我国国内的正面报道仍是强调和宣传华人对祖籍国的热忱。在印尼国内原住民对华人与中国关系的疑虑尚存，印尼华人对中国的投资，总要保持比别国华人更为谨慎的态度。
此时期，由于中国经济的高速发展，在国际市场上与印尼产生竞争，使得一些下层印尼原住民仍旧将自己笼罩在“中国威胁论”里。华人在中国投资的成功所造成的影响，是原住民对华人的嫉恨不断积累。在印尼的经济发展遇阻时（东南亚危机），便发生了1998年5月的大规模残忍的排华暴动。
其实在此之前，便有零星的排华事件。
1996年印尼大选期间，针对华人的骚乱有十多起。
1997年3月4日，中爪哇的北加浪岸发生社会骚乱。而在1998年苏哈托政权下台以后，排华仍未消声匿迹。
1999年12月，印尼棉兰、万隆等地发生了发生了针对华人的零星骚乱。
2000年5月，数以千计的的暴徒在雅加达街头集结，用石块和其他重物攻击和抢劫华人商店。
印尼经久不息的排华暴动所造成的对华人的极大伤害，是全世界华人心口永远的痛。可是对于中国政府，为缓解印尼华人的悲惨处境能做的事是很少的。原住民对华人与祖籍国的关系的深深疑虑，使中国在与印尼的外交关系上只得淡化华人问题，采取谨慎的态度。1998年举世震惊的排华暴动以后，全球华人社会都义愤填膺，纷纷采取了多种方式（甚至很激烈的方式）表示强烈的抗议，相对而言，我国政府的态度比较温和。这种做法被国内民众和一些海外华人指责为中国政府的软弱。其实，在印尼原住民对华人与祖籍国的关系的疑虑没有消除前，中国政府对待印尼华人处境的温和、谨慎的态度实是对印尼华人的真正关心。